街を壊した罰で魔法学校へ囚われていた少年ガリバー。しかし突如、何かに導かれるように不思議な力に目覚め、故郷のベニスに戻るべく魔法学校を抜け出して走り出す。そのころ、悪名高きイスパニアの皇帝ジュドーが自ら軍勢を率いてベニスの街に攻め込んでいた。ガリバーの父パパ・トスカーニは、戦いを止めようとするが…。
父を亡くし失意に沈むガリバーだが、脳裏に浮かぶ不思議なイメージに心を奪われ、そこに現れる少女・ミスティのことが気になり始める。一方、ジュドーの命令でミスティを探すことになった満月男爵は、部下のブドーマッスルをベニスの街に送り込む。逃げるミスティは、ついにガリバーと運命の出会いを果たす！
突然の洪水でベニスの街は水没。これを見たジュドーはイスパニア軍を撤退させる。平穏を取り戻したベニスの街の人々。そんな時、父の親友だったロレンスが、ガリバーのもとにやって来る。ロレンスが手渡してくれたのは、古文書と鍵。それは古代文明の力を解き放つ重要なアイテムだった。
ガリバーたちは獅子の洞窟の奥で、古代アトランティス文明が残した船を見つける。艦内に入ると、機械が突然動き出した。シ―ライオンという名のこの船は、江戸っ子と呼ばれるコンピューターに制御されていたのだ。ガリバーはシ―ライオンに乗って、たった一人でイスパニアに向かおうと決める。
リー10倍の弟子・ハンマーイーグルを訪ねるため、ガリバーたちはシーライオンでローマ大帝国に向かう。だが、すでにローマはジュドー配下の三兄弟、トリオ・デ・イスパニアの支配下にあった。そうとは知らないガリバーたちは、シーライオンごと捕まってしまう。そして、三兄弟の長男であるエロイカは…。
ハンマーイーグルと戦ったガリバーは、魔拳マインダーの力でかろうじて勝利を収める。その力を見たエロイカは、次はアトランティスの遺産である魔神を動かせるかどうか試させる。起動は成功。喜びに震えるエロイカだったが、三男マルチスはガリバーに対して嫉妬の炎を燃え上がらせていた！
マルチスはエロイカの手によって改造されたサイボーグだった。正体を表したマルチスに苦戦するものの、ガリバーは魔拳マインダーで勝利する。ホッとしたのも束の間、今度は愛する弟を失い、怒りに震える次男ゴルゴスが戦いを挑んできた！ 魔神の乗り手であるゴルゴスに対し、ガリバーはいまだ満足に動かせず…。
ハンマーイーグルからもらったイーグルマインダーで、ガリバーは辛くもゴルゴスの魔神に勝利。弟を失ったエロイカだが、何故かガリバーに賞賛の声を送る。ガリバーの力を使ってジュドーを倒し、自らが支配者になろうと考えているのだ。それを実行しようとしたエロイカの取った行動は…結婚すること!?
伝説の青い石を求めて、ガリバーたちはシチリアにやって来た。到着早々、青マフィアと赤マフィアの抗争に巻き込まれ、赤マフィアのボスであるニキータのもとへと転がり込むことに。本来ならニキータと青マフィアのボスであるマーロンが婚約したことで、抗争は収まるはずだったのだが…。
青い石の情報を手に入れたガリバーは、砂漠の国アルジェへ向かう。到着したガリバーたちは英雄として迎えられるが、すべてはこの国の幼い王・ジェームズ二世を影から操る満月男爵の罠だった。満月男爵はミスティの持つ月の首飾りで青い石を手に入れようと、遺跡へと向かう。一方、ガリバーとエジソンは…。
勇気を出したジェームズ二世により牢獄から救い出されたガリバーとエジソンは、シーライオンに乗ってミスティたちの後を追う。その頃、満月男爵はアトランティスの遺跡を発見。だが、罠により先には進めずにいた。苛立つ男爵が砂漠戦車隊で遺跡を破壊しようとしたその時、ガリバーがミスティを助けに現れる！
