レギオンを倒したガメラだったが、ギャオスが次々と発生するため闘いは終わらない。そうした中、マナのバランスが崩れた日本に、更なる脅威が発現する。玄武の化身ガメラに対抗する朱雀の化身イリスである。ガメラに両親を殺された綾奈の憎悪を取り込んでガメラを襲う。燃え上がる京都を舞台に二大怪獣の決戦が始まる。はたしてガメラは勝てるのか…というお話。
前作も怪獣を災害と捉えたシミュレーション的な側面があったが、今作は怪獣災害の被害者の少女を中心にストーリーが展開する。ガメラの戦闘シーンも人間目線のウエイトが高くなり、パニック映画のような絵面になっている。改めて見返してみると、かなりな豪華キャストで、仲間由紀恵や上川隆也がほんの端役で登場、今やテレビの売れっ子になっている役者が多数出演している。曲者役者として引っ張りだこになっている手塚とおるが、初めてメジャー作品に登場したのは、この作品だったと記憶している。
