朝日奈みらいはごく普通の大学生らしい日常を送る傍らで、密かに魔法で人助けをする「魔法ガール」として活動し、ぬいぐるみのモフルンとも一緒に、楽しくもドタバタな毎日を送っていた。 ある日、みらいが暮らす津成木町に、クマの姿をした巨大なモンスターが出没する。みらいは魔法で立ち向かおうとするが、まったく歯が立たず大ピンチに……。 だがそのとき、みらいの前になぜか、魔法界で魔法学校の先生をしているはずの十六夜リコが現れ、二人は手を取り合って久しぶりにプリキュアに変身すると、息の合った連携でモンスターを退けた。 戦いを終えた二人の前に、アイルと名乗る謎の青年が現れる。 キュアミラクルの正体がみらいであることを知っていた彼は、「次に会うのは……14時間と4分後」という意味深な言葉を残して姿を消すのだった……。

アイルが残した意味深な言葉に、新たな危機の到来を察知するみらいとリコ。さらに二人は、花海ことはによく似た不思議な女の子・ひすいにも出会う。 「魔法界で新たな災いが起こる」というお告げについて調べるためにナシマホウ界に来ていたリコは、ひすいがその鍵を握っていると推理。状況を魔法学校に報告するため、3人は魔法界へと向かうことに。 だがその移動中、みらいの脳裏には突然、まるで夢を見るかのように、初めて魔法界に行ったときのイメージがよぎるのだった 。...... 魔法界に到着した三人は、アイルが送り込んだブロック型モンスターに襲撃される。どうやらモンスターの狙いはひすいらしい。みらいとリコは街とひすいを守るため、すぐさまプリキュアに変身。モンスターを撃破した。 そしてその後、ついにアイルが言っていた時刻が近づいてきた。 みらいと同じように過去のイメージを見るリコ。

アイルが言っていた時刻にみらいが見たのは、キュアミラクルとキュアマジカルが荒野に倒れ、ひすいがアイルに捕らわれているイメージだった。もしかしたらそれは未来の出来事なのかもしれない――。そう考えたみらいとリコは、この不吉なイメージの実現を阻止するために、アイルを探し出すことを決意する。 みらいたちがナシマホウ界に戻ると、再び彼女たちの前にアイルが現れる。 闇のフィールドを展開し、二人に勝負を挑むアイル。 みらいとリコはプリキュアに変身して立ち向かうが、戦いのなかで二人は、アイルが未来に起きることを知っていること、みらいたちが不思議なイメージを見るようになったのは彼の仕業だったこと、そして、アイルの目的がやはりひすいであったことを知る。 アイルが作り出したロボット型のモンスターを倒し、アイルを退けたみらいとリコは、改めて、ひすいを守ることを胸に誓うのだった。

アイルの怪しげな企みを阻み、ひすいを守ろうと改めて心に決めたみらいとリコ。 だが、アイルはいったいどこにいるのだろうか？ 手掛かりはみらいが見た、本棚の前にエプロン姿で立つアイルのイメージ。 みらいたちは魔法ガールとして人助けをしながら、彼の居場所を探る。 人助け中、リコに子ども扱いされたひすいがへそを曲げていると、彼女の前にアイルがやって来た。 彼はブランケット型のモンスターとデウスマストの眷属の力を合体させ、今まで以上に強力なモンスターで襲い掛かってくる。 みらいとリコはすぐに変身してひすいを守ろうとするが、強力な合体モンスターを相手に苦戦を強いられてしまう……。 そんなピンチを打破したのは、なんとひすいだった。 二人を守りたいという気持ちを高めたひすいがみらいにもらった杖を構えると、杖の先からまばゆい光が放たれ、モンスターを退けたのだ。 さらにひすいは、光の中にことはの姿を見る――。

