ふりかけご飯とバトスピ大好き少年、陽昇ハジメはバトスピショップで出会ったアフロヘアのおじさんにバトルを挑んで、負けてしまう。おじさんから「誰にでも運命の一枚、デッキの中のヒーローがある。君の運命のカードは?」とたずねられたハジメは、ショップで新たなカード「英雄龍ロード・ドラゴン」を手に入れる…。
ハジメの両親はバトスピ研究のためにドイツへ行き、日本に残ったハジメはゆめみシティに住むキマリの家に居候させて貰うことに。その初日、キマリの弟コウタとバトスピショップに出かけたハジメは超有名少年カードバトラー、棚志テガマルと出会う…。
キマリが通う門出中学校にハジメが転校。登校初日に突然、生徒会室に呼び出された。バトスピで勝利して生徒会長になった変わり者カードバトラー、大泉マナブが会いたいと希望したからだ。そのマナブが学校代表のバトルでテガマルと対戦することに。ハジメはマナブの弟カタルとバトル会場についていく…。
バトスピ界チャンピオンとワールドランキング2位のエキシビションマッチが開催される。コウタと一緒に出かけたハジメは客席にいたマナブとカタルと合流、テガマルたちの姿も見つける。そのバトルの前に、バトスピ界の頂点に立つ者を決める『覇王(ヒーロー)チャンピオンシップ』の開催が宣言される…。
ヒーローチャンピオンシップへの第一歩のブロック大会。エントリーしていないハジメは急いでカードショップで手続きする。そこへテガマル組が現れた。テガマルと戦いたいハジメだったが、チヒロがバトル相手に。チヒロ親衛隊が熱烈に応援する中、ハジメVSチヒロのバトルが始まる…。
キースピリットが決まらず悩んでいるキマリはスピリット召喚のリハ中。母のハナヨからお使いを頼まれたハジメについていくキマリ。研究所にいる父のデンジロウにお弁当を届けるが、そこにいた新しい美人助手の花形マツリはキマリの憧れのヒトだった。マツリがバトスピが強いと聞いたハジメはマツリにバトルを挑む…。
ヒーローチャンピオンシップ会場のスポーツセンターには一万人のカードバトラーが集結。ハジメも会場に乗り込むと、チャンピオンのスピリット「龍の覇王ジーク・ヤマト・フリード」の模型前でコブシとチヒロに再会。テガマル組は自分たちが全国大会に進むつもりだ…。
テガマルには都市伝説があった。コウタはハジメにテガマルがフルーツ牛乳を飲む時は特別だと教える。それが何か分からないが…。二回戦も順当に勝ち進むテガマルとキマリたち。ハジメもコブシとのバトルに臨む。以前、敗北したことからコブシは打倒ハジメに燃える…。
ヒーローチャンピオンシップ二回戦が全て終了し、決勝戦第一試合が始まる。先ずはハジメとテガマルのバトルだが、二回戦のコブシ戦で不甲斐ないバトルをしたハジメは、いま一つ自信が持てない。そのハジメの様子にチャンピオンのアラタは気づく…。
テガマルに敗れ、落ち込みから抜け出せないハジメ。ヒーローチャンピオンシップ決勝戦、テガマルに続きキマリが勝ち抜いていく。その会場に門出中学校の柴門校長がやってきた…。
チャンピオンシップに敗れたハジメは北の波止場にいた。目的は武者修行。キマリの弟のコウタもついてきている。とあるラーメン屋でバトスピ仙人に勝てば凄いカードを貰えると聞いたハジメは、バトスピ道場に向かい、早速バトルすることに…。
ハジメとコウタがバトスピ仙人に連れて行かれた先は大露天風呂。そこにユーロチャンプのアントニー、赤ブロック代表になったお祝いで温泉に招待されたキマリとテガマルたちがいた。そこはバトスピ秘宝館。カードバトラーの心と体を癒す宿だ…。
バトスピ秘宝館のバトスピタワーで、キマリとコウタは「幻双龍シェイロン」「執事ペンタン」というお気に入りをそれぞれ手に入れる。ハジメも館内をめぐり、射的屋でレトロなガシャポン式ベンダーマシンを見つけた。そこで手に入れたのは…?
