先の戦争に参加したために元の世界に帰りそこねた平賀才人は、異世界ハルケギニアのトリステイン魔法学院でご主人様ルイズ・ド・ラ・ヴァリエールの使い魔として暮らしている。珍しく仲睦まじい両者だったが、才人はルイズにもらった不思議なメガネのせいで、女の子を見てしまう度にルイズにお仕置きをされてしまう羽目に…！一方、トリステイン王宮では、アンリエッタの女王即位のための戴冠の儀式が行われようとしていた。その地下で捕虜クロムウェルに迫る黒い影。そしてパレードの最中、アンリエッタ女王をメガネ越しに見てしまった才人は、ルイズの逆鱗に触れそこで周囲を巻き込む大爆発が起こってしまう･･･！？

トリステイン銃士隊の隊長アニエスより、何者かにさらわれてしまったアンリエッタ女王を秘密裏に救出する任務を負ったルイズたちは、ゼロ戦でラグドリアン湖に向かう。途中キュルケとタバサに助けられながら、なんとか賊に追いついた一行。そこで女王をさらった賊が、一度死んだはずの男である驚愕の事実を知る！その男の存在は幻だと女王に説得しようと試みるルイズたちだったが、何故か女王は説得に応じようとしない。アンリエッタの水の魔法と重なった、その男の風の魔法がルイズたちに凶暴な牙を剥く！

アルビオンとの戦争に備えて魔法学院の男子生徒全員が軍に入隊することになった。使い魔という身分のため学院に男子でただ１人残ることになった才人。そこ にロマリアからきたという転校生ジュリオ･チェザーレが現れた。美形の神官である彼に学院に残った女子はくびったけ。学院の女子たちに飽きたらず、ルイズ にまで手を出そうとするジュリオをよく思わない才人は、ジュリオから剣の試合の申し出を受けてしまう。才人は、己の剣術で勝負するために学院常駐になって いた銃士隊隊長のアニエスに剣の修行を依頼するのだが･･･。

魔法学院に突然現れたルイズの長姉エレオノールは、強引にルイズを実家に連れ戻す。なぜか、才人とシエスタも巻き込まれてお供をすることに…。ルイズを実家で待っていたのは結婚の話だった。女王のために軍隊に入隊を希望するルイズに婚約を強制しようとする両親とエレオノール。しかしルイズに密かな想い人がいることを不思議な力で見透かした次姉カトレアは、すねて隠れているルイズの居場所を才人にそっと教える。才人は中庭に浮かんだ小船で毛布に包まれてひとり泣いているルイズの姿を見つける…。

ルイズのことが心配なのか魔法学院に特別講師として赴任して来たラ・ヴァリエール家の長姉エレオノール。そんな二人のことが心配な次姉カトレアも学院にやって来ることに…。ある日、学院長室から破壊音が響いた。表向きは事故として処理されたが、実は風と水のルビーを狙った賊の仕業であった。状況証拠を分析すると学院内部のメイジの犯行の可能性が高い。オスマン学院長が賊の胸に残した消えない魔法の刻印が唯一の手がかりとなる。内部調査を依頼された才人は、その刻印を探してルイズ姉妹の部屋に忍び込むのだが、突如カトレアの部屋で爆発音が鳴り響く！　駆けつけた才人たちは、胸に火傷を負ったカトレアを発見する！？

ルイズと才人は、アニエスの指令で「魅惑の妖精亭」で待機することになる。久しぶりに再会したスカロンとジェシカは、演劇の公演準備に追われていた。早々にスカロンから店の手伝いを頼まれるルイズたち。なぜかジュリオも店にやって来て、手伝いのルイズと店の女の子たちをはべらせご満悦。それを横目に片付けに追われる才人の目の前に、突然フードで身を隠した謎の女性が現れる。ルイズにも言えずに、その女性の護衛を依頼された才人は、彼女と二人で恋人を装いながら街中を追っ手から逃げる羽目に…。

トリステイン連合軍とアルビオンとの戦況が激化を辿る中、アニエスは前線に赴く前に、自らの忌まわしき過去「ダングルテール事件」について調べるために魔法学院の地下にあると言われる極秘公文書館の閲覧を申し出る。しかし危険だという理由で学院長に申し出を拒否されたアニエスは、ルイズやエレオノールたちに密かに入口の鍵を解除してくれるよう協力を依頼する。しかし、才人からプレゼントされた水兵服に着替えた姿を見せようと才人の後を追いかけてきたシエスタのせいで、ルイズが激怒してしまう!　いつもの大爆発で地下の迷宮に閉じ込められてしまった一行は、出口を探すために地底を彷徨い歩くことに…。