普通では考えられないようなスピードでどんどん大きくなっていくひすい。 周囲の人に怪しまれないよう、みらいとリコはひすいを連れて、リコが借りたアパートに引っ越すことにする。 一緒に家具を選び、新生活の準備を楽しむ一同。 そんななか、みらいはまたもや未来のイメージを見る。それは、アイルがいる図書館を彼女自身が訪れるイメージだった。 そのイメージに従って実際にアイルの元を訪ねたみらいは、彼が何者なのかを質問。 するとアイルは、少しずつ彼のバックボーンを語り始めた。 時を行き来できる力を求めて闇の魔法を学んだこと。その中で、自由に過去や未来に行く方法を発見したこと。そして、マザー・ラパーパの力があれば、望む時間に行くことが可能になること……。 アイルの危険性を感じたみらいは、駆け付けたリコと共にプリキュアに変身しようとするが、次の瞬間、彼女たちの脳裏にまたもや未来のイメージが浮かぶ――。

みらいとリコ、そしてモフルンが見たイメージは、以前にみらいが見た、荒野に倒れるプリキュアのイメージの続きだった。 デウスマストの眷属の煙に包まれるひすい……アイルによると、そのイメージはなんと明日実現するという。 翌日――みらいたちはその未来を変えるため、ひすいをナシマホウ界に残して、二人で魔法界へ行くことにする。 だが、移動中、二人は行く手をアイルに阻まれてしまった。 プリキュアに変身して、アイルが生み出した魔法学校型モンスターに立ち向かう二人。 未来を変えるという強い意志で戦うが、そこにひすいが駆け付け、無情にもみらいたちが見た未来が実現してしまう……。 なんとか魔法学校モンスターを倒したものの、力尽きて倒れるキュアミラクルとキュアマジカル。 アイルはその隙にひすいの身体を使ってことはを蘇らせると、刻の魔獣クロノウストというモンスターに命令し、自らを石化させるのだった――。

クロノウストの力で石化したアイルは、魔法界で詳しく調べられることになった。 一方、みらいたちはことはに、これまでいったい何があったのかを質問する。 ことはによると、アイルの目的は、フェリーチェの力を食べさせることで刻の魔獣クロノウストを完全復活させ、その力で自分が幸せだった時を永遠のものにすること。 ことははその野望を阻止するため、ひすいを生み出して自ら力を託し、彼女をみらいたちのもとに送ったのだという。 みらいとリコはことはとの再会を喜びつつも、ひすいが消えた悲しみを払えずにいた……。 そんな中、みらいの友人・壮太がクロノウストの影に襲撃される。 未来を拒んだ人間の“時”を食べて力に変えるクロノウストの影は、駆け付けたキュアミラクルも「過去に戻ればひすいにまた会うことができる」と誘惑。 だが、キュアミラクルはことはの助言でその甘言をはねのけて、クロノウストの影を退け、壮太の時を取り戻したのだった。

魔法界での調査の結果、アイルの母親が元・魔法界の住人だったことや、アイルが幼くして両親を失っていたことが判明した。 さらに、妖精の里の女王からの言伝で、ひすいがことはの中にいることも明らかに。 だが、みらいたちはその意味が理解できず、すっかり頭が混乱してしまう。 そんな中、みらいの友人・さらがクロノウストの影に石像にされる事件が発生。 さらにクロノウストの影は、現場に駆け付けたことはのことも石像に変え、過去に閉じ込めてしまった。 みらいやリコと一緒に過ごした幸せな時間をさ迷うことは――その中で彼女は、ひすいの姿を見る。 ことははひすいの助言でクロノウストの影の呪縛から脱出すると、現れたリンクルスマホンでキュアフェリーチェに変身し、クロノウストの影が生み出したモンスターを撃破したのだった。 ひすいはことはの中にいる――その意味を理解したみらいたちは、みんなで仲よく鍋を囲み、幸せな時間を噛みしめた。

