異世界<アレイザード>で魔王を倒した“はぐれ勇者”凰沢暁月はついに元の世界への帰還を果たす。傍らに魔王の娘・ミュウを連れて…。日本へと戻ってきた彼らを待っていたのは、異世界から帰還した若者の保護を目的とした国際機関｢BABEL｣への入学であった。暁月の行方不明の妹・美兎として学園に通うことになったミュウであったが、入学直前に身体検査という難関が待ち構えていた。異世界の人間であることがバレてしまわないかと不安がる美兎。だが、その不安をよそに身体検査は着々と進んでいき…最後の検査、二人の実力を見るための模擬戦闘へとたどり着いてしまうのであった。

父を殺した人間との共同生活に不安を隠せない美兎。BABELへの入学を翌日に控える晩、彼女は寝入る暁月の枕元に立った。様々な想いが胸を駆ける中、彼女は決意を新たにする―見極めるよ、キミを。キミの傍で―。だが、その瞬間、美兎は寝ぼけた暁月にベッドに押し倒されてしまう。服を脱がされつつも、時計の一撃で何とかピンチを脱する美兎であった…。翌日、正体不明の頭痛に悩まされながら登校する暁月と美兎。暁月は、転校生は空いてる席に座るものだと勝手に着席するが、逆上した席の主・鬼塚に襲いかかられてしまう。これをあっさりと返り討ちにする暁月であったが、騒ぎを聞きつけた風紀委員が現れ…。

暁月の素行の悪さから、クラス委員長の葛葉は生徒会室に呼び出されてしまう。副会長である遥に暁月の素行調査を命じられる葛葉。報告がうまく行かなければ飛び級を解除するという。教室に戻った葛葉の様子を見た暁月は、偶然を装って葛葉に近づいていく。生徒会の命令を全て言い当てる暁月。だが、それを聞いた葛葉は、どれだけ頭が良くても大人にはなれない、本来の学年に戻った方が良いのかもと言いだすのであった。そんな葛葉に対して、暁月は調査の手伝いと称し、葛葉をマンガ喫茶に連れ込み、気の力で葛葉を動けなくしてしまう。―俺がお前を大人にしてやるよ―暁月は怯える葛葉に迫り…。

何者かにプログラムを書き換えられ、制御不能となった戦闘訓練用コカトリスに石化させられてしまった葛葉と千影、そして二人をかばい必死に戦う美兎の前に暁月が現れる。7つのADで巨大な剣を具現化した暁月は、最高レベルに設定されたコカトリスすら簡単に倒してしまうのであった。だが、千影や葛葉、石化されていた生徒たちが元の姿にもどっていく中、一人、プログラムルームのマスターキーを手に焼却炉へと向かう人影があった。まさにマスターキーが捨てられそうになったそのとき、全てを予見していたかのように暁月が現れる。マスターキーを持っていた人物、それは…。

暁月に握手を求めておきながら殴りかかってきた男は、海堂元春と名乗った。高等部Aクラスの万年落ちこぼれと称する海堂は、意味深な言葉をつぶやくと、会わせたい人物がいるから次の月曜日に付き合えと一方的に約束をしていくのであった。その晩、美兎と共にコンビニで買い物をしていた暁月は、美兎のサイズに合った下着や服がない事実を知る。美兎は暁月の妹の服や下着を借りていたのだが、スタイルの合わない服を無理に着ていたのだった。翌日、さっそくショッピングモールへと訪れる二人。葛葉、千影の助けも借りついに下着を取り扱うお店にたどり着くが…。

学期末試験の帰り道、暁月たちの前に突然あらわれた海堂。彼は先日の約束だと言い、暁月一人を連れ出してしまう。海堂に連れられBABEL研究区画のとある建物にやってきた暁月。自動車工場にしか見えないその工房の片隅にあったのは、一台のバイクであった。乗り手を自ら選ぶという精霊駆動式バイク“スレイプニル”。不用意にスレイプニルに触った暁月は雷でその身を弾き飛ばされてしまう。盛り上がる海堂にたいして、まったく興味を示さない暁月であったが、工房の主である久保田博士から、スレイプニルが唯一主と認めるのは暁月の父だけだ聞くと、態度を急変。スレイプニルを乗りこなそうとするが…。

