ベイスタジアムで戦って最後まで生き残った方が勝つ、超高速回転で行われる新時代のベーゴマバトル、それがベイブレードだ！主人公タカオもブレーダーの一人。今日も剣道の修行をさぼって隣町へと出かけていく。その日は、隣町のアキラとベイブレードチャンプの座を掛けて勝負する予定なのだ。しかし、アキラは蛭田という謎の少年に負け、ベイブレードを奪われていた。その行為に怒るタカオは、蛭田に勝負を挑むことに…。

カイのベイブレード「ドランザー」と対決し、自分のベイブレードを破壊されてしまったタカオ。だが強敵の登場にタカオは闘志を燃やし、キョウジュやアキラの協力を得て新しいベイブレードを作り出す。だが、謎の力を秘めたベイブレードを求めるカイは、キョウジュの研究に目を付け強引に連れ去ってしまった。

橋の下で練習中だったタカオは、川でおぼれた子犬を助けたのをきっかけにマックスという少年と出会い、仲良くなった。さっそく腕利きのブレーダーであるマックスと勝負するタカオ。だが、彼のプロトシエルの防御の前にドラグーンは負けてしまう。カイのドランザーもパワーアップしているという噂を聞いたタカオは、焦りと勢いで新しい必殺技があるとウソをつき、それが元でキョウジュとケンカ別れしてしまうことに……。

ベイブレードの祭典『スーパーバトルトーナメント』。それはブレーダーたちが夢見る日本一への一本道だ。タカオもキョウジュもマックスも、そしてカイもその戦いの場へと参加していた。予選ブロックＡからは、プロトシエルを完成させたマックスが。Ｂからはキョウジュを圧倒的な強さで下したカイが。そして予選ブロックＣではいよいよタカオに出番が回ってきた。しかしそこにはタカオを狙う“シェルキラー”のメンバーたちが…。

最後の予選ブロックＤで２０人の参加者を倒し勝ち残った少年レイ。その未知の強さにタカオが闘志をかきたてられる中、準決勝の第１試合マックスｖｓカイが始まった。その勝負はカイが攻撃力を生かしてまず１勝、次はマックスが機転を効かせて勝利し、いよいよファイナルバトルを残すのみ。しかしマックスのビットはドランザーにより破壊されてしまう。

バトルトーナメント２日目、準決勝第２試合。昨日の夜からキョウジュの姿がないことを気にかけつつもタカオは試合にのぞんだ。一方、対戦相手のレイは、タカオなど眼中になく余裕の構えを見せる。レイの態度に挑発されたタカオは、試合開始と同時に必殺のシュートで挑むのだが、何とレイのドライガーは見えない攻撃を破った上に、反撃でドラグーンを破壊してしまった！予備パーツのないタカオはこのままだと失格に……。

祖父たちの応援を受けて決勝戦に向かうタカオ。待ち受けるは強敵カイとドランザー！タカオはいきなり必殺のストームアタックで勝負をかけ、その嵐でカイを吹っ飛ばす。盛り上がる会場。しかし、カイはその余裕を崩さず立ち上がり、身につけたプロテクターを外した。それはカイが己を鍛えるべく付けたウエイトだったのだ。そしてドランザーに宿った聖獣の炎がドラグーンの嵐を斬り裂き勝負はファイナルバトルへともつれ込む。

タカオたち日本代表チームは、キョウジュを専属メカニックに加え、まずアジア大会に向けて出発した。最初の目的地は香港。初の海外旅行に、タカオはちょっと浮かれ気味。まだ彼は日本チームが他チームから目を付けられていることを知らない。そんな中、カイはタカオと意見が合わず、一人で街に出てしまう。放っておけず探しに出たタカオたちは、街外れで突然ヌンチャクを使うベイブレーダーから挑戦される。突然の挑戦者は予想外に手ごわく、タカオは苦戦を強いられるが、仲間の応援と気合で逆転勝利を収めた。

タカオたちに挑戦者をけしかけた少年の名はキキ。彼はレイを挑発し、勝負を持ちかけてくるが、そこで黙っていられないのがタカオだ。再び始まるバトル！キキのガルマーンは酔っぱらいのような動きでドラグーンの攻撃をかわし、分身攻撃「ドランクモンキー・アタック」で勝利する。そこに現れた猿の聖獣に驚くタカオたち。だがタカオも負けじとストームアタックでセカンドバトルを制した。

