テクノロジーが発展した今から少し先の未来。SNS上に、『口縫男』と呼ばれるホログラムのように半透明のバケモノ、通称『ホログラムゴースト』の噂が流れ始めた。

博物館に展示されているミイラが夜動き出し、人を包帯でグルグル巻きにしてはさらっていくという怪現象の噂を知った、宙＆ガンマモンは博物館へ向かうことに。

『赤くしゃ』と呼ばれる怪奇現象が頻発。スマホで自撮りした写真の一部に妙な落書きが現われ、その部位に異変が起きる。そして、その現象はある女の子にも…。

瑠璃たちは、カルチャースクールでハロウィンパーティーの準備中。そこで謎のパンプキンヘッド人形が人々をどこかへ連れ去る事件が発生する。

宙の一年先輩でおなじ寮の東御手洗清司郎は、ずっと自室に起こるポルターガイスト現象に悩まされていた。だがその正体はデジモン・ジェリーモンの仕業だった。

カラオケボックスで、ある特定の歌を歌うと歌っている途中に誰かの不気味な声が紛れ込み、やがてそれは歌っている本人を黒い謎の塊が襲う怪奇現象が発生していた。

都内のあちこちで目撃されている、鳥の形をした飛行物体。同時に大量のカラスが街に現れ、ペットショップや民家を襲撃するという事件が相次いでいた。

高速道路で多発する謎の事故。目撃者の証言によると、怪物たちが道路上を走り回っていたという。それは、いつしか「百鬼夜行」と呼ばれるようになっていた。

宙に異変が起き始めた。何故か彼の時間間隔が狂い始めているのだ。気晴らしに宙を図書館に誘った瑠璃たち。すると、彼らは博識なデジモン・ボコモンと出会う。

ある格闘ゲームで連勝していると、謎の美人キャラクターが敗れたプレイヤーを連れ去る、という噂が出回り始めた。清司郎はその格闘ゲームにハマっているのだが…

ひょんなことからアンゴラモンと気まずい空気になってしまい、街を一人歩きしていた瑠璃。夜の竹林公園で、瑠璃はカマイタチの原因であるレッパモンと出会う。

知り合いの教授から届いた不幸の手紙の様な怪しいメールを消去した清司郎。すると突如、ゲームの中から大量のザッソーモンが現れる！

街のデジモンたちが、突如飛来するナイフによって殺されるという事件が頻発。宙たちとクロックモンが事件を調べる事になるのだが…。

清司郎が参加する学会に付き添い、とあるリゾート地へやって来た宙たち。ボコモンのことを引きずり元気のないガンマモンを、宙は何とか元気づけたいと考えていた。

どんな悩みも100％解決するが、いつ、どこに現れるか判らない謎の占いの館、その名はメフィスト。瑠璃は親友のミカに頼まれ、その占いの館を探すことになった。

ガンマモンを連れ趣味のソロキャンプに来た宙は、キャンプ場の管理人から「最近、神隠しのように帰ってしまうお客さんがいる」という不思議な話を聞くのだが…

豪雪地帯の地熱発電所にメンテナンスの依頼を受けてやってきた清司郎と、彼についてきた宙たち。そのシステムは、かつて清司郎が開発に携わったものだった。

ある朝、部屋にホークモンが訪ねて来て「人間の友達を探してほしい」とお願いされる宙。宙の代わりに、失踪した子の住む家に調査に向かった清司郎とジェリーモンだったが…。

ある日の夕方、ガンマモンをはじめてのおつかいに送り出した宙。心配しながら後を尾けていると宙の耳におかしな声が聞こえ始め、その場から姿が消えてしまう。

宙とガンマモンたちが遊園地を楽しんでいると、突如としてダークリザモンたちが現れた。そこで、宙にブラックテイルモンの居場所を尋ねるダークリザモンたちは…。

宙のもとに、突如現れたソニアと名乗る女性。彼女は宙の母の友人で、昆虫の研究者なのだという。そんなソニアに誘われ、商業ビルで催されているイベントへ遊びに行くことに…。

