地球の移民惑星であるソロ星。そこには未知の文明が存在していた。そんなソロ星にある遺跡から発掘され、復元された3体のメカ。だが、異星人のバッフ・クランもまた、伝説の無限力「イデ」を求めて、ソロ星に接近していた。不用意な接触の中、伝説の巨神がその姿を現して…。

バッフ・クランの宇宙軍総司令ドバの末娘であるカララ救出のため、ニューロピアというソロ星に1つしかない町を攻撃するバッフ・クランの武人であるギジェ。それを受け、逃げまどう移民たち。そんな中、泣き叫ぶ赤ん坊を乗せたイデオンが再び立ち上がる。それは伝説の巨神なのか？ そして、地中に眠る巨大メカとは？

地下に眠る巨大メカは宇宙船に違いないと、ソロ星からの脱出を考える地球連合軍の士官候補生であるベスたち。だが、あくまでもカララを救出しようとするギジェの攻撃隊が、彼らを襲った。その時、未知のエネルギーが発動する。地を揺らし、姿を現す巨大宇宙船。そのパワーの源とは…？

またもイデオンをバッフ・クランの攻撃機が襲う。すさまじい攻撃を浴びながら、エネルギーが上がらないイデオン。ついに膝をついたイデオンを助ける術はないのか？ その時、宇宙船のゲージが激しく輝きを発し、反物質エンジンが発動して…。

亜空間に逃れたものの、コントロールできずに再びソロ星へと戻ってきてしまった宇宙船。そこで、囚われの身となったカララから語られる「イデ」の伝説とは？ そんな中、バッフ・クランの武人であるダミドの攻撃が始まった。応戦するイデオンだが、パワーが上がらず、苦境に陥ってしまう。その時、信号弾が打ち上がり…。

バッフ・クランとの停戦を求めて、宇宙船に掲げられる白い旗。だが、それはバッフ・クランには最大の挑発だった。そのため、カララの言葉により、宇宙船には停戦の印である赤い旗が掲げられる。だが、攻撃を仕掛けるダミド。そして、その電磁波攻撃に苦しむイデオン。果たして、この苦境を脱することができるのか？

ついにバッフ・クランとの間に通信が開かれた。だが、カララを引き渡せというバッフ・クランの一方的な要求に、ベスたちは応えられぬまま、再び戦闘に突入。そして、亜空間に逃れるイデオンと宇宙船を、ギジェの乗るバッフ・クランの重機動メカであるギラン・ドウが襲う。その戦いで、イデオンは苦境に陥ってしまい…。

ソロ星の宇宙船＝ソロシップは、恐竜の惑星・ザウルスターに着陸した。探検に出かけたコスモの弟分である男の子のデクたち。それを探しに出たコスモは、そこでギジェに出会う。コスモに決闘を申し込むギジェだが、相手が子供と知り、血気に逸るコスモをあしらう。そこに現れるベス。その隙にダミドがソロシップを襲い…。

ソロシップは、バッフ・クランの武人であるアバデデの策にまんまとはまり、亜空間に誘い出された。執拗な攻撃に、見捨てられたことを実感するカララ。カララに別れを告げ、ギジェは戦艦のグラム・ザンを体当たりさせようとした。パワーを振り絞り、押しのけようとするイデオンだったが…。

ギジェの放った生体発信器により、ソロシップが着陸した惑星を知るアバデデ。その惑星に生息するバジンという巨大な蜂が報復性を持つことを知っていたアバデデは、バジンの死体をソロシップに投げつけ、バジンの群れに攻撃をさせる。その混乱に乗じてソロシップに乗り込んだアバデデは、カララを連れ帰ろうとするが…。

カララの姉であるハルルがギジェたちの元にやってきた。自ら巨神を見たいと望んだハルルは、遺跡の惑星にいるソロシップを追う。コスモたちはその隙に、3機に分離したイデオンがハルルの乗る母船を襲った。それに立ち向かうハルルの部下・グハバが乗る重機動メカのジグ・マックと、イデオンの戦いの行方は…？

姉のハルルを説得しようと試みるカララは、ベスと共にバッフ・クランの陣営に向かった。だが、そこでハルルがカララに与えたものは、屈辱だけであった。それを見たベスは、たった1人で敵陣へと切り込む。ただ、異星人の女性・カララのために…。

隕石群の中、ソロシップはバッフ・クランから逃れようと懸命の航海を続けていた。だが、危機を脱した後に、ソロシップを待ち受けていたのは、グハバの乗るジグ・マックだった。戦いの最中、ソロシップの船内に銃声が響く。カララを狙った銃口の持ち主は…。