いよいよ始まるアジア大会。タカオたちはＡブロック第１試合でタイチームとぶつかった。レイもマックスも、予想以上に強い相手に苦しめられるが、なんとか勝利を収める。楽勝気分だったタカオは、改めて世界の強さを実感する。そしてファイナルバトル、必殺のストームアタックを封じられたドラグーンだが、タカオの機転によって逆転勝利をおさめ、２回戦に堂々の進出を決めるのだった！

レイから白虎を取り返そうとする中国チーム。中でもキキは、香港での一件があり特に執念を燃やしていた。チームメイトであるマオの言葉にも耳を貸さず、キキは一人で先走り、タカオたちの寝込みを狙って宿に忍び込んだ。そして白虎のビットを奪う代わりに、キョウジュの研究データに目を付け、これを奪い去ろうとする。

白虎の力を失ったレイは、チームの足手まといにならぬようにと、置き手紙を残して姿を消してしまった。だが、それを納得できないタカオはレイを追って飛び出してしまう。一方、レイは白虎の力を取り戻すべく山奥で修行をしていたが、そこへ中国チームのマオが現れる。マオはレイに戻ってくるよう説得を始めた。彼女にとってレイは兄のような存在であり、憧れの的だったからだ。その時、ようやくタカオたちがそこへ辿り着いた！

大会もいよいよ準々決勝を迎え、中国チームはモンゴルチームとの闘いにのぞんでいた。先鋒のガオウは空腹のために集中出来ず、熊の聖獣を出現させながらも敗退してしまう。だが、次に出てきたマオは香港で垣間見せた実力の通り、必殺の「キャティ・バイツ」で相手のベイを真っ二つにしてしまった。そして最後の勝負、中国チームリーダー、ライがその姿を現す。彼はレイに挑戦するかのように驚くべき技で勝負を決めて見せる。

準決勝の朝、タカオは夜更かししたために思い切り寝坊していた。レイが起こそうとするも失敗し、結局タカオとレイを残してメンバーは先に出発することに。そのバスの中、キョウジュは対中国チーム用に開発した新型ドラシエルをマックスに手渡す。一方、ようやく目の覚めたタカオはレイと共に急ぎ次の会場へと出発するが、途中で事故渋滞に会い試合に遅れそうになってしまう。実はこの渋滞、中国チームのキキがしくんだ罠だった。

いよいよ決勝戦の幕が切って落とされた。勝負は３回で、２本先取した方が勝利する。第１戦はマックスｖｓガオウ。共に最大の防御と攻撃を誇る聖獣のビットのぶつかり合いとなった！ガオウのガルズリーは恐るべき攻撃力でドラシエルを追い詰めるが、マックスは相手の不安定さを逆手に取ってまず１勝する。だが、これで本気になったガオウは何とスタジアムに亀裂を入れるほどの破壊力を発揮して勝利。勝負は３回目にもつれ込む。

紫禁城を模したスタジアムで始まる決勝戦第２試合。レイはマオとのファーストバトルへ臨むが、マオのガルクスの不意打ちと一瞬の迷いで遅れを取ってしまった。昔の仲間と戦うことに迷いを振り切れないレイ。しかしタカオたちの声が、そして対戦相手であるマオがその迷いを断ち切った！闘志を蘇らせたレイは、セカンドバトルで渾身のタイガークローを放つ。２人の聖獣がぶつかり合い……勝ち残ったのはドライガーだった！

タカオｖｓライ、中国大会決勝の火蓋が切って遂に落とされた。砂と岩に覆われたステージで先制攻撃を仕掛けるドラグーン。しかしライのガルオンは、あっさり逆転し強さを見せつけた。続くバトルでも、タカオは大苦戦するが、カイの一言をヒントにストームアタックでガルオンを押さえ込むことに成功する。

