海上テロから船舶を護る“haru-nico”警備保障の護衛艦“パスカルメイジ”。 その艦内システム・アップデートのため、凪宮漂介は海上都市へと降り立った。 ところが空港でクレイオ・アクアノートが起こした騒ぎに巻き込まれ、 深水さんごに車上荒らしと誤解されてしまう。そのまま誤解が誤解を呼び、 結果的に綿摘翼の風呂をノゾいた漂介は、怒れる“パスカルメイジ”クルーに取り囲まれてしまった。 実は“パスカルメイジ”の乗組員は全員女性。しかも艦長を務める人物は、 両親の離婚により離ればなれとなっていた姉・美咲七波だった。驚く漂介が姉との再会を喜ぶ暇もなく、 艦は港を出る。危険が渦巻く大海原で“パスカルメイジ”を待つものは――!?

撃沈された僚艦“おりびえ”の調査に向かった“パスカルメイジ”は、高度なステルス性を有する不明艦から攻撃を受ける。不明艦の目的は“パスカルメイジ”の撃沈。彼らこそ“護衛艦狩り”と呼ばれる正体不明の海賊であった。分析の結果、不明艦の正体が洋衛軍の実験艦と判ると、レマラ保険担当官は話し合いによる政治的解決を七波に命じる。しかし艦とクルーの安全を最優先する七波は、戦闘は回避できないと判断。その命令を拒否し、不明艦に対し戦火を開いた。再会した姉が見せる険しい表情に、漂介は目を見張る。彼が知る七波は、優しく泣き虫な“七姉”であったはず……。はたして、漂介と別れていた5年の間、七波に何があったのだろうか。

“パスカルメイジ”を襲った不明艦の正体は、海賊に奪われた洋衛軍の新鋭艦であった。しかし調査委員会に召還された七波を待っていたのは、先の戦闘をあくまで「事故」として隠蔽する報告……。軍の隠蔽体質に憤った七波は、激しく反論する。だが逆に、翼たちの軍施設不法侵入の件を持ち出され、言葉に詰まってしまう。七波に私怨を抱くレマラ保険担当官の手で、クルー全員の解雇処分も進められようとしていた。同じ頃、そうとは知らぬ“パスカルメイジ”クルーは、艦長の帰りを待ちながらビーチで羽根を伸ばしていた。はしゃぐクルーをよそに、七波の事が心配で気もそぞろな漂介。艦内作業も終わり、彼がここに居られる時間も終わろうとしていた。

2年に一度行われる、環太平洋連合主催の大規模観艦式。護衛艦“パスカルメイジ”も、要人警護の任務を受ける。艦上には製品モニタリングの為に舞い戻った漂介の姿もあった。短い別れを契機に七波とも昔のような親しい関係に戻ることができ、幸せな漂介。そしてふたりを巡り、クルーの間には様々な憶測・ゴシップ・妄想が飛び交う。なにせ余分な空き部屋がない艦内で、七波と漂介は同じ部屋に寝泊まりする事になったのだ。実際のところ、姉でありながら七波を異性として意識してしまう漂介の胸中は、穏やかではない。一方、海上都市を脱出したテロリスト姉妹フルードとフロートは、組織のバックアップを受けて戦闘装備を整えた。姉妹は“護衛艦”を狙い、活動を再開する。

“カラムアレイ”――悪名高い渋滞海域。東ルースの副大統領エーラを観艦式会場に送り届ける任務を受けた“パスカルメイジ”は、進路をカラムアレイ海峡に向ける。護衛艦好きのエーラは、艦をいたく気に入った様子。自らのエスコートに漂介を指名し、艦を案内させる。気に入った相手は男女を問わず挨拶代わりにキスを迫る彼女に、クルーは唖然呆然……。そしてその夜、“相似形の悪夢”と恐れられるフルードとフロートの作戦が始まる。艦船が密集する海域で、突如のミサイル攻撃。“パスカルメイジ”の僚艦“コールマン”が、炎に包まれた。レーダーにイリーガルの影なし。敵を以前戦った相手――最新ステルス艦と分析した七波は、海域からの離脱を図る。

グランドロアで破壊された海上プラント跡へと逃げ込んだ“パスカルメイジ”は、哨戒機“カモメ”を先行させて警戒にあたる。パイロットは飛行科の翼たち。しかし暗礁域と化した海域で、レーダーに映らぬ敵を見つける事は至難の業であった。地道に哨戒活動を行う“カモメ”をあざ笑うかの様に、フルード姉妹による次なる攻撃が始まる。その手駒は、最新ステルスを搭載した攻撃ヘリ。ＣＩＣの七波たちに動揺が走る。ロックオン出来ぬヘリの攻撃を、艦は避けられない。対空砲を狙い撃ちされた“パスカルメイジ”に、反撃する術はなかった……。一方、不審な海水温度分布を元に、“カモメ”は敵のステルスシステムを捜索する。はたして翼は、艦の危機を救えるのか!?