暁月が飛ばされていた異世界アレイザードでは、かつて魔王と戦った三国同盟の首脳会談が行われていた。魔王の娘が別の世界で健在であるという情報がもたらされたのだ。通常であれば考えられないことであったが、その真偽を確かめるべく追っ手を差し向ける事が決定される。一方、暁月たちや生徒会メンバーは、テロ事件で助けた親子からのお礼でビーチへ遊びに来ていた。何やらイベントスペースに人だかりができていることに気づく一同。偶然イベントスタッフのバイトをしていた海堂によれば“渚の水着鬼ごっこ!”というイベントが始まるのだと言う。暁月たちも参加することにするのだが…

アレイザードから送り込まれた追っ手フィル・バーネットが異界の門をくぐり、美兎の捕縛へと動き出す中、BABELではついにランキング戦が開始される。生徒会長である京也とランキング戦最終日の闘いを約束した暁月は、美兎、葛葉、千影とともに、順調にバトルロイヤルを闘い抜いていた。だが、初日の夜、暁月たちの下に京也を除く生徒会の面々が現れる。暁月一人を連れ出した遥たち。遥は様々な想いを込め、一対一の闘いを挑むが、暁月の強さに圧倒されてしまう。暁月の強さを認めた遥は、己のプライドよりも生徒会として守ってきたBABELの秩序を守るため、美奈巳、遼平と共に暁月へと挑むのだが…。

生徒会の面々に連れ出された暁月を心配し、彼を追おうとした美兎たちの前に現れたのはアレイザードから来た追っ手フィル・バーネットであった。一方、生徒会との闘いの最中、異変に気がついた暁月は急ぎ美兎たちのいる野営地に戻ったが、そこには激しい闘いの跡しか残されていなかった。暁月は気の力で葛葉と千影を見つけることができたが、葛葉をかばった千影は重傷を負い、葛葉も辛うじて意識を保っている状態であった。葛葉から美兎がフィルをひきつけるため一人逃げていることを聞いた暁月は、葛葉と千影、他の生徒たちの救援活動を遥たちに任せ、一人で美兎を追いかけるのであった…。

窮地に陥った美兎の元に駆けつけた暁月が見たのは彼女の涙であった。フィルに戦いを挑んだ暁月は、美兎たちを圧倒したフィルとも互角以上の戦いを見せる。だが、美兎を人質に取ったフィルに武器とADを捨てるよう要求されてしまう。素直に要求に従う暁月であったが、フィルの“意志”を聞くと、素手のみでフィルを打ち負かしてしまうのであった…。しかし、戦いが終わると、突然、美兎が何処かへと走り出してしまう。魔王の娘である自分が生きている限り、アレイザードでも、この世界でも無関係な人を巻き込んでしまう――そう思い悩んだ美兎は、すべてを終わらせるため、滝へと身を投じるのであった…。

結界が解けてしまった混乱から未だ回復しないBABELに地を震わすような咆哮が響く。それはアレイザードの邪竜ザッハークの咆哮であった。ザッハークと契約を交わし、その力を得たフィルが自らの体をザッハークのそれへと変化させたのだ。美兎を救うため闘いを挑もうとする暁月であったが、フィルとの戦いで受けた毒が抜け切れず、身体が言うことを聞かない状態になってしまっていた。ザッハークを倒すことができるのは暁月だけだと、暁月の回復の時間を稼ぐために囮となる美兎。遥たち生徒会の面々、傷を負いながらも美兎と暁月を救うためにやってきた葛葉、千影も合流し、ザッハークに挑むが…。

武器を失っても、素手のみでザッハークに挑もうとする暁月。そんな暁月の無茶な行動を美兎は止めようとする。 ―今だ。お前が俺を信じるのは、今だぜ。― 暁月は、美兎にそんな言葉をかけ、美兎はその言葉を信じて自分のADを暁月へと差し出す。遥からも、ADを受け取り、再び武器を顕現した暁月は、ザッハークへと渾身の一撃を振るい、フレアブレスを放つザッハークごと真っ二つにしてしまう。一方でアレイザードでは、会議中のリスティたちに、山の主であったザッハークが死んだことにより秩序を失った魔族たちが争い始たこと、そして、国境沿いに駐留していた部隊が魔族に壊滅させられたことが伝えられる。