バトスピ武者修行を続けるハジメは、バトスピ仙人の招待でキマリの弟のコウタと一緒に雪山にくる。一方、カタルはバトルはやめて兄の応援で満足しているが、カタルのカバンからデッキが見つかる。バトスピ仙人は、カタルの本心を確かめようとハジメとのバトルをお膳立てする…。
クリスマスイブ。ハジメはバトスピ仲間とパーティに参加していた。そこへソリに乗ってバトスピサンタが現れた。バトスピサンタに勝手なおねだりをするキマリやコウタたち。だが、ハジメは逆に「夢って自分の手でつかみ取るものだろ」と言い放つ。ハジメを気に入ったバトスピサンタは、ハジメにバトルを挑む…。
バトスピ仙人の修行で鍛えられたハジメは、ついにハイランカーリーグに出場する。対戦者は正義のヒーローマニアの立花タメル。またの名を"タメルダー"という…。一目惚れしたキマリを、悪とみなしたハジメから救わんとハイランカーリーグに参戦してきたセレブなお坊ちゃまだ…。
キマリが、世界征服の野望のため、テガマルを手下にすると言い出した。テガマルの家、棚志家は戦国時代にメジャーな戦国武将に滅ぼされかけ、辛うじてテガマルが後継者として現代に生き残っていた一族。そんなテガマルの夢はお家再興だ…。
ハジメの新たなキーカード「爆炎の覇王ロード・ドラゴン・バゼル」をアントニーの鳩ソラリスがくわえて逃げてしまう。カードバトラーの団長でもある柴門は、ソラリスが落としたカードを拾う。探しにきたハジメが持ち主を名乗ると、柴門はカードに相応しいかを見極めるとハジメにバトルを挑んだ…。
ミカのショップにアフロヘアで正体を隠したチャンピオンのアラタがきた。ヒーローチャンピオンシップでもチャレンジャーを倒してヒーロー第1号になる気満々のアラタ。そこへ降ってくる雨。サファリの散歩中で雨宿りのハジメと、コブシたちと待ち合わせのテガマルが鉢合わせする。ハジメはテガマルにバトルを申し込み…。
覇王チャンピオンシップ全国大会がスタート。テガマルやキマリら予選通過者十八名とハイランカーシードを突破した六名、計二十四名が出場する中、ハジメは第一試合に登場。対戦者は古屋リュウタ。またの名を金シャチのリュウ。名古屋のカードバトラーだ…。
テガマルをライバル視する月島タスケは、親の転勤で九州ブロックから参戦した江戸っ子カードバトラー。そのタスケと一回戦で対戦した芹沢イサミは、序盤からアタックを一切せず着々と五体のミブロックシリーズをフィールド上に揃えていく。対するタスケはフィールドにスピリットが一体もいない状態に追い込まれてしまい…。
一回戦最後のバトルは、デッキ破壊を得意とする青デッキ使いの大泉マナブと、スピリットのコア除去とドロー強化を狙う紫デッキ使いの巽キマリの対戦に。マナブは「ツンドッグ・ゴレム」や「鉄の覇王サイゴード・ゴレム」でキマリのデッキを着実に破壊していく…。
ハジメは、チャンピオンのアラタと知り合いのカードバトラー、泉・ローラースルー・じゅん子(ローラ泉)と二回戦で対戦した。ローラ泉が好きな人(アラタ)に告白したくて大会に出場したと聞いたハジメは、ちゃらちゃらした気持ちが許せず…。
テガマルは陰気な少年、伏田シュウと対戦する。シュウは「氷の覇王ミブロック・バラガン」で、バーストを多用する戦法をとる。テガマルを信頼して勝利を疑わないチヒロとコブシ。コブシはテガマルにバトルで敗れ、夢がないなら俺の夢につきあえと誘われたという。一方、チヒロはテガマルが「夢に惚れてくれた」という…。
イサミは、バーストとブレイヴを融合させたバトルスタイル。戦いのプレッシャーで緊張しているハジメに、アフローヌに変装したチャンピオンのアラタは「なんで勝ちたい? なんで世界に進みたい?」と問いかける。答えられないハジメに、何かあったら思い出して欲しいという…。
ハジメは試合前のアフローヌの問いかけを思い出す。世界大会優勝やチャンピオンとバトルするためだけじゃない、両親の作ったバトルフィールドで一緒に戦ってきたカードたちとみんなで勝ち上がるんだと気づいたハジメは、自分の頬を叩いて気合いを入れる…。
