瀬名アラタは、LBXプレイヤーなら誰もが憧れる「神威大門統合学園」への転入を果たし、学園がある神威島へとやってきた！ そこで出会ったのは、同じ転入生の星原ヒカル。多くのLBX大会で優勝しているヒカルは、優勝経験の少ないアラタへの態度が冷たい。同じクラスとなったアラタとヒカルだが、クラスにはただならぬ緊張感が漂っていた・・・。やっと授業が終わったかと思った放課後、担任の美都玲奈によって連れて行かれた特別エリアで、２人はこの学園独自の規則を知らされる。それは、LBXを使った戦争シミュレーション「ウォータイム」への参加義務！ そこで目にしたものは学園の地下に広がる直径10kmの巨大ジオラマ「セカンドワールド」であった！ なんだか面白そうだと思う無邪気なアラタと、呆気にとられるヒカル。そんな２人に、玲奈は突然の出動命令を言い渡す。２人は仮想国「ジェノック」の一員となり、クラス委員長・出雲ハルキが指揮する第１小隊としてセカンドワールドへと降り立った！ 初出動に張り切る２人はハルキの指示を無視して敵LBXに猛攻撃をかけるが・・・アラタのLBXに危険が迫ろうとしていた！

どうして命令に従わないんだ！猛烈な勢いでハルキに説教されるアラタとヒカル。そんな様子を見かねた副委員長の鹿島ユノが２人を連れだす。ハルキの怒りに納得のいかない２人だが、ユノになだめられながら着いた先はジェノック所属の生徒たちが寮生活をすごす「ダック荘」であった。食事は小隊ごとに集まって食べるのがルール。そう教えてくれたのは、第１小隊のメカニック・細野サクヤだった。LBXの話題で盛り上がったアラタは、サクヤがメカニックとして信頼出来ることを確信する――。翌日のウォータイム。物資輸送列車の護衛についたアラタたち第１小隊だったが、突然の爆音とともに線路が破壊された！列車から離れるなというハルキの命令に従いながら、敵LBXとの戦闘を繰り広げるアラタとヒカル。その時、アラタのDCオフェンサーの片腕が吹き飛ばされる！まだ戦える！そう思った瞬間、あることがアラタを怯ませた。それは、戦闘でLBXが完全破壊されると学園を退学になるというウォータイムのルール。動きを止めたアラタのDCオフェンサーに敵LBXの銃口が突きつけられる！

授業に遅れる！廊下を猛ダッシュするものの、アラタは不慣れな校内で右往左往するばかり。その時、たまたまその場にいたロシウスの生徒が、アラタの教室を教えてくれた。不思議なオーラをまとったロシウスの生徒は、無表情のまますぐにその場を立ち去ってしまう・・・。５つの小隊すべてが参加となった、この日のウォータイム。狙うは、“バイオレットデビル”の異名で恐れられるガウンタ・イゼルファーが護衛する、ロシウスの長城型要塞「ギガントの壁」完全破壊。アラタたち第１小隊は、ガウンタ・イゼルファーを引きつける囮任務につく。学園始まって以来の最強LBXといわれるガウンタ・イゼルファーとの戦いを待ち望んだアラタとヒカルであったが、その圧倒的な力を前に手も足もでない！ところが、第１小隊全員がロスト寸前の状況で、アラタが放った必殺ファンクション「ハイパーエネルギーボム」がガウンタ・イゼルファーにヒットした！エスケープスタンスだ！アラタ自身も呆気にとられる中、ハルキの叫び声が響く――！下校途中、第１小隊の前に現れたのは、アラタに教室を教えてくれたロシウスの生徒。アラタは、彼こそが学園のトッププレイヤー・法条ムラクであり、バイオレットデビルであることを知る！

今度こそバイオレットデビルに勝ちたいんだ！アラタは、バイオレットデビルとの戦闘でボロボロに傷ついた第１小隊のLBXを、一睡もしないで修理するサクヤの部屋に駆け込んだ。サクヤとの作業を進めるうちに、アラタはハルキが「命令に従え！」と口うるさくいう謎が解ける。かつて小隊長になったばかりのハルキは、作戦ミスによって仲間のLBX2機を失っていたのだ。相手は、あのバイオレットデビル。ロストしちゃったら、それでおしまい。サクヤの言葉が、アラタの胸に突き刺さる――。その頃、バイオレットデビルとの戦闘を思い返して悔しさを噛み締めるヒカルのもとに、ふいにハルキが現れる。アルテミスと違い、セカンドワールドでは作戦の成功が優先される。だからこその指揮系統だというハルキの言葉をヒカルは噛み締める――。次の作戦決行前、第１小隊に新たなLBXが導入された。ドットフェイサー、バル・スパロス、オーヴェインを手に入れた第１小隊がセカンドワールドへと出撃する！