世界大会への切符を手にしたタカオたちが一休みするため戻った日本では、今やベイブレードがブームとなっていた。日本チームの活躍がそれに火を付けたのだ。たちまち天狗になったタカオは、あることでキョウジュとケンカしてしまう。タカオが、少年ユウと出会ったのはそんな時だった。たった一つの大切なベイブレードを壊されて落ち込むユウを励まし、修理に手を貸すタカオとマックス。そう、ベイブレードは大切な仲間なのだ。

いよいよアメリカへ降り立ったタカオたち日本チームは、一足先に来ていたレイ、そして応援に来たじっちゃんと合流した。最初に目指すのは、アメリカのベイブレード研究所だ。そこではキョウジュが目を輝かせるほどの最先端技術が惜しげも無くベイブレードに注がれていた。しかしタカオは、温かみのない研究所の様子に今いち納得がいかない。そんな時喜びの声を上げるマックス。何と研究所の局長はマックスの母、ジュディだった！

ひとまず見学が終わりジュディと食事を共にする日本チーム。後は宿に戻るだけなのだが、そこでタカオが１つ提案をする。かくしてまだ見ぬ場所へ向け研究所内を探検する日本チームは、そこにある充実した設備や施設に目を丸くしていた。何しろ規模の大きさが違うのだ…。そんな時、ジュディの姿を見つけたマックスが思わず飛び出してしまう。警報が鳴り響き、降りるシャッター。そして、後ろには逃げ道をふさぐように人影が…。

アメリカチーム１軍の実力を見せ付けられ悪夢にうなされるキョウジュ。そんな時、タカオたちの元に大転寺会長から特訓場所を示すメールが届く。しかしアメリカに負けない施設を期待して、辿り着いた先は単なる山の中のキャンプ場だった。がっかりするタカオたち。そんな日本チームを出迎えたのは、ドミニカ代表選手のアントニオ。たった一人の選手ゆえ特別参加となった彼を会長は合宿のパートナーに指名していたのだ。

アメリカ大会前夜祭のチャリティ会場。そこでは特別イベントが始まろうとしていた。それは大会参加者から選ばれた世界選抜チームとアメリカ大統領チームによるドリームマッチ！マックス、エミリー、そしてブラジルチームのマリオと精鋭揃いの選抜チームに対し、大統領はある条件で闘えば勝てると言い放つ。

いよいよ幕を開けたアメリカ大会。日本チームの最初の相手はメキシコチームだ。第１試合にレイを登録しようとするキョウジュ。だが、そこでカイが初めて動いた。彼は試合前、エミリーに実戦データがないと言われていたのだ。不敵な笑いを浮かべ、勝負に臨むカイ。結果はカイの圧勝で、アメリカチームはその戦闘力を計測することさえできずに終わる。

タカオたちの次の相手はエクアドルチームだった。しかし、試合の朝、エミリーは日本チームの負けと、エクアドルが最も警戒すべき敵であることを告げる。気になったキョウジュが調査するも、データがなくお手上げ。何の対策もなく、タカオたちは気合で試合に臨んだ。そして第１試合はレイが出るが、これまでと違う相手の出方に戸惑い負けてしまう。ガラパゴス出身の彼らは全くの自然体で闘う天然ブレーターだったのだ！？

いよいよ準決勝を迎えたタカオたち。相手はブラジルチーム、そうチャリティマッチでマックスと共に闘ったマリオのチームだ。しかしタカオは食べすぎでお腹を壊し、代わりにカイが出場することに。そしてハイウェイコースを舞台に始まるバトル！第１試合は相手のダンスのリズムを見切ったマックスが逆転勝利する。そしてＦ１レースのような超高速バトルとなった第２試合は、レイのドライガーが圧勝。決勝進出を決めるのだった。

決勝戦前夜。既にデータ収集を終え、万全を期したアメリカチーム。対する日本チームはキョウジュがマックスを外したメンバー編成を提案していた。反発し、部屋を飛び出したマックスはホテルの屋上でジュディと顔を合わせる。試合に出るなと言うジュディに、首を振るマックス。マックスは全力で戦う姿を、自分をきちんと見て欲しかったのだ。後を追ってきたタカオたちはその想いを汲んでマックスのエントリーを決める。

