記憶喪失の街パラダイムシティ……。この街でネゴシエイター（交渉屋）を営むロジャー・スミスは、ソルダーノ重工の社主ミゲル・ソルダーノから、誘拐された令嬢ドロシーの救出交渉を依頼される。誘拐犯ベックとの交渉の末、令嬢を取り戻したかに見えたが実は、その令嬢はアンドロイドの偽物であった。思わぬ失態をさらしたロジャーであったが、彼の馴染みの情報屋ビッグイヤーからソルダーノには娘など元々存在しないことを聞かされる。なぜ、彼は偽りの依頼などを？自分を守って欲しいというアンドロイドのドロシーと共に、事件の真相を知るためにソルダーノの工場に向かうが……。

西５番ドームに突如現れたメガデウス“ドロシー１”はビッグオーの鉄拳を受け沈黙したが、謎は数多く残された。ソルダーノが最後に言い残した言葉と同じ名前の高級クラブ｢ナイチンゲール｣を突き止めたロジャーはそこで老紳士ティモシー・ウェインライトにエスコートされたドロシーと再会をする。ドロシーを自分の孫だと言うこの老紳士がアンドロイドやメガデウスを新たに造るために必要な、失われたメモリーを甦らせたのか…。 さらに事件は意外な展開を見せる。誘拐事件の黒幕ベックが、ウェインライトを殺害しドロシーをある目的の為に連れ去ってしまう。その答えは、機能停止したドロシー１にあった……。

ケイシー・ジェンキンズと名乗る女性の依頼を断れず、“エレクトリックシティ”と呼ばれる街にある、閉鎖されているパラダイムグループ企業の水力発電所再開交渉を依頼されたロジャー・スミス。ところが訪れた発電所は、閉鎖されているにも関わらず一部に電気が通っている。誰かがいるのか？しかも住民たちは、発電所を再開すれば｢神が怒りの雷を落とす｣等と言って彼の話を聞こうともしない。そんな中、住民たちと距離をおき、森で一人暮らしをする老人と出会うが、彼の山荘の地下室に発電施設と繋がる地下通路とガラスが割れた実験用と思われる水槽を発見する。この老人はここで何を……。 その時、何者かが発電所の封印されていたタービンを稼働させ、電気を通じさせてしまう。それは、湖のあるものを目覚めさせる事となる…。

３ヶ月前に消息を絶った新聞記者“マイクル・ゼーバッハ”を探し出し、彼の取材原稿を高額の退職金と引き換えに引き渡させる――。依頼主が、街を牛耳るパラダイム社であることに迷いを抱きながらも、交渉を引き受けたロジャー･スミス。 その男のアパートを訪れたロジャーの前に、「黒い森（シュバルツバルト）」と名乗る奇怪な包帯男が現れる。 彼を追い、封印された地下回廊に足を踏み入れたロジャーとドロシーは、そこでビッグオーのアーキタイプともいえる朽ち果てたメガデウスと遭遇する…。

メリッサ・フレイザーという老女から、明日の自分の誕生日に息子を連れてきて欲しいという交渉依頼を受けたロジャー・スミス。しかし軍警察に勤めていた彼女の息子ボニー・フレイザーは、ドーム外の市民が引き起こした暴動に巻き込まれ一年前にハドソン川に転落して死亡したとされている……。｢死んだ人間をいくら腕利きのネゴシエイターでも連れてくることは出来ない｣ともう一人の彼女の息子リックに嘲笑されるが｢死体は発見されていない。私は誠実な仕事をするまでさ｣と軽く受け流すロジャー。 そんな時、霧の中から現れる巨大な亡霊？によって軍警察の幹部が次々に殺害されるという事件が起こる。犠牲となった三人の幹部達は、すべてボニーが命を落とした暴動の原因である土地買収事件に絡んだ人間ばかり。そして事件に絡んだ最後の幹部、ガウス大佐の前にも、霧の亡霊が……。

ドロシーの極端すぎるピアノの音色に穏やかな寝覚めを妨げられたロジャーは、彼女を伴い、ビストロ｢アマデウス｣を訪れ、昔からのなじみのピアニスト、Ｒ・インストルに彼女のピアノのレッスンを依頼する。アンドロイドとは思えない繊細なタッチで鍵盤を弾く彼の指……。だが、その奇跡の指はインストルの生みの親、天才科学者アマデウスの“遺産”によって、別の役割が隠されていた。

