帝国の支配下にある惑星ロザル。ストリートキッドの少年エズラはある日、帝国軍の荷を強奪しようとする3人組（ケイナン、ゼブ、サビーヌ）に遭遇、彼らの奪った荷を横取りするが、帝国軍に追われ、危ういところを3人組の乗る宇宙船ゴースト・シップに救われる。その船長ヘラと合わせ、実は4人は帝国への反乱者たち。荷を奪うのは、難民を救援するためだった。さらに彼らはウーキーたちの救出へと繰り出す。だがそこには罠が…！

帝国の支配下にある惑星ロザル。ストリートキッドの少年エズラはある日、帝国軍の荷を強奪しようとする3人組（ケイナン、ゼブ、サビーヌ）に遭遇、彼らの奪った荷を横取りするが、帝国軍に追われ、危ういところを3人組の乗る宇宙船ゴースト・シップに救われる。その船長ヘラと合わせ、実は4人は帝国への反乱者たち。荷を奪うのは、難民を救援するためだった。さらに彼らはウーキーたちの救出へと繰り出す。だがそこには罠が…！

食糧・物資に困るゴースト・シップ。帝国軍の武器を強奪するため宇宙港へ。早速、惑星ロザルのチュア公使とワボに接触、通訳として同行するＣ３ＰＯとＲ２Ｄ２を引き離し、サビーヌの活躍で武器を箱ごと手に入れる。だがそれはゼブの故郷ラサンでラサット族を絶滅に追いやった恐怖の武器だった。結局、武器商人に売ることを決め、惑星ロザルへ。一方、Ｒ２Ｄ２たちは密かにオーガナ議員の命を受け、反乱者たちの実態を探っていた。

犬猿の仲のエズラとゼブ。一計を案じたヘラは2人に買い物を命じる。惑星ロザルでは栽培されていない果物メイルーラン・フルーツを求めて町へ出たエズラとゼブ。ようやく見つけた果物は既に売約済み、しかも相手は帝国軍だった。2人は果物を盗もうとして大騒ぎ！さらにゴースト号への帰路、農場の買い上げを拒否した農場主スマールが護送されるところを見て輸送する車列を急襲。2人は一連のドタバタ劇ですっかり意気投合する！

クローン戦争で死んだはずのマスター・ジェダイ、ルミナーラが刑務所に監禁されていると知ったケイナン。ルミナーラを救い出せば反乱勢力の大きな力となり、訓練に手を焼いていたエズラも任せられるという期待があった。救出に向かうケイナンとエズラは、刑務所への侵入に難なく成功。だが事はあまりに容易に運びすぎた。案の定、全ては生き残りのジェダイをおびき寄せ、殲滅するための帝国側の罠。恐怖の尋問官が待ち受けていた。

帝国軍によるカイバー・クリスタルの輸送阻止を計画したケイナン。それに必要なデコーダーを入手しようと、総司令部に付属する士官養成所にエズラを候補生として送り込む。選抜試験で最優秀のエズラは総司令部に足を踏み入れる資格を得て、無事デコーダーを盗み出すのに成功。だが部屋を出る直前、候補生ザーレにある警告を受ける。実はザーレの姉も候補生だったが、行方不明として処理されていた。尋問官が関与しているとの噂だ。

フルクラムという暗号名しか知らない内通者からの情報に従って、破壊工作を実施する度、不安を覚えるサビーヌ。ヘラにフルクラムの正体を尋ねるが上手くかわされ、余計に不安と不満を募らせる。そんな中、ヘラがフルクラムからの荷を受け取りに行くと聞き、強引に同行を志願。だがフルクラムは既に指定の基地から立ち去っていた。サビーヌとヘラが荷を積み込んでいると、闇に生き、太陽を嫌う生き物たちの集団に襲われてしまう！

