Ａ.Ｇ.１１５年…正体不明の敵『ＵＥ』に故郷オーヴァンが襲撃され、孤児となったフリットは、ノーラの連邦軍基地アリンストンで育てられていた。フリットは、いつかＵＥに反撃する時が来ることを信じて、母から授かったＡＧＥデバイスの中の設計図を元に、救世主と呼ばれたモビルスーツ『ガンダム』をつくりあげる。そして、ついにノーラにもＵＥのモビルスーツ型機体が襲ってくる。フリットはノーラの人々を救うため、自らの手でガンダムを起動する！

ＵＥの攻撃を受けて崩壊していくノーラ。司令官ブルーザーは、住民たちの避難を急ぐ。副司令のグルーデックは、コロニーの人々を救う脱出作戦のため、新造船艦ディーヴァを発進させる。フリットもまた、ガンダムを動かし、コロニー脱出を試みようとするが、逃げ遅れた少女を発見してしまう。少女を救い、宇宙へと出るフリットに、ＵＥのモビルスーツ型が襲いかかる。強力な敵に対抗するため、フリットとバルガスは、ガンダムに搭載された『ＡＧＥシステム』の力を使う！

ノ－ラの崩壊のタイムリミットが迫る。逃げ遅れた少女をガンダムに乗せ、宇宙に出たフリットだったが、そこで新たな黒いモビルスーツ型の敵に遭遇する。一方、グルーデックは艦長として、ディーヴァでコロニーコアを制御して多くの人々を崩壊から救う作戦を進行させていた。基地司令官ブルーザーもまた、ノーラに一人残り、コロニーコア切り離しのための最後の作業を行う。それぞれが命をかけて、生き延びるために力を尽くす。ガンダムと黒い敵との戦闘の中、少女はフリットに意外な言葉を口にする…。

ノーラ崩壊後、ディーヴァに乗り込んだフリットたちは、移民すべきコロニー・トルディアへの連絡船が出ているという『ファーデーン』を目指す。ちょうどその時、ディーヴァではヒーリングスリープ装置で眠っていたエースパイロット『ウルフ』が目覚める。『白い狼』という異名をもつ彼は、白いモビルスーツは自分が乗るべきと主張し、フリットに、ガンダムのパイロットの座を賭けた模擬戦を提案する。フリットとウルフの勝負は白熱する。しかし、そこにＵＥの巨大戦艦が現れる！

ファーデーンに入港するディーヴァ。これまで、不慣れながらも戦闘を繰り返してきたフリットは、もっと強くなりたいと願うようになっていた。考え事をしながらホバーライドを走らせていたフリットは、ファーデーンの路上で少年デシルに怪我をさせてしまう。フリットは、デシルの手当をするためディーヴァに招くが、デシルには意外な思惑があった。そして、ファーデーンにまで襲い来るＵＥ。出撃するガンダム。しかし、そのガンダムを動かしていたのは…！？

ファーデーンの街でモビルスーツ同士の戦闘に巻き込まれたフリットとエミリーは、地下階層にある街へと避難する。そこで懸命に生きる男、イワーク・ブライアに出会い、彼からファーデーンがザラムとエウバという、二つの勢力に別れて権力抗争を繰り返していることを聞かされる。そんなとき、イワークの娘リリアが地上に出て戦闘に巻き込まれてしまう。作業用ＭＳに乗りこんで助けに行くイワーク。二人を救おうとガンダムで出るフリット。ファーデーンの街での激しいＭＳ同士の戦闘の最中、突然、ＵＥの新たなる敵が現れる…。

街を破壊したとして、ザラムに捕らえられたフリットは、ザラムの首領、ドン・ボヤージの前に連行される。フリットは、ファーデーンで続くザラムとエウバの抗争について抗議するがそれを聞き入れようとしないボヤージ。そこに部隊を率いて攻撃を仕掛けてくるエウバのボス、ラクト・エルファメル。またもやコロニー内で戦闘が始まってしまう。それをガンダムで止めようとするフリットだったが、そこにＵＥが襲来して、３つ巴の戦闘となってしまう。ビーム兵器が使えないコロニー内で、ＵＥに対抗するため、ガンダムの新たなるフォームが姿を現す。

ファーデーンに侵入したＵＥを撃退するため、フリットはガンダムの新たなるウェア『タイタス』を換装して立ち上がる。タイタスは、ドッズライフルを使えないコロニー内で圧倒的な力を発揮する。ザラムとエウバもまた、即席の共同戦線でＵＥに立ち向かうが、わだかまりの残る共闘軍は、連携を取るどころか戦場でもめ事を起こす始末。不利な状況がつづく中、フリットは自分の思いをぶつけ、いがみ合うザラムとエウバをひとつにしようと奮戦する。そんなとき、現れる新たなるモビルスーツ。その白い機体に乗っていたのは…？