南波島(なうみじま）への帰途に就いた“パスカルメイジ”。任務を終えた艦内には、ゆったりとした時間が流れる。と、そのとき艦内の全システムに異常が発生した。それは外部からのネットワークテロ――。“パスカルメイジ”は全機能を失ってゆく。情報統括長の美晴は、ただちにネットワークからＣＩＣを独立させる必要があると判断する。しかし、外部からの強制リンクを切断するのが先と考えた真夏・真秋のふたりと意見が対立してしまう。ふたりの不真面目な態度が、美晴には面白くない。真夏たちは、美晴の押しの弱さが気に入らない。だが、美晴の発見はそんな不協和音を吹き飛ばした。艦を襲ったウィルス・プログラムに、美晴は覚えがあったのだ――。

南国・タアロア島で休暇を過ごす“パスカルメイジ”クルー。最近、漂介と急接近中の翼は、彼を散歩へと誘い出す。見晴らしのいいオープンカフェで、ぎこちなくデートする2人。こっそり様子をのぞき見て大はしゃぎな真夏たちをよそに、七波の態度は素っ気ない。七波にとって漂介は、あくまで「弟」のはずなのだが……。3日後には、テラの祭りが行われる。赤い夕陽にかかる紫色の光の輪を、好きな相手と見ると永遠に結ばれるという言い伝え。淡い想いを次第に確信へと変えた翼は、祭りに漂介を誘う。彼らの様子に、七波の心は……。その頃、同じ島の一画では、タアロア島政府高官と企業体“リディル”による会合が、大詰めを迎えていた。

東アジアの制海権を巡り、洋衛軍と民間警備会社の合同による治安出動が行われる。ランスイール諸島における海賊退治。環太平洋連合による、絶対的な権力の確立を目的とする大規模作戦であった。“パスカルメイジ”も他の“haru-niko”艦艇と共に、後方支援艦隊に参加する。しかし作戦前の緊張もなんのその。格納庫では翼が、艦内ではさんごの親友・笹原櫻が、恋に浮かれていた。一方、七波は溜息混じりで覇気に欠ける。姉弟でなきゃいけないのに……。揺れる七波の心が漂介との関係に結論を出す暇もなく、艦は作戦海域へと近づいてゆく。そこには“リディル”のラッシュ・ビヨンドによって仕掛けられた、恐るべき罠が待ち構えていた――。

海賊ギルドと怪潜水艦“メトセラ”による奇襲を受けた洋衛軍は、先行する艦隊と旗艦を失って撤退を余儀なくされた。艦隊機能が失われてゆくなかで、“パスカルメイジ”は単艦で対潜哨戒活動を命じられる。不慣れな対潜水艦戦闘に備えて、あわただしくなる艦内。漂介も医療斑へと組み込まれた。水面下の敵を前に、高まる緊張。だが漂介との事が頭から離れず、七波は必要以上に苛立ってしまう。らしくない彼女を落ちつかせてくれたのは、副官であり親友でもあるターニャだった。そして離艦した“カモメ”のブイが、潜水艦が残した磁気異常を捉える。対する海中の“メトセラ”内発令所では、獲物を前に笑みを浮かべるラッシュの姿があった。

洋衛軍の威信を懸けた作戦は、失敗に終わった。潜水艦“メトセラ”を駆るラッシュの前に、“パスカルメイジ”は敗れたのだ。艦は全壊。死傷者17名、そのうち死者は5名…。七波は務めて冷静を装うが、心中は穏やかではいられない。ミスはなかった。しかし、失った命は還らないのだ……。陸待やターニャと別れた七波は、亡くなったクルーの遺族を訪ね歩く。それは艦長として、果たさなければならない辛い責務だった。一方埠頭では生き残ったクルーが、仲間の鎮魂を籠めて海原へと花を捧げる。ときに人を殺め、ときに人が死んでしまう護衛艦。波間に揺れる花を呆然と見つめながら、さんごは護衛艦に乗る事の意味を、初めて実感する…。

全ては“ノイント・テーゼ”の導くままに、恐るべき事態は推移する。東ルースの隣国ナクロマ共和国にて、軍事クーデターが発生。国内の東ルース大使館を占拠し、環太平洋連合に与する周辺諸国に対して敵対する声明を発表した。危険地帯となった東ルースから国民を避難させる為に、“haru-niko”警備保障は艦隊派遣を決定する。しかし任務を前に、七波の心は迷いを振り切れていない。悩んだ末に、彼女は艦内放送で全クルーに問いかけを行った。誰も悔やんだり、迷ったりしないように。この危険な任務に疑問を持つ者は、艦を降りるように――。そして、自分の意志で艦に残る事を選んだクルーを乗せて、“パスカルメイジ”は最も危険な航海へと旅立つ！

この世界をカオスに導く事で、安寧をもたらす。それこそ至上の統治の完成……。これは“ノイントテーゼ”を巡る戦いである。企業体“リディル”の傀儡と化したナクロマ政府軍は、人為的に第2の“グランドロア”を生み出そうとしていた。発生装置の作動条件が整う完全皆既日食まで、あとわずか。“パスカルメイジ”と“haru-nico”艦隊は、装置を破壊せんと海上プラントをめざす。迎え撃つナクロマの大艦隊。海底には仇敵・潜水艦“メトセラ”が潜む。「対潜戦闘用意!!」艦内に七波の号令が響いた。大切な仲間の命を奪った相手との再戦である。もう、負ける訳にはいかない。七波たちの覚悟は、“メトセラ”を破るのか。そして世界の命運は――!?