銀河帝国建国１５周年の祝典が行われる日、ロザルでもパレードが催され、多数のトルーパーにエージェント・カラス、それに尋問官が顔を見せていた。実はこれはシーボの捜索のため。シーボは帝国の秘密情報を脳にデータとして詰め込まれたまま逃走していた。それとは知らず、パレードで一騒ぎ起こしたケイナンたちはトルーパーに追われ廃屋へ。そこは幼いエズラが両親と過ごした懐かしの我が家。両親は帝国に逮捕されたのだった。

シーボを連れ、惑星ロザルから脱出するケイナン一行。帝国軍の追跡から逃れようとハイパースペースに移るヘラだったが、ゴーストの船体に撃ち込まれた追跡装置によって後をつけられていた。そのファントム内で、まだらに意識の戻るシーボから両親が帝国軍に連行された際、何も出来なかったと聞き、絶対にシーボを許さないと叫ぶエズラ。ケイナンは敵を小惑星帯へと導く作戦を立てる。それはエズラのフォース開眼のためでもあった。

エズラをジェダイとするため本格的な訓練を始めたケイナン。エズラに本当にジェダイになる資格があるかどうかの最終テストは、エズラ自身にジェダイ寺院のひとつを探させ、その中に送り込むというもの。岩山に刳り抜かれた寺院のトンネルでエズラは色んな幻覚を見る。ケイナンが尋問官に殺されることに始まり、数々の試練が襲いかかる。そしてエズラの耳に自らをガイドだと名乗る老人の声が聞こえてくる。声の主はヨーダだった。

食糧と燃料不足に頭を悩ますケイナンとゼブ。街の酒場でギャンブラーとカードゲームでチョッパーを賭けて負けてしまう。　あるものの密輸に手を貸せばチョッパーも返すし、報酬も渡すというギャンブラー。その申し出を飲んだヘラは、帝国の厳重な封鎖網をくぐり抜け、ブツの受け渡し場所へ向かう。そこで受け取ったのは、特異な嗅覚で地中の貴重な鉱石を捜し出す能力がある豚だったが、その豚と交換にヘラが置いて行かれてしまう。

アンチ帝国のアングラ放送で、反体制派に人気のトレイヴィス議員が、放送の中で暗号を用いロザル来訪と反乱者グループへの接触を希望してきた。ヴィジョンで議員との出会いを予見していたエズラは大興奮、チームは指定された会合場所、旧ロザル議事堂へ向かうが、帝国側も暗号を解読、周辺にトルーパーを配置、議員と反乱チームの一網打尽を狙っていた。エズラの案内で下水道を抜けて、議事堂内への潜入に成功した一同だが・・・。

ロザルでの反乱者たちの活動や、彼らの中にジェダイがいるとの情報に帝国は敏感に反応する。大総督ウィルハフ・ターキン自らが、噂のジェダイ、ケイナンを捕獲するため、ロザルに乗り込んでくる。アレスコ司令官とグリント管理官を処刑し、チュア達を震え上がらせたターキンは、カラスと尋問官にケイナンの捕縛を厳命する。その頃ケイナン達は、民衆蜂起のためのプロパガンダ放送を画策、帝国最大の電波塔の乗っ取り準備を進める。

ターキンの手に落ちたケイナンは、拷問で反乱組織の情報を吐くよう迫られるが、一言も漏らさない。その強い意志を目の前にして、ターキンも、ケイナンが本物のジェダイであるかも知れないと思い始める。一方、何とかケイナンの救出を図りたいエズラは、ヘラの命令を無視し、ヴィザーゴに接触、彼から有力な情報を得る。それは、帝国が情報発信のため、情報を運ぶドロイドをクルーザーと地上間で往復させている、というものだった。

ケイナン奪還のため帝国軍の輸送船を盗んだエズラ達は、惑星ムスタファーに向かう。その周回軌道上にいる帝国艦隊内にケイナンが監禁されていることをエズラがフォースで感知、敵を騙して艦内に侵入した一行は、サビーヌの仕掛けた電磁衝撃波でフネの機能を麻痺させる。その隙にエズラがケイナンを救出するが、彼らの前に立ちはだかったのは尋問官だった。過去に心に負った古傷の癒えたケイナンは、戦いの末尋問官を倒すが・・・。