バッフ・クランの武人であるドクの重機動メカ小隊がソロシップを襲う。突出したために集中砲火を浴びたコスモは、恐怖に錯乱する。その姿に下したベスの決断は、軍の前線基地・ブラジラーに向けて、DSドライブをかけることだった。だが、敵の追撃はないのか？ そして、錯乱したコスモは…。

植民星のダボラ・スターがソロシップを受け入れるとの通信が、ソロシップに入った。反対するベスを振りきって、言語学のエキスパートである女性・シェリルは、仲間と共にソロシップを離脱した。だが、それこそがドクの罠だったのだ。彼女たちを人質に取ったドクは、ベスたちにイデオンの引き渡しを要求して…。

「あんたはイデオンに頼りすぎだ」といって、ベスの命令に応えようとしないコスモとカーシャ。そこを捨て身のダミドが襲う。さらに、ハルルの乗る大型戦艦のドロワ・ザンがソロシップを攻撃する。ソロシップの援護を命じるベスだが、コスモとカーシャは聞き入れなかった。ハルルの攻撃に失速するソロシップ。その時…。

ソロ星での調査結果を持ったギジェが、ハルルの元に帰ってきた。そして、ギジェは必ず巨神メカの1つを捉えるとハルルに約束して出撃する。果たして、ギジェが考えた秘策のドッキング破りは、イデオンに通用するのか？ そんな中、高熱にうなされるやんちゃな赤ん坊のルウを抱いたソロシップは、どこに向かうのか？

ルウのワクチンを求めて、ソロシップが降り立った植民星のアジアン。だが、バッフ・クランは、そんなソロシップを生体発信器により追跡していた。異星人の存在とイデの存在を知ったアジアン星の副指令は、バッフ・クランを撃退し、ソロシップをも手に入れようとして…。

新たなバッフ・クランの武人であるギャムスがハルルの元にやってきた。一方、修理のために水の惑星に降りたソロシップだが、それには時間が必要だった。そのため、和平交渉に向かったカララ。そんな彼女に、ギャムスが取った態度は…？ そして、「イデ」の力はソロシップを守るのか？

本星へ戻る手土産に、カララの命とイデオンの欠片を奪えとギャムスに命じるハルル。それを受けたギャムスは、双子の悪魔と恐れられるドッバとキヤヤのブフ兄妹を率いて出撃する。ブフ兄妹の猛攻にバリアーを張るソロシップ。それを破ろうと特攻するブフ兄妹。そんな時、ブフ兄妹の猛攻に恐怖を覚えたルウが泣き出して…。

DSドライブに入ったソロシップに近づく宇宙船があった。それは、「イデ」のパワーに引き寄せられたハルルの乗るドロワ・ザンだった。今なら叩けるとみたベスたちは、パワーの上がったイデオンでドロワ・ザンを襲う。だが、ドロワ・ザンが亜空間飛行解除（DSアウト）してしまう。それを追ったコスモたちが見たものは？

バッフ・クランに伝わる「イデ」の伝説。伝説の力を求めた探索隊が出会ったのは、地球の移民惑星であるソロ星だった。そして、そこには「第6文明人」の遺跡があった…。不幸な接触の中に伝説の巨神が立ち上がる…。

植民星のキャラルから発せられた救難信号をキャッチしたソロシップ。そして、キャラルにやってきたソロシップだったが、そこは既に廃墟と化していた。だが、それこそがソロシップをおびき寄せるダラムの仕掛けた罠だった。ダラムが乗る重機動メカのガンガ・ルブが、ギジェの知恵を借りつつ、イデオンを襲う！

キャラルの生き残り部隊から弾薬の補給を拒否されたソロシップ。だが、キャラルの生き残りの少女・キッチンから弾薬庫・スタグラの場所を聞いたベスたちは、そこに向かう。その間に、ギジェのゲリラ作戦が開始された。そして、パイロット不在のイデオンに乗り込んだギジェは、イデオンを操縦し始めて…。

ソロシップとキャラルの残存軍による共同作戦が始まった。宇宙に浮かぶダラムの艦隊に攻め込むソロシップとイデオン。決死の戦いは、ソロシップの優勢に進むかに見えたが、コスモが被弾してしまう。そんな彼の目の前で、ギジェがイデオンに核爆弾を仕掛けようとしていた。負傷を押して、一騎打ちに挑むコスモだが…。

重傷を負い、眠りから覚めたコスモは、キッチンの死を知らされた。悔しさに、周囲に八つ当たりするコスモ。そんな中、ソロシップは地球に向かっていた。だが、ハルルから戦艦のゲロワ・ザンを得たダラムとギジェがソロシップを襲う。バッフ・クランの新たな兵器・脳細胞を破壊するゲル結界にコスモたちは耐えられるのか？