新たなるモビルスーツ『Ｇエグゼス』の出所をウルフに問い詰めるフリット。ウルフは白状し、馴染みの場所であるマッドーナ工房へと連れて行く。様々なモビルスーツが造られているのを見て大興奮のフリット。しかしフリットは、そこで衝撃的な光景を目にする。なんと、ＵＥのモビルスーツ型が置かれていたのである。驚愕するフリット達。そんなとき、突如、ＵＥのモビルスーツ型が動き出し、工房内のモビルスーツを破壊し始める。フリットとウルフは協力して戦うも、敵のすさまじい攻撃に歯が立たず…。

ファーデーンに襲い来るＵＥの大部隊。ザラムとエウバは、コロニーの人々を守るべく共同戦線を張る。ディーヴァもまた参戦しＵＥを迎え撃つ。さらに現れるＵＥの巨大戦艦。あまりにも強力な敵を前に弱きになる味方の兵士達。ザラムを率いるドン・ボヤージは自らの身を賭して、味方の軍を鼓舞するが…。壮絶な戦闘が繰り広げられ、激しい怒りに身を焼くフリットは、ガンダムをＡＧＥシステムが生み出した新たなるウェア『スパロー』に換装する。果たして、フリット達はファーデーンを守りきることは出来るのか？

中立コロニー『ミンスリー』に到着するディーヴァ。フリット達は、ＵＥの宇宙要塞攻略に向けた会議を秘密裏に行うため、ミンスリーを牛耳る大富豪バーミングスの屋敷を訪ねる。そこでフリットは、バーミングスに引き取られていたユリンと再会する。作戦会議が続く日々の中で、ユリンは自分と同じ境遇のフリットに心を開いていく。そしていよいよ一行がディーヴァへ帰還しようとしたとき、連邦のＭＳ部隊が立ちはだかる。反逆者であるグルーデックを捕えるためだった。フリット達は、連邦軍を敵にまわすことになるが…。

宇宙要塞アンバット攻略の準備を終えて、ミンスリーを発つディーヴァ。しかしその行く手には、反逆者となったグルーデックを捕えるべく、連邦軍将校グアバランの艦隊が待ち受けていた。行く手を阻まれて動けないディーヴァだったが、そこに突如、ＵＥが襲ってくる。不意をつかれた連邦軍はＵＥの激しい攻撃に苦戦を強いられて、ディーヴァを捕らえるどころではなくなる。ディーヴァはこの隙にミンスリーを脱出するか、自分たちを捕らえようとしているグアバランの艦隊を救うか。ディーヴァ艦長グルーデックは決断を迫られる。

クルーそれぞれの思いを乗せて、ディーヴァは、最終決戦の地、宇宙要塞アンバットへと向かう。そして、ついに戦いの火ぶたは切って落とされる。襲い来るＵＥのモビルスーツ型や巨大艦。かつてない激しい戦闘に、ディーヴァとザラムエウバ連合軍は恐れを抱きながらも、死力を尽くして戦う。フリットもまたＸラウンダーの力を使い、ＵＥの強力なモビルスーツ型に対抗する。ＵＥに先制すべく、ディーヴァはその姿を変え、新たなる武器を使用する。果たして、その光は人類に勝利を導くことができるのか！？

アンバット攻略戦は続く。フリットは現れた黒いモビルスーツ型と激しい戦いを繰り広げる。乗っているのがデシルだと知り驚愕するフリット。しかし、Ｘラウンダーの力を使い慣れたデシルはフリットを追い詰めていく。さらに飛来するピンクの機体。フリットは、ふたつの機体を同時に相手にすることになる。ところが、ピンクの機体を操るパイロットの正体は意外な人物だった。どうして戦わなければならないのかと、フリットは問いかけるが、返ってきた答えは…。

グルーデック達は、宇宙要塞アンバット内部へ突入する。アンバットの司令官ギーラ・ゾイは最新鋭の機体『デファース』に乗り込み、ガンダムを迎え撃つ。要塞内部にてガンダムとデファースの最後の一騎打ちとなるが、ＵＥへの強い憎しみに突き動かされるフリットは、ついにギーラを追い詰める。しかし、そこには、驚くべき真実が待っていた。ギーラによって語られる、地球の呪われた歴史とは…。ＵＥとは一体何者なのか？ ついに全てが明らかになる！

