名門校・宮神学園に転校してきた蘭堂りのは、突然にも私立宮神学園極大権限保有最大級生徒会、すなわち「極上生徒会」の書記に選出されてしまう。そこでりのが目にしたものは、学園内のトラブルを様々な能力で解決してしまう、美少女であり特殊能力を持ち合わせる生徒会の面々。りのは彼女たちの言動に面食らいながらも、生徒会の一員として学園生活を送ることに…。

ひょんなことから、転入初日で極上生徒会の書記になった蘭堂りの。勉強もスポーツもダメ、給食だけは食べるのが早いりのの極上生徒会入りに、宮神学園中は大注目。そんな中、りののために催された歓迎会にとんでもない乱入者が…。

ある朝、まゆらたちはりのの部屋から奏とりのが出てくるところを目撃する。そのことはあっという間に学園中のウワサとなった。そして、新聞部部長の三浦は写真部とパパラッチ部の部員を使って、奏のスキャンダル写真をねらいはじめるのだった。いっぽう生徒会のメンバーは、奏を守るべく、スクープ写真の撮影を阻止しようとするが…。

未知数であるりのの実力を測るため、和泉香がそのパートナーに任命された。しかし、香はりのがあこがれの奏会長と仲良くやっていることに嫉妬しているため、この組み合わせには周囲から心配する声も。 しかたなく、りのとともに学校の見回りをはじめる香。そこで2人は、人形劇部で人形が破壊されるという事件に遭遇することになるが…。

「予算が足りません！」会計の市川まゆらの悲痛な叫びがひびき渡る。そう、現在極上生徒会は予算不足なのだ。そのことから、遊撃部と隠密部との間で、予算の争奪戦が勃発することに。 その争いは、奏会長の一言で「カレーの味勝負」で勝敗を決することになるのだが…。

りのといつも行動をともにしている謎の人形「プッチャン」。ある日プッチャンは、その口の悪さが災いして、りのと引き離されてしまうことに。 監禁されてしまったプッチャン。だが、その姿が突然消えてしまった。その直後から、次々と何者かに襲われる生徒会の人たち。不気味な笑いとともに現れたのは…。

普段、ほとんど洒落っ気のない市川まゆら。そんな彼女が、オメカシをして街へ出かける姿が目撃された。どうやら男性と会っているらしい。隠密部は調査の結果、その相手が遊びでまゆらと付き合っているらしいことをつきとめる。 そこで生徒会のメンバーは、穏便に2人を別れさせようと画策するのだが…。

定期試験の時期がやって来た。普段遊びまくっていたツケから、りの、れいん、シンディの3人には赤点の危機が迫っていた。生徒の手本となるべき極上生徒会から赤点の生徒を出すわけにはいかない。そこでメンバーによる3人の特訓が始まることに。 順調に学力をつけるれいんとシンディであったが、りのだけはうまくいかず…。

極上生徒会会議室に乱入し、飛田小百合に挑戦する者があらわれた。彼女の名は君塚優子。彼女があらわれてから、小百合とれいんのようすがおかしくなったことに気づいたメンバーは、さっそく調査を開始。小百合と優子の過去をつきとめる。 小百合は自責の念に押しつぶされそうになりながらも、親友れいんと生徒会メンバーによるはげましで、優子との勝負を受け入れる決意をするのだが…。

季節は夏。宮神学園にもプール開きの季節がやって来たのだが、美少女ぞろいの学園では部外者侵入の問題が深刻になっている。 生徒会でもその対策会議が開かれたが、このままではプールを中止することも考えなければとの意見も。しかし、どうしても実施したいという奏会長の想いを汲んで、生徒会メンバーは大規模な作戦に出る…。

練習試合をひかえていた学園のフットサル部が、全員夏カゼでダウンしてしまった。 試合はこのまま中止になるかと思われたが、対戦相手である宮神学園のライバル校・絢爛学園の生徒会に奏会長が侮辱されたため、極上生徒会メンバーが代替出場することに。ところが、その試合には絢爛学園の策略が張り巡らされていたのだった…。

毎月第３日曜日になると、奏会長と奈々穂は決まって外出していた。行き先は神宮寺本家。奏が当主である祖父と面会している間、奈々穂は雨空を見つめながら昔のことを思い出していた。 彼女の人生を大きく左右した出会いがあったのも、雨の降っている日だった…。

りのが行き倒れの女の子を保護した。その子の名前は桂みなも。彼女は、極上寮でわがままな振る舞いはじめるのだった。 突然現れた傍若無人な女の子に困惑する極上生徒会。みなもちゃんと会長不在の極上生徒会との戦いの決着は…。

寮が爆発されてしまい、寝泊まりすらままならなくなった極上生徒会。そこで彼女たちは、貧困さを打破するために興行を行うことにする。ところが、その演目は桂みなもオリジナルの演劇になってしまうのだった。 みなもオリジナル演劇に真面目に取り組む生徒会一同。だが、彼女たちはみなもの秘密を知ることになり…。