果敢に攻めるも圧倒的なパワーの前に為す術のないタカオ。だが、カイとレイが与えた助言により活路を見出し、苦戦の末に必殺のファントムハリケーンで逆転勝利を収めた。勝利に沸く日本チーム。一方アメリカチームは気落ちすることもなく、次の選手エディを送り出す。これに対するレイは、自信を持って試合に臨むがエディは余裕の態度を崩さなかった。そう、新型ドライガーではなく、レイの戦い方が既に見切られていたのだ！

アメリカチームのリーダー、マイケルの力は凄まじかった。第１セット、緊張の取れないマックスのドラシエルをたった一撃で場外に叩き出したのだ。いよいよ追い詰められた日本チーム。だが、タカオはマックスを信じて声援を送り、マックスもそれに応える！気合がドラシエルに力を与え、今度はマイケルのトライグルが場外へ。驚いたジュディは切り札の使用を許可し、マイケルは本来の利き手である右にシューターを持ち替えた！？

アメリカ大会を終え、日本チームは次の戦いの場、ロシアへ向かうことになった。旅立ちを前に、キョウジュはこれまでの戦いを振り返る。そう、タカオと初めて出会ってから、今までのことを……。

世界大会決勝戦の舞台、ロシアへ一路向かうタカオたちは今、豪華客船の上だった。プールに食事、ゲームと娯楽だらけの船内だが、キョウジュに説得されタカオたちは過去の教訓を踏まえた訓練に入った（カイは既に自主トレ中）。しかし早々に飽きてベイバトルしに行くタカオ。そこで彼は戦った相手を粉々に打ち砕く恐るべきベイの使い手ラルフと出会う。

イギリスに到着したタカオたちは、食事をしに行っている間に何と船に置いて行かれてしまった！？ＢＢＡのイギリス事務局に助けを求め、一息つくとタカオは船でなく陸路で修行しながらロシアに向かうことを提案する。ラルフに負けたのをきっかけに、まだ見ぬ強豪と戦いたくなったのだ。更に届けられた聖獣の謎に関する謎のビデオがそれを後押しする。だがその時、邪悪な気配と共に現れた謎の修道士がタカオたちに襲い掛かった！

陸路でロシアへ向かうことになったタカオたちは、まず高速列車ユーロスターでフランスを目指す。何故か客の姿がない列車に、貸切だとはしゃぐタカオ。だが、不審に思ったレイは車内を一通り調べに出た。客車にも食堂車も誰も乗っておらず、罠だと直感するレイ。そして海底トンネルに入ってしばらくすると列車は急停止した。無人の列車からトンネルへ出るタカオたち。そこで彼らを待つのは謎の修道士……それも４人だった！

世界大会の妨害を狙う“チームＷＨＯ”。カイは、強敵の出現に備えるべく、一人姿を消す。一方、置いていかれたタカオたちは見物も兼ねてパリの街へと繰り出していた。そしてカイを見つける名目で、エッフェル塔の展望室から望遠鏡であちこちを観察する。が、その時チームＷＨＯのジャイが姿を現した！呼応して４人勢ぞろいする闇のブレーダーたち。彼らはかつて聖獣に敗れ、復讐を果たすため闇の力に身を染めたのだ！！

チームＷＨＯを退け、束の間の休息を得た日本チームは思い思いの場所へ出かけていた。ヒマだったタカオも、キョウジュと共にルーブル美術館見学に行く事に。だが、何者かが美術館を貸し切りにしたため中に入れない。しびれを切らしたタカオは館内に忍び込み、そこで聖獣ユニコリオンのベイを操る少年、オリビエと再会した。食事に誘われ一瞬ご機嫌になるタカオだが、ふとしたきっかけでオリビエとベイバトルをする羽目に！

オリビエの言葉に従いイタリアにやってきた日本チームは、チームＷＨＯのカイロナを倒したという少年、ジャンカルロの家を目指す。が、彼の家は正に豪邸で、しかもジャンカルロはバトルよりも大切なことがあると姿をくらませる。タカオたちはバトルのために彼を追うが、ジャンカルロの目的は何と女の子と遊ぶことだった。しかし、怒ったタカオが去り際に残したセリフがジャンカルロに火を付けた。とうとう念願のバトルが始まる！

