内紛の続くアジアの小国ガザッソニカ。反政府軍ガルザが入手した王国軍のデータの回収を依頼された女性エージェント・マドラックスは、データを持って王国軍の包囲下から逃亡したガルザの若い兵士を救うが、兵士は捕えられた友軍を救うため、敵の本部に戻ろうとする。「もう生きてやしないわよ」と兵士を止めようとするマドラックスだが…

経済大国ナフレスの一都市。メイドのエリノアと二人でアパートメントに暮らす、ちょっと現実ばなれした少女マーガレットは、靴屋の店先で古い知合いのヴァネッサと再会する。ヴァネッサはかつてマーガレットの家庭教師をしていたお隣さんだった。その晩、マーガレットの家を訪れたヴァネッサは彼女に赤い靴をプレゼントするが、それを見たマーガレットは突然物置に探し物に行き、古い絵本を見つけ…

ガザッソニカの都市部でくつろぐマドラックスに新たな任務の依頼が。今回のミッションは記念式典での陸軍司令官グエン・マクニコルの暗殺。なんと依頼は司令官本人からのものだという。「なぜ自分自身を？」疑問と興味を抱いたマドラックスは公邸に潜入し、グエン本人に問いただす。グエンの言葉に心を開き、月明かりの下、グエンとダンスを踊るマドラックス。翌日、厳重な警戒のもと記念式典が始まるが…

ナフレスの地方議員ピエデリカ・モレイが暗殺される。被疑者は投身自殺した娘のアンヌ。動機の見当たらない事件に疑問を抱いた市警のマクレーは、同級生のマーガレットに出会い話を聞く。黄色い花のイメージに魅入られるマーガレット。いっぽうマクレーは事件の裏に犯罪組織・アンファンが関与していることを突きとめるが…。

ナフレスの市民団体からガルザに秘密裏に物資が輸送された。SSSから物資の回収を命じられるマドラックス。実は「物資」というのはクリスという名の少年で、ガルザのリーダー、ミュン・デルク将軍の息子だった。クリスは父親に無益な内戦を止めさせようと危険を犯してガザッソニカに潜入したのだ。いっぽう、親衛隊のリメルダ少尉はクリスの入国、そしてマドラックスが彼に手を貸していることを知り、彼らを追跡するが…

クラスメイトのキアラからホームパーティに誘われるマーガレット。かねてからバートン家の財産に目をつけていた男子生徒のロペスは、パーティ会場でマーガレットに接近し、彼女を誘惑しようとするが、マーガレットが持っていた絵本を見たロペスは、何かに憑かれたかのように暴力的な態度でマーガレットに迫る…

手許にある「ページの破れた絵本」の完全なものを探すため、マーガレットはビブリオ・ディティクティヴのエリック・ジランに調査を依頼する。調査のためガザッソニカに向かったエリックは、内戦地域のドアイホという村に「文字を読める人物がいる」という噂を聞き、ガイドを雇うことにするが、彼の前に現れたマドラックスはガイドが殺され、彼の身にも危険が及んでいることを告げる…。

アンファンの追手に追われながらも、エリックとマドラックスはドアイホ村にたどりつき、クアンジッタと呼ばれ村人から崇められる美女に出会う。クアンジッタに古代文字の壁画が近くにあることを聞いたエリックは彼女とそこへ向かうが、村にはアンファンの傭兵たちが既に迫っていた…。

バカンス旅行に向かうマーガレット一行。だがホテルへ向かう途中、ヴァネッサの運転する車が故障してしまう。途方に暮れる一行の前に現れ車を修理してくれたのはルチアーノという名の男だった。ルチアーノに礼を言って別れた一行はホテルに向かうが、貸切だったはずのホテルにはなぜかブックワルドの重役とカロッスアの姿が…。

自分の会社がガザッソニカの内戦に荷担しているらしいことを知ったヴァネッサは、真相を究明するため独自に調査を開始する。ヴァネッサは学生時代の友人・バッジスの協力を得て、会社のホスト・コンピューターへの侵入を企てるが…。

会社の不正を暴くため、単身ガザッソニカへと飛んだヴァネッサは、証拠のデータが転送された端末の所有者・アインスを探し出し、彼に接近する。しかし、アンファンの長・フライデーはヴァネッサの行動をはなから見通していた。アインスと会合するヴァネッサの前にアンファンの追手が迫るが…。

データを手に入れたヴァネッサは、いったんマドラックスの護衛のもと身を潜めることになる。「戦場の論理」をさらりと口にするマドラックスに、とまどいを覚えるヴァネッサ。 いっぽう、カロッスアはなぜかフライデーに「データを盗んだ犯人はマドラックス」だと嘘をつき、密かにマーガレットに接近する。そして、マドラックスのもとにはカロッスアの命を受けたリメルダが…。

