困難を乗り越え、強い絆で結ばれたるちあと海斗。海斗とラブラブに過ごしたいるちあだったが、海斗は、自分を見つめなおすために、ハワイへの留学を決意する。束の間の別れを惜しむるちあ。少しの間だからと、お互いの想いを確かめ合ったのも束の間、海斗を送り出したその夜、るちあは不吉な夢を見てしまう…。

留学先のハワイで高波にさらわれ、行方不明となってしまった海斗。単身ハワイに向かったるちあの前に、復活したブラック・ビューティー・シスターズの罠が待ち受けていた。暗い洞窟の中、ピンチに陥ったるちあは不思議なオレンジの光に導かれる。それは、インド洋のマーメイドプリンセス、沙羅の光だった…。

海月先生の旅立つ日が近づいていた。別れの日を前に、先生は曲を作っているという。想いを伝えたい波音だったが、上手く伝えることができずにいた。せめて、別れの日に気持ちを伝えたい… そんな波音の前に、ブラック・ビューティー・シスターズの放った水妖が現われる。このままじゃ、先生の出発に間に合わない!?

リナのもとに北大西洋から使者がやってきた。 国では人々がリナを待ちわびているという。思い悩むリナだったが、そんな時、近くの学校に通う高校生、浜崎雅宏と知り合った。二人はなんだかイイ雰囲気になりそう!? 一方、北大西洋からの使者に目をつけた、ブラック・ビューティー・シスターズが、リナを罠にはめようとしていた。

るちあは、世界的なマエストロ、 天城リヒトのコンサートに招待された。壮麗な音楽と、マエストロのかっこよさに、うっとりするるちあと波音。しかし、街では、不気味な音楽が、人々の心を暗い気持ちに導いていた。それは、マーメイドプリンセスをおびき出すための罠だったのだ。

行方不明のはずの海斗が帰ってきた。 大喜びで抱きつくるちあだったが、海斗の様子がおかしい。海斗はるちあのことを憶えていないのだった。ショックを受けるるちあの前に、マエストロ、天城リヒトが現れた。一方、リナの前には高校生の浜崎、そして、海月先生の楽譜をなくしてしまい、落ち込む波音の前には、楽譜を拾った下級生の男の子が現れて…。

海斗に忘れられてしまったショックから、立ち直れずにいるるちあ。そこに、インド洋のマーメイドプリンセス沙羅と、その後継者である星羅が現れた。ついに、星羅が誕生する時がきたのだ。るちあは星羅の誕生に立ち会うために、インド洋に向かう。しかし、星羅を狙う、ブラック・ビューティー・シスターズもまた、インド洋に向かっていた…

友達にサーフィンに誘われた海斗。しかし、記憶を失った海斗は、自分がサーファーだったことを思い出せない。波音とリナは、これはチャンス！とばかりに、海斗をけしかける。 サーフィンをすれば記憶が戻るかもしれない、という考えだ。いつのまにか、海斗も乗り気になっていた。一方、るちあは何か考えているようなのだが…

近頃、波音は音楽室でピアノの練習をしている。海月先生から贈られた曲を、弾きこなしたいのだ。 しかし、なかなか上手く弾くことができない。そんな波音に恋する渚は、波音にピアノの教則本を手渡した。なんだかんだと言いつつも、波音はもらった本を使って、練習をしているようだ。 役に立つことができて、少し嬉しい渚だったが、大きな勘違いをしてしまい…

リナが知り合った男子高校生、浜崎のボクシングの試合が近づいていた。試合を見に来るよう、誘われるリナだったが、故郷である北大西洋の国では、夏を迎えるための大切なお祭りの準備が進んでいた。そのために、かれんとのえるも手伝いに来ているという。それを聞いたリナは、一度、故郷に戻ることを決めるが、お祭りの日と浜崎の試合の日程が重なってしまった。

ある日、るちあは、みかるの兄、天城リヒトから、みかるを誘って遊びに行ってほしいと頼まれた。 さらに、リヒトは、海斗を誘えばみかるもついて来る、 と奇妙なことを言うのだ。戸惑うるちあだったが、波音とリナは、るちあが海斗と遊ぶチャンス！と盛り上がる。波音の強引な誘いにより、みかると海斗を誘い出すことに成功するが、リヒトの真意は一体…？

南太平洋のマーメイドプリンセス、ココがやって来た。 るちあたちを、不思議な「銀色の巻き貝」探しに、誘いに来たのだ。それは「海の墓場」と呼ばれる怪しげな場所にあるらしい。るちあたちはその巻き貝を探しに行くが、何だか様子がおかしい。不審に思うるちあだったが、そこに、ブラック・ビューティー・シスターズが現れて…

浜崎からデートに誘われたリナ。嬉しいはずのデ ートなのに、リナには気がかりなことがあるようだ。それは、浜崎が自分自身については何も語らない、ということ。ところが、ある日、リナは偶然にも、浜崎が財閥の御曹司であることを知ってしまう。なぜ、彼は何も話してくれないのだろう？ もしかして、私に声をかけるのも、ボクシングやバイクと同じように、彼のきまぐれなの!?