春休みに突入したハジメはバトスピショップで一度もバトルフィールドでバトルしたことがないというクラスメイトの五十嵐マサキから対戦を申し込まれた。当初はぎこちなかったマサキも次第にバトルフィールドで実力を発揮していく。だが、明日には引っ越ししてしまうマサキにとってハジメとのバトルも今日が最後となり…。
春休み。ハジメと巽ファミリーは南の島にやってきていた。偶然を装い追ってきたタメルは、海の中を進む怪物を目撃してキマリに報告。怪物を使っての世界制服を夢見るキマリは、ハジメたちも巻き込んで怪物探しを開始する…。
幻のカードを探すキマリとハジメたちは、中国の港で大泉兄弟と再会。一緒に世界的に有名なバトスピコレクターの屋敷を訪ねてみるが、カードを狙う怪盗一味と疑われる。そこへ本物の怪盗ドラゴンアイが現れた。コレクターに捕まったキマリたちを残して屋敷奥へと追い詰めたハジメとマナブはバトスピで話をつけることに…。
服が買いたいというキマリの命令で中国のとある港に寄港するジーニアス号。ハジメたちもお供で下船。ブティックでキマリが試着をして迷っている中、ハジメはスリに財布を盗まれる。すぐさまスリを追うハジメたち。その時、スリの前に少年が一人立ちはだかった…。
中国の街でテガマルたちに追われる少女を見たハジメたちは少女をジーニアス号に保護する。少女は明治貴族の血を引く名家の娘で、両親の進める結婚話のために夢を諦めるしかないのだと言う。それを聞いたハジメは、少女の両親に将来をバトルで決めさせてくれと頼む…。
アラタを追ってイタリアへやってきたハジメたちはイギリス代表のレナードと再会した。そこに現れたアラタは、女の子にフラれてカッコ悪い所を見られてしまう。アラタは新しい恋をゲートオープンするため、フラれた彼女との思い出のカード「天剣の覇王ジーク・スサノ・フリード」でバトルをしたいと言い出して…。
幻のカードの噂を聞いたハジメたちは、古書店でテガマル組と再会。店主の紹介状を手に、持ち主のラゴシア伯爵の城へ向かう。伯爵はテガマルが歌留多を申し受けにきたというと城内へ招き入れ、幻のカードを見せる。それは先祖が奪われたものだと返却を求めるテガマルに、ラゴシア伯はバトルでの決着を突きつけた…。
ハジメたちに絡む悪ガキたちをバトスピ勝負で追い払ったカタブラ。そのカタブラはある国の石油王のプリンスだった。ピザ屋に入った一行は二万枚目を食べた客として記念品のカードを貰う。カタブラが「ロック・アラディン」を、ハジメがネクサス「神焔の高天ヶ原」を選び、二人は新しいカードでバトルすることになる…。
チャンピオン・アラタの指名で、ハジメの父、陽昇マヒル博士とのエキシビションマッチが決定。会場のニューヨークに乗り込んだハジメたちは、マヒルのプレゼントで最高席に陣取る。ギャラクシー渡辺の司会で盛り上がる会場に登場したマヒルは、バトルフィールド研究は息子の一言で開始したと明かす。そして、ハジメのデッキがチャンピオンに通用すると証明するために、同じデッキでバトルに挑む…。
アメリカのバトスピショップでベツバラという名の凄腕カードバトラーの噂を聞いたハジメたちは、港に戻ったところでジーニアス号に立ち入り禁止のテープが張られているのを見つける。それは港の警備員ベツバラの仕業。海から現れたノラ・ニャオを見たベツバラは、怪盗ドラゴン・アイと悪の組織サンセット団の密輸だと勘違いしてしまう…。
日本にジーニアス号が帰還。下船した一同は、世界大会での再会を約束しあう。キマリはサンセットを巽家へ招待。家庭料理でもてなされて和むサンセットだが、世界征服を企む悪の超天才の自意識を懸命に保って、ぐっと踏みとどまる。ハジメたちは建設中のヒーロースタジアムを見に行く。世界大会第一回はこの夏、日本で行われる。そこにくるテガマル組と、マナブも現れ、奇しくも日本代表三人が揃う…。
バトスピショップに大噴火のヒデが現れた。テガマル組のコブシにバトルを挑むためだ。ヒデは、ヒーローチャンピオンシップ赤ブロック大会でコブシに負けた屈辱を、このバトルで晴らすつもりらしい。十二宮Xレアを次々に召喚してアタックするヒデに対し、コブシはネクサスのコアブーストで対抗するが…。
