西暦2035年・秋。田舎育ちの朴訥な少年・州倭慎吾が東京郊外のおくたまだ市に着いたちょうどその日、人類史上、最も賢明とされる世界大戦『ＷＷＷ』が始まった。 中央国のギガンティック（巨大ロボット）・玄武神三号が東京に侵攻したのだ。それを迎え撃つ日本のギガンティックのコクピットには、一人の少女の姿があった……。

スサノヲ運用基地プラクティカルベースに、慎吾は迎え入れられた。スサノヲ十式の意志を代弁する者――トランスレータである真名が、慎吾をスサノヲのパイロットに選び出したのだと基地司令・大海は語る。スサノヲとの再戦を求め、再び飛来する玄武神三号。だが、慎吾はスサノヲに乗ることを拒絶する……。

戦いに敗れた玄武神三号のパイロットの雲儀とトランスレータの走影は、『ＷＷＷ』の規約に則りプラクティカルベースの要員となった。彼らをサポートするため来日した中央国軍部のスタッフは、慎吾たち子供がこの戦いに加わっていることに、疑念をあらわにする。一方、敗戦の影響は中央国内部にも及んでいた。

ロシアのギガンティック・ユーノワVIIIが、スサノヲに宣戦布告する。緊張を隠せない慎吾と真名に、雲儀たちが激励の言葉をかける。だが自在の飛行能力を有するユーノワVIIIに対し、スサノヲは苦戦を強いられてしまう。さらにユーノワVIIIの持つ究極兵器『アルゴスの百目』が輝いたとき、真名に異変が――。

恐るべき兵器『アルゴスの百目』に対抗すべく、スサノヲに装備される『共鳴感応システム』の開発が天野主任のもと急ピッチで進められていた。一方、自分の適合率の低さが真名に負担をかけるとの思いから、慎吾はあえて厳しい訓練に臨む。そんな慎吾に、雲儀は「協調性訓練」と称するピクニックを提案する。

ユーノワVIIIを相手とする模擬戦が繰り返される。慎吾と真名の息も合い、以前とは段違いの結果を見せていた。そのさなか、組み込まれたばかりの共鳴感応システムが突如起動し、真名の精神が何者かとハーモナイズする。彼女の意識だけが遥かギリシャへと飛び、ケイロン五世の搭乗者たちの姿を垣間見ていた……。

アレキサンドリア湾を舞台に、ケイロン五世とネフティスＩＸの決闘戦が続く。ネフティスＩＸのトランスレータ・イーサーは、人生観の異なるパイロット・マリアムに対して不信感を募らせたまま戦い、ネフティスＩＸの力を発揮できない。海中戦で圧倒的な強さを誇るケイロン五世に、ネフティスＩＸは追い詰められてゆく……。

フランス連合と大イギリス帝国の決闘は、長期戦の様相を呈していた。ディアーヌ７が海峡越しに撃ち込む光の矢が、グリフィン６の常駐基地周辺に降り注ぐ。誇り高いギガンティック・グリフィン６のパイロット・シンシアは、トランスレータに選ばれた犯罪者・ダニエルを蔑視しながらも、人々を護るために戦う。

フランス連合のトランスレータ・シルヴィアは、良家に育った少女。幼少時に出逢った異母兄のオリヴィエが、共に戦うパイロットである。互いに惹かれ合いながら、その想いを口にすることなく兄妹として育った２人は、ギガンティック・ディアーヌ７を駆り、ドーバー海峡を越えて迫るグリフィン６を迎え撃つ。

大イギリスとフランス連合の決闘は、慎吾の心に『ＷＷＷ』への疑念を生む結果となった。そんな中、ネフティスIXが、東欧ロシアのユーノワVIIIに決闘を挑む。共鳴感応システムによって戦いを体験する慎吾と真名の脳裏にも、ユーノワVIIIと戦った記憶と恐怖が蘇る。ただちに大海は共鳴感応の中止を命じるのだが……。