地球から帰還を拒否されたソロシップ。そんな中、ダラムは月基地・ムーンランドに攻撃を仕掛けた。それに対し、反撃するコスモたち。戦いの中、シェリルと地球科学アカデミーの研究員・コルボックは、大型コンピュータであるグロリアの端末を利用しようと月基地に降り立つ。果たして、「イデ」の秘密は解析されるのか？

月基地に地球連合軍の総監・リミッターがやってきて、ベスたちにソロシップの引き渡しを求める。そんな時、ダラム隊の攻撃が始まった。応戦する地球連合軍だが、バッフ・クランとの戦いを知らないリミッターの戦艦・ムサッシは、ダラム隊に撃破されてしまう。劣勢と見たコスモは、新たに発見された波導ガンを構えて…。

地球にも見放されたソロシップは、さすらいの旅への支度を進めていた。そこにルクク・キルの戦艦から発進した新型機動メカのアディゴがイデオンを襲う。さらに、新型艦のバルメ・ザンとブラム・ザンのゲル結界により行動不能に陥ってしまうイデオン。その時、ルウが泣き叫ぶと、新たな「イデ」のパワーが発動して…。

地球上ならイデオンの強力な兵器は使えないと考えたルククは、イデオンを地球上に誘い出した。そこで放たれたルククのフリーザー・アタックにより、氷づけにされたイデオン。だが、その時、イデオンが自らの意志で波導ガンを発射し、コスモたちは危機を脱する。残されたダラムは、コスモに一騎打ちを挑むが…。

地球連合軍からイデオンに突然の着陸許可が出た。だが、出頭したベスとコスモに地球連合軍が求めたのは、ソロシップとイデオンの引き渡しだった。そして、それを拒絶した2人を拘束する連合軍。そんな中、ルククの乗る新型重機動メカのアブゾノールが猛攻を開始する。激戦中、ベスたちの救出に向かったのは…。

ルククとコスモたちによる激しい戦闘。だが、ソロシップを地球連合軍に編入しようと同行したレクラン将軍の艦隊が殲滅させられてしまった。後一歩までイデオンを追い詰めたルククだったが、ハルルの送った刺客に倒れてしまう。そして、初めての恋に胸をときめかせたイデオンのパイロットであるモエラは…。

バッフ・クランの武人であるハンニバルの配下・メバルル。彼女が乗る重機動メカのギド・マックがイデオンを捉える。そして、イデオンは無数の鉱物生命体であるヴァンテがいるワフト空域に誘い込まれる。そんな中、新たにイデオンのパイロットとなったギジェが、不可解な行動をとり…。

ハンニバルがソロシップを誘いこんだ惑星は、ドウモウと呼ばれる巨大生物の住む星だった。地上のドウモウと、上空からの攻撃に苦しむコスモたち。なんとかドウモウから逃れて洞窟にやってきたコスモたちだったが、そこはドウモウの卵が孵化しようとする場所だった。そして、卵が襲われた時…。

イデオンを襲うハンニバルの乗る重機動メカ。さらに、地球連合軍の戦闘機もソロシップを襲う。彼らは手を結んだのか？ コスモたちに衝撃が走る。そして、あるポイントにソロシップを追い込んだハンニバルたちは、準光速ミサイルを発射する。その爆発の中で、彼らを守るものは、「イデ」の力なのか？

目覚めた「イデ」の力を制御できないと感じたコスモたちは、ついにソロシップを捨てる決意をする。そして、自爆装置を仕掛け、巡洋艦のクラップに乗り移るコスモたち。だが、地球連合軍も、バッフ・クランもそれを放っておかなかった。彼らに応戦すべく、ソロシップに戻ったコスモたちは、自爆装置の除去を急ぐが…。

補給のためアジアンに向かったソロシップ。だが、そこは既にバッフ・クランの武人であるドロンの手が回っていた。アジアンの指揮官・コモドアがドロンと密約を交わしていたのだ。コモドアはシェリルやカララたちを人質に取り、ソロシップとイデオンの引き渡しを求める。そして、威嚇の弾丸にリンが犠牲となってしまい…。

「イデ」の力を利用したレーダーは、正確に敵の位置を捕捉していた。その力を借り、巨大植物の生息するステッキンスターに身を隠すソロシップ。だが、そんな彼らをハルルの配下であるコドモンが襲った。その執拗な攻撃の中、カーシャを助けようとしたギジェが被弾してしまう。その時、またも「イデ」の力が発動して…。

未知の力を発揮し始めていた「イデ」により、カララはバッフ・クランの旗艦であるバイラル・ジンの艦内に飛ばされた。そして、カララは父のドバ総司令と対面を果たす。だが、2人は分かり合えぬまま、ついに別れの時を迎える。絶望の中、ソロシップが脱出した時、「イデ」はどんな力を示すのか？