高校生の浮矢瞬は、突如出現した謎の侵略者“インベ-ダー”との戦いに遭遇する。家族を守るため、瞬はゲートを開く力に覚醒する。そこには、インベーダーと死闘を繰り広げる、幼なじみの生沢ルリ子の姿が…。

ゲートキーパーとなった瞬は、ルリ子の所属する地球防衛機構イージスにスカウトされる。だが、家族を顧みなかった父に対する反発から家を離れることを嫌い、返事をためらう。瞬が父への思いに葛藤する中、瞬の家族がいる新宿にインベーダーが出現。ルリ子は一人でインベーダーに立ち向かう。そこに瞬が駆けつけるが…。

イージスに所属することを決めた瞬の初任務は、新たなゲートキーパーのスカウトだった。最初の候補者は朝霧麗子。彼女の奏でるピアノは｢幻惑のメロディー｣と呼ばれ、聴衆に幸せな夢を見せるという。麗子の周囲にインベーダーの気配を察知した瞬とルリ子は、護衛とスカウトを兼ねて彼女の元を訪れる。

ゲートキーパー候補者を探す瞬たちは、第二の候補者・番場長太郎、通称:番長を求めて、姫路を訪れた。タイマン勝負で番長の力量を測ろうとする瞬だったが、そこにインベーダーが出現。インベーダーに追われていた番長の恩人・八幡の情報から、地元を開発する企業にインベーダーが潜伏していることを察知し、ひとまず番長を一行に加えて調査を開始するのだった。

新たなゲートキーパーがイージス極東支部にやって来た。肉体強化の｢迫撃｣のゲート能力を持つ、近衛かおるだ。しかし、かつてその能力のために夢を諦めることになった彼女は、ゲートキーパーズ隊に参加する気はないと言う。努力することに対して懐疑的になっている彼女を立ち直らせるために、ゲートキーパーズ隊の入隊を賭けて、瞬は勝負を挑む。

バラバラのゲートキーパーズ隊をまとめるために隊長を決めることになったが、各人の思惑が渦巻いて収集がつかない。そんな中、麗子とかおるの住む女子寮で頻発する怪事件…。事件を解決すれば、隊長は自分だと盛り上がるゲートキーパーズ隊の面々。あの手この手で、男子禁制の女子寮に潜入を開始する!

中国から飛び立った、飛行機に擬態したインベーダーが日本上空で姿を消した。それを追って、イージス上海支部のゲートキーパーも日本にやって来ているという。厚木基地で上海支部のゲートキーパーと合流予定の瞬だったが、そこにいたのは、地球防衛免許を持ったサルだった…。

瞬たちのクラスメイト・鉄恵は、自分にないものを全て持っているルリ子に対して、異常なまでのライバル心を燃やしていた。最近、急に人が変わってしまった教師・福岡の担当する期末試験にミスを発見した恵は、ルリ子に負けたくない一心で直談判に向かうが、そこには変わり果てた姿の福岡がいた…。

インベーダーが自分の身近にいる人間かもしれないという事実にショックを受けた瞬は、戦うことを恐れるようになっていた。ある朝、不良に絡まれる女生徒を目撃するが、不良がインベーダーだと思うと助けに入ることができない。その時、瞬たちの前に男子学生が颯爽と現れ、不良から女生徒を救い出すのだった。その男子学生は、瞬たちのクラスの転校生・影山零士だった…。

アポロ12号の地球への帰還を無事に守り通したゲートキーパー隊だったが、帰途にてインベーダー幹部・悪魔伯爵が突如襲来。悪魔伯爵の見せる幻覚の前に、ゲートキーパーズ隊のメンバーは次々に囚われていく。それぞれの持つ願望を具現化した精神攻撃に、抗う術はあるのだろうか?

7年前にバミューダ海域で失踪した貨物船が、時間と空間を飛び越えて東京湾に出現した。あらゆる機械と融合する能力を持つインベーダー幹部・機械将軍がその貨物船に擬態して、日本に侵入したのだ。イージス極東支部に宣戦布告した機械将軍の告げる次のターゲットは、休暇中の瞬の乗る、夢の超特急・新幹線だった!

