木崎湖畔の家を借りプログラムのバイトをしながら一人暮らしをする高校生・神城麻郁は、登校途中、二人の少女と出会う。赤髪のショートヘアで活発そうな宮藤深衣奈と、緑色のセミロングでおしとやかそうな小野寺樺恋。この二人の少女との出会いが、自らの人生を大きく変えていくことを、麻郁は未だ知る由もなかった…。

麻郁は成り行きで深衣奈と樺恋を一晩家に泊めてしまう。翌朝、居間のテーブルに着き、麻郁がこの家に住むキッカケとなった写真を見る三人。だが、驚いたことに深衣奈と樺恋も同じ写真を持っていた。何故、二人しか写っていない写真を三人が持っているのか?結論の出ぬまま、二人を家に残し登校する麻郁だったが…。

麻郁の提案で、二人が家事を分担して担当し、お互いに名前で呼び合うことになる深衣奈と樺恋。だが一緒に暮らすうち、深衣奈は次第に麻耶のことが気にかかるようになっていく。樺恋はそうした深衣奈の様子が気になって仕方がない。そんな折、書類作成の進行具合の確認を口実に椿が麻郁の家にやってきて…。

麻郁だけに頼っては悪いとバイトを思い立った深衣奈と樺恋。その気持ちがうれしい麻郁は、椿たちに二人のバイト先を探して欲しいと頼み込む。一方、深衣奈と樺恋は麻郁が通う学校で事務員募集の記事をみつけ、早速応募することに。面接の途中で二人の耳に麻郁と、麻郁と親しげに話す椿の声が入ってきて…。

級友の四道晴子たちから麻郁と康生の関係が『禁断の関係』ではないかと聞かれ、深衣奈と樺恋は困惑する。さっそく麻郁に事の真相を問いただす二人。呆れて否定する麻郁に対し、満更でもない島崎の様子を見て心配になった深衣奈と樺恋は、麻郁に対しある作戦を計画する。その作戦とは…。

麻郁に対する気持ちが次第に変わりだしたことに戸惑う深衣奈と樺恋。「肉親なら家族になれる。他人なら恋ができる。」自分はどちらを望んでいるのだろうか…。一方麻郁は、二人の気持ちの変化に気付きながらも、思い出の写真に誓った「俺は肉親を絶対に不幸にはしない」という強い気持ちを思い出す。

福引きで当てた沖縄旅行で、三人の思い出を作ろうと張り切る深衣奈と樺恋。渋々だった麻郁も二人につられて浜辺で楽しんでいたが、そこに現れたのは康生と椿。ホテルに戻ると、さらにみずほ先生や晴子たちまで現れた。せっかくの家族三人水入らずを邪魔された深衣奈と樺恋はむくれるが、麻郁には別の思いがあった…。

同盟規約その5「私たちは、神城麻郁の側にいる……」を実行するため、麻耶の側から離れない深衣奈と樺恋。その様子を見た椿は「このままでは絶対に過ちが起こる」と進言し、苺はある作戦を実行する。苺に呼び出され、球技大会の臨時実行委員に選ばれた麻郁は、球技大会までの間、椿と二人だけで放課後を過ごすことに…。

球技大会の日は朝からあいにくの雨模様。球技大会が中止になった途端に晴れだしたので、麻郁と深衣奈と樺恋は気分転換にと、街へ遊びに行くことに。三人の好みの違いで映画を観ることはあきらめ、街の中を歩き出したが、覗き込んだブティックで樺恋が服選びに迷いだしたことから、三人のすれ違いの一日が始まった…。

深衣奈の前に、かつての友達・社裕香が現れた。そのことによって何かが変わるのではと不安に思う樺恋と麻郁。深衣奈も裕香と会ったことで、自分の居場所について思い悩む。一人になりたくて小熊山にやってきた深衣奈の前に現れたのはみずほ先生だった。彼女の話を聞き、深衣奈はある決心をする。それは…。

なんとなく様子のおかしい樺恋。心配する深衣奈に麻耶は悩みの相談にのってあげたらと言う。お風呂の中では、思い詰めた表情の樺恋が、深衣奈と交わした恋愛同盟の規約を思い返していた。そこに、深衣奈が入ってくるが、入れ替わるように、あわてて樺恋はお風呂を出てしまう。まるで深衣奈を避けているかのように…。

麻耶との双子が深衣奈と樺恋のどちらであるかわかった夜、深衣奈が家を出ていってしまった。翌朝、深衣奈を心配しつつも、登校する二人。樺恋が自分の教室に入ると、そこには曖昧な笑顔で樺恋を迎える深衣奈がいた。晴子の家でお世話になっている深衣奈を、樺恋が迎えにいく。そして、樺恋は深衣奈に話があると言い…。