新学期の門出中学校で、生徒会長選挙にキマリとカタルが立候補した。名生徒会長マナブの弟という肩書きが重荷になり、選挙戦で苦戦するカタル。ハジメは「選挙はお前のホントの姿が伝わればいいんだよ」とカタルを応援する。そして選挙当日。「候補者を見るには、バトルを見るのが一番」という柴門校長の考えで、投票前にバトスピが行われる。
ギャラクシー渡辺が番組取材で夢見町にやってきた。ミカのショップで「ペンタン」を手に入れたギャラクシーは「ペンタン」好きのコウタにそのカードをプレゼント。ハジメもバトスピタワーで新カード「爆氷の覇王ロード・ドラゴン・グレイザー」を手に入れる。そこへ日本大会決勝で戦ったイサミが現れ、新しいカードの対戦相手を買って出た…。
世界大会参加のカタブラが来日したが、ばあやのモシリータの姿がなく、傍にいるのはセル爺。一方、キマリの所に来たタメルの傍にはモシリータ。執事のセル爺はタメルが日本代表に落ちて以来、タメルのためを思って、叱咤激励してきたのに解雇されてしまった。キマリは我が儘なタメルを懲らしめ、二度と「キマリ姫」と呼ぶなと釘を刺す…。
新バトスピスタジアムで世界大会がいよいよ開幕。選手のハジメとカタブラは、マナブやレナード達とも再会。ハジメはテガマルも見かけて声をかけるが、何故か不機嫌そうだ。満員の観客を前にギャラクシー渡辺が登場。様子のおかしいテガマルを気にかけるハジメ。チヒロたちから話を聞くと…。
世界大会2日目。Dブロックのマナブは第三回戦に進出してイギリス代表のレナードと対戦。序盤で互いにバーストセットした後、レナードのフルアタックで果敢に攻められるも、得意技のデッキ破壊で対抗するが、即座にライフを削る作戦に切り替える。速攻タイプのカードバトラーのレナードに対する、マナブの作戦は功を奏するか?
幻のカード「絶対なる幻龍神アマテラス・ドラゴン」を手に入れたテガマルは、以来、バトルスタイルが変わってしまう。そのカードを譲ったラゴシア伯の警告を思い出し、心配するコブシとチヒロ。大会はブロック対抗戦に移り、Hブロック代表のノラは、Gブロック代表のテガマルと対戦。淡々としたテガマルのバトルに底知れぬ何かを感じる。
ついに世界大会も準決勝。その第一試合に登場し、互いにスピリットを召喚してライフを削り合うハジメとレナード。それぞれのキースピリットもバー スト召喚した二人は、白熱のバトルの末、ハジメのライフが残り2、レナードは残り1となる。そんな中、レナードはバトスピで人生が変わったというある騎士の話を始める。
準決勝第二試合はカタブラ対テガマル戦。ハジメたち仲間のエールを受けたカタブラは、世界大会用に投入した新カード「ディクタトール・シーザー」のアタック時効果と「聖者の樹の実」効果発揮の二重作戦で、キースピリット「アマテラス・ドラゴン」を召喚させないようにテガマルのメインステップを封じる作戦に出る。
夢の大一番、ヒーローチャンピオンシップ決勝戦がついに始まる。仲間とテガマルのためにも勝ちたいハジメは、序盤からバーストラッシュで攻勢にでる。そしてテガマルのスピリットを一掃し、ライフを削る。ライフ減少によりテガマルのバーストが発動し…。
バトル前のアラタに、戦いたかったという思いを伝えるハジメ。見ていてくれとアラタは応じる。そして、ついにヒーロー決定戦が始まる。チャンピオン・アラタに対し、「相手の力を引き出して勝つ」スタイルで戦うテガマル。アラタもバトスピ魂でフルアタック。テガマルのライフを残り1まで追い込むが…。
第2回ヒーローチャンピオンシップの開催地がパリに決定。各地のカードバトラーが次の世界大会に向けて動き出した頃、ハジメは、巽家から陽昇研究所に戻る。キマリはテガマルとハジメへ二人を互いに戦わせるように仕組んだ「挑戦状」を渡す。
テガマルが「絶対なる幻龍神アマテラス・ドラゴン」を召喚。そのアタックを受ければ、ハジメの敗北は必至だ。召喚時効果でフィールド上のスピリットが一掃される中、「爆氷の覇王ロード・ドラゴン・グレイザー」は【重装甲∞】の効果で生き残り…。