ギャンブルで資金を調達しようと考えたガリバーは、カジノのあるモナコにやって来た。貸衣装に着替えてギャンブルに挑むガリバーたちをよそに、ミスティはここに青い石があることに気付く。しかし、ガリバーたちはギャンブルに夢中。仕方なくひとりで青い石を探すミスティに、イスパニアの魔の手が迫る！
イスパニアに反抗するレジスタンス・ジャンヌからの手紙を受け取り、マルセイユに向かったガリバー。マルセイユを支配するパエリアは食料を独占、子供たちを洗脳して手下に使っているという。おだてられてレジスタンスと一緒に戦うことになったガリバーだが、アジトが敵に見つかり総攻撃を受ける。
ガリバーは月光に完膚なきまでに叩きのめされる。だが、ガリバーに宿る力を感じた月光はあえて止めを刺さず、成長の時を待ってその場を後にする。初めての敗北に苛立つガリバー。そんな彼の前に、スチールバットという少女が現れる。彼女は、月光の師匠である星影老師を知っているというのだ。
新たなディスク・ソニックマインダーを手に入れ、ガリバーは復活した。子供たちを盾にするパエリアも、ソニックマインダーの前には敵ではない。逃げ場を失ったパエリアは月光を頼りにするが、拒否されて敗北する。自分の戦いにしか興味のない月光。月影老師は、そんなふうに彼を育てたことに責任を感じていた。
ユーゴの魔法学校がイスパニアの空挺部隊に襲われた。ロレンスからそのことを聞いたガリバーは、シーライオンで急ぎ魔法学校に向かう。ジュドー自らが率いる空挺部隊の科学の前には、魔法学校の誇る魔法マインドも押されていた。ようやく到着したガリバーに、チャプター校長はシーライオンの魔動砲発射を要請する！
ガリバーたちは不気味な島を見つけて上陸。彼らを待っていたのは、異形の怪物たちだった。この島はイスパニアの科学者リプリーが支配する、ジブラルタル要塞だったのだ。島の住人・マギーマンモスからそのことを聞いたガリバーは、要塞の攻略に挑むものの、鉄壁の守備に手も足も出ない。
低周波を出す怪物相手には、コウモリの特性を持つソニックマインダーは効果がない。辛くも危機を切り抜けたガリバーだったが、モンスターを倒すには一刀両断するような威力を持った武器が必要だ。それを聞いたマギーマンモスは、急におかしな態度に。ガリバーに渡すべく、父からマインダーの在処を聞いていたのだ！
青い石を求めて海底遺跡に向かうガリバーたち。さすがのシーライオンも、１万メートルを越える深海には潜れない。潜水服を着て船外に出たガリバーとミスティだったが、ジュドーの遺伝子を持つ魚人たちの攻撃を受ける。攻撃を受け、ミスティの潜水服が破損。彼女を助けるため、ガリバーは自分の潜水服を与える…。
エジソンの様子が何だかおかしい。理由をたずねるガリバーたち。実は故郷のリスボンが近くにあり、そこには育ての親であるチチがまだ住んでいるというのだ。一行はエジソンのためにリスボンに寄るが、どうも街の様子がおかしい。ジュドーの命令を受けてこの地を支配する、悪霊島のリリースの仕業だった。
リスボンを支配していた亡霊たちは、ガリバーによって退治された。すべての元凶は悪霊島のリリースだとチチから聞き、ガリバーは島に乗り込むための準備を始める。ところが、リリースは先手を打って行動を開始。ミスティを悪霊島へとさらっていってしまう。すぐさま後を追うが、悪霊島にはジュドー自らが待ち構えていた！
悪霊島の崩壊で発生した電磁場によって、イスパニアへの道は閉ざされてしまう。だが、ミスティが夢に見た扉が隠し通路の入口になっていた。江戸ッ子にしばしの別れを告げ、ガリバーたちは隠し通路を通ってイスパニアへ。通路には満月男爵が罠を張っていた。ガリバーたちを危機に陥れたのは…ミスティ!?