学校生活にも慣れてきた海斗。しかし、依然として記憶は戻らないままだ。そんなある日、るちあを気遣うリナは、海斗を海辺の洞窟に連れ出した。そこは、るちあと海斗の思い出の場所。何かを思い出しそうな感覚に、海斗はとらわれる。しかし、みかるを乗せた船が沖に流されてしまい、助けようとした海斗自身も、波にのまれてしまう…

パールピアリに、南極海のマーメイドプリンセス、かれんの使いがやってきた。南極海で、異常な現象が起きているというのだ。異常な温暖化で南極の巨大氷が溶けだし、このままでには地上が水に沈んでしまうかもしれない、もしや、これはミケルの仕業では！？事実を確かめるためにるちあ達は南極海のかれんのもとへと向かった…

真木さんの海の家では、最近、お客さんが減る一方だ。近所に新しいリゾートクラブがオープンしたせいだ。このままでは、真木さんの海の家がつぶれてしまうかも!? るちあにとって、この海の家は、大切な海斗との思い出の場所。絶対に失いたくない場所なのだ。そこに、三人のマーメイドプリンセスたち、かれん、のえる、ココが遊びにやってきた。るちあは、みんなに助っ人を頼むのだが… さて、お客さんを呼び戻すことができるのだろうか?

海辺のホテルで各界のセレブを集めたパーティーが開かれるらしい。るちあと波音は盛り上がるが、招待されたセレブしか入れないと知ってがっかり。そこに、渚が招待状を持って現れた。普段ならに相手しない波音だが、噂のパーティーに行けるというならと話は別、とゲンキンなもの。その様子を見ていた、かれん、のえる、ココは、パ ーティーまでに波音と渚をくっつけちゃおう！と画策をはじめる。だけど、いまいちずれた作戦ばかりで…

パールピアリでは、集まった六人のマーメイドプリンセスがのんびりと暮らしていた。ところが、ある朝目覚めると、なんだか様子がおかしい。ヒッポが外に出てみると、パールピアリが不思議な白い球体に包まれているのだ。そういえば、にこらとタキさんの姿が見えない。しかも、寝る前の記憶がないかも？ 一体この状況は何なのだろう…？

海のドクターと呼ばれる大王イカの王様、染五郎の国がブラック・ビューティー・シスターズに襲われた。染五郎が持つ、生命力を活性化させるパウダーが狙われたのだ。海の世界のピンチに駆けつけたるちあたちだったが、染五郎のパウダーに間違って浴びてしまい、なんと、おばあちゃんになってしまった！

恋人のいない、かれん、のえる、ココの三人組は、他人の恋が気になって仕方がないようだ。今日は、リナと浜崎の恋のネタにしている、あの二人は放っておいたら進展しない！と、盛り上げる作戦を開始した、三人は浜崎の行動を探るが、女の子にモテモテの様子を見て怪しむ、そこで、かれんは浮気調査とばかりに浜崎に近づくが…

あひる、るちあは海斗の部屋の合鍵をみつけた。あれは、記憶を失う前の海斗がるちあに預けたもので、すっと箱の中にしまっていたのが。波音たちの勧めで、るちあは海斗の部屋を掃除しに出かけるが、そこで偶然、海斗と鉢合わせてしまう、思いがけない出来事に気持ちがたかぶってしまったるちあは、抑えていた想いをぶつけてしまう。

リヒトの家を通りかかったるちあは、古いオルゴールを手渡された。なんだか、由来がありそうな品だ。るちあはパールピアリに持ち帰るが、その夜、パールピアリの周りに怪しい気配が…。もしや、このオルゴールを狙う泥棒！？マーメイドプリンセスたちは対泥棒用のトラップをしかけるが…。泥棒の目的は一体なに！？

リヒトのコンサートに招待されたるちあ。しかし、そこには海斗とみかるも来ていた。二人の並んだ姿を見て、るちあは心を痛めるが、海斗から、リヒトの家を出ることを決めたと、告げられる。一方、ミケルの御使いたちとブラック・ビューティー・シスターズは、かつてない危険な罠をコンサート会場にしかけていた…。

海斗がみかるの家を出ないことを知って、るちあはショックを受ける。悲しみを堪えて、明るく振舞うるちあに、リヒトは優しくするのだった。苦しい恋の海斗よりも目の前の優しいリヒトに、るちあはついて行ってしまうかも！？と、波音とリナはソワソワ。気分の晴れないるちあを励ますために、カラオケでパーッと遊ぼう！と提案する。ところが、新しくできたカラオケボックスに、マーメイドプリンセスの歌が入っているみたいで…。

落ち込んでいるるちあのために、波音は恋の占い館を見つけてきた。すごく当たりそうな雰囲気だ。そこで不思議な占い師から授けられたおまじないは、るちあの一番大切なものを海に流せば海斗の記憶が戻る、というものだった。そんな馬鹿なことはしないよ…と、るちあは言うけれど、心のどこかに信じたい気持ちがあって…。