津成木町の住人を次々に襲い、石像に変えていくクロノウストの影。 事情を知らない人々の間でも、それは「謎の失踪事件」として少しずつ話題になっていた。 駆け出し記者のケイは、事件について調べる中でみらいとリコ、そしてことはが関係していくことに気づき、ジュンやエミリーと一緒にみらいたちに会いに行こうと考える。 一方そのころ、みらいたちは魔法界を訪れ、ことはがキュアフェリーチェに変身したことを校長に報告していた。 事件を解決するにはクロノウストを止めるしかない――そう考えた一同は、かつてはプリキュアと敵対していたバッティたちとも協力して、クロノウストに立ち向かう決意を新たにする。 だが、その直後、今度は魔法界にクロノウストの影が出現。 プリキュアはバッティたちと協力してクロノウストの影を退けようとするが、増殖したクロノウストの影は魔法界中を石像に変えてしまうのだった……。

増殖したクロノウストの影によって、石化された魔法界の人々。 さらに、ジュンやケイ、エミリーまでもが石にされていたことを知ったみらいたちは、次なる被害を防ぐべく、再びナシマホウ界へ戻ることにする。 ヤモーの魔法でみらいたちが津成木町に移動すると、どうやら魔法界が襲われたのと同じ頃にナシマホウ界でも新たな失踪事件が起きていたらしい。 なぜクロノウストは二つの世界で活動できるのか……？ みんなで考えを巡らせる中、みらいは一つの可能性を思いつく。 クロノウストは魔法界と津成木町の間にある「狭間の世界」に潜伏しているのではないか、と――。 一同が狭間の世界に行ってみると、力を集め終えたクロノウストが今まさに目覚めようとしているところだった。 みらいたちは変身してその覚醒を阻もうとするが、ヤモーがプリキュアを裏切ろうとしたことで戦況は混迷を極めていく。 そんな中、クロノウストが「時の全てが停止する」と呟いて……？

クロノウストの意味深な言葉と共に、ナシマホウ界の上空には巨大なコクーンが出現。 津成木町だけでなく、世界中の人々が恐怖と混乱に包まれる。 それでもプリキュアは諦めずに、生命と混沌の循環を断ち切ろうとするクロノウストの野望を阻もうとするが、彼女たちの奮闘をよそに、時の停止は始まってしまった――。 幸せだった過去に閉じ込められ、石像化する世界中の人々。そしてみらいたち……。 だが、みらい、リコ、ことは、モフルンは、なぜかみんなで同じ記憶を共有していた。 楽しかった過去のイメージを見ながら、同時に、変化していく時の尊さを噛みしめるみらいたち。 変化のないこの世界にいてはいけないという気持ちを一つにした3人とモフルンは、たとえあらゆる記憶を失うことになろうとも、マザー・ラパーパの力で現在に戻ることを選択。 リンクルストーンに再会を誓い合い、キュアフェリーチェの魔法の光に身を委ねるのだった――。

過去から脱出するのと引き換えに記憶を失ってしまったみらい、リコ、ことは、モフルン。 だが、記憶を辿る長い旅の果てに彼女たちはようやく再会を果たすことができた。 全員揃ったみらいたちはプリキュアに変身。モフルンもキュアモフルンとなり、4人は過去に力をもらって未来に進むという強い思いでクロノウストに立ち向かう。 そしてアレキサンドライトスタイルの力で、ついにクロノウストを撃退。 止められた時を取り戻した。 石像から解放された人々は、元の日常へ。 過去に囚われていたアイルも、前に進めるようになったのだろうか……？ その真偽は不明だが、問題を片づけたみらいたちは自分たちの未来へ歩き始めることに。 魔法ガールとして人助けを続けるみらいとモフルン。 ナシマホウ界で出張授業をする傍ら、みらいの活動を手伝うことにしたリコ。 そして、みらいたちと一緒にいると決めたことは。 彼女たちのワクワクな毎日はこれからも続いていく。