ジャンカルロに完敗したタカオ。だが、落ち込むどころか次こそは勝つと、一人訓練に打ち込んでいた。キョウジュやレイ、マックスも進んでそれを手伝い、アンフィリオン打倒の秘策を相談する。一方、勝ったジャンカルロもどこか気分がスッキリせずデートにも身が入らない。彼はタカオとの戦いに何かを感じていたのだ。そこに現れたオリビエの助言を受け、その何かを確認するべく、ジャンカルロはタカオとの再勝負を決意する！

ジャンカルロはタカオたちを連れて、仲間であるラルフの城へと向かう。そう、豪華客船で圧倒的な力を見せたあのラルフの元へ。しかし、肝心のラルフはタカオのことを覚えておらず、１回勝負した相手とは二度と戦わないと取り付く島さえない。戦いを通じて成長することがベイブレードの醍醐味と主張するタカオたち。そこへ割って入ったイギリス代表のジョニーは、騎士の誇りを見せつけるべくカイに手袋を叩きつけた！

打倒ラルフ、打倒ジョニーを誓ったタカオたちは、ラルフの城に居座ってでも意見を通すことを決める。そんな中、カイは一人敗戦から立ち直るべく特訓を自分に課す。あくまで馴れ合いを拒むカイに、タカオは勝負を挑んだ。チームとして勝利するためには、実戦レベルでの訓練が必要なのだ！一方のラルフは、タカオたちを評価するジャンカルロとオリビエの目を覚ますべく、挑戦を受け完全勝利する事を心に決めるのだった！

リベンジに燃えるカイは、特訓の成果でジョニーの必殺技ファイヤーロッドを一度は防ぐが、聖獣同士の戦いに持ち込まれ大苦戦する。サラマリオンに叩き伏せられる朱雀。このままでは前回の二の舞に…！？だが、タカオのアドバイスを受けて、カイは反撃に転じた。サラマリオンを抱えたまま空高く舞い上がり、急降下して地面に叩きつける朱雀。ここで勝負は決まった。リベンジに成功したカイはチーム戦の決着をタカオに託す！

ヨーロッパを離れ、一路ロシアへと向かうＢＢＡチーム。今、彼らの関心は謎に包まれたロシアチームにあった。全ての試合を負けなしで来ている強豪ロシアに、タカオは闘志を燃やす。そしてモスクワに着いた彼らは、観光の途中でヴォルコフ修道院にやってきた。ロシアではベイブレードが大ブームとなっており、この修道院でもベイのトレーニングが行われていた。タカオはそこで練習試合をする羽目になるのだが、そこで垣間見るロシアブレーダーの実力は侮れないものがあった。

ヴォルコフ修道院で見た光景を夢に見てうなされるカイは、一人原因を探りに修道院へ潜入する。一方のタカオたちも、やはり見物やトレーニングに出かけるが、そこで懐かしい相手と出会う。マックスはジュディとアメリカチーム、レイは中国チームに。そしてタカオとキョウジュの元に皆は集まり、果てはアメリカｖｓ中国チームの勝負に発展するのだった！その頃、潜入したカイはそこで見る修道院の有様に胸騒ぎを覚えるのだった。

カイの前に立つヴォルコフ。彼は修道院で訓練していた頃のカイを知っており、自分たちの元“ボーグ”へ帰ってくるように言う。しかし、カイは昔の自分ではないと警備員を振り切って脱出を図った。その頃、カイが夜中になっても戻らないことを心配したタカオたちは、心当たりのヴォルコフ修道院へと捜しに出る。一方、カイは逃げ道を封じられ、昔の訓練室に追い込まれてしまった。難なく脱出するも、違和感に悩むカイ。

カイが戻らぬまま夜は明け、ヴォルコフバトルドームの完成記念マッチ、ロシアｖｓアメリカチームの試合が始まろうとしていた。第１試合はスティーブｖｓイワン。だがスティーブのトライホーンは、イワンのワイボーグの動きを捉えることが出来ず完敗を喫してしまう。第２試合のエディは、それを踏まえてユーリに対して全力で挑む！が、トライピオ必殺のスティングシュートも空しく、開始後数秒で場外へ弾き飛ばされてしまった！