アンリエッタ女王が前線に赴くことを耳にしたルイズは、姫様を助けるため自分も前線に行くと言い出す。その話を聞きつけたエレオノールは、前線行きを阻止するべくルイズを禁固部屋に閉じ込めてしまう。ルイズを戦争に行かせたくないため今回ばかりはエレオノールに賛成する才人は、ルイズの見張り役を引き受けることに…。一方、戦況が芳しくないアルビオンの司令官シェフィールドは、密かに特殊部隊を魔法学院に派遣する。女生徒しかいない学院に闇夜に乗じて忍び込み、難なく学院を占拠した特殊部隊。それにいち早く感づき人質の救出作戦に向かうアニエスだったが、私怨と特殊部隊の隊長メンヌヴィルが関連していることに気が付き、一人無謀な戦いに出てしまう!?

一夜にして学院を占拠したメンヌヴィルたち。メンヌヴィルは、オスマン学院長に人質の命と引き換えにトリステイン連合軍のアルビオンからの無条件撤退をアンリエッタ女王に署名させるよう要求する。一方、禁固されていたため敵から逃れたルイズと才人は、共に無事だったキュルケとタバサ、そしてコルベールと合流する。武力を行使してでも人質を助けに行くべきだと主張するキュルケに対し、執拗に戦いを避けようと促すコルベール。人質救出に専念するという条件で戦闘に加わったコルベールは、炎の魔法を繰り出しキュルケたちを援護する。彼の炎の温度は、メンヌヴィルの過去の忌まわしい記憶を甦らせる。その記憶こそが、アニエスが長年追い続けていた残虐な事件の謎の真相を解く鍵だった･･･!?

アンリエッタ女王にアルビオン大陸の前線まで呼び出されたルイズと才人。一般市民を戦火に巻き込みたくないアンリエッタは、虚無の魔法を使って一気にアルビオン軍を戦闘不能にしてほしいとルイズに依頼する。戦争に荷担したくない才人であったが、渋々ながらもゼロ戦でルイズを最前線まで連れて行くことに…。しかし、ここぞという時にルイズは精神力不足のため虚無の魔法が使えない。さらに敵の竜騎士隊に発見され、空中戦となりゼロ戦は雪山に墜落してしまう。雪山で遭難した才人とルイズは、下山を試みるが、途中、先の空中戦で負傷した敵の竜騎士・ヘンリーを発見してしまう。敵ながら傷ついたヘンリーを見捨てられないルイズと、ルイズの言う貴族の名誉を未だ理解出来ない才人は、ここでも衝突してしまうこと…。

敵軍であるはずのトリステイン軍より食料を供給され、歓迎ムード一色のサウスゴータの街と市民たちは「銀の降臨祭」で沸いていた。しかし戦争に対する考え方の相違から、ルイズと才人の間には相変わらず険悪な雰囲気が漂っていた。そのためかルイズは偵察任務の際、才人ではなくジュリオに同行を仰ぐが、実は「才人を戦争に巻き込みたくない」というルイズの想いを察するジュリオ。しかし、才人の愚痴を言い続けるルイズに対して、デルフリンガーは改めて自分の気持ちを才人に告白するようルイズにけしかける。一方、とり残された才人は偶然にもシエスタとばったり街で再会することに…。ルイズと才人のすれ違いの行く末は果たして…！？

敵の魔法により同士討ちを始めたトリステイン軍の兵士たち。混乱に乗じて攻め込んでくる７万のアルビオン軍。退却すらもままならない状況に、マザリーニ枢機卿はルイズに部隊のしんがりをつとめて欲しいと依頼する。しかし、いくら虚無の使い手とて７万の敵を１人で足止めするという作戦はあまりに無謀で、生きて帰れる可能性はゼロに等しい。しかしルイズは女王のため、ひいてはみんなのためと引き受ける覚悟を決めた。どうしても行かせたくない才人は、最後の別れに乾杯をしようと提案するのだが、逆にルイズが思わぬ提案をしてくるのであった…！？