よし、練習だ！バイオレットデビルとの再戦に燃えるアラタは、LBXバトルの練習相手を探す。ハルキもヒカルも見つからず途方にくれるアラタを見て、名乗りでてくれたのはサクヤだった。サクヤのLBXに装備されたバカでかい武器を見てアラタは驚いた。それは、サクヤオリジナルのレーザーキャノンを改造した、その名も『レーザーランチャー』！！その破壊力は凄まじく、フィールドの巨大な岩を一瞬にして破壊してしまう。サクヤならバイオレットデビルと戦う新たな武器を開発できる！そう思ったアラタは、次の日から授業そっちのけで武器のイメージをスケッチする。ところが、必死で考えたアラタの武器もサクヤが見て一蹴。そんなアラタたちの前に現れたのは、勝つためには手段を選ばないと恐れられるロシウスのデスワルズブラザーズだった。アラタに因縁をつけて去っていったデスワルズブラザーズが、その日のウォータイムで第１小隊の前に現れた！LBXの機体数ではジェノック優勢に見えた戦い。ところが、デスワルズブラザーズの圧倒的な戦闘力に、ジェノックは翻弄される。デスワルズブラザーズの強力なフォーメーション・アタックが、アラタたちに襲いかかる！！

やっぱやるしかない！デスワルズブラザーズとの再戦に向けて思案する第１小隊。アラタの考えは、フォーメーションアタックにはフォーメーションアタック！オレたちもフォーメーションアタックをやろうと提案するアラタだったが、メンバーたちは呆れ顔だ。しかし、それ以上の作戦が思いつかないまま、第１小隊はアラタが考えついたフォーメーションアタックの練習を開始する。やるからには真剣なハルキと、成功するかどうかイマイチ不安なヒカル。それでも練習を続けるアラタたち。ところが、ゲンドウやカイトはアラタたちの無謀な作戦には賛同できないという。そして、ウォータイムがやってきた。開始早々、デスワルズブラザーズの正確な射撃に苦戦する第１小隊。一瞬の隙を突いてアラタたちはフォーメーションアタックを決行するが、デスワルズブラザーズのフォーメーションアタックが一瞬早い！危機一髪の状況を救ったのはカイトだった。ゲンドウも援護に出る。そして、体制を立て直したアラタたちのフォーメーションアタックが、デスワルズブラザーズのLBXに炸裂する――！！

今後の攻略対象となったロシウスの都市・エルダーシティ。そこには、最高レベルの製造マシンを有するラボがある。何としても手に入れなくちゃな！ラボがあればサクヤの新兵器開発やLBX整備などの作業レベルが上がると思ったアラタは、サクヤのためにもラボを手に入れてやりたいと意気込む。しかし今回のミッションは、エルダーシティ攻略に先駆け、拠点防衛用に配備された新兵器と言われる「エルドバンド」の調査。この強行偵察作戦は、あらゆるリスクを回避するため第１小隊のみでの作戦となった。作戦ポイントへ降下したアラタたちは、エルダーシティを守るロシウス軍LBXを早々にすべて排除し、エルドバンド調査のため街の中心部へと進もうとする。ところが、どうしてもラボを手に入れたいアラタは、ハルキの命令を無視してエルドバンドの調査ではなく、占領ポイントの確保へ向かってしまう。命令に従え！ハルキの声が響く中、占領ポイントへと接近するアラタ。その時、轟音とともに巨大な要塞戦車エルドバンドが現れた！

何かデカイのをあいつに落とせばいいんだ！ビルの上に設置された巨大な給水タンクをエルドバンドに落とすという、要塞戦車エルドバンドの攻略方法を興奮気味に話すアラタだが、あまりに突飛過ぎる内容にハルキもヒカルもイマイチ不安を拭い去れない・・・。しかも、その作戦は第１小隊だけではどうにもならない。意を決してゲンドウの第２小隊に協力要請を仰ぐアラタたち。協力する条件としてゲンドウは、第２小隊がラボを優先して使える権利を主張する。ラボはサクヤに使わせたいと思っていただけに戸惑うアラタ。しかし、意外にも即答でゲンドウの条件を飲んだのはサクヤだった。ついに開始された、第１小隊と第２小隊の共同ミッション。激しい攻撃をかわしながら、一歩も引くこと無くアラタたちが待つポイントへとエルドバンドを誘い込む第２小隊。ところが、アラタたちはあまりにも重すぎる給水タンクに苦戦していた！既に第２小隊は限界にきている！その時、クラフトキャリアから、サクヤは試作段階のライディングアーマーを投下させた！

メカニックたちがLBXのメンテナンス費に苦心していることを知ったアラタは、自分のシルバークレジットをサクヤに差し出す。しかし、無駄使いの多いアラタの残高は０に近かった・・・。そんな中、ロストしたLBXが集められるLBX塚と呼ばれる場所の話を聞いたアラタは、そこからパーツを拾ってくることを思いつく。だが、そこにはLBXの亡霊が現れる噂があった・・・。門限の時間を過ぎた深夜、アラタはサクヤ、ユノ、ブンタ、リンコとともに寮を抜け出してLBX塚を目指す。目的の場所は近づくものの、その雰囲気に呑まれるアラタたち。そして、噂通りのうめき声が聞こえてくる。亡霊の正体を突き止めてやる！と先行するユノ。しかし次の瞬間響いたのは彼女の悲鳴だった。果たして学園に伝わる亡霊の噂とは？そして、アラタたちの運命は！？