異常な高騰が続く魚の価格交渉のため漁港を訪れたロジャーは、漁師たちが“深海の怒り”を恐れて仕事をしないという奇妙な話に興味を抱いた。そこへ絡んだのが、深海のメモリー発掘で一攫千金を目論むエンジェル。二人は漁港でただ一隻の潜水艦を奪い合った挙げ句に、不可思議な共同探索に乗り出したが、深海で、地元の人々が“海神の使い”と畏怖する奇怪な男たちに襲われ、間一髪水没した摩天楼の一室に逃げ込む羽目に陥ってしまう…。

ドロシーが街で子猫を拾ってきた。大半の小動物が絶滅したこの時代において、富める者だけが飼えるペットを捨てるはずがないとロジャーはドロシーを窘めるが、子猫を“ペロ”と呼んで可愛がり、この子は“救いを求めている”と彼女。ほどなくペロの飼い主を名乗るフェリー夫妻が訪ねてきて猫の譲渡交渉をすることになってしまう。 その時突如飛来した武装ヘリが夫妻を惨殺し、その場に居合わせたペロとドロシーを連れ去ってしまう。ヘリに乗っていたのは、かつて、常軌を逸した考えに反発し袂を分けたフェリー夫妻の研究仲間の“ユージーン・グラント”であった。

ワイズカンパニーの次期総裁と噂される“フランシス・ワイズ”が誘拐され、人質解放の交渉を引き受けることになったロジャー。ところが、要求に従い山荘に身代金を届けに行った彼が見たのは瀕死のフランシス――。犯人の罠に填まり、誘拐致傷の容疑者として軍警察に追われる身となったロジャーは、事件の依頼主である現総裁の“ダンディ･ワイズ”が何かを隠していると睨む。そしてある男がカンパニーのスキャンダルを利用して、今回の事件を画策したことを知る。

パラダイム社の前総師“ゴードン・ローズウォーター”を支えた長老たちを狙う、連続爆破テロ事件を捜査していた軍警察のダストンは、その現場で見かけたひとりの女性に記憶の残照を揺さぶられる……。題名や物語は思い出せないのに、なぜか、彼の心に刻み込まれ続けている古い映画の一場面で、微笑みながら男の腕の中で死んでいく女優“シベール・ロアン”と瓜二つだったのだ。――爆発物の破片に残された文字から、テロの犯人は“異国”の人間ではないかと睨むダストン。ところが報告を受けたパラダイム査問委員会は、ドームの外は死滅した世界だと一笑したうえ、彼をこの事件の捜査から外してしまう…。

あのパラダイム社の社長“アレックス･ローズウォーター”がロジャーに仕事を依頼してきた。パラダイム社の設立を祝う“ヘブンズディ”の前日に｢世界は生まれ変わる｣という奇怪な脅迫状を送ってきた老学者を探して欲しいというのだ。 その頃、街の貧乏サックス吹きの“オリバー”は、謎の浮浪者（老学者）から奇妙な“蒼い結晶”を受け取っていた。 ヘブンズディ前日も、オリバーは結晶の事などすっかり忘れてドームの中でパフォーマンスを繰り広げ、金を稼ぐのに必死になっていた。そんな彼のポケットの中の結晶にヒビが……。

アレックス・ローズウォーターに指定されたＪＦＫマーク。そこでロジャーは再びあの“シュバルツバルト”を名乗る包帯男と対峙する。 彼が従えた全身を包帯で覆った奇怪なメガデウス・マミーの挑戦を受けたビッグオーは、意外な苦戦を強いられた――。布で隠されたメガデウスの正体は、シュバルツバルトの手で掘り出されたビッグオーの同系機“ビッグデュオ”であった。 腐った街を燃やし尽くし、すべての人々に真実を知らせるのだと嘯くシュバルツバルト。奴が頼りとするビッグデュオは、ビッグオーと同等の戦闘力を持ち、しかも飛行能力までをも備えていた！

