北海道・鵡川のビンボー牧場『みどり牧場』の期待を背負って生まれた桜花賞馬『ミドリコ』の仔馬は、まるで犬のような姿の白毛のチビだった。牧場主の『飯富源次郎』は仔馬を処分しようと考えるが、息子の『勝』はそれを必死で止める。実はこの仔馬は見た目に似合わず物凄いスピードとパワーを持っていたのだ。

借金のカタに連れていかれた母・ミドリコに会うために牧場を飛び出した『チビ』は、『ひげ牧場』に向かう森の中でネズミの『チュウ兵衛』親分と出会い、『うんこたれ蔵』という名前をつけてもらう。たれ蔵とチュウ兵衛はさまざまな困難に遭いながらもひげ牧場を目指す。

母と再会した『たれ蔵』。だがなぜか母は冷たい。ふとしたことで母の思いを知ったたれ蔵は、「強い競走馬になる！」と母に約束し牧場へと帰ってくる。その頃、源次郎の兄で調教師の『昌虎』が、自分の厩舎に入れる馬を見に牧場にやってくる。そこでたれ蔵を見た昌虎は…。

借金依頼のため、金持ち牧場『本多リッチファーム』に向かう源次郎に内緒でついてきたたれ蔵は、そこで期待の4歳馬『スピードボール』と互角のレースをする。だがその時、たれ蔵たちの横を物凄いスピードで走っていった馬がいた！

本多リッチファームの期待馬『カスケード』とレースする事になったたれ蔵だが、源次郎はミドリコが惨敗したレースを思い出す。しかもその負けた相手はカスケードの亡き母だった。源次郎はレースをやめさせようとするがたれ蔵にその気はなくレースは始まる。ところがカスケードの強さは同じ2歳馬とは思えぬほど桁違いで…。

レース中に倒れたたれ蔵は、獣医の診断で競走馬がレース中に起こす事がある『心房細動（しんぼうさいどう）』であることがわかった。だが源次郎は、「レースに負けたことと倒れたショックで、もう、たれ蔵は走らない」という。

競走馬になるべく練習をするたれ蔵だが、体が小さすぎて背中に乗れる騎手がいない。そんな時たれ蔵は、騎手『山本菅助』に出会う。早速、菅助を乗せての特訓が始まるが、チュウ兵衛は心中穏やかでない。

プロの騎手、菅助が現れたことで、みどり牧場から出ていこうとするチュウ兵衛。だが、勝の説得で牧場に残ることを決める。年が明けて3歳になったたれ蔵は、勝から『ミドリマキバオー』という名前をもらい『美浦トレーニングセンター』へと向かう。

美浦トレセンでの生活が始まった。実力のあるマキバオー（たれ蔵）は、あっという間に3歳馬たちの親分格になるが、仲良くなった競馬記者『胸尻諸美（むねじり もろみ）』は、たれ蔵の調子に乗りすぎを心配し、『宝塚記念』を勝った馬『アルカロイド』とカスケードの合わせ調教を映したビデオを見せる。

札幌での新馬戦に出場するマキバオー。パドックでのリラックスぶりを見て今回の勝利を確信する勝たちだが、レース直前、ミドリコを連れ去った『堀江』から「ミドリコが自分を捨てた」と聞かされたマキバオーは動揺し、すっかり舞い上がってしまう。

暴走するマキバオー。それを、勝と源次郎が身をていしてとめる。我に返ったマキバオーは大幅な遅れを取り戻すため疾走。途中、堀江の馬『ヒゲサンダー』の妨害にあいながらも勝利への闘志を失うことなくゴールを目指す。

レース中のケガのため菅助が入院。マキバオーとチュウ兵衛は一足先に美浦に帰るが、その日、カスケードが入厩してきた。カスケードはそこで、こともあろうか4歳2冠馬『ピーターⅡ』とのマッチレースに挑戦することになる。ところがレース前夜、何者かの悪質な嫌がらせに遭い背中にケガをしてしまう。

