大きな傷跡を残した「ディーゼの反乱」。 皇帝の前にたどり着いたディーゼの前に立ちはだかり、その野望を阻止したレイ・ドーン。『救国の英雄』の胸に去来するのは十二年前にマーリヤとヴェロニカ、そして自らの故郷スーナを焼いた苦い記憶──。

皇帝を救ったレイ・ドーンが領地へ戻ることになった。ドロテアはレイ・ドーンの警護を命じられるが、マーリヤは複雑な胸中を隠せない。ヴェロニカも護送中のレイ・ドーンを尾行して、復讐の機会を窺っていた。その途上、橋が爆破され一行は足止めを喰らい、古城で一泊することになる。レイ・ドーンに近付くウルフラン、そしてヴェロニカ。マーリヤとフリーは彼らと再び対峙する。

ディーゼの反乱の影には常にウルフランの暗躍があった。結局はそれら全てを裏切り、果たして男は何を目的に動いているのか。 事後処理で、ひたすらに反乱者の捜査と摘発の日々が続くドロテアの面々。マーリヤは自責の念にかられながらも職務にあたる。そんな中フリーは、ディーゼに内通したと思われる元王族、クリストフ・ラーンの存在にまでたどり着く。

国内唯一の貿易拠点ベイルンの船島で大量の禁制品と共に、黒の妖精書〝黒の九〟が発見された。確保へ向かうマーリヤたち。一方で妖精学者ダミアンとヴェロニカ、さらにスウィーティーとパトリシアの二人も船島へと集結。三大マフィアの一つ『グイ・カーリン』幹部のイージェイを交え、三つどもえの戦いとなる。

かくて〝黒の九〟を含む黒の妖精書三部がグイ・カーリンの手に渡り、六部が妖精省の管理下となった。九つ揃った時、そこに何があるのか。ヴェロニカの過去を知るダミアンに、マーリヤは反発するが、彼は更なる危険な勢力の存在を示唆する。 フリーは、スウィーティとの司法取引により容疑者リストを入手、グイ・カーリンを本格的にあぶり出し壊滅する作戦にでるが、組織の手は政府内にも伸びていた。

ドロテアの活躍により〝黒の三〟〝黒の六〟が妖精省の手に渡る。残るはグイ・カーリンの四大幹部最後のひとり、イージェイの所持する〝黒の九〟のみ。潜伏先へと向かうフリー、マーリヤらは意気込む。 だがイージェイは、独自の研究により〝培養型妖精兵〟を生み出していた。

アインツ教団。〝黒の妖精書〟が記す〝神獣〟の復活。 捜査の過程でスーナを訪れたマーリヤは〝災いの子〟と呼ばれ疎まれてきた自分と、〝幸いの子〟と呼ばれ誰からも寵愛を受けてきたヴェロニカの真実、そして神獣復活のために必要な素材は何なのか、その秘密を知ることになる。

教団が狙う最後の素材──〝妖精憑き〟。 彼らがそれをひとりでも手にすれば、かつて、古代トゥパール王国を滅ぼしたほどの力を持つ〝神獣〟が甦るという。 そして〝妖精憑き〟であるマーリヤ、レイ・ドーン、ヴェロニカの三人は、教団の陰謀によりロンダキアへと誘導されつつあった。

それぞれの思惑をのせ、暗殺された首相の国葬の車列が走る。 葬儀を強行するレイ・ドーン。それを狙い、妖精兵を率い襲撃をかけるウルフラン。 警護するドロテア。潜むヴェロニカ。それを探すマーリヤ。 そして闘いの匂いに惹かれ──ビーヴィー・リスカーが現れる。

パナム山に大穴を穿ち、神獣が甦る。無差別で徹底的な浄化が人々を襲う。 教団やリスカー隊は壊滅しつつあり、個々の闘いは終わりを迎えつつあったが、神獣を止める手立ては見つからない。 その時。マーリヤは神獣の咆吼のなかに、破壊衝動以外の意志を感じとる。

浄化の光は、妖精武器であれば防ぐことができた。神獣が妖精成体であるならば〝ブラッド・ドーター〟の力で〝妖精器官〟を破壊することもできるはず。マーリヤとヴェロニカは神獣を止めるべく立ち向かうが──。駆けつけたフリーと共に、マーリヤは最後の闘いへと身を投じる。