次々と通り魔によって惨殺される２０代の女性や青年。殺害現場には『我、神の名においてこれを鋳造する。汝らに罪無し』（Cast in the name of god ye not guilty）という赤いルージュの文字が記されていた。 ビッグオーを起動するときモニターに映し出される文字と同じ文面を残す惨殺者――。その影に自分とビッグオーを繋ぐ、彼自身も知らない“何か”を感じるロジャー。 捜索の過程で、今回の被害者であり、ロジャーのクライアントだった踊り子“ナンシー・ボルトン”の部屋にあった一枚の写真――。そこにはロジャー自身見覚えのある建物が写り込んでいた。 訪れたその建物（図書館）で、見つけた一冊の古びた本。そこには、今回の被害者たちの名が記された紙片が挟みこまれていた。 様々な謎が、今新たな物語を紡ぐためついに動き始める！

突如パラダイムシティの沖合いから現れた３体の異国のメガデウス。戦闘は熾烈を極め、ビッグオーはその右腕を噛み千切られてしまう。激しい戦闘の中、自身の存在に疑問をいだきつつ次第に意識を失って行くロジャー。 意識を取り戻すと、自身がみすぼらしい姿で雑踏の中に座り込んでいることに気づく。戦闘はどうなったのか…ここはどこなのか？空にはドームも無く、記憶を失っていない人々の活気に満ちた大都会。行きつけの安酒場の店長は、デイルから見覚えの無い男に変わっており、情報屋ビッグ・イヤーの姿は無い。自身の屋敷に戻ると、そこは銀行として営業されており、しかも頭取をつとめているのは宿敵ベック！？自分の記憶とは全く様変わりした世界に、困惑するロジャー。それとも、変わったのは世界ではなく、自分の記憶なのだろうか？

今回ロジャーの元を訪れた依頼人は、ケリー・フィッツジェラルドと名乗る老婦人で、元老院メンバー連続殺人事件の犠牲となった夫ロスコーの命を守るため、暗殺者との交渉をして欲しいとのことだった。しかし殺人アンドロイドＲ・Ｄは既に破壊された。何より、ロスコーは既に殺されたのではないか？不審に思いながら、ケリーの屋敷に出向いたロジャーは、車椅子で生活しているロスコーと相見える。彼は、殺害されたのは全て40年前のメモリーを持つ元老院メンバーの記憶を共有していた若者たちであることを告げると、事件の真相究明をロジャーに依頼する…。

ある夜、パラダイムシティのアウト・オブ・ドームに、空から光る物体が落下した。ストリートに大きなクレーターを穿ったこの物体を、住人達は天使降臨の予兆と噂した。 この出来事に興味を抱いたロジャーは落下現場に出向いてみるが、既に落下物はパラダイム社により回収された後だった。そこにノーマンから連絡が入る。落下地点から遠くない場所でホテルを営む男から交渉依頼があったというのだ。 さびれたホテルの経営者はジム・ワゴーマンと言い、病弱で昼間は外に出られない孫娘タミーと二人で暮らしていた。彼は天使降臨に関する記憶を持っており、未来の無いアウト・オブ・ドームの住人たちのために、降臨する天使との交渉を頼みたいというのだ。未来の記憶というものには疑問を感じながらも、依頼を引き受けるロジャーだったが…。

パラダイムシティに撒き散らされた大量のチラシ。人々の畏れを煽るその書面の署名は、あのシュバルツバルトのものだった。パラダイム社の幹部陣は、ロジャーを呼びつけると、かつてのアレックスとの契約不履行を理由にシュバルツバルトとの交渉続行を依頼。その横柄な態度には腹立ちを感じつつも、自身もシュバルツバルトの真実に興味を隠せないロジャーは渋々依頼を受ける。 手掛かりを求めて、再び地下神殿に足を踏み入れたロジャー。奇妙なメッセージを打ったタイプライターが打ち捨てられたその奥は、パラダイム社の地下工場に繋がっていて、そこにはビッグデュオや異国の３体のメガデウスの修復作業が行われていた…。 さらに異国のメガデウスの中には、製造中と思われる白いメガデウスが顔を覗かせていた。そこに姿を現すアレックスとアラン。アレックスは自分こそが、生まれながらにメガデウスを動かす資格を持って生まれてきた人間だと言い放つ。ただメガデウス・ドミュナスとして唯一揃っていない力を得るために、画策していたのだ。 その頃街ではメガワーム・リヴァイアサンが出現し、砂状化攻撃をしはじめる…。