カスケードとピーターⅡのマッチレースが始まった。レースはピーターⅡのペースで始まるが、いつの間にかカスケードによってそのペースは狂わされていた。2冠馬の意地に賭けてレースに勝つピーターⅡ。だが次走の『函館記念』のレース中、ピーターⅡの身に思わぬアクシデントが起こる。

昌虎の言いつけでブクブクに太ったマキバオーは、菅助が退院するとすぐ函館山登りのハード調教をすることになる。そんな時、元・飯富厩舎所属の『木曽騎手』から「飯富先生はフウリンカザン、スーパーコンコルドに続きマキバオーを潰す気らしい」と言われ、菅助はハードすぎる調教に疑問を抱き始めてしまう。

昌虎に反発しとび出した菅助は、ひょんなことで、愛馬『フウリンカザン』の骨折は不幸な事故であった事を知る。さらに、昌虎の馬に対するやさしい気遣いを知った菅助は「もう一度マキバオーの騎手として頑張りたい」と言う。

『函館三歳ステークス』のため練習を重ねるマキバオーだが、その最中、雨の重馬場が苦手なことがわかる。ケガを心配した昌虎は出走を取り消そうとするが、木曽に挑発されたマキバオーは「何があっても出走して勝つ！！」と宣言する。

函館三歳ステークスは天気予報どおり雨になった。昌虎の特訓で泥の中を走れるようになったマキバオーは徐々に順位を上げていくが、作戦に気づいた木曽と、彼が騎乗する外国産馬『ニトロニクス』によって行く手をふさがれてしまう。

ニトロニクスに多量の泥を浴びせられ徐々に後退していくマキバオー。だがマキバオーは焦ることなくレースを続ける。そしてゴール直前で、爪先だけで走るもう一つの作戦『バレリーナ作戦』を繰り出し…。

カスケードが『東京競馬場』でデビューした。だがレース後、派手なウィニングランをやってのけるカスケードに一同は疑問を抱く。そしてその翌週は『京都競馬場』で連闘。同じく派手にウィニングランする姿を見た昌虎は、ようやくその意味に気付く。

マキバオーの次のレースは『京成杯』。このレースには巻き返しを狙うニトロニクス、実力牝馬『アンカルジア』に混じって、ひげ牧場の馬が三頭も出走する。疑問を抱く一同であったが、とうの堀江は何とも殊勝な態度でますます怪しい。そしてレースは始まるが、まもなくヒゲ軍団の悪質な妨害が始まった。

ヒゲ三頭に囲まれ身動きのとれないマキバオー。その横をニトロニクスが追い抜いてゆく。「オレはゴール前で待っている！何が何でも上がってこい！」。その言葉を聞いたマキバオーは、ケガを承知で体当たりをし、ヒゲ軍団の妨害を突き崩す。ゴール前、マキバオーは、ニトロニクス、アンカルジアと死闘を演じ…。

これまで激戦を繰り広げてきたマキバオーだが、ついにカスケードとの再対決の場、『朝日杯三歳ステークス』へと駒を進めることができた。ところが大事な中山入りを前に、ひょんなことから母・ミドリコが病気だと聞いてしまい、心配のあまり、ひとり、母のいるひげ牧場へと向かう。

初めての中山コースを下調べしていたマキバオーは、カスケードが敗北した馬、ピーターⅡの弟『アマゴワクチン』と出会う。その夜、降りだした雨にマキバオー陣営は心配顔。何とかマキバオーを勝たせてやりたいとそれぞれ心を痛め、マキバオーもまた勝つための特訓をしようとする。

カスケードとの再戦を楽しみにしていたマキバオー。なのに当のカスケードはマキバオーなど眼中になく、ムキになってしまったマキバオーは、菅助やチュウ兵衛の指示を無視し、カスケード、アマゴワクチンの先頭争いに加わろうとする。困り果てたチュウ兵衛はマキバオーが母から譲り受けたハチマキを使った荒療治を思いつく。

チュウ兵衛のおかげで冷静さを取り戻したマキバオーは、カスケードとの戦いに勝つため、自ら目を閉じ神経を研ぎ澄ます。そしてチュウ兵衛の的確な判断により、ついにカスケードとアマゴワクチンを捕らえて抜け出した。ところが、兄・ピーターⅡへの思いにつき動かされたアマゴワクチンがマキバオーに競りかける。