マーガレットに会ったカロッスアは、彼女の持つ絵本のタイトルが「サークス・サーク」であることを伝え、自分も過去の記憶を失っていることを話す。カロッスアに親近感を覚えるマーガレットだが、メイドのエリノアは漠然とした不審を抱く。いっぽう、アジトに身を潜めるマドラックスとヴァネッサは、互いに身の上を語り合い、心を通わせるようになっていくが…。

アンファンの送ったメッセージに触れ、記憶が混乱したマドラックスは、ヴァネッサが眠っている間に一人街中にさまよい出る。ようやくマドラックスを探し出したヴァネッサの前に現れたのはリメルダだった。一方、カロッスアはマーガレットに彼女の本が狙われていると話し…。

どうにか意識を取り戻したマドラックスは、リメルダの追求を逃れてヴァネッサとともにアジトに戻るが、自分の過去を確かめるため、自ら再びアンファンのメッセージと対峙する。意識の中でなぞの少女レティシアと出会うマドラックス。そして、マドラックスが「偽りの戦場」の真実を知った瞬間…。

アンファンのデータから、内戦のからくりを知ったマドラックスたちは、ナフレスの諜報機関に接触を図るが、彼らの行動は既にアンファンに把握されていた。いっぽう、マーガレットはカロッスアを呼び出し、自分が見る不思議な夢の話をする…。

アンファンの罠からいったん逃れたマドラックスとヴァネッサは、自分たちに王族殺しの嫌疑がかけられており、王国軍からも追われていることを知る。いっぽう、そのことをニュースで知ったマーガレットは、エリノアとともにガザッソニカに向かう決心をするが…。

マドラックスから受け取ったデータで、ガザッソニカの真実を知ったリメルダは軍を離脱し、憑かれたように再びマドラックスを追跡する。ガザッソニカに到着したマーガレットたちはチャーリーと合流し、ともにヴァネッサの行方を捜すことに。いっぽう、エリエス文字の謎を追うマドラックスの前にクアンジッタの使者・ナハルが現れ…。

ヴァネッサたちと再会したマーガレットたちは、絵本の謎を解くため、マドラックスの案内でドアイホ村へと向かう。予期していたかのように一行を待ち受けるクアンジッタ。しかし村へと向かう一行の背後には、王国軍の追跡隊が迫っていた。いっぽう、フライデーのアジトを訪れたカロッスアは、いぶかるフライデーに銃を向ける…。

ドアイホ村に着いたマーガレットたちは、クアンジッタから「真実の扉」を開くためには3冊の本が必要だと聞かされる。自分の記憶を取り戻すため、残りの本を探し出す決意をするマーガレットの前に、フライデーから絵本を奪ったカロッスアが姿を現す。いっぽうマドラックスは、クアンジッタの持つサースタリを見て、断片的に過去の記憶を取り戻すが、その前に再びリメルダが現れ…。

三冊の絵本が揃い、クアンジッタに導かれてマーガレットとカロッスアは真実の扉の向こうへと旅立つ。だが、次に現れた扉の前でマーガレットは突然躊躇し、カロッスアを止めようとする。制止を振り切ったカロッスアが扉の向こうで目にしたのは、12年前の光景だった…。

マーガレットの存在を直感したマドラックスは、ヴァネッサやエリノアを引きつれ山岳地帯に向かうが、そこでは王国軍とガルザの戦闘が繰り広げられていた。戦場の真っ只中に飛び込み、人間離れした戦闘力で両軍を圧倒するマドラックス。一方、放心状態で戦場をさまよっていたマーガレットは、ガルザの兵士に捕まってしまい…。

12年前の事件と自分の存在に悩みながらも、ナハルの言葉に勇気づけられたマドラックスは、フライデーの手に落ちたマーガレットを救出して真実を確かめるために再び立ち上がる。パトロールボートを奪取し、激戦地カリステールの突破を図るマドラックスたちだが、敵の激しい攻撃にさらされる。弾幕にひるみながらも、機関砲で反撃するエリノアのひたむきな姿に心を打たれるマドラックス。そして、彼女たちの行動を見守るナハルは…。

マドラックスは単身、王国軍とガルザを引きつけ、エリノアをマーガレットのもとに向かわせることにする。ガルザの兵士に追われ、傷つきながらもマーガレットのもとにたどり着くエリノア。しかし、マーガレットは既にフライデーの手中に落ち、覚醒してしまっていた。絶望感に陥るエリノアを襲う「目覚めの言葉」。いっぽう、敵兵を蹂躙したマドラックスの前にリメルダが立ちはだかり…。

マーガレットとフライデーが佇む花畑にたどり着いたマドラックス。しかし、憎しみに駆られたマーガレットは、狂ったようにマドラックスに銃弾を撃ち込む。マドラックスからセカンダリの紙片を奪ったフライデーは、マーガレットの力で真実の扉を開く。そこで明かされる12年前の真実とは…。

全ての真実を知り、後悔と絶望感に打ちひしがれるマーガレットを、狂気の世界へと誘うフライデー。だが、その目前に立ちはだかったのは、マーガレットに射殺されたはずのマドラックスだった。マーガレット・マドラックス・レティシアを結ぶ運命の絆とは？