隠し通路を抜けたガリバーたちは、イスパニアにたどり着く。しかも、そこはもう既にジュドーの居城の中だった。庭へと出たガリバーたちは、幼いころのミスティを知る庭師ガーディーに出会う。ガーディーの誘いで、ジュドーの過去を再現した慈愛の塔へ入るガリバーたち。ミスティは塔の中で、驚くべき真実を知る。
ジュドーの口から語られた衝撃の言葉の数々。それは自分への愛以外は否定し、妹であるミスティと結婚するというものであった。話し合いは無駄だと悟ったガリバーは、決着をつけるべく戦いの場に立つ。しかし、人間離れしたジュドーにはマインダーも通用しない。ガリバーの危機を救うべく、ミスティは青い石に祈りを込める。
一瞬の隙を突いて、アックスマインダーがジュドーに炸裂。それでもジュドーは平然と立ち上がる。驚愕するガリバーたち。ジュドーの身体が機械で出来ていたのだ！ 動揺するガリバーに、容赦なく襲いかかるジュドー。絶体絶命の危機に、アトランティスの魔神が助けに現れる！ 魔神を前にしたジュドーは…。
ミスティの「昔に戻ってほしい」という言葉を曲解し、ジュドーは昔の自分を殺そうとする。慈愛の塔にある自ら作った過去のイメージを、破壊していくジュドー。もはや正気を失ったジュドーを救うには倒すしかない。ガリバーの渾身の一撃が、ついにジュドーの動きを止めた。そして…！
最後の青い石はジュドーの左目に隠されていた。これでようやく全てが揃ったが、青い石はガリバーたちが信じていたような力は持っていなかった。突如として浮上した伝説の大陸・アトランティス。そして悪魔ハレルヤの復活…。すべてはガリバーとミスティに青い石を探させようとした、ハレルヤの策略だった！
ハレルヤの謎を探るべく、ガリバーたちはアトランティスに向かう。しかし、そこには打倒ガリバーを誓った月光が待ち受けていた。今は戦っている場合ではないとガリバーは説得を試みるが、強者としのぎを削ることのみ目的とする月光の意思は変わらない。仕方なく立ち向かうガリバーだったが…。
浮上を始めたアトランティス。同時に現れた黒い穴に、海や大地が飲み込まれていく…。すべてはハレルヤの仕業だと気付いたガリバーは、シーライオンで黒い穴に近付く。だが、シーライオンまでもが飲み込まれそうに。間一髪のところで一同を救ったのは、魂となった魔神だった。ガリバーは魔神の導きで、過去の世界へ旅立つ！
ガリバーたちは過去の世界で４人の神と出会う。もしも過去でハレルヤを倒すことができれば未来は救われる。そう思ったガリバーたちは、伝説王や月の女王と共に、完成したばかりのシーライオンでハレルヤに挑む。だが、ハレルヤは英雄王と妖精王を飲み込み、圧倒的不利な状況に追い込まれてしまう！
フィービーをよみがえらせたハレルヤは、心を奪ってダークフィービーに変えてしまった。ヒマラヤに向かったガリバーたちは、ハレルヤが新たに作ったアースナブルを発見。偶然出会った村娘のチュチュンから、この地にブラストマインダーがあることを聞く。ガリバーは山中へディスクを探しに向かうが…。
ガリバーはバラバラにされても再生するスノーキラーに、氷壁から突き落とされてしまう。残されたミスティたちの前に現れたのは、ハレルヤの手先となってしまったダークフィービーだった。ミスティへの憎しみを植え付けられたフィービーは、別人のように残虐。絶体絶命の危機に、月の女王からのリングが輝き始める。
ガリバーとの戦いで死んだ月光を、ハレルヤがよみがえらせた。武芸者の心をまだ持っていなかった若き日の姿で転生したことから、ガリバーとの再戦を望んでハレルヤに従ってしまう。そのガリバーはハレルヤの本体を探して東に向かい、桂林にたどり着く。おりしも武道大会の真っ最中で…。
国王リー５倍から頼まれて、ガリバーは桂林にできたアースナブル発生装置を破壊しに向かう。待ち構えていたのは、少年の姿になった月光。姿かたちだけでなく、言葉づかいも子供っぽくなってしまった月光に、戸惑いながらもガリバーは戦う。以前以上の動きを見せる月光には、ハレルヤから授かった秘密兵器があった。
アースナブルを封印しているエクスカリバーを抜くため、ハレルヤはフィービーと月光に協力して戦うことを命じる。それを知ったガリバーたちは、急遽アトランティスへと戻る。ガリバーを執拗に狙う月光、フィービーをもとに戻そうと必死のミスティ、互いの意地と誇りをかけた戦いが始まった！
フィービーと月光によって、エクスカリバーが引き抜かれてしまった。ふたたびアースナブルは動き始め、大地はハレルヤに飲み込まれてゆく…。ガリバーの前には魔神の残留思念が現れ、世界の果てからハレルヤのいる地球樹へ降りるよう助言を与える。ガリバーはその言葉に従い、東にある大地の終わりへと向かう。
