東京のとある街・かもめ市の一角にある廃ビルの屋上で、町屋翔太はロケットを作っている。それを見守りながらおしゃべりをしている少女、綾瀬明日奈の元に父親が遺体で見つかった知らせが入る。 一緒に警察署に行き、翌日いつものように廃ビルの屋上に来た翔太は、ロケット小屋が白い煙で覆われているのを見つける。急いで小屋の中に入った翔太は、シゴフミ配達人･フミカと言葉を喋る杖･カナカに出会う。そしてフミカは語る。 明日奈の死んだ父親から明日奈の恋人への「シゴフミ」を届けようとしていること。そしてそれを届けるのがボクの仕事だと…

父親の死の原因を知ってしまった翔太を明日奈は傷つける。それは愛する妹を守るため、そして妹の幸せを願う純粋な気持ちからの行動。しかし事件は明日奈の予想を超える早さで世間に明るみになる。その事実を知った明日奈は混乱し、その場から逃げ出す。警察の捜査対象となってしまった明日奈は、妹を守るために姿を消そうとする。長髪をナイフで切り、着替えを盗み、青森行きの長距離列車に乗り込む。そこに現れるフミカ。身構える明日奈であったが、フミカが鞄から取り出したのは、彼女宛のシゴフミだった…。

高校に通う仲良し三人組の一人・千川大輝が突然自殺をする。それまで千川と一緒にごくごく普通の学生生活を送っていた小竹透と野島要は、その原因に全く心あたりがなく戸惑う。その死は学校内にとどまらず、マスコミにも大きく取り上げられ、学校側はその対応に追われる。教頭に事情を聞かれる小竹と要であったが、何も答えることができず口をつぐんだまま。そんなある日、息子の死の原因を明らかにするために、始業前の教室に千川の父親が乱入する。そこへ千川のシゴフミを持ったフミカが現れる…。

母親・立石尚子からのシゴフミを持ったフミカが八広蘭の前に現れる。しかし幼い頃に自分と父親を残して家を出て行った母を許せないでいる蘭は、そのシゴフミを受け取ろうとしない。そしてテニス部の合宿に参加するためにかもめ市外に出ることになった蘭を、フミカは出張申請を出し追う。しつこくシゴフミを渡そうとするフミカを、邪険に扱い続ける蘭。しかし四ツ木七恵と逢うために夜の音楽室で待っている蘭に、フミカはシゴフミを渡すことに成功する。しかしその手紙は読まれることなくゴミ箱に捨てられるのであった･･･。

シュレディンガーという名のネコに贈られたシゴフミを配達することになるフミカ。ネコを袋小路に追い詰め、もう少しで捕まえられる･･･というところに、別地区担当のシゴフミ配達人・チアキが駆けてくる。そのせいで惜しくもネコを逃してしまったフミカは、チアキも同じネコ宛てに贈られたシゴフミを届けようとしていることを知る。闇雲に追いかけても無駄だと判断した2人は協力してネコをおびき寄せる作戦にでる。作戦は功を奏し、フミカの周りにネコがわんさか集まってきたのだが･･･。

匿名掲示板でイジメられている人間のカキコミを見ている森下俊介は、学校生活の中で当たり前のように行われているイジメが随分とマシな物に思えていた。ところがある日そこにカキコミしている人物が、同じクラスでイジメを受けている菊川公一であることに気がつく。本人かどうか確認する森下だが、菊川から助けてくれと懇願される。そしてその現場をイジメグループに見られた森下は、イジメに荷担するよう脅される･･･。

葛西春乃は、文歌の父親で作家・美川キラメキの担当を任される。ところが担当初日に朝寝坊。なんとか直接キラメキ邸へ向かうことで遅刻をまぬがれはしたが、肝心の地図を忘れてしまい、妹の夏香に携帯まで送るようお願いをする。パソコンが苦手な夏香は、ちょうど文歌のことを聞きに来ていた要の助けで地図を送信する。しかし、それで住所を知った要は、直接文歌のことを聞くためにキラメキ邸に行くと言い出した･･･。

傷つけられるフミカ。それを目撃した要は怒り、キラメキに殴りかかる。止めようとする春乃であったが、止める理由が本当にあるのか、ふと思い悩む。春乃たちはこれ以上暴れないように、キラメキを寝室に閉じこめるが、ドアを叩きながら叫ぶキラメキ。リビングでは夏香に介抱されるフミカ･･･。そして語られる、「文歌」の過去、そして「フミカ」という存在の理由･･･。

病室で眠る文歌を見舞いに来たフミカと要と夏香。文歌に話しかけるフミカであったが、相変わらず文歌は無反応。そこに噂を聞きつけたチアキが現れ、ヒマだからとフミカたちを遊びに誘う。配達の仕事があるにもかかわらず、行き先を決めることを条件に承諾したフミカは、一行と共に国内のとある南の島へ。枕投げや、深夜の恋話、温泉に海水浴と、盛り上がる一行はお墓参りに来たという白石塔子という少女に出会う･･･。

母親に連れられて親戚の家に来ていた文伽は、従兄の日比谷毅彦と留守番をすることになる。突然ゲーム会社を辞めて、家族に不審がられながら、自宅で絵を描いていた日比谷。彼は食事に出るついでに、ゲームセンターや映画館に文伽を連れて行く。しかし帰り際にふとしたことで若者に絡まれ、警察沙汰になってしまう。自分に非がないにもかかわらず、その境遇のせいで取り調べを受ける日比谷を外で待つ文伽は、シゴフミを配達するフミカに出会う･･･。

病室のベッドで目を覚ました文歌。長い年月眠り続けたせいで、体がうまく動かず、鏡に映った自分の顔すらいまいち理解ができない。そんな文歌を、病室に見舞いにきていた夏香と要が発見する。感激して文歌を抱きしめる夏香。とまどいながらもナースコールを押し文歌が目覚めたことを伝える要。一方、チアキは杖の丘でフミカから、文歌にシゴフミを届ける真の理由を聞いてしまうのだった･･･。

シゴフミ･･･それは人に許された最後の奇跡。それは全てを無くした人間が、最後に残した想い。理不尽な憎しみも、えぐるような悲しみも、全ては純粋な人の心。そして･･･それは世界でもっとも純粋で、美しい想い。目覚めた文歌は一人で歩き出し、配達人フミカは姿を消す。「フミカ」と「文歌」の想いは、時に交わり、すれ違いを繰り返し、周囲の人々を巻き込みながら進んでいく。そして二人の物語は結末をむかえる･･･。