必死で競りかけるアマゴワクチン。だがマキバオーはもう限界だ。マキバオーをこれ以上苦しませたくない菅助は、自らの足をムチ打ち、必死でマキバオーを励ます。マキバオー、アマゴワクチンの激しい優勝争いが続く中、一度は沈んだはずのカスケードが、再び闘志を甦らせ二頭に並びかける。

年が明け、いよいよマキバオーも4歳。今年は一生に一度のクラシックレースに挑戦する大事な年だ。そこで昌虎は、知人が住んでいるはずのモンゴルにマキバオーを連れて行き、新たな特訓をしようとする。

ナーダム競馬、三年連続優勝の天馬『ツァビデル』に挑戦するマキバオー。絶妙のタイミングでスタートしたマキバオーはあっと言う間にツァビデルを引き離すが、整備された競馬場でしか走ったことのないマキバオーは、モンゴルの厳しい自然の中でのレースに戸惑い…。

レース前の約束により、昌虎の知人『ドルジ』の所有馬となってしまったマキバオーを日本に連れて帰るため、勝はドルジの息子『ドリグ』と相撲勝負をすることに。ところが勝は負けてしまい、悲しくなってその場から走り出し、いつの間にか森に迷い込んでいた。その勝に狼が襲いかかる。

相撲対決のときに勝が敗北した本当の理由を知ったドルジは、マキバオーの帰国を賭けて今度はふたりをナーダム競馬で対決させる。マキバオーはツァビデルに言われた独自の走りを引き出し今度こそ勝とうとするが、どうしてもいつもの走りしかできない。そんなマキバオーたちの前に現れたのは？

自分たちより遅れて到着するであろう他の馬たちと、その騎手である子供たちを守るためただ一頭、狼に立ち向かうツァビデル。マキバオーはそれをみんなに知らせツァビデルを助けてくれるよう馬たちに頼むが、かつてのあるできごとがあとを引き誰も耳を貸してくれない。仕方なくマキバオーは一頭でツァビデル救出に向かう。

久しぶりに日本に帰ってきたマキバオーは、レース中に起こった事故のおかげでもっか3連勝中のラッキーホース『モーリアロー』と、アローの生まれ故郷の牧場主の息子『輝（てる）』と仲良くなる。そのアローと、ライバル・アマゴワクチンが出場したレースでまたも事故が起こり…。

アローが反則した場面を目の当たりにしてしまうマキバオー。だがマキバオーは、輝の両親が牧場の借金をすべて返し終え、また親子三人で暮らせるためにと、アローがズルいことまでして賞金を稼いでいることを知り同情。次走『スプリングステークス』での対決を避けようとする。

チュウ兵衛に説得され、アローと正面から対決することにするマキバオー。何が何でも勝たねばならないが、肝心の新走法は相変わらず未完成のままだ。そして、対決のスプリングステークス、マキバオーは危険を承知でアローをマークする。

アローの悪質な妨害に苦戦するマキバオー。だが、どんな邪魔をされてもマキバオーはあきらめない。そして、競馬の厳しさ、ライバルたちへの思いを闘志として燃え上がらせ、苦戦の中、ついに新走法を完成させる。

クラシック第一弾、『皐月賞』が行われることになった。だが、ドバイ帰りのカスケードは疲れのためかやせ細り、アマゴワクチンもまたケガをおしての出走。ライバル2頭の不調にマキバオーは一番人気を背負い、そのプレッシャーに押されながらのレースとなった。

やっと習得した新走法『マスタングスペシャル』を炸裂させるマキバオー。だがスプリングステークスの時のようなキレ味がない。実はアマゴワクチンが作り出した乱ペースがマキバオーのスタミナを奪っていたのだ。騎乗ミスでマキバオーにムリをさせてしまったとを悔やむチュウ兵衛は…。