サクヤ、リンコとつきあってるの！？サクヤに送られてきたリンコのメールには、「カモメ公園に来て」と書かれていた。たまたまメールを見てしまったアラタは、告白に違いない！と勝手に盛り上がるが、困った表情のサクヤもまんざらでもない。その話をユノにすると、なんと第４小隊全員でカモメ公園に行こう！ということになってしまった・・・。ところがリンコの話は、先日占領したラボをサクヤが優先して使ってほしいというものだった。告白を期待していた第４小隊の面々もガックリ・・・。翌日のウォータイムで、サクヤはラボでライディングアーマーの開発に集中する。ところが、そこにロシウスの自立型・対LBX兵器「ラージドロイド」が現れた！ライディングアーマーが完成するまで、なんとしてでも守る！激戦を繰り広げる第１小隊であったが、ラージドロイドの攻撃力はすさまじく、バル・スパロスは損傷し、オーヴェインはブレイクオーバーしてしまう。その時、アラタの声がヒカルに響く。俺が囮になるからライディングアーマーを装着して、あいつを仕留めるんだ！仲間ですら信じることのできなかったヒカルであったが、アラタの言葉に心が動く。

神威大門統合学園は試験期間に突入した！試験の結果次第では、シルバークレジットが減らされる上に、猿田の補習授業が待っている！試験対策を怠っていたアラタの脳裏に浮かぶ猿田の姿・・・！慌てて勉強を始めようとするアラタだったが、試験科目である論文には皆が頭を悩ませていた。論文テーマは「LBXが世界にある理由」。LBXは世界にあって当たり前、と感じているアラタたちにとっては難しいテーマだ。インフィニティーネットが使えない神威島にあって、参考資料を手に入れられるのは島にただ１軒の古本屋。そこで、アラタ、サクヤ、ユノの３人は『LBX回顧録　山野淳一郎』という一冊の本を見つけた。ところが、一足早くカイトがその本を買おうとしていた！アラタとカイト、どっちが買うかで揉める２人。LBXバトルで決めるがよかろう。古本屋の店主の一言によって始まったLBXバトルは・・・意外な結末を見せる。山野博士の本、ハルキの過去問題集、そしてヒカルのノートを手にするアラタ。試験に向けて新たな戦いが始まる・・・！

ユノと話をしていたハルキの表情が険しくなった。二つの仮想国『アラビスタ』と『ハーネス』の戦場に“バンデット”が現れ、部隊を全滅させたという。ウォータイムに突然現れたかと思うと無差別攻撃でLBXをロストに追い込み、拠点を占領もせずに去っていく謎の集団・バンデット・・・。この日のウォータイムでのミッションは、ロシウス連合の領地であるタンデムの港の攻略。「奇襲なら任せとけ！」第１小隊とリクヤたち第３小隊による奇襲作戦に、アラタはテンションMAXで声を張り上げる。ところが、タンデムの港に着くと、ロシウス連合が所属不明のLBXと交戦していた。バンデットだ！アラタとヒカルもバンデットとの戦いに巻き込まれていく。一方そのころ、港の反対側に上陸したリクヤは、シンとアキトに援護されながら占領ポイントへと向かう。しかし、その行く手をバンデットが阻む！第１小隊、第３小隊ともに危機的状況の中、バイオレットデビルが現れ、バンデットと戦い始めた！

「お前とアラタは違う」ゲンドウの言葉を思い起こしながら、ヒカルは降り続く雨の中に佇んでいた。「人にはそれぞれ役割がある」幼い日の父親の言葉が重なる。しかし、電話の向こうの上司に謝り続ける父親の姿を見て、ヒカルは反発心を抱いてきた。誰よりも強く、誰よりも上にいること。そう思って戦ってきたヒカルの心が揺れる・・・。その頃、ウォータイムの録画映像を見る玲奈と海道ジンは、バンデットの正体に近づくため、ブレイクオーバーしたバンデットの機体を回収することを決める。タンデムの港から再開したウォータイム。占領ポイントに近い第３小隊を第１小隊が援護する作戦であったが、開始早々、冷静さを欠いたヒカルはバイオレットデビルに猛然と攻撃をしかける。

リクヤたち第３小隊に、新たに２名の転入生が配属された。ところが、２人に対してリクヤの態度は素っ気ない。アラタはいてもたってもいられず、一緒に昼飯食わないか！？と新人たちを誘う。心配で仕方ないアラタは、２人にウォータイムでは気を付けるよう忠告する。しかしそこに、第３小隊のメカニックであるコウタが現れ、第３小隊には構うな、と語る。その日のウォータイムは、ロシウス東端の沿岸要塞“エンジェルピース”の攻略。そこは強力な防衛システムが装備され、空からも海からも近づくのは困難であった――。アラタの思いつきで実行された作戦で奇襲に成功したジェノックだったが、“グレイビースト”の異名をとるエンジェルピース守備隊長、アンドレイ・グレゴリーに行く手を阻まれる。隙を突いて基地内部へと突入しようとする第３小隊であったが…。