パラダイムシティの建設に携わった日系企業ヨシフラ・ヤカモトからの交渉依頼を受け同社を訪れたロジャー。だが、彼はそれ以降行方を絶ってしまった。 ロジャーのいない彼の屋敷に、突然ダストンが訪ねてくると、ロジャーが誘拐されたらしいと告げ、彼のネクタイを取り出した。犯人との交渉に色めきだつダストン。だが、かかってきた電話に冷静に対応したドロシーは、以後犯人とのネゴシエイトは自分が行うと宣言する。 磔台で目覚めたロジャー。そこに姿を現したのは、彼に何度も煮え湯を飲まされてきたベックだった。部下と共に、刑務所から脱走したベックは、ロジャーがビッグオーを操っているという事実のメモリーが戻ったというのだ。復讐のためヨシフラ・ヤカモトに科学者を装って潜入したベックらは、ロジャーの頭部の骨格と声帯を完全にコピーしたロジャー・ドロイドを作り出し、腕時計通信機を奪うとロジャー・ドロイドを用いてビッグオーを誘導、そして海中に沈めようと画策したのだ。

パラダイムシティでは、アンドロイドを対象にしたアンドロイド・クラッシャー事件が世間を騒がせていた。軍警察で捜査にあたるダストンのもとに、パラダイム本社は査察官を派遣するが。Ｒ・フレデリック・オライリーと名乗るその査察官はアンドロイドであった。 その頃、ドロシーが機械油を買いにオイルバーへと出かけた際に、アンドロイド・クラッシャーの襲撃を受けていた。冷静にパイプ爆弾を振り落とし、難を逃れたドロシーだったが、ロジャーの抗議もむなしく犯人の目撃者ということで軍警察に拘留されることに…。しかし、彼女の視覚メモリーから、ダウン姿にキャップを被った犯人のシルエットが判明。また、ドロシーが買い物に行ったオイル・バーを他の破壊されたアンドロイドも利用していたことから、犯人の潜伏場所も特定される…。

炎上する都市を破壊するメガデウスの群れ、そしてスキンヘッドの子供たちの瞳に浮かぶバーコード…度重なる悪夢に魘されるロジャー。時折湧きあがってくるメモリーの断片に、自身についての疑惑と不安を募らせられていった彼は、メモリーを失っていない可能性のある唯一の人物、ゴードンに会うため、アイルズベリィの農園に向う。 思いつめた表情で、記憶について、そして自身の存在についてを尋ねるロジャー。だがゴードンは、実体の無い記憶に拘るロジャーに諭すような態度をとった上で、「私との契約まで忘れたのか？ネゴシエイター」とさらなる謎をかけるのだった…。「契約…？」 ロジャー自身に記憶の無い契約とは…？

ボナパルトの猛攻を前に、突如活動を停止し、防御体制のまま横たわってしまったビッグオーに混乱するロジャー。だがそこに、アランがドロシーをいたぶりながら追い詰めて行く映像が送信されてきた。ビッグオー停止の真意を理解したロジャーは、ビッグオーから降りるとダストンと共にパトロールカーで、グランドセントラル駅に急行する。 回転する右手で、ボディをバラバラにするというサディスティックな行為に陶然とし、ドロシーに迫るアラン。銃口を向け、アランの行動を制止しようとしたエンジェルも、心の奥の嫉妬心をアランに見透かされた衝撃で、その銃を取り落としてしまう。ドロシーの運命もこれまでか。だが、間一髪でロジャーとダストンが間に合い、アランの凶行からドロシーを救い出すことに成功する。 その頃ボナパルトは標的を、静止してしまったビッグオーからパラダイム本社に変更し、猛攻を開始する…。だがその時、本社の凱旋門が二つに開くと、地下から白い巨人がせり上がってきた…。

ユニオンによる破壊活動に対し、パラダイム社は軍警察によるスパイ狩りを強化し、340号ことエンジェルも追われる身となっていた。別れを告げるためロジャー邸を訪れたエンジェルだが、あいにくロジャーは不在。彼女は、アレックスをはじめ多くの者が捜し求めているメモリーは、ロジャーにとっても大切なものであるというメッセージをドロシーに託すと、雨の中に消えていった…。 一方ロジャーは、ゴードンの別荘でアレックスと対峙していた。ビッグファウの部品の回収に利用したユニオンは、元々この街以外で生き残り、砂漠や廃墟の中でただ生きるだけしか脳の無い、文化を築く事もしない生きる価値の無い盗賊の集まりで、唯一文化を遺す意味を持たされた街こそパラダイムシティである。そして、メガデウスを操る正統なメモリーを持つ自分たちこそが、この街の主役であると説くアレックスに、ロジャーは不快感と生き方の違いをますます感じるのだった。

