五年生に進級したジョーのクラスに、なんとキラとキャップが転入してくる。そしてもう一人、メガネと名乗る謎の転入生がいた。ある日、ジョーはメガネに呼び出され…。
アバクの宣言によって幕を開けた『キング・オブ・デュエマッチ』。魂ポイントを奪い合って世界中のデュエリストが熱戦を繰り広げることになる。さっそくジョーも対戦相手を探すのだが…。
『キング・オブ・デュエマッチ』の記念すべき初戦の対戦カードはアバク対キラ！保有するすべての魂ポイントを賭け、両者の切札がぶつかり合う。果たして勝利はどちらの手に！？
ジョーのクラスに、なんとボルツまで転入してきた。ボルツは今、ラーメン屋の親父の所に居候しているらしい。そんな中、街では魂ポイントを狙った詐欺事件が起きていた。
ジョーの住む街で、人々がチェーンソーを持った男に襲われる事件が起きた。おもいがけずチェーンソー男に遭遇したジョーは、デュエマで退治しようとする。
大会の次なるステージを目指して魂ポイントを貯めるデュエリスト達。ところがジョーは手っ取り早く魂ポイントを集めようと考え、新たなジョーカーズ「ツルーマン将軍」を生み出す。
授業で風景画の写生に出かけたジョー達のクラス。そこへ突然、火文明にあるはずのドラゴンの卵が飛んでくる。ジョーとボルツは、どこかに落ちた卵を必死に探すが…。
キングマスターカードが欲しいキャップ。入手条件はなんと強さを示せというキングマスターカード直々のクエストだった。さらに、キングマスターカードの持主候補としてもう一人、下級生で極度のアガリ症の安賀里が選ばれるのだった。 果たしてキングマスターカードはどちらの手に！？
アバクに敗れたキラはパワーアップの為にキングマスターカードを手に入れるべく、ありとあらゆる勝負を挑む事になった。格闘技やスポーツなど100勝を目指すキラの激しい戦いが幕を開ける！！
パワーアップの為、ジョーは新たなジョーカーズ「スイート」を生み出した。 しかし、触れたものをキャンディーにできる力を持ったスイートをジョーは怒らせてしまうのだった。怒り狂うスイートは町中をキャンディーで固めていってしまう・・・
ジョーからヒドい扱いをされたモモダチの三匹は、ジョー家を飛び出してラーメン屋を営む事を計画するも、ラーメン屋開店には莫大なお金が必要だった。そんな中、モンキッドがワル知恵をひらめくのだった・・・
何者かに攫われたももちゃんを探すジョー達は、街に散らばった紙飛行機からももちゃんのメッセージを見つけるのだった。紙飛行機の飛んできた方角を探ると謎のテーマパーク『MOMOタウン』を発見するのだった・・・
『MOMOタウン』のお城にとらわれたももちゃんを救出すべく乗り込んだジョー達は、様々なアトラクションをクリアしついに最後の敵である大魔王にたどり着く。そこで待ち受ける大魔王の正体とは・・・
大魔王の驚くべき正体を知ったジョーは、デュエマ対決に挑む。その一方でももちゃん救出に向かうキラ、ボルツ、キャップ。果たしてジョー達はももちゃんを助けることができるのか？！
見事ももちゃんを救出したジョー達は、『キング・オブ・デュエマッチ』の戦いに熱中する。そんな中、自然文明へ戻る時が近づくももちゃんが初めてのデュエマに挑戦！ももちゃんのデュエマデビューの行方はいかに！？
夏休みが始まったジョー達は、今まで一度も行ったことがない場所へ行く計画を立てる。地図で見つけた人里離れた一軒家に興味を持ち、早速向かうことにした一行だが、村人にその家について尋ねると何やら不穏な雰囲気で・・・
新学期を迎えたジョー達は、『キング・オブ・デュエマッチ』1次予選の終了日を迎えようとしていた。魂ポイントを1000ポイント以上獲得したデュエリストは予選通過となるが、たくさんの戦いを勝ち抜いたはずのジョーは1000ポイントに届いていない。ジョーに何があったのか？！