浜崎とデート中にアイドルにスカウトされたリナ。アイドルなんかに興味のないリナに代わって、浜崎が断ってくれた。しかし、浜崎の本心は、アイドルになったりしたらリナがますます遠くなってしまいそうで、不安なのだ。マーメイドプリンセスであるリナは、浜崎に自分のことを話せない。これ以上一緒にいても辛いだけだ、と思いはじめる。一方、人間界に遊びにきていた、ミケルの御使いのあららもアイドルにスカウトされた。

ブラック・ビューティー・シスターズの作戦は、今日も失敗してしまった。シスター・シェシェは、シスター・ミミに辛くあたってしまう。腹をたてたミミは、一人でもマーメイドプリンセスを捕まえてやる! と、飛び出した。人間界にやってきたミミだったが、マーメイドプリンセスが都合よく現れるわけもなく、途方にくれてしまう。行くあてのないミミを助けたのは、人間の姿のるちあだった…。

るちあたちは社会科見学で植物園に行くことになった。相変わらず、仲が良さそうな海斗とみかるを見て、心を痛めるるちあ。でもバスの中では海斗の隣に座ることができて、ちょっぴり幸せだ。おまけに、美人でおもしろいバスガイドさんとリナのコントで、バスの中は楽しい雰囲気になった。だけど、 そのバスガイドさんの正体が実は・・・。

ブラック・ビューティー・シスターズは憂鬱な日々を過ごしている。なぜなら、マーメイドプリンセス捕獲作戦が失敗ばかりで、もう後がないのだ。おまけに、ペンギンのヒッポにしてやられる夢まで見てしまい、とにかく気分は最悪。ところが、シスター・シェシェは頭の中に、ある作戦が閃いた。いつも肝心なところで邪魔に入る、あのペンギンを先に捕まえてしまえば、マーメイドプリンセスも簡単に捕獲できるかもしれない！

リナと浜崎はクルーザーでデートを楽しんでいる。だけど、浜崎は時々不安になる。それは、リナが遠い目をすることが多いからだ。リナが遠くへ行ってしまうように思えて、とても不安になるのだ。その日の帰り道で、リナは「もう会うのはよそう」と浜崎に告げた。訳が分からず呆然とする浜崎を残して、リナは一人で去ってしまう。

波音もようやく渚のことを男の子として認めたようだ。近頃、二人仲良くデートすることが多くなった。そんなある日、ドイツに留学中の海月先生からの手紙が波音のもとに届いた。それ以来、ぼーっと何かを考えていることが多くなった波音。心配するるちあとリナをよそに、渚は波音をドライブに誘った。

海斗がサーフィンの練習を始めたらしい。もしかしたら、何か思い出しはじめたのかもしれない。密かに、期待に胸を膨らまするちあ。そこに、海斗がサーフィン練習のために食べるお弁当を作ってくれないか、とるちあに頼みに来た。嬉しいるちあとは対照的に、みかるは不満そうに二人を見つめていた…。

ついに記憶を取り戻した海斗は、 みかるを振り切ってリヒトの家を出た。みかるは心身ともに打ちひしがれた状態になってしまう。一方、ミケルの状態も悪化していた。拒絶反応を抑えるには他の生命体を取り込むしかない。そこで、ブラック・ビューティー・シスターズがミケルの前に呼び出された…。

目を疑うほど元気になったみかるは、サーフィンを教えて欲しい、と海斗に頼む。しかし、記憶が戻った海斗は、るちあと誕生日を祝う予定なのだ。るちあと海斗の様子をみ見て、気分を害したみかるは、体調を崩してしまい、海斗に家まで送ってほしいと取りすがる。海斗と気持ちが通じ合っているるちあは余裕の表情だが…。

海斗を待つるちあのもとにリヒトが現れた。みかるの具合が悪くなったため海斗が戻れなくなったというのだ。一方、みかるは夢の中で、大きな白い羽根を持ったものに語りかけられる。みかるは自分自身が何者なのかわからなくなってしまう。 海斗は不安に震えるみかるをなだめるが、海斗もまた、みかるについての疑惑を隠せずにいた…。

ついに実体を手に入れたミケル。るちあたちは新しい歌で対抗しようとするが、完全体となっ たミケルには通用しない。マーメイドプリンセ ス達をも吸収して、さらなる力を得ようとするミケルの前に、為す術を持たないるちあたちは、絶体絶命の大ピンチ!!

みかるを傷つけることができないという海斗に、るちあはマーメイドプリンセスとして戦うことを決意し、別れを告げるのだった。ミケルとの決戦を前に、波音とリナも、それぞれ別れの時を過ごしていた。一方、完全体になったことで増長するミケルだが、ある秘密の存在があきらかになっていく…。

倒そうとするから歌が届かない…ミケルを助けてあげて!と星羅は訴えた。海斗とリヒトも合流し、ふたりはとり込まれたみかるの心に語りかける。海斗とリヒトの言葉は、そして、マーメイドプリンセスたちの歌声は、ミケルとみかるの心に届くのか!?