自称「日本一のケンカ番長」大門大がある日出会ったのは、デジモンを取り締まる組織「ＤＡＴＳ（ダット）」を脱走したアグモンだった。ケンカでアグモンに「アニキ」と認められた大は、街で暴れ回っていると疑われた「子分」アグモンのため、コカトリモンに素手で戦いを挑む。

デジモンはデジタルワールドに強制送還されると知った大は自分の部屋にアグモンを隠そうとするが、妹の知香と母親の小百合に見つかってしまう。しかも、アグモンを監視するためＤＡＴＳから派遣された淑乃まで大門家に居候することに。そんな時、知香の小学校で奇妙な事件が発生する。

明晰な頭脳と優れた身体能力でクールにミッションを遂行する「トーマ・Ｈ・ノルシュタイン」が、ＤＡＴＳ日本支部に復帰した。自分とアグモンを邪魔者あつかいされた大は、ボクシングで腕試しをするが引き分けるのがやっと。そうするうちに、プチメラモンが大量に出現し、街は大混乱に陥る。

隊長の命令で、共に戦うことになった大とトーマ。しかし、クールなトーマと熱血漢の大は、まさに水と油のように相性が悪かった。協力しあうどころか、バラバラに行動して互いに足を引っ張り合う始末。デジモンを使った銀行強盗事件が発生し、二人は再度チームを組むことになるが…。

逃してしまったドリモゲモンを追って、トーマは禁じられているデジタルワールドへのデジタルダイブを強行する。後を追おうとする大を止める淑乃だったが、転送機を壊してでも行こうとする大を止めることはできなかった。大はトーマと再会し、ドリモゲモンを倒せるのだろうか…？

パートナー同士のはずなのに、タマゴ焼きの取り合いから大ゲンカになってしまった大とアグモン。もう兄貴でもなければ子分でもない、とお互いに意地を張り合ってしまう。アグモンと絶交した大は、市街地に現れたエレキモン相手にどう戦うのか。彼らはふたたび共に戦うことができるのだろうか？

大とアグモンが、揃ってトーマに頭を下げた！　ありえない出来事にＤＡＴＳの誰もが目を疑ったが、それは、明日誕生日を迎える大の妹・知香のためだった。大は父親代わりに知香と一日遊ぶ約束をしたのだが、追試のため一緒にいられなくなってしまったのだ。トーマは、一日だけ大門家の家族になることを決意する。

淑乃と人気歌手の熱愛発覚!?　マスコミに追い回され、テレビに顔写真や名前まで出てしまった淑乃。ＤＡＴＳにはファンからの抗議が殺到する事態に。だがそれは、歌手のマンションで見地された謎のデジモン反応を調べるための極秘任務だったのだ。テレビの世界にクリサリモンの魔の手が迫る！

プロボクサー・早瀬は、怪我から復帰したあと連勝を飾り、世界戦の切符を手にする。だが、その裏にはデジモンの存在が疑われた。幼い頃から早瀬のクリーンファイトを知り、彼の強さにあこがれていたトーマは、慎重に調査を進めた。そして彼とのスパーリングを通じてある結論に達する。

トーマの邸宅に招待された知香・大・アグモン。だが、大たちのマナーの悪さに、知香は怒って邸宅を飛び出してしまう。そして知香を追った大は、知香の言った通りの災難に次々と見舞われてしまう。アグモンによると、それは見えないデジモンのせいだというのだが!?

おやつを全部食べてしまったアグモンの責任をとらされた大は、新たに友人・耕一郎の和菓子店「しらとり庵」に、人気の「しらとり饅頭」を買いに行く。だが、耕一郎によると店は休業状態だという。一方、ギャンブルで負け続けていた耕一郎の父親が、突然大勝ちをし始めるのだが…。

新たなデジモン反応の知らせを受け、大たちが向かったその場所は…なんと大自身の家だった！　人間界に落ちてきたデジタマから誕生したプワモンは、すぐに知香と仲良しになる。しかし、そこに現れたのはプワモンを連れ戻そうとするファルコモン。ファルコモンの攻撃が知香に迫ったその時…!?