第３小隊の連中はみんなリクヤをかばってロストしていく。そう指摘したのはカイトだった。リクヤに対して怒りの収まらないアラタだが、これまでの戦いを振り返ると、第３小隊の隊員たちはみんなロストを恐れていなかったように感じる・・・。そんな中、エンジェルピースでのバイオレットデビルとの再戦を前に、アラタはムラクに宣戦布告をする。今日こそ決着つけようぜ！ロシウスの生徒が多く集まる廊下のど真ん中で叫んだアラタが立ち去ろうとするとムラクが呼び止めた。なんと、ムラクもアラタと決着をつけるつもりでいたのだ。そんなアラタの噂を聞きつけたカイトがアラタとムラクの馴れ合いに不快感をあらわす。ウォータイム開始早々、一騎打ちの体制になるアラタとムラク。激しい攻防戦が続く中、サクヤが完成させた新兵器がクラフトキャリアから投下された！その新兵器を持ってアラタのもとへ駆けたのは・・・カイトだった！

「瀬名アラタさんですよね？サインください！」登校中のアラタは、他の仮想国の生徒から突然サインをせがまれた。バイオレットデビルをブレイクオーバーさせたアラタの噂は学園中に広まり、アラタは一躍時の人となっていたのだ。そんな中、気がつくといつもアラタに熱い視線を送る１人の男子生徒がいた。まさか告白！？ところが、一足早く彼の正体に気づいたのはサクヤだった。学園では知らない者はいない、プロLBXプレイヤー・古城アスカの弟であり、ハーネスの天才メカニックでもある古城タケル！「僕のLBXを使ってみてください！」タケルは、自分が制作したLBX『ヴァンパイアキャット・ミリタス』の力を100%引き出せるLBXプレイヤーを探していた。タケルのLBXを操作したアラタは、その圧倒的な性能に驚く――。そんな事があった翌日のミッションは、ロシウス連合の領土である“ギランの森”の偵察。ライディングソーサで偵察していた第１小隊の前に、森がせり上がり『要塞基地デスフォレスト』が姿を現した！！

翌日のウォータイムまでに巨大要塞デスフォレストの攻略法を見つけること。玲奈から言い渡された課題に頭を悩ますアラタたちだが、ヒカルがあることに気がついた。デスフォレストからギガントの壁は距離が近く、戦いが長引けばそこから援軍を送られる。デスフォレストの前にギガントの壁の攻略が先決だ。第１小隊の提案に納得した玲奈は、全小隊によるギガントの壁攻略命令をくだす。「ギガントの壁、今度こそ落とす！」アラタの意気込みとともに開始されたウォータイムであったが、そこには再びバイオレットデビルの姿が！アラタと決着をつけるため待ち構えていたムラク。激しい攻防戦を繰り広げるドットフェイサーとガウンタ・イゼルファー。その時、突如現れた正体不明のLBXに、ガウンタ・イゼルファーは激しく攻撃され、ロスト寸前に追い込まれる！「やめろ！」アラタの叫びと共に正体不明のLBXに突進したドットフェイサーは、ガウンタ・イゼルファーとともに谷底に落下してしまう。なんとかロストは免れたものの、通信の途絶した2機のLBX。アラタはそこで、ムラクから驚愕の事実を知らされる。

ムラクから知らされた代理戦争の話がどうしても気にかかるアラタは、第１小隊のメンバーとともに玲奈に確認する。真実を教える代わりに仮想国ハーネスとの同盟を成功させること。それが玲奈の答だった。「何でオレたちがそんなこと・・・」と思いながらも真実を突き止めたいアラタは、司令官を見つけに奔る。手がかりは、司令官のコードネーム“ドルドキンス”とハーネスの通信を傍受した音声データのみ。だがアラタは、タケルの顔を見るなり「ドルドキンスに合わせてくれ！」と頼み込む！そんなアラタの大胆な行動に、ハルキやヒカルも呆れるばかり・・・。そんなアラタたちの会話を聞いてしまった第４小隊が、無理やりアラタたちに協力することになった。音声データの解析をもとに突き止めた場所にアラタたちが乗り込むと、そこには玲奈と、あの伝説のLBXプレイヤー『海道ジン』の姿があった！

ハルキがセカンドワールドの裏に隠された真実を告げたことで、ジェノックの生徒に衝撃が走る。セカンドワールドの戦いが『静かな戦争』として現実の戦争の代わりになっているという玲奈の言葉にも実感が持てない生徒たち。そんな彼らの思いに答えたのは、第３小隊に配属されたロイ・チェンだ。かつて、ロイの国は日常的に紛争が起こっていたが、静かな戦争によって知らぬ間に紛争は終了し、平和な街に戻ったのだ・・・。セカンドワールドは、そんなに悪いものじゃない。そう誰もがそう思い始めていた。その時、ロイからさらなる衝撃の真実が伝えられた。過去の第３小隊に配属された生徒たちは全て、東郷リクヤのLBXを守るために、リクヤの父、東郷儀一総理大臣によって送られてきたのだった！リクヤのLBXに隠されているのは、セカンドワールドのシステムを管理しているエリア『ロストエリア』に入ることができる“パラサイトキー”。そして、バンデットの目的はパラサイトキーであることが判明した。「戦おうぜ。セカンドワールドで戦えるのはオレたちだけなんだろ？」アラタの言葉に結束強めるジェノックであったが、彼らにバンデットの魔の手が迫ろうとしていた――！