デュエルマスターズキングの座をかけた『キング・オブ・デュエマッチ』の2次予選がいよいよ開幕！世界中の強豪が河越に集まる中、謎の黒いカードを使って勝ち続ける正体不明のデュエリストの噂が立ち・・・？！
『キング・オブ・デュエマッチ』2次予選参加者の祝賀パーティーで盛り上がる参加者たち。そこに突如現れた謎の黒いカードを持つデュエリスト！「…お前、黒に沈めてやる…」そう呟く彼は、一体何者なのか？！
遂に『キング・オブ・デュエマッチ』の2次予選が幕を開ける。第一試合に選ばれたのはボルツ！対戦相手となるチョウキは、1次予選で大量の魂ポイントを集めた実力者だ。果たしてボルツはチョウキに勝利することができるのか！？
ジョー達の学校では、誰もいなくなった放課後に人知れず開く、秘密の地下室があるという怪談話が伝わっている。真実を確かめるべく、一行は学校へと向かうのだった・・・
『キング・オブ・デュエマッチ』2次予選突破を目指し、デュエマを練習するジョー達。そんな中、河越DOKIDOKI動物園から狼が脱走した。襲われたデッキーは絶体絶命の大ピンチ。そこに現れたのは、睨んだだけで狼をおとなしくさせてしまう男だった・・・
『キング・オブ・デュエマッチ』2次予選は、佳境を迎えていた。強豪デュエリスト達と火花を散らすジョーとその仲間達。様子を見るアバクはその一方で黒いカードを使う謎の男について調べていたが、未だ正体をつかめずにいた・・・
ジョーの目の前に現れ、廃工場へと連れ去った黒いカード使いの少年。ジョーの意識が戻るやいなや、デュエマをけしかける。そして少年の口から衝撃の事実が明かされて・・・！？
メガネ、ザンコック、デストロ伊藤、大長老、そしてもも！近頃めっきり登場しなくなった彼らの不満が大爆発！！主役になりたい、そんな5人の思いは届くのか・・・
「キング・オブ・デュエマッチ」2次予選も佳境を迎え、ついにジョーVSアバクの直接対決が決定。ジョーはアバクに勝利するため、キラ協力のもと鬼タイム対策を始めるのだった。
鬼タイム対策で考えた戦法を実践するべく、アバクとのデュエマを慎重にすすめるジョー。そんなジョーの前に、新たなるジャオウガが立ちはだかる！果たしてジョーVSアバク、その勝負の行方は？！
地下闘技場でジョーとのデュエマに敗れたサイキが行方不明に。なんとサイキはジョーにリベンジをするべく、無人島で修行をしていた！サイキが修行で得たものとは一体・・・
アバクへのリベンジが早くも決まったジョー。しかしその目の前に現れたのは大人気オニチューバーのカジサックだった！ジョーにデュエマを教えてほしいと懇願するカジサックだが、どうやら何か企んでいるようで・・・
ジョーはアバクへのリベンジの方法について悩んでいた。そこで思いついたのは、キングマスターカードを持つデュエリストの居場所に忍びこみ、強さの秘密を盗み見ることだった！新たなジョーカーズとともに、いざ出発！
モモキングとモモダチたちは、ジョーがデュエマで不調なことに責任を感じていた。そこで、アバクへのリベンジへ向けてパワーアップをはかるべく、ジョー・モモキング・モモダチたちで向かったのは・・・大長老の元だった！
コウキによってポイントを奪われてしまったジョーは、「キング・オブ・デュエマッチ」第2次予選敗退のピンチに！なんとかポイントを賭けたコウキとの勝負をこぎつけたジョー。果たして、勝負の行方は？！
モモダチたちに続き、遂にパワーアップしたモモキングは、「キング・オブ・デュエマッチ」に向けてジョーの役に立ちたいと意気込んでいた。ある日、自然文明から再びやってきたももと一緒にいるジョーの姿をみたモモキング。何かを思いついたようで・・・