ドロシーからエンジェルの伝言を聞いたロジャーは、彼女の行方を求めてシティを奔走する。海底トンネル内で、エンジェルらしい人影が目撃されたことをダストンから聞き、グリフォンをトンネルに走らせたロジャーの前に現れたフードを被った女性。だがその人影はエンジェルではなくヴェラだった。　その頃、刑務所に収監されているベックの元を、アランが訪れていた。彼はベックに、死刑執行停止と引き換えにビッグファウのインターフェイス復元を強要するのだった。 そして、ロジャー邸宅が、突如無数のウォーマシンに襲撃を受ける。ノーマンの正確な射撃はウォーマシンを次々と迎撃しては行くものの、いかんせん多勢に無勢。次第に、追い詰められていくノーマンとドロシー。しかし、ようやく帰り着いたロジャーの目の前で、一機のウォーマシンに連れ去られてしまうドロシー。ロジャーはすぐさまビッグオーで追跡するが、その前に真紅のビッグが立ち塞がった。

ロジャーの前に立ち塞がった真紅のビッグは、パラダイム社により再生されたビッグデュオ・インフェルノだった。そのコクピットには、無数のケーブルで生身の身体をデュオに直結させたアランの姿があった。インフェルノの猛攻により右腕を使えなくなったビッグオーは、オーサンダーで反撃、インフェルノの頭部を刎ねる。しかしインフェルノは起き上がり、より凶暴性を増して行く。だが、その時、死亡したはずのシュバルツ・バルトの声があたりに響いた。「メガデウスはドミュナスを選ぶ」。インフェルノのコクピット内に表示されるメッセージが変わるのを合図とするように、ケーブルがアランを身体ごと飲み込んで行く。そしてアランを飲み込みながら飛び立つと、ドームの空に消えていった。 インフェルノとの戦いを終えたロジャーは、ドロシーの行方を求めてグリフォンで疾走していた。そうしてようやく発見したドロシーは、額からメモリーディスクを抜かれた人形と化していた…。

ユニオンによるパラダイムシティへの空爆が始まった。それはまさに、ゴードンの著した『メトロポリス』の描く光景そのものだった。そこに立ち上がるビッグファウ。ドロシーのメモリーディスクを利用したインターフェイスで、コア・メモリーを内蔵したメガデウスとして甦ったのだ。 その頃、地下に作られた記憶のステージで、エンジェルは呆けたように腰掛けているゴードンと再会。更に、母親の口調で語りかけてきたのはヴェラその人であった。己と元老院議員の遺伝子のメモリーを再生するために、ゴードンが栽培した“トマト”の中で、不適合種として切り捨てられたものこそ、自分やエンジェル、そしてユニオンだと語るヴェラ。エンジェルはヴェラに銃口を向けるが、逆にヴェラに鞭打たれてしまう。スーツの背中が裂け、羽跡のような痣に傷跡が重なって行く。それを止めたのは、ロジャーだった。「お前も我等と同じく人工栽培の出来損ない！」と罵声を浴びせるヴェラに、ロジャーは生まれと一人の人間の生き方は別物であると力強く言い放つ。 その時、ゴードンが明瞭な口調で真実を語りはじめす。

黒と白。二つのビッグの激闘の幕が切って落とされた。ビッグファウの猛攻に、ビッグオーは頭部クリスタルを粉砕され、コクピットのロジャーの意識は失われていく。アレックスと一体化したビッグファウは、ビッグオーを、海中に突き落とした。 海中深く沈み行くビッグオーのコクピットでも、ロジャーを救うために一体化すべくケーブルがロジャーに近づくが、ロジャーの意志を汲み動きを止める。記憶の断片の中を彷徨うロジャー。そんなロジャーを救うべく現れたのは、メモリーを失い機能を止めたはずのドロシーだった。コクピットを空気で満たすと、自身をインターフェイスとしてビッグオーに接続するドロシー。 その頃、エンジェルの背中の痣が光を帯び出した。ゴードンの導きで、奇妙な空間に足を踏み入れたエンジェルは、自身の意志で選択をくだす。そんな彼女を、大きな翼のような光が包んで行く。