安眠をもたらすデジモン、ピロモンと「桜睡眠療法」という新ビジネスを始めたジェリーモン。安眠を提供するはずが、眠っていた参加者達が呻き出し怪我を負い始める。

薄赤い月が浮かぶ夜。突然凶暴化したデジモンが、人々を襲う事件が続出する。相次ぐ凶行を止めるべく、宙たちに協力を求めるクロックモンがやって来るが…。

普通の高校生・小鳥遊優人に関わった人の腕や足が、サークルノイズを浮かべた蔦になる現象が起こり始める。優人は、あるきっかけで、知人の宙に相談するのだが。

人気総合ブランド、『エッセ・ヴ』。インフルエンサーの美女たちに大人気のそのブランドのCEOは実は吸血デジモンのヴァンデモンだった。

アンゴラモンは親友だったデジタマモンと再会した。デジタマモンは人の居ない空き屋に一人で住んでいるのだという。瑠璃を連れアンゴラモンが遊びに行くのだが...

都市伝説を調べていた宙は「水に呼ばれる」という書き込みを見つける。水滴の音が聞こえてきて、何度か「水に呼ばれた」人が忽然といなくなってしまう、という噂だ。

部屋に引きこもったままのコタロウを心配し様子を見にいった宙たち。部屋の中では、仮面をつけたコタロウが暗闇の中で無気力に座っていた。

ある日デパートにやって来た清司郎とジェリーモンは迷子の女の子・結菜と出会う。結菜に懐かれた清司郎は彼女を迷子センターに連れて行こうとするが...

不登校の中学生・荒巻カヨノの部屋に、突然エクスティラノモンとワルもんざえモンが現れ、「遊ぼう」と懐いてくる。戸惑うカヨノだったが…。

不気味な刀を手にして、人間やデジモンを次々に襲う「辻斬りデジモン」が現れた。そのウワサを知った夜、アンゴラモンは偶然、辻斬りデジモンに出くわしてしまう。

ガンマモンの日常が崩れていく。ゴツモンには約束を破られ、覚えのない場所で宙に目撃され、そしてある日、宙の部屋に帰ると、そこにはもう一人のガンマモンの姿があった。

ひょんなことから死にかけ、生と死の狭間の世界に迷い込んだ清司郎。なんとか現世に帰ってきたものの、その日を境に彼にだけ不気味な声が聞こえるようになる。

久しぶりに自宅へと帰った宙とガンマモン。だが、その夜、宙の自宅にヤモリのような不気味な人間が侵入した。すぐその人間は逃げ出したが、宙はその顔に見覚えがあった。

一夜町（ひとよまち）には人狼が出るらしい――ネットの噂を聞き、一夜町に住む瑠璃の親戚に会いに行った宙たち。だが、それは単なる噂ではなかった。

巷で話題になっている『ビル消失』の真相を確かめる為、とある洞窟の調査に来た宙たち。都市伝説サイトで知り合ったオフ会のメンバーらと一緒に、洞窟の中に入って行くが...

世界的企業のデータセンターで業務に携わる清司郎に差し入れするため、小さな町を訪れる宙たち。だが、その町には人々を襲う不気味なスケルトンゾンビが存在していた。

葉櫻学院鎌倉校で行われる伝統の『若君の舞い』に参加しに来た、宙たち。そこで急遽宙は若君の代役を務める事に。一方その頃、ドウモンが若君の怨霊を復活させる準備を進めていた！

宙とガンマモンの元へ、三センチ程の身体で、牛のような上半身と蜘蛛のような下半身を持つデジモン・ギュウキモンが「助けてほしい」と相談にやって来るのだが...。

誤って宙のタブレットを壊したのに、ムキになって素直に謝れないガンマモン。そこへ、腕が奇妙な形に捻れてしまったエスピモンがやって来た！

幻想的なショーと、神出鬼没さで話題の「ピエール・ドリームサーカス」。宙、瑠璃、ガンマモンたちはその公演を観にいくのだが...。

“鬼に姉が連れ去られた、助けてほしい”というメッセージがりるるんに届いた。鬼が出るという噂のあるその地方都市に宙たちは向かうのだが...。

世界一詮索好きな少女、エマ・ヘインズ。清司郎の留学時代の知人である彼女が、アメリカから日本へやってきた。清司郎はエマと東京観光をするのだが...。

葉櫻学院学生寮で、1年の深津理久に欲しい物を頼むと、どんな珍しい商品でも翌朝届けてくれると話題になっている。一方、宙はエスピモンから奇妙な現象の噂を聞くのだが...。

