今回のポケモンは、人間の手によって化石から復元され、戦闘向きに改造されることで、現代に甦った古代ポケモンのゲノセクトが主役。
変わり果てた世界に戸惑い暴走するゲノセクトを救おうとするミュウツーだが、他人を信用しないゲノセクトは人間への攻撃を繰り返す。人によって作り出されたという共通点を持つゲノセクトとミュウツーがぶつかることで、彼らがそれをどう受け入れて乗り越えていくかをテーマとしている。
ゲノセクトは生物兵器として科学的に産み出された人造ポケモンという設定であり、子供向けとしては際どい領域に踏み入れているとは思うが、積極的かつ理性的に己の異質さに折り合いをつけてしまうので、『ミュウツーの逆襲』のように、人の欺瞞や功罪に納得のいく落とし前をつけられてはいないような気がする。
本作に登場するのは『ミュウツーの逆襲』のミュウツーとは別の個体らしく、たしかに声優も違って、世界を憎みながら生きる異形ではなく、慈母性を帯びた女神という印象を受ける。これがサトシたちの前にあらわれてゲノセクトの暴走を止めようとするのだが、フランケンシュタインの怪物が人に作られた生命であることを受け入れたって、それは都合がよすぎやしないか？子供向けだからって、いや、子供向けだからこそ、あまり人を甘やかさないでいただきたい。
覚醒したミュウツーは純粋の魔神ブーみたいな姿になるが、線がシンプルでフォルムが丸っこいのが逆に強そうでしょ？みたいなパワーアップは、ドラゴンボールだけにしてほしい。