ことわりもなく、久遠の部屋に入ってしまうみなも。そこで彼女は、なんと男の写真を見つけ出してしまう。それを知り、騒然とする極上生徒会の一同。しらを切りとおす久遠だったが、その日を境に段々と様子がおかしくなっていく。それに目をつけた隠密部は、久遠と男が一緒にいる場面をついに目撃。果たして、久遠とその男の関係は…？

りのとみなもと一緒に隠密行動をすることになってしまった琴葉。だが彼女は、ことあることに足を引っぱられてしまい、頭を抱えることに。 そんな中、琴葉、りの、みなもは、ある女子生徒の不純異性交遊を突き止めるべく、密偵を開始。そして、その女子生徒の家から出てきた男は…。

母親が来日することを聞くシンディ真鍋。すると彼女は、猛烈に動揺しはじめる。シンディは、母親を安心させるためにものすごくたくさんのウソをついていたのだ。 それならウソを真実にしてしまえばいいと、いろいろと計画する極上生徒会だったが…。

いつも気さくで面倒見の良い伊丹ゆきみ先生。そんな彼女がなんとも浮ついた気分のご様子。実は先生に、職業が弁護士で両親は資産家という、これ以上にない好条件なお相手とのお見合いの話があるという。だがそこには、宮神学園の極上な教師たちの思いが渦巻いているのだったが…

ひとりの人形がプッチャンを訪ねてきた。その名はランス。プッチャンとは旧知の仲のようだ。眠っているりののそばで、自分らの使命を語り合うランスとブッチャン。どうやらそれは、神宮司と深い関わりがあることらしい。そして、２人の再開は束の間のこととなるのであったが…。

桜梅歩が芸能プロダクションにスカウトされて、アイドルデビューすることとなった。不思議に思う生徒会のメンバーであったが、歩は本気。その心意気を知った生徒会は、学園で全面バックアップすることにする。 そんな中、ひとりの刺客が目を光らせていたが…。

ある日、極上寮の前に赤ん坊が置き去りにされていた。母親が戻ってくるかもしれないと考えた奏は、しばらくの間、生徒会でその赤ん坊を保護することにする。 かいがいしく赤ん坊の世話をするれいん。そんな彼女の姿にりのは感心する。すると、香はりのに、れいんの生い立ちを聞かせるのだった。

いろいろな事業を展開している宮神学園。そんな事業の中でも、今もっとも元気なのが、極上生徒会のオリジナル・トレーディングカードの販売だ。学校でもこのカードは流行りに流行っていて、教室内では誰もがカードを使ったゲームに興じていた。そんなカードの中で、りののカードは「成績」も「攻撃力」も０で、みんなに「使えない」とバカにされていた。すっかり落ち込むりの。そんな折、カードの内容に納得いかないれいんたちが、不満を爆発させる。そこで、カードを企画開発したみなもたちとれいんたちは、カードバトルをすることになり…。

極上寮の管理人・久川まあちは11歳の小学５年生。まあちが週に何日か小学校を休んでいると知ったプッチャンは、りの、れいん、みなも、小百合、まゆら、シンディと「怪傑少女探偵団」を結成。まあちの秘密をさぐることにする。ところが、隠密が動いても確かめることができなかったまあちの秘密を、りのたちに暴くことができるはずもない。探偵団は「まあちは魔法少女」という結論にたどり着いてしまい…。

もうすぐ体育祭。運営は極上生徒会が中心となって行っているので、生徒会の面々は大いそがしの毎日を送っていた。そんな中、奏と奈々穂は、卒業後についてしんみりと話すのだった。 突然、神宮司本家に呼び出される奏。当主である彼女の祖父が急死したのだ。そして体育祭当日。奏は生徒たちの前で宮神学園を自主退学すると宣言し……。

奏に会うために、神宮司邸のそばまでやって来たりのと極上生徒会の面々。だが屋敷は黒服たちが護衛していて、関係者以外は誰も入ることができない。そこで奈々穂たちは、作戦を練ることに。 そして翌朝、正面玄関からは小百合とれいんが、裏門からは歩と琴葉が、黒服を倒して強行突破。黒服たちが混乱している間に、りのたちは聖奈に連れられ、地下道から屋敷内を目指すが…。

神宮司邸から戻ってきた極上生徒会の面々。あれだけ暴れ回ったのに、警察にも通報されず、無事でいる彼女たちは、おそらく奏が便宜を図ってくれたのだと想像していた。いっぽう神宮司邸では、奏が顧問たち囲まれて責められていた。そこへ聖奈が登場し…。 そのころ、宮神学園の屋上では、りのが「奏に会いたい」と強く願っていた。その腕にはプッチャンのすがたがなかったが…。