反乱軍に加わって帝国との戦いを続けるゴースト・チーム。そんな彼らにロザルのチュア大臣から助けを求める緊急信が届く。ロザルの反乱分子を抑えられない責任を問われ、ターキン総督から処罰をされそうになったチュアは、帝国の機密情報と引き替えに、自分の身を安全な星に運んで欲しいと云う申し出だった。それを受けたチームは、封鎖網をかいくぐってロザルに侵入し、チュアとの待ち合わせ場所に急ぐが・・・。

チュアは死に、チームはベイダーら帝国軍と対決する。辛うじて荒野に逃れるが、ロザルの厳しい封鎖網を破って脱出する手段を思いつかない。最後の手段として、ランド・カルリジアンに助けを求め、多数のトランスポンダーを一度に放出する。帝国艦隊の探知の目をごまかしてその隙にシャトルで脱出し、無事、反乱艦隊の待つ宇宙空間に引き返すが、それも反乱軍ごとまとめて壊滅しようと図ったベイダーの作戦だった。

艦隊旗艦を失い弱体化した反乱者同盟は、新たな部隊指揮官と軍事基地を捜すため、辺境の惑星シーロスにエズラ達を派遣することになった。シーロスに飛んだエズラ達だったが、ゴーストの故障により、ヘラとチョッパーは残り、他の４人がファントムで向かう。そこで４人は元クローン第５０１大隊のレックス、グレガー、ウォルフと出会う。クローン軍は皇帝の命で解散させられ、生き残りのクローン達はそれぞれの余生を過ごしていた。

ケイナンたちは惑星シーロスでレックスたちに出会えたが、レックスはもう争いにまきこまれたくない、と同行を拒む。そのため、やむなく貴重な情報だけを持って引き上げることになったが、その前にカラスが率いる帝国軍のウォーカーが現れ彼らを襲う。３台あるウォーカーのうち１台を撃破し、ケイナンたちは離脱するが、レックスたちは残ることに。クローン戦士の本能を取り戻したレックスたちは、残りのウォーカー相手に奮闘する。

レックスから得た情報を元に、不足がちな医薬品を求め、放棄された旧共和国の医療ステーションに向かうエズラ、サビーヌ、ゼブの３人。しかし無人のはずのステーションで彼らが出会ったのは、男女２人の尋問官だった。圧倒的な力の差に、あえなく捕虜となってしまうエズラとサビーヌ。２人を餌に、ケイナンとアソーカのおびき出しを図ろうとする尋問官たち。見逃されたゼブは、勝ち目がないと思いながらも必死に救出作戦を考える。

毎日の訓練に嫌気が差していたエズラは、偶然耳にした遭難信号に反応し、チョッパーと２人だけでファントムで飛び出す。信号の発信主は、密売屋ヴィザーゴの持ち船ブロークン・ホーンだった。しかし中でエズラが出会ったのは、あの海賊王ホンドー。ホンドーの言い分では、ヴィザーゴからギャンブルでフネと積み荷を巻き上げ、積み荷であるジェネレーターをクライアントの元まで運ぼうという時、ハイパードライブが故障したという。

帝国の支配下にあるアイバーでは、過酷な労働と食糧不足で住民が苦しんでいた。司令官サトーは、フェニックス中隊に輸送船の護衛を命じ、援助物資を届けようとする。しかし、カラス率いる帝国軍艦隊の封鎖線を破れず、中隊長まで戦死してしまう。封鎖戦を破る強力な戦闘機を求めて、偏屈なモン・カラマリの科学者クアリーの研究所のあるシャンティポールへ、ファントムを飛ばすヘラ。その星はパイロット泣かせの荒れた環境だった。

ガレルからオルデランまで、反乱軍の密使をエスコートする任務を命じられたサビーヌ。だがそこに、悪名高きギャング団、ブラック・サンに雇われた、賞金稼ぎのケツーが、秘密情報を横取りしようと現れる。ケツーはサビーヌの昔の親友で、帝国軍のアカデミーを脱走し、ふたりで組んで賞金稼ぎをしていた。その後、サビーヌはケツーの裏切りで足を洗い、反乱軍に加わったのだった。そんなケツーは、サビーヌにある取引を持ちかける。

反乱艦隊のパトロール艇が行方不明に。その捜索に向かったのはサトーとエズラの２人。だが、帝国の新兵器「重力の井戸／グラヴィティ・ウェル」によって、ハイパースペースから強引に引きずり出され、タイタス提督座乗のクルーザーに船ごと捕まってしまう。彼らの救出に、ヘラは、犬猿の仲のケイナンとレックスを組ませて派遣する。２人は敵クルーザーへの潜入に成功。そこで、例によって単独での脱出に成功したエズラと遭遇する。

帝国の通信傍受で、尋問官達が新たな任務に動き出したことを知ったアソーカ。ケイナン、エズラそしてゼブを、入手したふたつの座標のひとつに派遣し、自らはもう一つの座標に向かう。アソーカは漂流中の貨物船を発見し、惨殺された船員乗客の中で、唯一の生き残りの女性から、孫の赤ん坊が尋問官にさらわれたと聞く。一方、別の惑星に向かったエズラ達は、ウーラという女性エイリアンからも、赤ん坊をさらわれそうになったと聞く。

両親が帝国の刑務所に幽閉されているヴィジョンを見たエズラは、今すぐ捜しに行きたいとケイナン達に訴える。密かにエズラの両親の情報を集めていたケイナンとヘラは、名前も写真も伏せられた囚人リストをエズラに見せる。エズラはフォースで囚人Ｘ１０号が手掛かりを握っていることを感知し、彼が脱走して今はロザルにいることを知る。そして、ロザルへの出発準備を整えている最中、帝国軍による大規模なガレル急襲作戦が始まる。