皐月賞での落馬が原因で、チュウ兵衛は医者から「二度と馬には乗れない」と宣告される。くやしさにうちひしがれるチュウ兵衛。そしてチュウ兵衛が落馬したショックでマキバオーもまた、決め手のマスタングスペシャルを出せなくなっていた。

クラシック最大の目標『日本ダービー』を迎えたマキバオーは、いつもとはまるで違う果敢な逃げ走法にうって出るが、昌虎は「これこそがマキバオーにとって最良の策かもしれない」という。だが、思わぬ伏兵『ベアナックル』の出現により、カスケードとの対決に使うはずだったマスタングスペシャルを早くも使うことになり…。

追い上げてきたカスケードに抜かれまいと必死で走るマキバオー。だが早めに出したマスタングスペシャルの影響でそのスタミナは切れてきた。今度こそマキバオーを勝たせたいと願うチュウ兵衛は、またも捨て身の戦法に出ようとするが菅助は彼をかばい、マスタングスペシャルを補助する事ができる『キツツキ戦法』を編み出す。

ダービーでの激闘を終えたマキバオーは、これまで稼いだ賞金すべてを持って、母・ミドリコを迎えに行く。ところが何とひげ牧場は倒産し、ミドリコは行方不明になっていた。落ち込むマキバオー。そんな時、とある山奥で開催されている草競馬で『ミドリコ』という名前を発見する。

なりゆきで堀江主催のばんえい競馬に出走することになるマキバオー。ところが堀江の執拗な妨害作戦のため、思いのほか苦戦することになる。このレースに勝たなければ、堀江からミドリコが売られて行った先を聞き出すことができないマキバオーは、その妨害に必死で堪える。

ミドリコが売られて行った先は『宮蔦一家』というヤクザの家で、そこで出会ったマキバオーそっくりの牝馬『マキバコ』は、何とマキバオーの妹だった。生まれてすぐ捨てられたマキバコは、やっと巡り会った母と暮らす権利を賭け、兄・マキバオーとレースで対決するという。

浮かない気持ちでレースに挑むマキバオー。そのマキバオーに、宮蔦親分の命令を受けた極悪馬3頭が襲いかかる。反則だらけの妨害にズルズル後退するマキバオー。その時、子供たちの戦いをやめさせようと、母・ミドリコが馬房の扉を破ってやってきた。

クラシック最後のレース『菊花賞』に向けて懸命の調整を行うマキバオー。昌虎は長距離戦に備え、マキバオーのスタミナを養おうと障害レースに出走させることを決めると、ジャンプ練習と同時に筋力をつけるため、山奥での秘密特訓を開始する。

ついにマキバオーが障害レースに挑戦することになった。このレースにはおなじく菊花賞を目指す４歳女王『スーパースナッズ』も出走する。マキバオーとスナッズは、初障害にもかかわらず見事なジャンプで次々と障害物を越え、いよいよ最後の直線勝負！だがそのとき、マキバオーは足腰に激しい痛みを覚える。

ムリを承知で日本ダービーに騎乗したチュウ兵衛は、それがたたって今度こそ本当に馬に乗れなくなってしまった。菅助はすべてを受け止め、自分たちの力でレースに勝とうとするが当のマキバオーはやる気なし。そんな時、ひょんなことでチュウ兵衛の無念さを知ったマキバオーは菅助とふたりで頑張る決意をし、菊花賞に挑む。

アマゴワクチンを意識しての菅助の好騎乗で、ここまでソツなくレースをこなしてきたマキバオー。そして勝負は最後の直線に差しかかった。ところが、ここで一気にアマゴワクチンに並ばれてしまう。必死で走るマキバオーだが、ワクチンの予想以上の強さの前に、これまでの早め早めの仕掛けが裏目に出てしまう。

無敗のカスケードが世界の頂点『凱旋門賞』で惨敗。ビデオでそれを見た昌虎は「カスケードはもう終わってしまったのかもしれない」と言う。ショックを受けたマキバオーは暮れのグランプリレース『有馬記念』へのやる気を失う。その頃『ジャパンカップ』を制したニトロニクスは有馬記念出走を宣言。マキバオーとの再戦を誓う。

