モールとサヴァージのシス兄弟は自らの復讐にむりやり海賊を引き込むが、彼らはオビ＝ワン・ケノービの追跡をうけていた。

ジェダイたちはオンダロンへと赴き、自分たちの世界を取り戻そうとする反乱分子に訓練を施す。

アソーカが見守るなか、オンダロンの反乱軍から新しい指導者が選ばれる。

思いがけぬ味方が現れ、戦争で引き裂かれたオンダロンの反乱運動に力を貸す。

オンダロンの反乱は大規模な動乱に発展し、反乱軍は高い代償を払わされる。

ジェダイの卵である子供たちが経るべき通過儀礼とは、自らの手でライトセーバーを作ることだった。

ジェダイの卵の子供たちとアソーカは海賊団に襲撃される。

子供たちは変装して、海賊のアジトに忍び込まなければならない。

グリーヴァス将軍を撃退するため、海賊と子供たちは力を合わせる。

R2-D2は特殊な任務を帯びたドロイドの一員として、敵陣の背後で活動する。

R2-D2と仲間のドロイド・チームは、奇妙な荒涼とした世界に不時着する。

付近の人気のない街で、R2-D2とドロイド・チームは記憶喪失のクローン・コマンドーを発見する。

R2-D2とドロイド・チームは、破壊工作を施されたジェダイ・クルーザーから重要な共和国の会議を守らねばならない。

共通の敵であるオビ＝ワン・ケノービを倒すため、サヴァージとモールはデス・ウォッチと結託する。

闇の犯罪組織の支援を取り付けたシスとデス・ウォッチは、いよいよマンダロアに対する攻撃を開始する。

サティーン侯爵をおとりに、ダース・モールはオビ＝ワンをおびき出そうとする。

アナキンとアソーカはジェダイ聖堂における爆破テロを調査する。

身に覚えのない罪に問われたアソーカは、いつしか味方を失い、情動の選択肢も奪われていた。

追われる身となたアソーカは、コルサントの暗黒街に逃げ込む。

殺人の罪に問われた裁判で、アソーカは人生最大の試練に直面する。