反乱者艦隊へ艦船補充のため、オルデランのオーガナ議員は養女レイアに３隻の貨物船を運ばせる。だが、直接渡せばオルデランと反乱者の支援関係が明らかになってしまう。そこで偽装のため、一旦ロザルの帝国軍基地にフネを運ばせ、そこでケイナンたちがフネを奪うという作戦がとられることに。しかし、大規模な惑星封鎖が一時的に解除され、封鎖艦隊の消えたロザルで留守を預かるリステは、慎重な上にも慎重な保全処置を実行する。

ロザルへの近道に、コンコード・ドーン星系を通りたい反乱者艦隊。しかし、コンコード・ドーンは誇り高き戦士であるマンダロリアンの植民地で、その故郷マンダロアが帝国の支配下に入った今、プロテクターと呼ばれる戦士達が、帝国側に付いたのか否か、はっきりしない。彼らの協力が得られるかを確かめに、ヘラとサビーヌはフェニックス中隊の一部を率いてコンコード・ドーンに向かう。そこで彼女たちを待ち受けていたのは・・・。

宇宙海賊ホンドーから、帝国軍に追われている逃亡者の情報を得たエズラは、待ち合わせの星に出かける。そこで彼らが出会ったのは、全滅したはずのラサットふたりだった！１人は預言者である老婆チャヴァ、もうひとりは元衛兵のクロンで、かつて名誉衛兵隊長だったゼブに仕えていたという。彼らは、ラサットの伝説にある新しい故郷、リラ・サンを目指すという。そして、地図にないその新天地を捜すために、伝説に従って儀式を行う。

燃料不足に悩む反乱者たちは、帝国軍がとある小惑星帯の精製所から定期的に燃料を入手している、という情報を得る。ゴーストで小惑星帯に向かう彼らを迎えたのは、宇宙を泳ぐ巨大な生物パーギルの群れと、改造されたタイ・ファイターだった。パーギルが自分たちに敵意を持っていないと察知したエズラは、残り少ないパワーをキャノン砲に回して、タイ・ファイターを撃破する。そしてパーギルの群れに付いていき、精製所を発見する。

基地の確保と戦闘機の収容整備に困っている反乱者艦隊に、帝国軍の空母を奪うチャンスがある、という情報が入ってきた。それは、あのライロスの英雄チャム・シンドゥーラ、ヘラの父からだった。今もライロスで、帝国相手に抵抗運動を続けているチャム。その狭量さにうんざりしたヘラは、銀河規模の抵抗運動に身を投じていたのだ。久々の親子の再会ではぎくしゃくしたが、空母を襲うという目的では一致し、協力して侵入することに。

惑星ジオノーシスの軌道上に巨大な建造物が造られている、との情報を得た反乱艦隊は、調査のためにゴースト・チームを派遣する。そしてわかったのは、ジオノーシスの全生物が死に絶えているという、恐ろしい事実だった。造りかけの建造物に入った一行は、カラス率いるＳＴと遭遇し銃撃戦になる。急いで脱出するが、カラスと戦っていたゼブが取り残され、別の救命ポッドで脱出する。ところが、カラスもそのポッドに乗り込んでくる。

反乱者の基地を造る候補地探しをするエズラとケイナン。どこへ行っても、あの新尋問官と女尋問官コンビが現れる。これではいつまで経っても基地を作るのは不可能。何とか手を打たないと、と悩んだエズラ達。マスター・ヨーダの知恵を拝借しようと、アソーカと３人でエズラの故郷ロザルにある古代寺院に向かう。寺院に入った３人は、それぞれ異なった出会いや体験をする。ケイナンは、尋問官扮する番人とライトセーバーで対決する。

ヨースト星系に基地の候補地を見つけた反乱者艦隊だが、そこまで母艦を移動させる燃料が無い。燃料を奪うため、ゴーストが帝国軍の補給基地に向かう。首尾良く燃料を奪い、脱出するゴースト。だが、ドロイドショップにあった脚の部品に心引かれたチョッパーが部品を抱えて逃げ、敵の輸送船に乗り込んでしまう。そこで、元共和国のナビゲーションドロイドで、今は帝国の在庫管理ドロイドとして雑に扱われている、ＡＰ-５に出会う。

新基地設営に勤しむ反乱者たちだったが、ヘラの心中は穏やかではなかった。というのも、ケイナンが、いつまでも尋問官から狩り立てられ続けるのではなく、こちらから攻勢に出て尋問官を倒すべくエズラと共に反乱者艦隊を離れる、と告げたからだった。一方、基地設営は順調に進んでいると思われたが、隊員の１人が行方不明となり、その捜索に出かけたサビーヌとレックスも巨大な土蜘蛛の群れに襲われ、レックスが捕らわれてしまう。

ヨーダの予見に従い、ジェダイの禁断の惑星マラコアへ向かうエズラ、ケイナンそしてアソーカ。彼らを心配しつつ見送るレックス。３人が着いたマラコアには不気味なピラミッドがそびえ立っており、近くに何者かの宇宙船が先着している痕跡があった。そのピラミッドこそ謎に包まれたシスの寺院であり、３人はその入り口で尋問官に襲われる。その時、１人で穴から地下通路に落ちたエズラは、オールド・マスターと名乗る老人に出遭う。

ジェダイ、尋問官そしてモールが一堂に会し、三すくみの状況かと思えた。だが尋問官はエズラたちではなく、彼らが“シャドー”と呼ぶモールを追っているとわかる。モールは、手に入れたホロクロンをピラミッドのてっぺんにあるオベリスクに収めることで、シスの古代からの知識が明らかになる、とエズラたちを説得し、協力を依頼する。最初は納得できなかったケイナンも、敵の敵は味方と、モールと協力して尋問官と戦うことにする。