「キング・オブ・デュエマッチ」2次予選の終了が明日に迫る。次の勝負で勝利しなければ予選を突破できないジョーの前に現れたのは、ジョーに憧れる少年アン・ラッキー。ジョーとのデュエマを申し込むも、不幸なことに巻き込まれやすい体質の彼は、ことあるごとに不運な目に遭ってしまい・・・？
「キング・オブ・デュエマッチ」二次予選を通過した面々にアバクが用意したステージが明らかに。その名も・・・ファイナルタワーチャレンジ！鬼タワーをのぼり、戦い、勝ちあがった者が頂上にたどり着くが、他にも特別なルールがあるようで・・・？
3人1組のチームデュエマ「ファイナルタワーチャレンジ」。ジョーはキラ、キャップとともにチームを結成する。そんなジョー達の前に現れたのは、意外な3人組だった！予想もつかない展開に、ジョーはどう立ち向かうのか？！
「ファイナルタワーチャレンジ」に挑むジョー、キラ、キャップ。ところがボルツ率いるチームに負けてしまう。続いて戦うのは、チョウキ・コウキ・サイキチーム！！しかし始まったのはデュエマではなくクイズ対決で・・・？！
アバクが用意した次なる「ファイナルタワーチャレンジ」のステージは、河越の街！暗号を解くことで「キング・オブ・デュエマッチ」にまつわる重要なアイテムが手に入るらしい。謎をいち早く解くことができるのは一体誰なのか？！
いよいよ「ファイナルタワーチャレンジ」のチーム戦も佳境を迎えていた。そんな中、「鬼タワー」にとある異変が・・・！大会も中断、戸惑うジョー。誰が、何のためにやったことなのか？「キング・オブ・デュエマッチ」はどうなる？！
遂に鬼タワーの最上階にたどり着いたジョー！！そこで待ち構えていたのは、やる気が鬼のようにみなぎったキラとボルツだった！一方キャップはいつも以上にハイテンションで・・・？！ジョー、一体どうする？！
ついに最終章がスタートした「キング・オブ・デュエマッチ」。キラとボルツを探すため、ジョーはキャップとともに百鬼夜城へ向かう。そこには倒れ込むチョウキの姿が！その頃、城の中では正義の心が鬼のように強くなったキラが暴走していて・・・？！
謎の槍の力に触れたボルツを探しているジョー達。その目の前に現れたのはアバクだった！一触即発の状況をくぐり抜けたと思いきや、なんとジョーがアバクの秘書・コニーと対戦することに！知られざる彼女の過去、そしてデュエマの実力が明らかに？！
行方が分からなくなったボルツを未だ見つけることができないジョー達。百鬼夜城を探し回っていると、一頭のゴリラと遭遇する。槍の力によってゴリラへと姿が変えられてしまったのは・・・まさかボルツ？！元の姿に戻すため、奮闘するジョーだが・・・
ゼーロジュニアの助けも借り、ようやくボルツを探し出すことができたジョー達。強い力を欲する心が鬼のように増幅したボルツは、もはや以前とは別人だった。ボルツを元に戻そうとするジョーだが、なぜかデュエマではなくラーメンで対決をすることに・・・？
強い力を求めるあまり、ついに鬼と化してしまったボルツ。ジョーは元のボルツを取り戻すため、デュエマを挑む。しかし圧倒的な強さで攻撃を繰り出すボルツに苦戦するジョー。ボルツとの友情のため、決して諦めないジョーに好機は訪れるのか・・・？
いよいよ「キング・オブ・デュエマッチ」の王者が決まるときがやってきた！王手をかけたジョーの相手はもちろん宿敵・鬼札アバク。ジョーはアバクの野望を阻止するために勝利を誓う。その一方で街中の人々が次々と鬼化していってしまい・・・
魂ポイントを集め、鬼の世界に塗り替えようとするアバク。すでに鬼と化した人々を救うため、キラとボルツ、そしてキャップ達が奔走する。ジョーは「楽しくデュエマが出来る世界」を取り戻そうとするが・・・いよいよ最終決戦も決着へ！ジョーはアバクに勝つことができるのか？！
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