江戸ッ子の犠牲によって、何とか墜落の危機はまぬがれたガリバーたち。しかし、すぐさまフィービーと月光が襲ってきた！ ハレルヤによってさらに心を奪われたフィービーは、ガリバーへの愛も忘れ、心にはもはや憎しみしか残されていない。それでも反撃をためらうガリバーは防戦一方に追い込まれてしまう。
ガリバーたちは間一髪のところを満月男爵とブドーマッスルに救われ、かつて月の女王が治めていた霜月へと向かう。一方のハレルヤは、月の女王が封印した妖魔・マグマ大将をよみがえらせる。迎え撃つガリバーだったが、マグマ大将は攻撃エネルギーを吸収して大きくなるばかりで…。
月の砂漠に埋もれたシーライオンを発見したガリバーたち。そこへ伝説王と月の女王の残留思念が現れ、ハレルヤを倒すには額の青い石だけでなく、地球樹そのものを破壊しなければならないと告げる。そこでエジソンは、月そのものを地球樹にぶつける作戦を提案。月に残ったエジソンと別れ、ガリバーたちはハレルヤのもとへ！
エジソンがシーライオンの修理を進めている頃、ガリバーと月光の戦いは佳境を迎えていた。父から託されたエンブレムの中に眠っていた最後のディスク・ドラゴンマインダーの力で、ガリバーは月光を撃ち破る！ ミスティと正気を取り戻したフィービーに合流すると、地球樹の奥へと進んでゆく！
ついにハレルヤとの決戦が始まった。ガリバーは次々にマインダーを放つが、ハレルヤには通用しない。最後の切り札であるドラゴンマインダーまでも吸収し、ハレルヤはさらなる進化を遂げてしまう！ 絶体絶命の危機におちいったガリバーを救ったのは、意外にも月光だった。ここに４人の神々の子孫が集結した！
ハレルヤにより世界の崩壊は進んでゆく。だが、決してあきらめない心が奇跡を呼んだ。世界中の人々と心をひとつにするガリバー。死んでいったジュドーたちのマインドも注がれ、ドラゴンマインダーは真の力に目覚める。しかし、エネルギーの暴走に耐え切れず、合図もなしに月は地球樹に向かって動き始めてしまう。
ハレルヤは倒れ、平面だった地球はもとの丸い姿に戻った。いつかハレルヤが復活しないとも限らない。そこでガリバーは伝説王の言葉に従い、マインダーをもとの場所に戻して封印を強化することになった。月光を故郷に送るついでに、ジパングへ向かう一行。しかし、ジパングにはマインダーを狙う大泥棒が待ち構えていた。
プラズマディスクを奉納するため、ガリバーたちは桂林にやって来た。だが、クレイジホースと国王のリー５倍が争っていて、何だか様子がおかしい。漏れ出した悪意によって、リー５倍は以前とは別人のように変わっていたのだ。リー５倍は、大左ェ門と手を組んでディスクを奪おうと陰謀を巡らせる。
ヒマラヤへにやって来たガリバーたちを、村人たちは大歓迎。そんな中、チュチュンはエジソンへの思いを告白できずに悶々としていた。彼女の心に気づいたミスティは、二人の仲を取り持とうとする。そうとは知らないエジソンがいつものようにミスティに抱きついたところを、チュチュンが目撃してしまい…。
霜月がなくなった今、フリーズディスクをどこに戻せばいいのかわからないガリバーたちは、月の住人の末裔である満月男爵を訪ねる。だが、満月男爵のいるイスパニアも悪の空気に侵されていた。異常をきたした住民の暴動で傷つくミスティ。心細さゆえに自分の想いをガリバーに告白するミスティだったが…。
互いの気持ちに正直になったガリバーとミスティ。フィービーはというと、ガリバーのことをあきらめきれずに落ち込んでばかり。そうしてジブラルタルへとやって来た一行の前に、悪の心に染まったマギーマンモスが立ちふさがる。マギーマンモスはフィービーに一目惚れをして連れ去ってしまい…。
マルセイユに着いたガリバーたちだったが、ここでも善悪のバランスが狂い、影響を受けたスチールバットが悪事を働いているという。しかも、手を組んだ大左ェ門がフィービーを誘拐してしまう。フィービーを月光に任せ、ガリバーとミスティはソニックディスクを納めに向かう。
ローマに着いたガリバーたち。民衆は大歓迎で一同を迎え、プラトンは楽しんでもらおうと別々の余興でもてなす。しかし、それはすべて罠だった。バラバラになった一同に刺客たちが襲いかかる！ ミスティを支配者にすえて世界を侵略しようとする、プラトンの罠だったのだ。ミスティに魔の手が迫る！
旅立ちの地ベニスに戻ってきたガリバー。歓迎に現れたベニス王は、後継者としてベニスを治めてほしいと頼む。だが、そうすればジュドーの妹であるミスティとは一緒にいられなくなってしまう。二人だけで旅立ってしまうガリバーとミスティ。だが、預けたドラゴンディスクが大左ェ門に奪われてしまい…。
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