まるでシェルキラーの頃に戻ってしまったかのごとく、ただ強さのみを求めるカイは、ロシアチームの他のメンバーを無視して中国チームに対してさえ1人で戦うことを決めてしまった。そして始まるセレモニーマッチ第２戦。しかし、先鋒のガオウ、次鋒のマオは吸収した聖獣の力をも利用するブラックドランザーの前に敗北。ライも持てる力を全て出して戦うが、やはり敵わない。余りに残酷なカイの戦いぶりにタカオを怒り、悲しむ。

仲間だと思っていたカイの離反にタカオたちはショックを受けていた。が、そこへカイからの招待が舞い込む！ジュディたちを見送りに行ったマックスを除いたメンバーはこれを受けて一路バイカル湖へ向かう。そこで待っていたのは喜びの再会でなく、カイの挑戦状だった。タカオにリベンジして名実共に最強になることがカイの目的なのだ。怒りと共に挑戦を受けるタカオ。そしてレイとキョウジュもこれに加わり、戦いが始まった！

タカオたちと和解したカイは、ボーグ本部へと舞い戻る。そしてブラックドランザーで施設を破壊すると、今度こそボーグに別れを告げるのだった。再び揃ったタカオたちＢＢＡチ－ムは、改めて戦うことを誓い合う。そこへ現れる大転寺会長とじっちゃん、そしてタカオの父・龍也！彼らが告げた真実……ボーグとカイの祖父・火渡宗一郎は、聖獣の力で世界の征服の征服を狙っていたのだ。そして遂にロシア…いやボーグが動き出す！

徒歩で会場へ向かう羽目になったタカオたちＢＢＡチームは、通りがかりのジャンカルロたちユーロチームのバスに拾われる。だがボーグへの怒りでタカオは平常心を失っていた。その様子を見てオリビエはつぶやく「そのままでは勝てない」と。途中、エンジントラブルで立ち寄った屋敷の廃墟……気分転換にとバスを降りたタカオたちは突然ベイに襲われた！見覚えのあるそのベイはグリフォリオン……そしてブレーダーはラルフ！！

ついに世界大会決勝、ＢＢＡ対ロシアの戦いが始まろうとしていた。我こそはと先鋒を買って出ようとするタカオ。だが、それを制してカイが名乗りを上げる。第１試合はカイｖｓセルゲイ…シーボーグのブレーダーだ。大半が海という港町風のスタジアムでドランザーとシーボーグが激突する。激しい当たりで相手を海に突き落とすカイだが、鯨の人造聖獣であるシーボーグは海を割り、津波でドランザーを圧倒する。カイに逆転の策は！？

カイがまさかの敗北を喫し、後の無くなったＢＢＡチーム。次鋒はレイ…対するはファルボーグを操るボリスだ。だが、試合が始まるやファルボーグの攻撃はドライガーだけでなく、レイをも襲った！傷だらけにされ反撃もままならず、レイは第１セットを落とす。そして第２セット。ボリスの攻撃は更に激しさを増し、レイは気力だけでこれに耐えていた。全ては勝機を掴むために…。そしてドライガーが遂にファルボーグを捕らえる！！

決勝の最終試合を前に、タカオはカイを相手に特訓に余念がない。そこへ現れるマイケル、ラルフ、ライ。彼らも特訓に協力するために来たのだ。またキョウジュは、マックスとその両親、そしてエミリーたちと共にドラグーンをバージョンアップさせた。皆がタカオを信じているのだ。タカオもそれに応えようとしていた。そして決勝戦。人間兵器と化したユーリとの戦いの火蓋が切って落とされる！！

そして始まった第２セット。突然吹き荒れるブリザードに閉じ込められるタカオ。何とそこはウルボーグが作り出した異空間だった。孤独と寒さに疲れ果てていくタカオと青龍…そして遂にはドラグーンが凍り付いてしまった！それを見ていた皆が絶望感に包まれる中で、ユーリは第３セットの開始を要求する。だが、そこに立ち尽くしていたタカオから笑顔は消えなかった。強い相手と戦うことの喜び…そう、ベイブレードが楽しいからだ！！