突如現れたバンデットのラージドロイドの攻撃をなんとか躱し、ウォータイムは終了した。次のウォータイムで退却を提案する生徒たちに対し、頑なに作戦続行を指示する玲奈。生徒たちは、バンデットとロシウス２つの敵を相手にどう戦うか頭を悩ます。その時、何かを閃いたアラタがロシウスの生徒が暮らすスワン荘へと走りだした。ロシウスと協力してバンデットと戦う！そんな思いでムラクの名を叫ぶアラタだったが、ミハイルたちに門前払いをくらい意気消沈する・・・。翌日、バンデットの狙いがデスフォレストであると解析した玲奈とジンがくだした作戦は前日の指示を翻す『全機退却』であった。ところが、アラタはムラクを心配するあまり、玲奈たちの命令に抵抗する。ウォータイム開始早々、全機退却するジェノックとハーネス。ラージドロイド相手に死闘を尽くすロシウスであったが、残る戦力はムラクだけとなった。ラージドロイドの激しい攻撃を受けるガウンタ・イゼルファーを見て、アラタの脳裏にこれまでのムラクとの戦いが蘇る。そして、ロスト寸前のガウンタ・イゼルファーを救うため、ドットフェイサーは再びデスフォレストへと向かう！

ロストエリアこそが、バンデットの狙いだった！ドットフェイサーとガウンタ・イゼルファーに、猛然と襲いかかるグルゼオン！ガウンタ・イゼルファー、そして援護に入ったオーヴェイン、バル・スパロスが次々と倒されていく。負けてたまるかぁ！その時、アラタは周りの風景が止まって見えるほどの驚異的な動きで、グルゼオンに一撃を与える！それは『オーバーロード』と呼ばれる、人間の脳が極限まで活性化し自分以外のすべてがスローモーションに見える状態だった。自分が自分ではなくなってしまうように感じるオーバーロードに不安を覚えるアラタだったが、セカンドワールドを守るためにもオーバーロードを使うことを決心する。そんな中、神威大門に新たな教師『セレディ・クライスラー』がやってきた。ところが、その姿はアラタたちと同年代の少年そのもの。さらに、セレディの言葉に、生徒だけではなく、教師たちにも動揺がひろがる。なんと新たなクラス、すなわち新たな仮想国『エゼルダーム』を作るという。そして、そのクラスには伊丹キョウジが含まれていた――！！

「昼休み屋上で待ってます」アラタの机に置かれていた手紙にはそう書かれていた。まさか告白か！？またしても第４小隊が、アラタの後をつける。ところが、屋上でアラタを待ち受けていたのは、エゼルダームの伊丹キョウジだった。セカンドワールドの真実を知るためにもエゼルダームに来いとスカウトを受けるアラタ。しかし、ジェノックの仲間と強い絆で結ばれたアラタにとって、他の仮想国への移籍など考えられない。アラタは、考える余地もなくキョウジの話を断る。一方、サクヤとタケルはジンから依頼された“オーバーロードに耐えられる新型機”の設計図を徹夜で完成させていた。その日のウォータイム、設計図をもとに新型機の製造が行われようとしていた。ハーネスのラボでその新型機の製造をスタートしていた。ところが、突如バンデットが現れ、ハーネス軍に襲い掛かる。次々とハーネス、ジェノックのLBXが撃破され、ついにはラボが破壊されてしまう―――――。

ドットフェイサー、私に譲ってくれないかな？修理を終えたドットフェイサーをアラタから横取りしたユノ。玲奈の許可もとり晴れて第４小隊のLBXとなった。バル・スパロスも修理が完了し、サクヤとリンコはオーヴェインの新型機を開発しようとしていた。その日のウォータイムは、新型機が完成するまでコントロールポッドで待機するハルキを残し、アラタとヒカルだけでのミッション。楽勝ムードのアラタであったが、またしてもバンデットが現れ、グルゼオンがドットブラスライザーに襲いかかる！激しい攻防を繰り広げる２機。その時、キョウジがオーバーロードを発動させ、圧倒的な動きでドットブラスライザーを攻め立てる！アラタを援護するためバル・スパロスが風魔手裏剣を放ったその瞬間、キョウジたちに仕掛けられた罠によって、ヒカルのコントロールポットがショートした！ハルキの新型機・トライヴァイン、援護に入った第４小隊の猛攻によってバンデットの攻撃を免れたが、ヒカルの身体は大きなダメージを負ってしまう・・・。

