機械いじりが得意な高校生・高槻手綱（タヅナ）は、修理依頼に駆け回る日々を送っていた。ある日、大学部の准教授・槇原長政（マキハラ）からの依頼で、彼の研究室へと訪れる。そこにはベッドで眠り続ける一人の少女が。 何かに導かれるように彼女の指先に触れたタヅナに、どこからか声が降り注ぎ——。

異質な世界――ジグラートで初めてのハンドシェイカーの戦いを経験したタヅナ。 傍らにはタヅナと手を繋いだことで目覚めた芥川小代理（コヨリ）の姿が。 彼女はタヅナと手を放すと、死んでしまうのだという。 突如遭遇した様々な出来事に戸惑いを隠せないタヅナ。 そんな彼にマキハラが驚きの真実を告げる。

マキハラの研究室で定期健診を終えたタヅナとコヨリ。 これからの予定を聞かれ、試してみたいことがあるというタヅナに、コヨリは不思議そうな表情を浮かべていた。 一方その頃三津寺千鶴（チヅル）と東 颯（ハヤテ）はユニット導入の説明を行いに、ある場所を訪れていた。 そこはタヅナの通う学校で――。

チヅルとハヤテ、彼らはハンドシェイカーだった。 願いは、すべてを平等にすること。 ダガー＝シャドウ、ブレイド＝シャドウと名乗る彼らの連携した攻撃に、防戦一方となるタヅナ。 だが彼はコヨリを守るため、ある活路を見出す。 シングル＝ギアを突き立て、疾走するタヅナたちが向かう先は――。

タヅナとコヨリはチヅルたちに誘われ、カクテルコーンの次世代店舗ショールームに訪れていた。最新機器の数々に心躍らせるタヅナ。それは店を出た後も変わらず、様々な考えを巡らせていた。だがふいに、片手にいつもある感触がないことに気付く。なんとタヅナはコヨリとはぐれてしまったのだった……！

北条璃々（リリ）と勝（マサル）と戦うことになったタヅナたち。彼らを傷付けたくないと、戦闘をやめるよう説得したいタヅナだったが、激しい攻撃に守りに徹するしかない状況だった。そんな二人をリリとマサルは遠くから見つめる。彼らの胸の内には、どうしても叶えたい「願い」があった――。

学園祭の準備で学校中が浮き立つ中、タヅナはマキハラの研究室を訪れていた。 マキハラは昔、ハンドシェイカーだった。 先日コヨリを探している時、男から聞かされた言葉。 タヅナはそれを確かめようとしていたのだ。 だがそこで彼はマキハラから驚くべき真実を告げられる――。

ぼろぼろのタヅナと、彼を心配そうに見るコヨリ。 二人は窮地に立たされていた。 前に立ちはだかるのは、きらびやかな衣装に身を包んだ少女と、スーツ姿の男――現役アイドル阿波座こだま（コダマ）と彼女のマネージャーである盛山　響（ヒビキ）。 彼らの手にはニムロデが握られていた。

コダマとヒビキから命からがら逃げのびたタヅナとコヨリ。 その時にタヅナは傷を負い、高熱を出して床にふしていた。 だがまだ勝負はついていない状況。コダマとヒビキが二人を見逃すとは考えにくい。 コヨリを護るため、動けるうちに叩こうとするタヅナを、マキハラが必死に制止するが……

タヅナとコヨリ、二人で力を噛み合わせ、強敵コダマとヒビキを下した彼らは、なぜかカクテルコーンの制服に身を包んでいた。 ぎこちなく来店の挨拶をするコヨリに、頬を赤らめるタヅナ。 事の起こりはコヨリが話せるようになり、号泣するマキハラを前になりだした一本の電話で――。

マキハラの過去を知る男、ナガオカ。 コヨリと見紛う外見をもつマユミ。 彼らは一体何者なのか、そしてなぜタヅナ達の前に立ち塞がるのか。 その理由は今から十五年前までさかのぼる。 ナガオカとマキハラ、彼らはハンドシェイカーのペアとして、戦いに身を投じていた――。

神に最も近い位置にいる長岡大地（ナガオカ）と芥川　檀（マユミ）と戦うことになったタヅナたち。 ナガオカたちのニムロデによって浸食されたジグラートの中で、様々なハンドシェイカーたちとの繋がりを力に、タヅナとコヨリはニムロデをふるう。 彼らはナガオカに打ち勝てるのか。 そしてコヨリの運命は……。 護れ、この手で。