35年前、突如として姿を現した新大陸『マグメル』。新種の動植物や貴重な鉱物資源を求め、多くの探検家達が新大陸へと挑んだ。 探検家達の救助を生業とする拾人者アングラーの因又の元に、行方不明者の捜索依頼が入ってくる。最初は乗り気ではなかった因又だが、エポナの涙という言葉を聞き行くことに…。

生物応用研究所に現れた「ケルベアー」から父を救助して欲しいと頼み込むエミリア。 しかし、因又は研究所のやり方をよく思わず、今回の件もよくあることだと冷たくあしらい依頼を断る。 それでも他に頼る者がいないエミリアが拾因という名前を出した途端、因又は依頼を引き受け七区にある研究所へ向かうのだった。

希少動物『七彩鳩』を10億エスクで競り落とす程の富豪デイサム氏。 30年前にマグメルで暮らしていた過去を持つ彼の依頼は、かつての居住区へ足を踏み入れること。 そして、行方不明になった友人を探し出し、自分の心に整理をつけることだと言う。 猛毒生物がウヨウヨいる45区の先で発見したものは、一つの壺だった…。

ゼロと因又がフルーツを食べながら歩いていると、沢山の人だかりに遭遇する。 そこには、奇跡の人と崇められているベレーナの姿があった。孤児院を救うため、冒険に向かう彼女だったが、遂にマグメルで消息を絶ってしまう。 依頼に対して冷たい態度をとる因又は、ベレーナの過去と本性を知っているような口ぶりであった。

探検家用具店の店主、田伝は、因又のあくどい値切りに困らされていた。 今度こそは、と何重にも値切り対策をして接客をしたものの、騙されたあげく大損してしまう。そこで、田伝は一攫千金を夢見てマグメルへの冒険を決意する。 バイクにまたがり、いざ走り出そうとしたのだが、それを見逃す因又とゼロではなかった。

猫が飼いたいとせがむゼロに、因又は飼うことは出来ないと伝える。 その理由として、自分を育ててくれた拾因（シュウイン）との事を語り出す…。 数年前、因又は子供ながらに『ラクト』を多少扱えた。 しかし、モンスターと戦う許可が貰えず、いつまで経っても自分を半人前扱いする拾因に不満を持っていた。

大量のマシュマロを食事代わりに食べている因又達の元に、エミリアの父チェスターが依頼にやってくる。 今度は娘のエミリアが消息不明になったという。 彼らのマグメルに対する意識の低さを咎めつつ、依頼料の増額で引き受け航空機が不時着した場所に赴く。 ただ、そこにはマグメルの原住民、エリンの姿があった。

マグメルに食料調達に出掛けた因又は、集落跡で老人に拘束される。 そこには老人以外は住んでおらず、絶体絶命かと思われたが、何事もなく解放される。 食料調達を再開した矢先、地中から現れた巨大なモンスターに獲物を横取りされ、折角の食料を逃がしてがっかりしている因又は、荒れた墓地にたどり着く。

因又にペット扱いを受ける夢を見たゼロ。 なんとか女性として魅力的になろうと奔走するのだが、身長が低いのを理由に失敗してしまう。 それでも諦められないゼロは、マグメルに生息する『身長が伸びる木の実』を探しに行く事を決意する。 エミリアや田伝と一緒に様々な困難に挑み、遂に木の実を発見するのだが…。

順調に依頼を終わらせた因又は、マグメルの生態系の研究をしているルベルトと出会う。 言われるがままに後をついて行った因又も最初は困惑していたが、優しく動物好きなルベルトに好意を抱く。 しかし、動画の再生数の為なら生き物の命を何とも思わない二人組が入り込み、平和が乱される事になってしまう。

因又の様子がおかしい。普段ならしない早起きをして、理由も告げずに出て行ってしまう。 隠し事をされているようで不機嫌になっているゼロの前に、かつての主であるバートンが姿を現す。 バートンは田伝をはじめ、仲間達に危害を与える様を見せつけ、『実験体ゼロ号』として自分の元へ戻るように強要するのだった。

バートンに囚われ、再び実験体として扱われるゼロ。研究所の中には、かつての実験体たちが囚えられ、彼らは絶対に逃げられないと諦めていた。 同じ頃、爆発から逃れた因又は、ゼロを救い出すためバートンの研究所を目指す。 待ち受けるバートンは、用済みの実験体を使い、恐ろしい作戦を実行に移し…。

実験体たちから能力を奪う事により、バートンはラクターへと変貌を遂げた。対峙した二人は互角であったが、バートンの激しい復讐心と狡猾さから次第に押されていき、苦戦を強いられる。 一度は倒れ込み、傷だらけになりながらも因又は立ち上がり、ゼロに語り掛けるように出会った日を思い出せと叫ぶのであった！