宙たちの元に不思議なニュースメールが届く。次の日に起こる出来事が記事に書かれているのだ。最初はくだらない内容だったものの、徐々にそれは過激化して...。

コタロウの様子がおかしい。湯船を恐れ、訳の判らないことを叫びながら逃げて行ったのだ。翌日もコタロウは、水たまりを見て怯え出す。見かねた宙が事情を聞くと...。

シェイドラモンの命が尽きようとしていた。デジタマに戻り、記憶を失うことを恐れるシェイドラモン。その耳に、奇妙な笑い声と「記憶を残してやる」という言葉が聞こえてくる

瑠璃の友人・アカネの結婚式を手伝うため、宙たちは結婚式場へとやって来た。式場パンフレットのモデルを引き受けた瑠璃はウェディングドレスを着て撮影に臨むが...。

ハロウィンの日、魔女の仮装をしていた人々が、ウィッチモンの呪文により、本物の魔女となり、今度は彼女たちが、どんどん魔女を増やし始める。

春に大阪から越してきた、葉櫻学院一年・深津。東京での生活に慣れず寂しさを感じていた中、彼の部屋にプッチーモンがやってくるが...。

不気味な、首のない幽霊たちが出没するというウワサが広まっていた。霧と共に現れる幽霊たちは、武者のような鎧を身にまとっていたのだ。

「河童が出没し、人間を水中に引きずり込む」という噂のある湖にやってきた宙たち。その噂に興味を持った瑠璃が宙たちを連れてきたのだ。

修学旅行の班行動で京都の神社を訪れた清司郎。得意げに知識を披露していると、社殿の中にあった本が不気味に浮き上がり、清司郎をじっと見つめ始めた。

ある日突然、宙は未来を予知し始める。ガンマモンやコタロウなど、そばにいる者が遭遇するアクシデントやトラブルを事前に察知できるようになったのだ。

雑居ビルの屋上看板の上で目覚めたという少女が救助されたというニュースを見る宙。一方、寮の裏手では、ガンマモンが深津らと共に野良猫の世話をしていた。

コタロウの様子がおかしい。無表情のまま「汚れている」と繰り返し、何度も顔を洗い続けている。ガンマモンは本能的にコタロウじゃないと感じるが...。

教会で開催されたクリスマス歌劇を観に行った宙、ガンマモン、コタロウ。その帰り道、コタロウとガンマモンが黒いタクシーに連れ去られ姿を消してしまう。

かつて瑠璃が通っていたピアノ教室の友人、カオルが行方不明になった。残されていたのは何か巨大なものが倒れたような長方形の凹みと、彼女の靴だった。

とある田舎町に仕事に来ていた清司郎、そこでオタク気質の女性・相馬芽琉と知り合い意気投合し『藏石千隊児雷也ーズ』というショーを二人で見に行くのだが...。

海辺の町を訪れた宙たち一行は奇妙な雨に出くわす。その雨を頭から浴びた人間は溺れて体が硬直し、目と口から水を吐き出してしまうのだ。

友人の琴葉にとある相談を持ち掛けられ、宙や清司郎らと共に彼女の家へやってきた瑠璃。琴葉の兄の部屋には、なんと女性の遺体が寝かされていた。

瑠璃の親友アオイの住む高層マンションで、不気味な事件が起こり続け。気味悪がった住人たちは次々に引っ越し始めるのだが…。

アオイやミカと一緒にケーキ・バイキングに行った瑠璃。だがその日から、彼女に異変が起きる。常に異常な空腹に苛まれ、食べても食べても空腹が満たされないのだ。

最近人間の世界にデジモンが増えてきていることを受け、集会へ聞き込みにやってきた瑠璃と清司郎。どうやらデジモンたちは声に導かれてゲートをくぐってきているらしいが…。

世界中でデジタル機器が使えなくなる中、デジタルワールドでは、原因不明の「黒い何か」が木々や水、そしてデジモンたちを次々と浸食する事件が起きていた…。

一連の怪現象の鍵を握る者がいるという空中古代都市。そこに到着した宙たちの前にブルムロードモンが立ちはだかり、中には入れないと言われてしまう…。

狡猾な罠にはまったシリウスモンは、敵の攻撃で胸に穴を開けられ、死に向かっているように見える。その時、宙に謎の声が呼びかけてくるのだが…。