２５年という時が流れ、新たな世代へとガンダムは受け継がれていく。地球連邦軍と、かつてＵＥと呼ばれた『ヴェイガン』との戦争は、未だ終わることなく続いていた。連邦軍司令官であるフリット・アスノは、ＡＧＥデバイスを１７歳の誕生日を迎えた息子、アセムに託す。そんなとき、アセムたちが住んでいるコロニー・トルディアがヴェイガンの攻撃を受けてしまう。アセムはヴェイガンから、コロニーの人々を守るため、隠されたガンダムを起動する。

ＭＳクラブに所属し、学園生活を謳歌するアセム達。そんなとき転入生のゼハートがクラブに入れて欲しいとやってくる。謎の多いゼハートだったが、アセム達はモビルスーツ選手権へ向けて、ともに準備することになる。しかし、肝心の選手権当日に、ヴェイガンの攻撃が始まってしまう。アセムはガンダムを出して立ち向かうが、新たなるＭＳはガンダムを越える力を持っていた。そのＭＳを動かしていたのは…！？

アセムとゼハートは卒業式を迎える。ともに青春を過ごした友との別れ。卒業後、連邦軍に入るというアセムに、ゼハートは意外な言葉を投げかける。親友の言葉に戸惑うアセム。式の途中、コロニーはヴェイガンの襲撃を受け、状況は一変する。激しい戦いが繰り広げられ、ウルフ・エニアクルの新型モビルスーツ、Ｇバウンサーも参戦する。アセムもまた、ガンダムに乗り込み、ヴェイガンのモビルスーツに対抗する。もつれ合う戦闘の最中、アセムは、敵のパイロットを目撃する。アセムはその姿に驚愕してしまう。

地球連邦軍へ入隊したアセム。そこには多くの仲間たちとの出会いがあった。一方、ゼハートもまた、ヴェイガンで新たなる一歩を踏み出していた。 宇宙戦艦ディーヴァは、アセム達を乗せて、連邦軍総司令部ビッグリングへと旅立っていく。その行く手をさえぎるヴェイガンのモビルスーツ部隊。交戦状態になりアセムは、ＡＧＥシステムにより進化を遂げた新たなるガンダム・ＡＧＥ-２を駆って、出撃する。

ヴェイガンでは、ゼハートの能力を最大限に発揮させる、新型の機体が完成しつつあった。ゼハートは、ガンダムに対抗するため、機体の完成を急がせる。一方、ディーヴァは、ヴェイガンとの戦闘を回避するため、危険な航路である岩礁宙域ルートを進んでいた。しかし、それを見抜いていたゼハートは、岩礁宙域に待ち伏せて、攻撃を仕掛けてくる。ついに、ゼハートが乗り込む新型の赤いモビルスーツと、アセムのガンダムとが激突する。

地球軌道に浮かぶ連邦軍総司令部『ビッグリング』に到着したディーヴァ。そこでアセムは、司令官である父・フリットと再会する。しかし、司令官として立派な父にコンプレックスを感じてしまう。前の戦いでゼハートに圧倒的な力の差を見せられたアセムは、軍の『次世代パイロット訓練プログラム』に参加する。しかし、Ｘラウンダー適正においてはＤ判定を受け、偉大な父や、敵となった親友を前に、自分の力不足に苦悩する。そんなとき、ウルフが現れ、アセムをある場所に連れて行くのだが…。

連邦軍総司令部『ビッグリング』侵攻に向けて動き出したヴェイガン。ゼハートは地球制圧軍の司令官として、全軍を挙げた戦いを展開しようとしていた。対するビッグリングの司令官であるフリットも、その攻撃に備えて綿密な防衛作戦を立てる。ついに始まるヴェイガンのビッグリング攻略作戦。ヴェイガン側は攻撃部隊としてＸラウンダー部隊マジシャンズ８を投入する。さらに、デシルとゼハートも参戦し、連邦軍を追い詰めていく。そんな中、フリットは司令官としての才覚を現してヴェイガンに立ち向かう。

工業コロニー『ソロンシティ』の企業、テクノソロンは、ヴェイガンに協力している可能性があった。テクノソロンの工場ではヴェイガンのモビルスーツの一部を製造している疑惑があるのだ。フリット達はその確証をつかむべく、テクノソロンへの潜入作戦を決行する。アセムは、民間人に危険が及ぶ作戦の内容に疑問を抱き、フリットに意見するが、フリットは聞く耳を持たず。そんな父に反発してアセムは、ディーