勝舞は過酷な予選大会を突破し、日本一のデュエリストを決める大会への出場を果たす。同じく出場を決めたミミ、そしてジョージとともに特訓を開始すべく、Ｄｒ．ルートから教えられた「鬼ヶ山」を目指す勝舞。特訓の方法とは、なんと山に棲む鬼とデュエルをするというとんでもないもの。はたして鬼の正体とは！？
勝舞たちがデュエルの特訓をしている場所に突然現れた、黒い死神・黒城凶死郎。どちらがライバル・白凰を倒すのかで揉めた勝舞と黒城は、デュエルで決着をつけることに。その時、黒城の手の中にあるカードが光を放ち、燃え上がった！黒城のカードに何が起こったのか？そして２人のデュエルの行方は！？
カードを強化させた黒城の圧倒的な力を前に、勝舞は無残にも敗れさった。『こんなことでは白凰に勝てるはずがない！』勝舞は自らもカードを強化させたいとガムシャラに特訓をするが、カードはピクリとも変化しない。あせる勝舞に、Ｄｒ．ルートはジョージとのデュエルを提案する。その真意とは！？
集中を欠き、ジョージとのデュエルに敗れた勝舞。一方、ジョージのカードは強化の兆しを見せた。あせる勝舞はその場を走り去り、一人思い悩む。そんな勝舞を心配したミミは、自分らしさを取り戻して欲しいと、デュエルを申し込む。勝舞らしさとは何なのか！？
ミミとのデュエルを通じて、自分のデュエルを取り戻した勝舞は、カード強化の兆候を見せた。そしていよいよ、日本一のデュエリストを決める大会の幕が開く。会場があるという孤島に到着した勝舞たち一同だったが、他の参加者が全くいないことに気付く。島を調査する勝舞たちの前に現れた影。その正体とは！？
大会はプロフェッサー・マーチとその教え子たちに乗っ取られていた。デュエルでの日本制圧を目指すマーチは、その障害となる勝舞たちを倒すべく、Ｄｒ・ルートを人質に取り、デュエルを挑んでくる。ルートを救うべく、まずはミミが教え子の一人セプテンとデュエルをすることに。はたして勝負の行方は！？
プロフェッサー・マーチに人質に取られたＤｒ・ルートを探すため、二手に分かれた勝舞たち。丘の上を探す勝舞とれく太の前に、マーチの教え子オーガが現れ、「デュエル魂」をかけたデュエルを挑んできた。かつてのデュエルではオーガに敗れている勝舞。はたして勝てるのだろうか！？一方、ミミとジョージの元には、ジュラとジューンのコンビが現われて・・・！？
オーガとのデュエルの途中、地面が崩れ、地下へと落ちてしまった勝舞とれく太。なんとか脱出しようとする２人。その時、勝舞の胸の「デュエル魂」がまばゆい光を放ち、片目のボルシャック・ドラゴンが現われた。ボルシャックの元に向かうと、そこには一つのデッキが。それは父、切札勝利のデッキだった！！
オーガとのデュエルでカードを強化させた勝舞。そこへ白凰、そして黒い死神・黒城凶死郎が現われる。黒城は白凰にデュエルを挑むが、白凰は、勝舞の「デュエル魂」を奪うことが先決だと取り合わない。プロフェッサー・マーチたちは何故「デュエル魂」を狙うのだろうか！？
クリーチャーを操る力を持つという、ただひとつの「デュエル魂」。これを手に入れ、人類を支配することがプロフェッサー・マーチの目的だった。「デュエル魂」をかけてデュエルをしろと勝舞に迫る白凰。そんなデュエルはしたくないとその場を去ろうとする勝舞たちの前に、黒城が立ちふさがる。おたがいの意地をかけて、勝舞と黒城のデュエルが始まった！！
黒城が持つ強化カード、「悪魔神バロム・エンペラー」の強大な力の前に敗れた勝舞。黒城は勢いづき、白凰にデュエルを挑むが、白鳳がデュエルの相手に選んだのは勝舞だった。『デュエルは勝つことが全て』と言い切る白凰に、勝舞は決死の覚悟で挑む。はたして勝舞は勝てるのか！？
勝舞と白凰のデュエルは、強化カード「聖鎧亜キング・アルカディアス」を持つ白凰に有利に進んでいた。一方、プロフェッサー・マーチのアジトでは、マーチがかつて勝舞の父、切札勝利に敗れた過去を拭うべく構築したデッキ、「デス・メタル・デッキ」が完成していた・・・。その恐るべき力とは・・・！？
裏切り者の烙印を押された白凰は、ジュラとデュエルをすることに。白凰の身を心配する勝舞たちはデュエルの場に駆けつける。心に迷いのある白凰に対し、ジュラは圧倒的な力を持つ「デス・メタル・デッキ」を使い、すさまじい攻撃をくり出す。このデュエル、勝つのはどちらだ！？
すさまじいデュエルの末、白凰はついにジュラに敗北し、崖下へ転落、海の中に消えていった・・・。白凰を助けようとする勝舞たち。しかしその前に、セプテンとオクトが立ちふさがり、ジョージ、ミミとのデュエルを迫る。その時、二人の持つカードが強化の光を放ち・・・！？
ジョージとミミは、セプテン、オクトに敗北、「デュエル魂」を奪われてしまう。プロフェッサー・マーチにクリーチャーを操る力を与えてしまうかもしれないと一同は落ちこむが、勝舞は希望を捨てておらず、まずは海に落ちた白凰を探しに行くことに。潮の流れが行き着く洞窟を探していると、深い霧とともにフードをかぶった一人の男が現われ、勝舞を挑発する。謎の男とのデュエルが始まる！男の正体とは・・・！？
謎の男の正体は、勝舞の父・切札勝利だった。勝利との壮絶なデュエルを通じ、勝舞はさらに一歩成長した。再び白凰を探す一同。その前に、プロフェッサー・マーチが敗者を閉じ込めるのに使うカプセルが現れた・・・。一方マーチのアジトでは、ようやく手に入れたものが、ただひとつの「デュエル魂」ではないことが判明していた。はたして、ただひとつの「デュエル魂」は何処にあるのだろうか！？
プロフェッサー・マーチのアジトでは、ただひとつの「デュエル魂」を持つに相応しいデュエリストを選び出すために、仲間同士での真のデュエルが始まっていた。まずデュエルをするのはセプテンとオクト。激しいデュエルが続く中、勝舞達もアジトに合流する。ついに敗れるセプテン。次なるデュエルはジュラｖｓオクト。兄弟同士の非情のデュエルが始まる！！
兄と弟の非情のデュエルは続き、ついに決着の時が来た。勝者は弟・オクト。敗れた兄・ジュラは、カプセルに封じられそうになるが、危機一髪、勝舞がそれを救い、アジトを脱出する。ジュラをなぐさめる一同。しかし、プロフェッサー・マーチの『デュエルは勝つことがすべて』という教えの元で育ったジュラには、勝舞達の友情が受け入れられないのだった・・・。
勝舞たちは、ジュラとのデュエルに敗れ、海へ落ち行方不明になっていた白凰をついに発見した！しかし、その傍らには黒い死神・黒城凶死郎の姿が・・・。白凰とのデュエルを望む黒城。一方、プロフェッサー・マーチに見捨てられたジュラはいまだ立ち直れずにいた。そこに現われたディッセンは、ジュラをそそのかし白凰とデュエルさせようと企む。傷ついた白凰、どうなる・・・！？
ディッセンの策略にはまり、勝舞が白凰より譲り受けた「デュエル魂」を狙うジュラ。彼の目を醒まし、救いたい勝舞は、デュエルをすることに！！しかし、プロフェッサー・マーチの組み上げた「デス・メタル・デッキ」を使うジュラの前に勝舞は大苦戦。ジュラを倒し、救うことはできるのだろうか・・・！？
勝舞は大逆転の末にジュラを敗り、彼に「楽しいデュエル」を教え、救うことができた。そこへオクトが現われ、勝舞の持つ「デュエル魂」を奪おうと、デュエルを挑んできた！「デュエル魂」を渡したくない勝舞たちはデュエルを拒むが、黒い死神・黒城凶死郎がオクトの前に立ちはだかる。黒城の持つ「デュエル魂」は、クリーチャーをあやつる力を持つ、ただひとつの「デュエル魂」なのか！？そしてデュエルの行方は！？
「デュエル魂」をかけた黒城凶死郎とオクトのデュエルの結果は・・・オクトの勝利に終わる。だが、この「デュエル魂」も、ただひとつの「デュエル魂」ではなかった！まさにその瞬間、突然、勝舞の胸の「デュエル魂」がまばゆい光を放ち輝きだした。これこそがプロフェッサー・マーチの求める「デュエル魂」なのか！？
勝舞の持つ「デュエル魂」をかけて、勝舞とオクトのデュエルは続く。小さな子供とは思えない、凶悪なまでの実力を持つオクトに、圧倒的に不利な勝舞だったが、白凰の、そしてジュラの想いを受けて、決死の反撃に出る！！そして決着の時・・・。上空に無数の「デュエル魂」が集まり、そして・・・！？
無数の「デュエル魂」が集まり、巨大に輝く、ただひとつの「デュエル魂」が現われた。クリーチャーを操るというその力を手にするべく、あの男がプロフェッサー・マーチに牙をむく。マーチから奪い手に入れた切札「暗黒凰デス・フェニックス」を操り、勝舞に最後のデュエルを挑んできた！武者ＶＳゼロ、人類の未来をかけたラストデュエルの行方は！？
人類の未来をかけたラストデュエルで勝利を収めた切札勝舞の熱いデュエルの激闘を振り返る！デュエルを共にしてきた仲間たちへの思い、クリーチャー達への思いが今語られる！