有馬記念に向けての特訓が始まった。そのコーチとして来日したツァビデルは、みどり牧場の裏山を練習場に選ぶが、不規則に生えた木々を避けながら走ることは難しく、マキバオーは傷だらけになってしまう。だがこの特訓にはある重大な目的があった。

有馬記念当日、カスケードたちライバルとの再戦を心待ちにしていたマキバオーは、発走時間が迫っても現れないカスケードに不安を抱く。実はカスケードは病気を発症しており、ムリはできないからだになっていたのだ。だがカスケードは、ライバルと認めたマキバオーと最後の決着をつけるため、病気をおして出走する。

カスケードの身を案じ勝負に出られない服部騎手。だが事情を知らない菅助はカスケードをマークする作戦を貫こうとし、絶好のポジションをとろうとするマキバオーとの折り合いを欠いてしまう。だが菅助がようやく間違いに気づきマキバオーは徐々に順位を上げていく。カスケードも順位を上げてゆくが、途中、他馬と接触し…。

カスケードの身を心配するマキバオーは、レースに集中することができず同じように後退してしまう。「病気が治ってからもう一度戦おう」というマキバオーの態度に怒りを覚えるカスケード。菅助はそんなカスケードの気持ちを察し、マキバオーを叱咤激励。カスケードの思いを背負ったマキバオーは懸命の末脚を炸裂させる。

（総集編） 昌虎の特上ずしを盗んだ罪でドルジ刑事に逮捕されるたれ蔵。検察の堀江ひげ親子と弁護士・菅助が裁判で戦う。それを裁くのは本多裁判長。たれ蔵がいかに素晴らしい馬か、また、いかにいやしい馬か、これまでのレースぶり、生活ぶりから検証する。

今後の世界戦に向けて、修行のためアメリカへと旅立つマキバオー。目標はアメリカのどこかにいるという、マスタングスペシャルで走る幻の野生馬『トリニダード』を探し出し勝負を挑むこと。一行は、そこで同じくトリニダードを探しにきたというベアナックルと出会う。

ホースマフィアに捕らわれたマキバコを救い出すため、マフィアのアジトに乗り込んだマキバオーは、そこでマフィア主催の闇競馬で最強を誇る馬『フライドチキン』と出会う。必死で妹を救おうとするマキバオーに心うたれるフライドチキン。そのフライドチキンにボスは「今度のレース、負けて大穴を空けてくれ」と持ちかけ…。

メキシコで泥棒にあったマキバオーは、それを追いかける途中に酸欠で倒れ『サントス』という男に助けられる。そこでマキバオーはかつて世界最強と言われた老馬『モクテスマ』と出会うが、かつての最強馬も今では見る影もない。そんな時、モクテスマをかわいがっているサントスの娘『ペペ』が川に落ち…。

海外逃亡を企てた堀江親子と再会した一行は、旅費を稼ぐため、堀江主催の草競馬に出ることになる。そこに行方不明になっていたベアナックルが現れ、ベアもまた草競馬に出走。ところが、実力馬のマキバオーと、走るのだけはめっぽう速いベアにつけられたハンデのおもりは、強力な磁石でできた特別製だった。

ブラジルについたマキバオーたちは、外国人をだまし強制労働させている男たちに捕らえられ、採掘現場に連れてこられる。そこでマキバオーたちはトリニダードの妹だという『ドナテロス』に出会うが、ドナテロスはケガと精神的ショックのため目が見えなくなっていた。

日本から駆けつけた勝と諸美の知らせを受け、アメリカの富豪『ムハンマド』氏主催のレースに、日本代表として招待されるマキバオー。このレースにはあのトリニダードも出走するという。そしてマキバオーたちは、同じくレースに招待されたフライドチキンと再会する。

出走馬の中にいるはずのトリニダードを誘い出すため、フライドチキンとともに果敢に走るマキバオー。だがトリニダードは一向に姿を現さない。そんなとき一緒に走るフライドチキンの走りに変化が現れる。何とフライドチキンこそ幻の最強馬・トリニダードだった。