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特別環境保全事務局(特環)は、レジスタンス組織『むしばね』のリーダー、レイディー・バードの居場所を突き止めた。特環の支部長・土師の命令により、火種一号指定の虫憑き"かっこう"は、桜架東高校に転校生・薬屋大助として潜り込むことになるのだが…。

大助は、ひとりの少女──杏本詩歌と出会う。初対面のはずなのに、不思議と気持ちが通じ合うふたりだった。「何かあったら、俺を呼んで」と話す大助に、涙を浮かべて微笑む詩歌。だが、その様子を監視し、ふたりの行動を逐一チェックしている者がいた…。

『むしばね』のリーダー・立花利菜は、"ふゆほたる"という虫憑きを仲間にするためメンバーと共に、海浜公園に向かう。いっぽう、その海浜公園で詩歌と会っていた大助は、土師の命令で、レイディー・バードと戦うように命令されるのだが…。

かっこうと対峙するレイディー・バード。そこに割って入ってきたのは、レイディーの仲間・センティだった。レイディーはセンティと共に、その場から逃走。しかし、土師率いる『特環』に阻まれてしまう。攻撃の的となったセンティは、狂気の叫びをあげた…!

利菜を助けるために詩歌は"ふゆほたる"の能力を使うが、昏倒してしまう。明朝、詩歌が目を覚ますと、そこは利菜の部屋だった。共に暮らすうち、次第に心を通わせていくふたり。その頃大助は、真由を撃ったことから四年前の詩歌との出会いを思い出す…。

自称ジャーナリストで大助たちのクラスメイト・皆川あさみは、虫憑きの謎を追い自分のHPにスクープとしてアップしていた。しかし、深夜まで作業するあさみに謎の女の魔の手が迫る。そんな中、利菜は詩歌を放課後の桜架東高校へと連れて来て…。

土師のもとへ、特環中央本部所属の"霞王"が現れた。彼女は"かっこう"へのライバル意識から、"ふゆほたる"捕獲に意欲をみせる。また、あさみは自身に宿る不思議な力が虫憑きの能力とは知らぬまま、その能力で詩歌の秘密に気付いてしまい…!?

あさみが虫憑きになったことを土師から聞かされた大助は、同時に"霞王"があさみのもとへ向かったことを知る。"霞王"と"きりきり"、"C"の三人に襲われるも、必死で立ち向かうあさみ。一方、詩歌の電話を受けた利菜は急いで彼女を助けに向かう…!

霞王によってあさみは欠落者になってしまった。"ふゆほたる"がGARDENを脱走し、桜架市に舞い戻って来ていることを土師から聞かされ、動揺する"かっこう"。いっぽう、級友を失った悲しみを、利菜は絵と詩歌によって徐々に癒されていくが…。

大助、詩歌、利菜の三人はそれぞれの複雑な関係に気付く。詩歌が大助の想い人であり、"ふゆほたる"だと知った利菜は衝撃を受けるが、詩歌を嫌いになることも出来なかった。そして、彼女はすべての欠落者を救うため、"GARDEN"へ乗り込むことを決意する…!

利菜は、"GARDEN"で土師に"虫"誕生の秘密と"ふゆほたる"捕獲計画を聞かされる。一方、利菜が最後に描いた大助の絵を呆然と見つめる詩歌の元に、担任教師に扮していた"大喰い"が現れる。そして"大喰い"が消えた瞬間、"兜"が襲ってきて…!?

対峙する成虫化したナナホシと"大喰い"。大助は利菜を正気に戻そうと、必死に呼びかける。大助の想いが伝わり、意識を取り戻した利菜は、力を合わせて夢を喰いに来た"大喰い"に立ち向かう。すべての虫憑きの心が今、ひとつになろうとしていた…!