元セレクターの少女・水嶋清衣は、記憶を巡るセレクターバトルを勝ち抜いた少女・穂村すず子とその友人であるセレクター・御影はんなに会いに行く。新たな戦いの予感を感じ取った清衣は、ふたりとともにかつてバトルを仕組んだ“ブックメーカー”の幻影を追うことに。３人で街をさまようなか、清衣は自分がルリグだった過去を話し始める……。

“繭”のセレクターバトルを終わらせた少女・小湊るう子と接触した清衣。新たなセレクターバトルのはじまりが近づいていることを告げるが、るう子は「力を貸すことができない」と清衣を拒絶する。一方、かつて繭という少女が存在した廃墟の部屋に、ひとりのルリグが立っていた。彼女に「鍵を集めて。絶望の扉を開ける鍵を」と部屋の意思が声をかける。最凶のルリグ・カーニバルはその言葉を受け、顔を邪悪に歪ませた。

３度目のセレクターバトルが幕を開けた。戦いの鍵となるのは記憶のコインを賭けて力を行使する“コインベット”とまだ見ぬ未知のルール“キーカード”。セレクターとなり、ピルルクと再会を果たした清衣は、街をさまよいながら戦いのときを待っていた。そんな彼女に声をかけたのは、かつてルリグだった時のパートナー、蒼井晶。憎悪をむき出しにする晶と対峙した清衣はお互いにカードを掲げ、因縁のバトルを開始する。

リルと再会し、セレクターバトルへと身を投じることになったすず子。勝利の先に、親友・千夏の失われた記憶を取り戻す可能性を見出したすず子は、戦うことを選択する。一方、繭のセレクターバトルに参加していた少女・植村一衣も再びセレクターに選ばれ、元ルリグのセレクター・レイラとの戦いに苦しめられていた。“キーカード”の力に圧倒され、敗北した一衣は新たなルールに従い、ルリグ・緑子を奪われてしまう。

かつてルリグだったセレクターは“アンロック”によって自身もルリグとして戦うことができる。新たなルールを知り、遊月は奪われた緑子を取り戻そうとするが……。そのころ、清衣とはんなはすず子が戦いの場に戻ってきたこと、そして彼女が千夏の記憶を取り戻そうとしていることに懸念を抱く。しかし、すず子の意思とは関係なく千夏もセレクターとして戦いの場へ向かおうとしていた。自らの記憶を取り戻すために――。

千夏をカーニバルの誘惑から救うべく、キーカードに変化したドーナは、自らの身を清衣に預ける。カーニバルが操るクズ子とあーやを相手取り、見事な連携で激しい攻撃をいなすドーナとピルルク。だが、そこへカーニバルが再びコインをベットし――自らを３体目のルリグとして呼び出した！圧倒的な力を持つ３体のルリグを前に、絶体絶命の危機に陥る清衣たち。だが、戦いは姿の見えない何者かの介入によって強制的に中断させられる。

千夏はメルをすず子に託し、るう子とタマは友達を助けるために再びセレクターとなった。だが、無限の声に誘われて新たなる闇が目を覚ます。闇はルリグを失ったセレクター・晶のもとに現れ、清衣との“再会”を望んだ。闇の名は――リメンバ。かつて清衣とともに戦い、願いを踏みにじったルリグだった。カーニバルにとってもイレギュラーな存在のリメンバは、新たなセレクターバトルに何をもたらすのか。

アミカを拉致し、清衣をおびき出した晶とリメンバ。彼女たちの要求は清衣がピルルクとしてフィールドに立ち、一切反撃をしないこと……。友達を人質にとられた清衣は要求に従い、一方的に嬲られてしまう。だが、そこに拿捕されているはずのアミカの声が戦場へ響く。人質がいなくなった晶への反撃を開始する清衣。追い打ちをかけるようにリメンバは敗者がたどる末路を囁く。「消えちゃうんです。この世界から」と……。

千夏の記憶を取り戻すべく、思考を巡らせていたすず子の前にカーニバルが現れ、ある事実を告げる。それは『夢限』――すなわち白窓の部屋が新たな主を選別するために今回のバトルが行われているということだった。一方、るう子のパートナー・タマにも危機が迫る。何者かの声に誘われ、白窓の部屋へと連れてこられた彼女は『夢限』の手によって拘束され、禍々しい扉の向こうに閉じ込められてしまう……。

カーニバルの策略により、るう子とすず子の戦いが始まった。すず子はリルの“オーネスト”やメルの“ベルセルク”といった能力を駆使してるう子の猛攻撃をかわしていく。だが、るう子も負けじと能力を発動させてすず子を追い詰めていく。だが、清衣の機転によってバトルは中断。お互いの誤解が解け、和解するすず子とるう子だったが、そこへレイラとカーニバルがそれぞれ姿を現わした。

メルをアンロックし、２体のルリグとともにカーニバルへと立ち向かうすず子。しかし、カーニバルが持つ能力“ジョーカー”によってすず子たちは翻弄されてしまう。そのころ、レイラと対峙するるう子のもとにはタマが戻り、最強のコンビが復活していた。しかしレイラは、劣勢に陥りながらも不気味な笑みを絶やすことはなかった……。すず子とカーニバル、るう子とレイラ――運命の歯車は終局に向かって回り始める！

るう子が戦いを放棄し、清衣は白窓の部屋の新たな主として“記憶の倉庫”へと降り立った。戦いを渇望する『夢限』の声に対し、清衣は確かな声で宣言する。「セレクターバトルを終わらせるために私は来た」と。だが、そんな清衣の前にカーニバルをはじめとした漆黒のルリグたちが敵として立ちふさがる。勝利をつかむは戦いを望む漆黒の闇か、平穏を取り戻す白き光か――。選ばれ、失い、交差したいくつもの戦いが、終結の時を迎える。