瞬とルリ子の二人は、消息を絶った輸送機の捜索のために北方の大雪山を訪れた。絶景を堪能する二人の前に、突如インベーダーの大群が出現する。逃げる二人を救ったのは、｢氷雪｣の能力を持つゲートキーパーの少女だった。少女と共に、時間の流れの外にある氷の檻に閉じ込められた瞬は、ルリ子の元に帰るため、少女を救うため、少女に檻から出ようと説得するが…。

日本に集結したインベーダー幹部を掃討するため、イージス極東支部にイギリス、アメリカ、ドイツ支部からジム・スカイラークをはじめ4人のゲートキーパーが派遣されてきた。圧倒的な力の差を見せ付けられた上、彼らのサポートに徹するよう命令された瞬たちは意気消沈してしまう。そこへ夢の島にインベーダーが出現。ジムたちが新型ゲートエンジンを搭載したゲートロボで出撃する中、瞬たちは旧型ゲートエンジンで意地を見せようとするが…。

夢の島での戦いの失敗から、ジムの要請により、司令から休暇を言い渡される極東支部のゲートキーパーズ隊。それぞれに煮え切らない思いを抱えたまま平穏な日々に戻るも、強大な力を持つ2大幹部が同時に夢の島に出現。ジムたちが窮地に陥る中、雪乃に導かれて夢の島を目指す瞬の元に届けられたのは、普通のゲートキーパーでは乗りこなせない力を持つ、ゲートロボ1号機だった…!

田舎の祖母から結婚相手を決められてしまった司令の秘書・落合恵子。あまりにも似つかわしくない相手の男に、猛反対するルリ子たち。聞き出してみると、彼女には別に好きな人がいるようだが…。

恵の一言で、自分が戦闘で役立たずだという事実に気が付いてしまった麗子。みんなと一緒に戦えるようになろうと、ゲートキーパーズ隊のメンバーと共に特訓を開始するが空回り。そんな中、人形劇のボランティアで出会った少年との約束の日、道に迷ってゲートロボに乗り込んでしまった麗子は迷走を始める…。

休暇を利用して、恵子は友人の婚約者である、レーサー・西谷のレースを見に来ていた。最近、西谷の様子がおかしくなったと恵子から聞いた司令は、何かを感じ取り、恵子の元を訪れる。報告されたばかりのインベーダーの生態レポート通りの西谷の様子に、司令は西谷をインベーダーだと断定する。その時、インベーダー化した西谷が、レースカーを駆って二人の後を追跡してきた!

寮の仲間から頼まれて、焼き芋を買ったフェイ。何かと憎まれ口を叩く焼き芋屋のオヤジに、どこか懐かしさを感じて色々と世話を焼くことになった。フェイは次第にオヤジと打ち解けていくが、オヤジの家でインベーダーの印であるサングラスを発見して激しく動揺する。時を同じくして、怪電波を追って調査にやってきた瞬たちがオヤジの家を訪れる。フェイがとる行動は…?

影山がTVで生放送される討論会｢ヤングの主張｣に出場することになったという。ゲートキーパーズ隊のメンバーも招待され、討論会はクリスマスということもあって、かおるは瞬へのプレゼントを作り始める。そんな折、恵は路地裏で影山がインベーダーを使役している姿を目撃してしまう。影山は、討論会でいったいどんな主張を繰り広げるのか…?

正月にも関わらず実家に帰って来ない瞬を連れ戻すべく、瞬の妹の朗美は盾神高校を訪れた。冬休みで誰もいない校内を探索する朗美は雪乃と出会う。雪乃に導かれて瞬を見つけ出した朗美にほだされた司令は、瞬たちに正月休みの許可を出す。ゲートキーパーズ隊のメンバーと雪乃も誘い、瞬の家で正月を過ごすことになり、新たな年は、賑やかに始まるのだった。

討論会のTV生放送以降、世間での影山の人気は急上昇。巷では｢クソ虫｣がブームとなり、女生徒の話題は影山の話で持ちきりになっていた。影山の主催する総決起集会の開催が目前に迫る中、万国博覧会の会場にインベーダーの大群が現れる。そこは、ルリ子の父が働く場所だった…。

明かされる、影山の壮絶な過去。悪のゲートキーパーであることが判明した影山の過去を知り、衝撃を覚えるゲートキーパーズ隊。一方その頃、影山は機械将軍、悪魔伯爵の力を使って漆黒のロボを生み出す。同時に、日本全土で大量発生するインベーダーの大群。瞬たちゲートキーパーズ隊は、影山の待つ東京タワーへと急ぐ!

日本全土にいるインベーダーを集結させ、日本を一気に絶滅させようとたくらむ影山。しかし、ゲートキーパーズ隊は影山との戦いでゲートエンジンを破壊され、なすすべもない。その上、ルリ子まで影山に攫われてしまい…。

ルリ子を救出すべく、影山との決戦に挑む瞬たち。ルリ子の持つ「生命」のゲート能力がマイナスに転じた時、それはあらゆる生命を一瞬にして奪い取る「殺戮」のゲートと化してしまう。そうなる前に何としても影山を倒さなければ！ 果たして、瞬たちはルリ子を救い出し、日本を救えるのか!?