知香をかばってメルクリモンに立ち向かっていったピヨモンは、デジタマの姿でデジタルワールドへと連れ去られてしまった。人間たちの邪気を吸ったデジタマからは、知香の記憶を持ったままのピヨモンが誕生し、アクィラモンに進化して人間界へと舞い戻る。しかし、その心は邪気に犯されてしまっていた…。

メルクリモンを倒すためデジタルワールドへと向かう大たち。彼らを迎えたのは、デジタルワールドに住む謎の少年イクトだった。ピヨモンを追って人間界に現れたファルコモンも、イクトのパートナーとしてともに大たちを襲う。デジモンの敵である人間を許さないと言うイクトは何者なのか!?

メルクリモンがいるという無限氷壁を目指して進む大たち。不気味な横向きのビルが建ち並ぶ谷でメタルファントモンに襲われ、悪夢による精神攻撃を受ける。そこでトーマが見た悪夢は、幼い頃に失った母の記憶。しかしトーマは悪夢に負けたりはしなかった。過去を乗り越える力が、ガオモンを完全体へと進化させる！

メタルファントモンを倒したものの、淑乃が高熱を出して倒れてしまう。さらに、そこに現れたイクトまでもが同じウィルスに感染して倒れてしまった。イクトを救いたいファルコモンは、やむを得ず大たちに協力を求める。ふたりを救うためのワクチンは、かつて人が住んでいた「汚れた場所」にあるというのだが…。

淑乃はようやく回復したが、大やトーマの足手まといになっていると自信を失っていた。幼い頃にピアノの発表会で演奏できなかった記憶がよみがえり、戦いたくないと言い出す淑乃。だが、ひとりでマンモンに立ち向かうララモンの姿を目にして、淑乃は戦う気力を取り戻す。そして、ララモンは完全体ライラモンへと進化する！

ようやくメルクリモンの待つ無限氷壁にたどり着き、メルクリモンとの戦いの火ぶたが切って落とされた！　強大な力を持つメルクリモンは、なぜ人間たちを憎んでいるのか。そして、大の父・英との関係とは!?　大たちの前に現れた、デジヴァイスのおっちゃんが語る過去とは…！

デジヴァイスのおっちゃんに助けられ、現実世界へと戻ってきた大たち。長官が10年前のデジタルワールド探検隊のことを話し、そのメンバーだった野口夫妻こそが、イクトの両親だと判明する。それでもデジタルワールドへ帰りたいと言うイクトの前に、ゴツモンが現れて…!?

大たちは、イクトの実家を訪れる。10年前、超空間を研究する両親・野口夫妻の目の前で、イクトはデジタルゲートに消えてしまったのだ。本当に自分の両親なのか確かめようとするイクトの前で、デジタルワールドから現れたハグルモンが暴れ回る。その中には取り込まれたイクトの母親が…！

実の母親の前から逃げ出したイクトは、人間界でも追われる身となってしまった。大たちは、ファルコモンからも離れひとりぼっちのイクトを探し回る。しかしその頃、人間との全面対決を視聴するサーベルレオモンの号令のもと、ゴツモンをはじめとするデジモン軍団が人間界に攻め込んできつつあった…！

デジモン軍団はデジタルワールドに追い返された。しかし、その際デジタルゲートを開いた倉田博士がイクトの引き渡しを要求してくる。大は、それを拒んで自分がイクトの面倒を見ると宣言。大の家族も、イクトとファルコモンを優しく迎えるのだった。そんな時、今度はサーベルレオモンが自ら人間界に攻めて来た！

デジモンと和平交渉をするという倉田を護衛するため、大たちはふたたびデジタルワールドへ向かうことになった。そこに待ち受けていたのはまたもやゴツモン。しかし今度は、完全体に進化してインセキモンとなり、圧倒的な力で大たちを襲う。その頃、人間界に残っていたイクトは、大の母に悩みを打ち明ける。

駆けつけたイクトによって戦いは回避されたかのように見えたが、倉田を見てメルクリモンの態度が変わった。倉田はかつてデジタルワールドに災厄をもたらした、張本人だったのだ。以前サーベルレオモンを倒した謎のデジモンも、倉田が作り出したものだった。そして、そのギズモン：ＡＴがメルクリモンを攻撃し始め…。

