御池学園に通う高校1年生の少年・森宮依人は、友達とワイワイ遊ぶよりも一人で趣味にいそしむタイプの性格。そんな依人の趣味は、さまざまな「空」の写真を撮る事。その日も夜明けの空を撮ろうと、水辺の森公園に日の出前からやってきてカメラを構えていた。そこで依人は、不思議な少女・四方茉莉と出会う…。

廃墟の教会で、茉莉が謎の男・辻堂に攻撃されているのを目撃した依人。茉莉を「夜禍」と呼ぶ辻堂から「関わるな」と忠告された依人だったが、何とか逃れた茉莉を、自宅へ連れて帰る。翌日、茉莉がお喋りの相手をすると言い出した。彼女の矢継ぎ早の質問に思わず「それよりお前は」と切り返す依人。それに対して茉莉は…。

茉莉が依人の家に住み着いて数日が経った。玄関前で真名と鉢合わせした依人は、茉莉を見られまいとドギマギする。さらに、蒼乃のいる病院でもそわそわしている様子の依人。それらの様子を見た真名は、彼を不審に思う。その後、帰宅した依人は、茉莉が外出した事を知る。出歩くのは危ないと依人が彼女に注意していた時…。

蒼乃が入院中の加名見総合病院には、真名の妹・こよりも入院していた。こよりは無口で愛想も良くない蒼乃を慕い、彼女の部屋に入り浸っていた。だが、こよりは退院が決まって以来、先に退院することを蒼乃に言い出せず、彼女への態度がぎこちなくなる。そんなある日、こよりは蒼乃と初めて出会った時のことを思い出す。

依人の家に匿われている茉莉。とはいえ、本人は大した緊張感もない日々を過ごしている。ある雨の日、茉莉は依人をある場所に誘う。その場所とは、前日の晩に依人が教えてくれた空のきれいな場所…。そこで雨雲に覆われている空を嬉しそうに見上げている茉莉。そんな彼女を見ているうち、依人は彼女の気持ちを察して…。

依人の助けで、辛うじて追っ手を退けた茉莉は、偶然居合わせた真名に自分の正体を知られてしまった。だが、茉莉が普通の人間じゃないとうすうす勘付いていた真名は、素直にその事実を受け入れてしまう。そんな中、匿い続けている茉莉の存在を入院中の蒼乃に伝える決心した依人だったが、そのまま伝えることができず…。

失踪してしまった茉莉を探し続ける依人。初めて出会った公園の自販機の前、雨のデートで行った川、池…。だが、どこへ行っても茉莉の姿は見当たらなかった。一方、そんな依人に茉莉のことを忘れさせるため、蒼乃はリビングにあった空の写真を片付けてしまう。その姉の行為に怒り家を飛び出した依人だったが、彼の前に…。

学校で居眠りしていた依人。それは、朝まで蒼乃とDVDを見ていたからだ。だが、その記憶に違和感を覚える依人。さらに真名から蒼乃とは昨日どうだったかと聞かれた依人は、詳しく思い出すことができず記憶が混濁し倒れてしまう。そして真名に送られ帰宅した依人は、大事なことを忘れている気がすると蒼乃に告げるが…。

路面電車の車庫で対峙する茉莉と蒼乃。「あなたはもういないの」と言って、無数の折り紙で茉莉を攻撃する蒼乃。だが、反撃をせずに防戦するだけの茉莉は、次第に追い詰められていく…。一方、茉莉を探して車庫の近くの線路沿いに来ていた依人と真名は、遠くで鉄骨の落ちる激しい音を聞きつけ走り出す。

住宅地の廃屋。茉莉を刺してしまったことを思い出した依人。そんな依人に対して、真名は「大事な話がある」と言う。一方、コンビニで繭子と茉莉のための買出しをしていた辻堂は、そこで紗絵と出会う。買出しに出た辻堂を造船所の廃倉庫で繭子と待っていた茉莉は、依人と蒼乃とのはるか昔の因縁と経緯を繭子に話して…。

自分の部屋の天井を見上げていた依人は、椅子を引っ張り出し、その上に乗ると、天井一面に貼ってある「青空」の写真を剥がし始めた。それは、依人の決意の表れであった。写真を剥がしながら、茉莉に言った言葉を思い出す依人。そして、写真を全部剥がし終えた依人は、天井をじっと見つめていた…。

月夜の中、屋根の上で向かい合う茉莉と蒼乃。蒼乃の方を見据えて茉莉は、依人への想いを話し始めた。一方、その依人は、廃工場街の今はもう使用されていない映画館の椅子に座っていた…。そして、辻堂と繭子の旅路に終わりはあるのだろうか…？

生まれつきの「夜禍」である茉莉と、人間から「夜禍」になった蒼乃と、蒼乃の弟・依人の関係はどうなるのか？ 数奇な運命に翻弄されてきた彼等のとった行動とはいかに…！