あまりにも小国なために、どの仮想国からも相手にされず生き残ってきた国『ポルトン』。ジェノックに同盟を申し込めば断られ、ポルトンの生徒たちも寮でも学校でも肩身の狭い思いをしている。しかし、ヒナコだけは“弱小国”とバカにされることに対し、ふつふつと怒りを感じていた。ある日のスワローで、ヒナコとキャサリンはお互いが敬愛するプロLBXプレイヤーをバカにされたことで、LBXバトルで決着をつけることになってしまう。決着の場所は、なんとセカンドワールド！ところが、勝手に戦いを決めてしまったキャサリンはじめ第４小隊は、玲奈から３日間のウォータイム出動禁止命令をくだされる。そこでキャサリンが思いついたのは、第１小隊との入れ替わり作戦。まんまとヒナコが待つポイントへと降下し、いざ勝負！二人のプライドをかけた戦いが、ついに始まる！！

ヒカルが復帰した。彼の帰還を待ち望んでいたアラタは、第１小隊完全復活！と喜ぶ。ところが、コントロールポッドに乗り込もうとするヒカルに突然のめまいが襲う。何が起きているのかわからないままヒカルは無理をして出動するが、作戦ポイントへの降下で着地に失敗し、さらにはコントロールポッドの中で意識を失ってしまう。ヒカルは事件のショックで、心に傷を負ってしまっていたのだ。その日からヒカルを待ち受けていたのは、猿田による特別教練。ウォータイムには参加せず、戦闘の本質を掴むために猿田との教練の日々が続く。待ってるぜ、俺は。毎日ボロボロになって寮に戻るヒカルに声をかけるアラタは、１番にヒカルの復活を望んでいた。自らのプライドをかけ、教練に励むヒカル。そして長い時間をかけ、ついに戦闘の本質を掴みとる。猿田の許可を得てセカンドワールドへ急ぐヒカル。しかし同時に、第１小隊には危機が迫っていた。

今日からアラタたちのクラスで、セレディによる「公民」の授業が行われていた。しかし、その授業内容にクラス全体に動揺が広がる。世界は一握りの権力者によって支配されている。そして、その現実世界の事実こそが、セカンドワールドから抜けている。“セカンドワールドを疑え”。授業を傍聴していた玲奈が、セレディに鋭い視線をおくる。セカンドワールドの存在を肯定するアラタだが、一方でセレディの言葉に熱心に耳を傾ける者もいた。権力者による支配という言葉に強く反応するカイトの視線の先には、ゲンドウの姿があった――。「見つけたぜ、パラサイトキー」ウォータイムから戻ってきたキョウジは、パラサイトキーを保有しているLBXの特定に成功する。不敵な笑みを浮かべるセレディ。３つ存在するパラサイトキーのうち、１つはセレディたちが持っている。ロシウス連合の１年生、剣菱ワタルにバンデットの魔の手が迫る！！

アラビスタとの戦闘で、アラタはタダシの援護射撃によって危機を免れた。タダシの射撃の腕前は、ハンドガンでありながらも正確に的を仕留める。そんなタダシの腕前に感動したアラタが、ライフルの腕前を見せてほしいと頼むと、途端にタダシの表情が強張った。訳がわからず慌てるアラタ。以前、タダシはノゾミの兄・ハヤテとスナイパーとしての腕を競っていた。そんなある日、ウォータイムで敵として現れたハヤテをタダシは狙撃してロストさせた。それ以来、タダシはライフルを持たなくなったという――。翌日のウォータイムで、拠点防衛の任務に就く第１・第５小隊にアラビスタが攻めてきた！ビルの陰に身を潜める各機体を敵のスナイパーが狙う。「タダシに頼るしかないんだから！」ノゾミだけではなくカイトもタダシが、過去から立ち直ることを期待していた。過去のトラウマに苦しむタダシであったが、サクヤとブンタが開発した新型ライフルを手にしたタダシのDCオフェンサーが、敵のスナイパーを撃ち抜いた！！

多くの戦力を失ったロシウスは、当面の間、領地の防衛に専念することになった。そんな矢先、ロシウスの拠点・ローズシティにバンデットが現れた！狙いは、パラサイトキーを持つワタルのLBX。次々とロシウスの生徒たちが倒される中、残ったグレゴリー小隊とムラク小隊、そしてワタルが必死に応戦する。その時、セレディが操作する謎のLBXによってワタルのLBXは破壊され、パラサイトキーが奪われてしまった！バンデット壊滅のためローズシティに向かっていたアラタたちは、ローズシティの所有権が移ったという情報から、バンデットの正体がエゼルダームであったことを知る。学園全体に動揺が広がり、ウォータイム終了後、各仮想国の司令官が集まる。「こんなことが認められるんですか！」クロスキー司令官がジョセフィーヌに詰め寄るが、子供による代理戦争であるセカンドワールドの事実を世間に公表するというセレディの脅迫によって、エゼルダームの行為は正式に認められてしまった。そして、情勢が大きく変わるなか、ジェノックに新たな生徒たちが配属される。

