エピソード1より10年後。オビ＝ワン・ケノービ（ユアン・マクレガー）と、彼の熟達したジェダイの弟子へと成長したアナキン・スカイウォーカー（ヘイデン・クリステンセン）は、いまや高名な元老院議員となったパドメ・アミダラ（ナタリー・ポートマン）と久々に再会。パドメは暗殺の標的にされているのだが、その謎を突きとめようと、オビ＝ワンは銀河の辺境へと旅立つ。そこで出会ったのは、かつては崇敬されたジェダイ・マスター、しかしいまは分離主義運動の主導者となっていたドゥークー伯爵（クリストファー・リー）。一方、残されたアナキンはパドメを警護するが、二人の間には恋心が芽生えていき、恋愛を禁止されているアナキンは苦悩する。また、彼は自分の母親シミ（ペルニラ・アウグスト）が捕われているのを助けに行くが、自分の腕の中で母が死んでしまい、悲しみに暮れる。やがてオビ＝ワンがジオノージアンの闘技場に捕われているのを知ったアナキンとパドメは彼を助けに行くが、敵にあっさり捕まってしまう。が、メイス（サミュエル・Ｌ・ジャクソン）率いるジェダイ騎士団が闘技場に突入、またヨーダ（フランク・オズ）がクローン兵士を大量に引き連れ登場、闘技場は大乱戦に。そしてオビ＝ワンとアナキンは、ドゥークー伯爵と対決。オビ＝ワンは傷つき、アナキンは右腕を切り落とされる。そこにヨーダが現われ応戦。ドゥークーは逃げ去り、ヨーダはクローン戦争が始まったと呟くのだった。
アナキン・スカイウォーカーがダースベイダーになるまでを描く「スターウォーズ」プリクエル３部作の第２部。
今回、通商連合との戦争の火種がいまだに燻り銀河共和国からの分離を呼びかける分離主義者の勢力が強まり、共和国議会が官僚主義がはびこり機能せず、共和国は議長のパルパティーンが勢力を強め、銀河帝国の足音が聞こえてくるエピソード２。分離主義者に命を狙われたアミダラは議会を離れジャージャービンクスが代理人となっている中で、非常時大権をパルパティーンが握った。謎の人物がクローン軍を作るように依頼していて、クローン軍が銀河共和国の正規軍となりそのおかげでアミダラたちは分離主義者との戦いに勝利したが、それは分離主義者の黒幕を利することになった。共和国が転覆する日が近づいていることが、ストーリーに影を落としている。アナキンは、オビワンに認められない不満をパルパティーンにつけこまれ、アミダラと秘めた恋を抱え、ダークサイドに堕ちる伏線が張られていく。アナキンやジェダイの騎士がドゥークー伯爵と戦うソードバトル、ヨーダとドゥークー伯爵のソードバトルは、ハイスピードで痛快。
