戦略上の要衝にある惑星を共和国の保護下に置く協定を結ぶため、ジェダイ・マスターのヨーダはクローン・トルーパー3名を率いる。

分離主義勢力の秘密兵器に艦隊を破壊され、ジェダイ・マスターのプロ・クーンと部下のクローン・トルーパー数名は、過酷な宇宙空間へ放り出される。

新型長距離用Yウィング戦闘機に乗り込んだアナキンは、パダワンのアソーカとジェダイ・マスターのプロ・クーンと共に出撃。

パドメ・アミダラとC-3POがグリーヴァス将軍の手中に落ちる。

遠く離れた前哨基地がコマンド・ドロイドに奇襲される。

宇宙での激しい戦闘の中で、R2-D2の姿が消える。

R2-D2がグリーヴァス将軍の秘密通信傍受基地に囚われていることを知ったアナキンは、アソーカと代わりのドロイドR3-S6を連れて...。

ジャー・ジャー・ビンクスがジェダイの騎士？ 分離主義勢力も勘違いするほどの活躍ぶりで...。

囚人のヌート・ガンレイ総督を法廷へ護送するアソーカ・タノとジェダイ・マスターのルミナーラ・アンドゥリ。

ジェダイ・マスターのキット・フィストーと、彼の元パダワンであるモン・カラマリのジェダイ、ナダール・ヴェップが、アジトに辿り着く。

ドゥークー伯爵を追っていたアナキン・スカイウォーカーとオビ＝ワン・ケノービ。だが当のシス卿はすでに宇宙海賊の捕虜となっていた。

ドゥークー伯爵の身代金交渉の場で、アナキン・スカイウォーカーとオビ＝ワン・ケノービまでもが海賊に捕らえられてしまう。

アナキン・スカイウォーカーが戦闘で重傷を負う。心配するアソーカにジェダイ将軍のアイラ・セキュラは、個人的感情は断ち切るべきだと哲学を説く。

ジェダイが分離主義勢力の新兵器と戦うなか、平和主義者であるルアメンの村人は分離主義勢力の武力に屈するか、それとも....。

荒涼とした氷の惑星でクローンの治安部隊が消息を絶つ。

分離主義勢力の侵攻から惑星クリストフシスを解放するため共和国軍を指揮していたアナキンとオビ＝ワンは味方の中に裏切り者が存在する証拠を掴む。

分離主義勢力の生物兵器開発の秘密ラボを探っていたパドメとジャー・ジャーが敵の手に落ちる。

猛毒のブルー・シャドー・ウイルスにアソーカとパドメを始初め、多くのクローン兵が感染してしまう。

アナキンの命令に従わなかったアソーカは、率いていた中隊の多くを失う。

分離主義勢力の強力な新型兵器を破壊するため、オビ＝ワンはわずかなクローン兵を率いて占領下の町に侵入する。

ドロイドの破壊から首都を守るため、兵力が不足しているメイス・ウィンドゥは、トワイレックのゲリラを率いるチャム・シンドゥーラに協力を求める。

犯罪組織の親玉ズィロ・ザ・ハットの釈放を求めて、賞金稼ぎたちが元老院ビルを占拠、人質を取る。だが彼らはジェダイ・ナイトのアナキン・スカイウォーカーがビル内にいることに、まったく気付いていなかった。