ムラクたちのジェノックへの配属をアラタだけではなくクラス全体が歓迎した。しかし、自分が製作したガウンタ・イゼルファーが、アラタたちのLBXに負けたことがメカニックとして許せないカゲトは、誰の力も借りずムラクのための新型機体を開発すると言い放つ。入学以来、カゲトのメカニックとしての技術力に注目していたキヨカは、本音で語り合うことでカゲトの心を開き、その開発に協力する。数日後、ウォータイムのブリーフィングに遅れてきたカゲトが見せたのは、ついに完成したLBXマグナオルタス！今回のミッションは、エゼルダームの拠点となってしまった、旧ローズシティ、要塞『ジーク・ギガンテス』の制圧。第１・第３、そしてマグナオルタスを手にムラクたち第６小隊が出動した。ところが、主要部隊がいないと思われていたジーク・ギガンテスにキョウジたちのLBXが姿を現す！リクヤのLBXにパラサイトキーが存在することを知ったキョウジたちが、一斉に攻撃をしかける。リクヤのLBXを必死で守るジェノック各機。キョウジとの一騎打ちとなったムラクだが、マグナオルタスの必殺ファンクションがグルゼオンに炸裂する！！

リクヤのLBXが綾部によって持ち去られた。セレディ、そして綾部さえも、世界中で爆破事件や誘拐事件を起こしているテロリスト集団「ワールドセイバー」の一員だったことが判明した。セレディの狙いはロストエリアに存在する、各国の軍事力・開発力・生産力をはじめとした機密情報が記録された「アンダーバランス」。校内放送を使って、セカンドワールドを支配者層から世界を解放すると言い放つセレディ。さらに、セレディは驚愕の事実を玲奈に突きつけける。「美都英輔博士はロストエリアに閉じ込められている」玲奈が、神威大門統合学園の教師となった理由は、神威島で消息を断った父親、美都英輔の手がかりを探すためだった・・・。セカンドワールドを守る意味があるのか？生徒たちの間に不安と疑念が入り混じり、何を信じていいのか分からない状態になっていた。アラタでさえもウォータイムへの参加に戸惑いを隠せない。「俺たちは俺たちの戦いを戦う。自分たちの判断で」ムラクの言葉にアラタの気持ちが揺れる。ウォータイムの時間となり、エゼルダームの空中空母ドル・ガルーダが、ロストエリアの制圧に向けて不気味に浮上を始めた――！！

「頼むみんな！力を貸してくれ！」全校生徒に向けた校内放送で、アラタは力の限り叫んだ。エゼルダームとの戦いを決めたアラタたちは、全仮想国の生徒たちに協力を呼びかける。集まった各国の小隊長たちを前に作戦を説明するハルキ。地上に配置したロシウス、アラビスタなどの部隊が敵LBXを陽動。その間にジェノックとハーネスの全小隊が、エゼルダームの空中空母ドル・ガルーダにクラフトキャリアから上陸する「奇襲降下ミッション」だ。生徒だけによる戦いの準備は夜を徹して行われ、その熱気は衰えることなく決戦のウォータイムを迎える――。ロストエリアに近づいたドル・ガルーダから次々とLBXが発進していき、ジェノックとハーネスの各小隊が着艦に成功する。ところが、ドットブラスライザーの前にグルゼオンが現れた！グルゼオンのパワーに圧倒されるドットブラスライザー。キョウジは、オーバーロードを発動していた！その時、サクヤが開発したドットブラスライザー専用支援機「ドットフェニックス」が、グルゼオンに強力な一撃を与えた！！

テロを正当化するセレディに激しい怒りを覚えるアラタは、ドットブラスライザーで連続攻撃をくりだすが、ファントムはそれをことごとく躱す。「アラタ！合体だ！」サクヤの声に素早く反応するアラタ。ドットブラスライザーは、ドットフェニックスと合体して「ドットブラスライザー・ジーエクスト」となった！ドットブラスライザー・ジーエクストの必殺ファンクション「真刀・カムイ」がファントムを狙う。そしてその巨大なビームソードはドル・ガルーダの船体を切り裂いた！そのままドル・ガルーダは大爆発を起こし、３つのパラサイトキーも消え去る――。パラサイトキーは消えてしまったが、美都博士を救出する方法を模索するアラタたち。しかし、セカンドワールドが必要なくなれば、学園の存在意義もなくなってしまう。純粋にLBXの腕を磨く場所として学園を残したいと思うアラタたちは、神威大門統合学園を存続させる方法を考える。セレディとエゼルダームの生徒たちは退学処分となった。彼らが、神威島の連絡船に乗り込もうとした瞬間・・・！セレディの事件は、まだ終わってはいなかった！！