倉田の本当の目的が明かされた。それは、デジモンの完全抹殺。彼の作ったギズモンとは、捕獲したデジモンを改造し、心を奪って道具のように使えるようにしたものだった。疑似進化によって成熟期となったギズモン：ＸＴの攻撃から、大たちをかばうメルクリモン。イクトはファルコモンを完全体ヤタガラモンに進化させる！

先に人間界へ戻った倉田によって、大たちは反逆者として罪を着せられてしまった。ＤＡＴＳ隊長の薩摩は逮捕され、人間界へと戻った大たちも記憶を奪われてしまう。アグモンたちは閉じこめられていたが、大たちとの絆を信じて脱走。記憶をなくした大たちは、果たしてパートナーとの絆を取り戻すことができるのだろうか？

ＤＡＴＳ本部が破壊され、大たちはデジタルワールドへ向かった倉田を追うことができなくなってしまった。デジタルワールドを救うためには、イクトの父・野口教授を頼るしかない。国家機密省に囚われていた野口夫妻を救出し、デジタルゲートを開いてもらおうとするのだが…。

薩摩隊長の捨て身の攻撃により、なんとか大たちはデジタルワールドに到着した。デジモンの長老ジュレイモンを探す大たちだったが、倉田に送り込まれデジタルワールドを破壊している、大量のギズモン：ＸＴに取り囲まれてしまう。絶体絶命の大たちの前に現れたのは、通りすがりの番長ことバンチョーレオモンだった。

デジモンに変身する倉田の手下たちとの戦いで、大たちのデジヴァイスが壊れてしまった。このままでは戦うこともできないと、デジヴァイスを修理できる大の父親を探そうとする大たち。そんな彼らの前に、再びバンチョーレオモンが現れた。彼は問う。「お前たちにとってデジソウルとは何だ」と…。

バンチョーレオモンに聖なる都へ向かえと言われた大たちは、街そのものを背負った超巨大デジモン・エルドラディモンと出会った。しかし大たちは倉田の仲間と誤解され、聖なる都に住むデジモンたちに捕らわれてしまう。獰猛なケルベロモンをけしかけられ、処刑されそうになった大たちの運命は…!?

聖なる都を襲ったギズモンたちの脅威は、大勢の仲間たちを連れて駆けつけたイクトによって回避された。倉田たちの居場所を発見し、打って出ようとする大と守りに徹するトーマの意見が対立する。大とイクトが倉田のもとへ向かった時、倉田の手下ナナミがトーマの前に現れる。手を組まないかと言われたトーマは…。

なんとかナナミを倒したトーマだったが、聖なる都を守る湖を作っていた滝が破壊され、防御が手薄になってしまった。倉田の軍勢がこのチャンスを見逃すはずがない。イワンが先頭に立ち総攻撃が開始され、淑乃とララモンが立ち向かうことに。協力なデジモンへの変身能力を得たイワンに勝ことはできるのか!?

倉田のしかけた時空振動爆弾によって、大たちはエルドラディモンとともに人間界へやってきてしまった。このままでは人間界も戦いに巻き込まれてしまう。エルドラディモンの元へ向かおうとする大の前に、新たな力を手に入れた聖が現れる。二人の決着をつけるための戦いが、今はじまる！

エルドラディモンはギズモジャベリンに貫かれ、さらにトーマが謎の男たちとともにヘリで飛び去ってしまった。無言で大たちの元を離れたトーマは、実家に戻り病身の妹・リリーナと再会していた。だが、そこでトーマを待ち受けていたのは倉田だった。驚愕するトーマに、倉田はある取り引きを持ちかける…。

「倉田とともに平和な世界をつくる」と言いはなったトーマへの怒りは、シャイングレイモンに恐ろしい変化をもたらした。バンチョーレオモンが絶対に使うなと警告した“バーストモード”を、大は発動させてしまったのだ。そして、負のパワーによって凶暴化したシャイングレイモンは、街を破壊し…。

手当てされ目を覚ましたイクトとファルコモンが、究極体・ベルフェモンを復活させデジタルワールドと人間界を支配するという倉田の野望を告げる。やがてベルフェモンが解き放たれるその時、トーマの妹・リリーナの病気を治療するため、デジモンと融合させる手術が始まろうとしていた。果たして、トーマの本当の目的とは…？

