ごく普通の小学生・秋川勇太は、携帯電話からいきなりネット世界に引き込まれてしまった！ そこで、ピット、ポット、パットというネットゴーストと出会うのだが……。
いきなりネット世界に引き込まれた勇太は、ピポパたちに誘われてネット世界を見て回ることに。初めて見る景色に、勇太は驚くことばかり。しかし、元の世界に戻る方法は、誰も知らなくて……。
今日は勇太の、転校してきて初登校の日。けれどハイテク化された小学校に、あれこれ戸惑うことばかり。さらにネット世界では、ピポパたちまで小学校のサイトに遊びに来ていた。
勇太に興味を持ったクラスメイトのひかるは、勇太を自分の家に招待する。だが、ひかるの家には気難しい祖父・祖父江博士が待っていて……。
ピポパたちの永遠のライバル、ネットゴーストのビボバ。彼らは今日もピポパたちに勝負を挑んでくる。一方勇太も、クラスメイトのカズシゲに何故か勝負を挑まれていた。
勇太とピポオたちは、最近話題のネットＴＶに潜り込むと、いろんなチャンネルを飛び回って遊んでいた。しかしそこへ、恐ろしいコンピュータウイルスがいきなり襲ってきた！
クラスメイトの花梨が最近落ち込んでいる。実家の旅館にお客が来なくて潰れそうなのだ。勇太とひかるは、ホームページで旅館をＰＲしようとするが、花梨の祖母・月乃は何故かインターネットを嫌っていた……。
小学校の社会見学で、ドリームフューチャー社にやってきた勇太。けれど、会社の中でひとり迷子になってしまう。地下室に辿り着いた勇太が、そこで見たものとは？
上舞市に、相沢というバイト青年がやってきた。だがドジだらけの相沢に、勇太たちは心配顔。そんな時、商店街のサイトで怪しい事件が続発する。一体誰のしわざ？
今日は勇太の誕生日。でも、去年までは親友の守と一緒にお祝いしてたのに......。勇太はピポパたちに頼んで、ネット世界から守に会いに行くことにする。
些細なことからケンカをしてしまう勇太とピット。その頃、ネットゴースト捕獲を画策するＤＦ社は、ネット世界に強力なワナを仕掛けていた......！
今日の授業は、勇太の苦手なインターネットを使って勉強するというもの。ネットダイブをした勇太は、ピポパたちと一緒にいろいろなサイトに入って課題を調べるが......。
勇太のネットダイブの秘密を、ひかるが知ってしまった！ ネット世界に行きたいとねだるひかるに、勇太は渋々彼女を連れて行くことに。
七夕の短冊に願いを書くと何でも叶うと勘違いしたピポパたちは、早速七夕サイトに行って、短冊にいろんな願い事を書くのだが......？
機能停止した『サメの巣』も、今やネットゴーストの遊び場になっていた。そこを舞台に、再びビボバたちがピポパたちに挑戦！ 果たして今回のバトルは！？
夏休み。ひかるは、両親と一緒に海に行く約束を楽しみにしていた。しかし、二人とも忙しくて約束を忘れそうだ。ネットダイブしたひかるは、両親のパソコンにメッセージを残すのだが･･････。
ネットダイブした勇太たちは、ひかるの祖父・祖父江博士のパソコンの中に遊びに行く。すると、そこにはヘンなネットゴースト・プリリンが住んでいた。
ネットダイブのプログラムを完成させた守。これで勇太に会いに行ける。早速ネットダイブする守だが、実はそのプログラムは不完全なものだった･･････！
上舞市は恒例の花火大会で盛り上がっていた。そんな折、カズシゲは、ひょんなことから勇太とひかると一緒に、ネット世界にネットダイブしてしまう！
謎の衝撃波によりバラバラになってしまった勇太たち。みんなを探す勇太とピットは、不思議なネットゴーストと出会う。自分の名前も知らないその子は、何故か勇太たちにくっついてきて･･････。
ネット世界をさ迷うヒカルとパットは、ネットクエイクにより機能停止したゴミ処理場サイトを発見。早速修理に向かうが、そこにはやたらと生意気なネットゴースト・エコロンがいた。
ポエムサイトに辿り着いたカズシゲは、ネットゴーストのビボバたちと出会う。両者はすっかり意気投合。カズシゲのアドバイスを元に、ビボバはピポパたちに勝負を挑む！
ようやく再会を果たした勇太たち。しかし、そこにネットヴィーナスが現れ、いきなりプーを襲ってきた！ 「この子はネット世界の魔女よ」 一体プーにどんな秘密が？
プーはどこかに連れ去られてしまった。ピットはネット世界を探し回るが、手掛かりすら見つからない。困った勇太たちは、ネットに詳しい祖父江博士に相談することに・・・。
ついに発動する『セイレーン・プログラム』。ネット世界に危機が迫まっていた！ 勇太とピットは、囚われているプーを救い出そうと、ＤＦ社のサイトに潜入するのだが・・・・・・。
勇太とピポパは、プーを連れて、ＤＦ社の追手からネット世界を逃げ回る。しかし、プーのせいでネット世界がおかしくなったと怒るネットゴーストたちは、誰もピポパを助けてくれない。そこへ、新たな追手が迫ってきた！
プーがピポパたちの仲間になった。でも、彼女は一般常識やネット世界について知らないことばかり。ピポパたちはプーの勉強のためにいろんなサイトを案内することに。だが、それは勉強というより遊びみたいなもので・・・・・・。
勇太のクラスに、ロシアからサヤカという女の子が転校してきた。パソコンを完璧に使いこなす天才少女だが、どうもクラスメイトと溶け込めない。その頃ネット世界では、翻訳サイトのネットゴーストに何やら異変が起きていた。