神威島がセレディたちによって占拠された！潜水艦から現れた無数の兵士たちに取り囲まれ、銃を突きつけられるアラタたち。セカンドワールドを２４時間稼働させ、ウォータイムの開始と終了はすべて自分の意志で決定するというセレディ。しかし、それは生徒たちに必要以上の緊張状態を強いるだけではなく、セカンドワールドの一部となっている美都博士の命の危険もあった。そんな中、ドル・ガルーダの爆発とともに消え去ったと思われていた３つのパラサイトキーは、パーフェクトマスターキーとしてファントムの中に存在していることが判明した！ロストエリアへと向かうセレディをドットブラスライザーで追うアラタ。しかし、その行く手をファントムが阻む！オーバーロードを発動させて戦うアラタだが、次々と増援されるワールドセイバーのLBXを相手に、体が限界に近づく。その時、バル・スパロスがアラタの前に現れた。「僕はセレディ先生についていく」カイトはワールドセイバーの一員となってしまった――！ロストエリアへと侵入したセレディは、美都博士の姿を確認した。そして、セレディはついにアンダーバランスを手に入れた！！

アラタが目を覚ますと、そこにはジェノックのメンバーが揃っていた。「カイトは！？」カイトとのバトルを思い出したアラタだったが、カイトがワールドセイバーの一員になったことを知りショックを受ける。仲間だったカイトとは戦いたくない。誰もがそう思っていた・・・。セレディに勝つためにはオーバーロードが必要だと言い張るアラタに、ジンはオーバーロードを続けると精神崩壊の危険性があると伝える。翌日、セレディがウォータイムの開始を告げた。戦いの場所は、ロストエリア！美都博士の命を救うためにもワールドセイバーとの戦いは避けられない。ついに、世界連合軍とワールドセイバーとのバトルが始まった！ドラガンゼイドの進化型・サイロンガーダーに狙われたキャサリンを助けるため、リクヤ、ロイ、アカネの３人がロストした。その瞬間、３人のコントロールポッドから煙が立ち込め、悲鳴が聞こえる！ロストすると毒ガスが発生するセレディの罠だった！その様子を見て不敵に微笑むセレディ。「人が死んでるんだぞ・・・」怒りに震えるアラタはオーバーロードを発動させ、ファントムに襲いかかる！！

セレディの攻撃によって、世界連合軍の多数のLBXが破壊された。同時に、ロストしたプレイヤーのコントロールポッドにガスが充満し、無数の悲鳴が飛び交う！その様子に言葉を失い呆然とする玲奈やジン、そしてアラタたち。ワールドセイバーとの激しい戦いを繰り広げる中、ウォータイムの終了が告げられた――。生き残った者達は、すぐにロストしたプレイヤーのコントロールポッドに駆け寄るが、そのハッチは開くことはなかった・・・。仲間の死を目の当たりにして、誰もがセレディとの戦いに恐怖を感じていた。オーバーロードの影響で極限状態のアラタは、それでもオーバーロードを使ってセレディと戦おうとする。ジェノック司令室で一人佇む玲奈の前に、不意にキョウジが現れた。「美都博士のところ、行けるぜ」キョウジの言葉に不信感をあらわにする玲奈。それでも、玲奈はキョウジに案内され、セカンドワールド内部へと進む。その頃、セレディは次のウォータイムを始めようとしていた。その攻撃目標は、美都玲奈であった！！

セレディがウォータイムの開始を告げた。世界連合軍、ワールドセイバー双方にくだされた指令は、セカンドワールド侵入者の排除。攻撃目標としてモニターに映しだされたのは玲奈だった！「セレディの命令など聞く必要はない」ハルキの指示のもと玲奈を救出するためアラタたちは再びセカンドワールドへと出撃する。立ちはだかるカイトのLBXを撃破した直後、アラタは得体の知れない気配を感じる。その瞬間、ドットブラスライザー・ジーエクストが突然の攻撃を受けた。それは、セレディへの恨みを晴らすために現れたキョウジのグルゼオンだった。オーバーロードを発動したキョウジの攻撃に圧倒されるアラタ。その時、ドットブラスライザー・ジーエクストを守ろうとしたゲンドウのオーヴェインが、グルゼオンに破壊された！コントロールポッドにガスが充満し、ゲンドウの命を奪い去る。怒りが頂点に達したアラタは、ついにオーバーロードを発動させた！だがそこに、今度はディ・エゼルディが立ちはだかる――！

「戦争のない世界を作るって言ってたじゃないか！」アラタの叫びにセレディは、戦争は決してなくなることはない、と断言する。世界を変えることができるのは、オーバーロードを持つものであり、一緒に世界を変えようというセレディ。しかし、アラタはオーバーロードを解除し、セレディを倒すために最後の力を振り絞る！アラタを援護するムラク、ヒカル、ハルキ。ドットブラスライザーの強烈な一撃がディ・エゼルディに叩きこまれる――！「あいつを止めなきゃ！」コントロールポッドを飛び出し、セカンドワールドへと向かうアラタ。ところが、セレディは想像を絶する姿となっていた…。新しい朝を迎えたその日、アラタの決断に全員が驚きを隠せずにいた。それは、アラタなりに考えて出した答えだった。神威大門統合学園は変わろうとしていた。生徒たちはそれぞれの決意を胸に、新たな道を歩み出す――。