トーマにいっぱい食わされたことを知った倉田は、自ら融合することで強大な力を持つベルフェモンレイジモードへと進化した。トーマがミラージュガオガモンとともに帰り、ファルコモンが究極体レイヴモンへと進化。残るは、デジタマとなったアグモンが戻ってくるのを待つだけ。大はアグモンを呼び戻すことができるのか？

大の叫びと純粋なデジソウルが、アグモンをよみがえらせた。ボロボロになったトーマたちもまた、ベルフェモンに反旗を翻す。憎しみからではなく、仲間と心をひとつにすることで発揮できる真のバーストモードが発動する。ベルフェモンを、究極をも凌駕する本当の力が…！

ついにベルフェモンが倒れた！　しかし、最後の瞬間に倉田は時空振動爆弾を炸裂させる。世界の壁が崩れたことにより、デジタルワールドと人間界はやがて衝突し、ともに消えてしまう。デジタルワールドの神・イグドラシルは、その前に人間界を消滅させるべく行動を開始した。果たして人間界の運命は!?

デジタルワールドの動きが止まった！　バンチョーレオモンがみずからのデジソウルをすべて解放し、堕ちてくるデジタルワールドを支えているのだ。イグドラシルに会うためデジタルワールドへ向かった大たちは、そこで新たな敵ロイヤルナイツの一人であるクレニアムモンと出会うことになる！

ロイヤルナイツたちとともに現れた人物は、驚くべきことに大の父・英だった。しかも、英こそがイグドラシルその人だというのだ！　大たちは危機一髪のところを薩摩隊長とスレイプモンに助けられ、いったん人間界へ戻る。しかしロイヤルナイツのひとりデュークモンもまた、人間界へとやってきていた…！

父の本心を確かめるため、一人デジタルワールドへと向かった大。人間界はロイヤルナイツたちの軍勢に侵攻され、淑乃たちがそれを迎え撃っていた。そんな折、トーマの父親は無謀にも故郷へ向かおうとしていた。世界は今、どこにいても危険であることに変わりはない。トーマはリリーナを守るため、父のもとへ向かう！

ロードナイトモンを撃破したトーマは、大を助けるためデジタルワールドへ向かうことを決意する。淑乃たちもまた、人間界で戦い続けていた。そんな時、大の家に異変が起こる。竜巻とともに、幼年期のデジモンたちが落ちてきたのだ。そしてそこには、かつて知香と心を通わせたピヨモンの姿があった…。

大とアグモンは、再びゴツモンと合流しイグドラシルの元へと急いでいた。その前に立ちふさがったのはクレニアムモン。イグドラシルから与えられた最強の槍クロウ・ソラスと、最強の盾アヴァロンを持つクレニアムモンには、ジオグレイソードすら太刀打ちできない。そこへ、人間界からトーマたちが駆けつける！

トーマや淑乃、イクトたちが敵の相手をする中、大とアグモンはようやくイグドラシルの前にたどり着いた。だがその時、大たちに道を譲ったはずのクレニアムモンが人間界に姿を現す。知香を守ろうとするピヨモンが迎え撃つが、果たしてその目的とは!?　そして大と英の対決の行方は!?

突然姿を現し、本当の父は自分だと宣言したバンチョーレオモン。彼は大たちを前に、なぜ自分が大門英であり、イグドラシルが英の姿をしているのかを語った。真実が明らかになった時、英の姿をしたイグドラシルがふたたび大たちの前に姿を現し、容赦のない猛攻撃をしかけてくる。大たちに立ち向かう術はあるのだろうか…。

ようやく倒したと思ったイグドラシルが、真の姿を現した。大たちを攻撃するだけでなく、天罰と称して人間界をも破壊しようとするイグドラシル。人間界へと降り立ったイグドラシルを追う大たちは、その圧倒的な力にひるむことなく、最後の戦いを挑む。大たちの思いは、人間とデジモンたちの心を一つにする！

大とアグモンは、トーマや淑乃やイクト、それにロイヤルナイツをも含む数多くのデジモンたちの思いを受け、渾身の一撃をイグドラシルに放った。そうして、イグドラシルはついに敗北を認める。そして、人間界とデジタルワールドの間にあった次元の壁が復活し始め、デジタルゲートは閉じられることになる…。