ネットアイドルになりたい！ ひかるとネットゴースト・プリリンは、ネットゴースト・デレクトンの指導のもと、アイドル修行を始める。厳しいレッスンにも、必死で頑張るひかるとプリリンだが・・・・・・。
サヤカとひかる、どっちが好きかで悩むカズシゲは、最近ポエムサイトの更新も滞りがち。どうやらスランプになったようだ。そんなカズシゲが心配なビボバは、一計を案じる。
ひかるたち女子の買い物に付き合わされる勇太とカズシゲは、たくさんの荷物にヘトヘト。その頃ネット世界では、数字にうるさいネットゴースト・チャリコインが、ネットモンスターへと変貌していた！
ネット世界を荒らすネットモンスターの正体は、ウイルスに侵されたネットゴーストだった。事情を聞いた祖父江博士は、早速ワクチンの開発に取り掛かる。しかしネット世界では、新たなネットモンスターが出現していた！
課外授業へ向かう勇太たちのクラスを乗せたモノレールが、突然暴走を始めてしまう。ネットモンスター・ギガジャーニーの仕業だ。「急いでネット世界へ！」。でも、クラスメイトがそばにいてネットダイブができない！？
勇太と両親は、１０数年ぶりに接近する流星群を見ようと、初めての家族旅行へ。しかし、ちゃんと予約していた列車や宿がキャンセルになっていたりして、トラブル続き。どうやら今回もネットモンスターの仕業らしいのだが･･････？
些細なことから仲が悪くなってしまったサヤカと勇太たち。なんとか仲直りしたいのだが、サヤカは勇太たちに心を開いてくれない。そんな折、祖父江博士が病院に担ぎ込まれた！
サヤカがネット世界から戻ってこない！？ サヤカを心配する母・セイコから、勇太たちは驚くべく事実を知らされる。それはドリームフューチャー社誕生にまつわる秘密だった。果たして１０年前に何があったのか！？
勇太たちは、以前勇太が住んでいた北海道へ旅行に行く。久しぶりに守に会える勇太は嬉しそう。しかし、再会した守はどことなく様子がおかしい。そんな守に、勇太は「あの時埋めたタイムカプセルを開けよう」と提案するが･･････。
守がニセモノ？ いきなりサヤカに告げられた言葉を信じられない勇太は、勇太のことを心配するひかるたちともケンカをしてしまう。一方ピポパとプーも、元気のない勇太を心配していた。「どうすれば元気になるんだ？」
ネット世界に響き渡る歌声。機能停止していくサイトバブル。プーは何もしていないのにどうして？ 勇太とピポパは、心配するプーを残して、ネット世界を調べに行く。だが、そんな勇太たちの前に、ディバインが現れた！
コピーセイレーンに追われる勇太たちを、トラベンたちネットゴーストが助けてくれた。みんなの優しい気持ちが嬉しい勇太たち。そして、プーの中に眠っていた『ある秘密』が、ついに目覚める･･････。
ネットダイブが出来なくなった勇太は、ピポパたちのいない普通の生活に戻っていた。でも思い出すのは、ピポパたちとのネット世界での冒険ばかり。それは、勇太と会えなくなったピポパたちも同じだった･･･。
ディバインたちが、ネット世界で新たな暗躍を開始する。０１コンパスという羅針盤を使って、ネット世界に隠された『あるもの』を捜し集めているのだ。それは、伝説のプログラム『オリハルコン』に繋がるヒントの欠片だった。
ディバインの企みを知った勇太たち。ディバインより先に『オリハルコン』のヒントの欠片を見つけなくちゃ。でも、どうやって？ その時ひかるに名案が浮かぶ。「ネット世界を守る、ネット探偵団の結成よ！」
ディバインの意識の中で、守は葛藤していた。勇太たちの敵となってネット世界を危機に陥れる･･････でも、本当にこれがオレの望んでいたことなのか？ さらに守は思い出す。あの『運命の出会い』のことを。
今日はバレンタインデー。誰にチョコをあげようかと考えるエリコ先生は、何故か相沢の顔を思い浮かべる。同じ頃、久しぶりに休日となった相沢も、エリコ先生のことを思い出していた。
ヒントの欠片の影響で、花梨がネット世界にダイブしてしまう。初めて見る不思議な世界に、花梨は「夢を見ている」と勘違い。いろんなサイトで楽しく遊びまわる花梨を、急いで追いかける勇太とピポパたちだが･･･。
宿題で自分たちが赤ん坊だった頃を調べることになった勇太たちは、早速『赤ちゃんサイト』へネットダイブ。だが、オリハルコンの欠片の力のせいで、何とみんな赤ん坊に変身してしまった！
ディバインの集めるオリハルコンの欠片も、残すは勇太の持つ欠片だけとなった。そんな折、上舞市の河川を管理する『ダムサイト』がランガとフランソワに襲われる。しかし、それは勇太を誘き出すディバインの罠だった！
情報管理局の相沢によって、携帯電話を取り上げられて、ドリームフューチャー社に軟禁されてしまう勇太たち。これではネットダイブできない。その頃、オリハルコンの欠片を全て手に入れたディバインは、次なる行動を開始していた。
次元の扉を開くため、ネット世界の崩壊を目論むディバイン。それを止められるのは、勇太たちネットチャイルドとピポパたちしかいない！ みんな揃ってネットダイブする勇太たち。ディバインの手からネット世界を守るために！
ついに次元の扉は開かれた！ そこで、オリハルコンと対峙する勇太とピポパ。果たしてサンクチュアリとは？ オリハルコンとは？ ドクターフォレストの野望とは？ 勇太と守の運命は？ ネット世界の未来は？ すべての謎が今解き明かされる！！！
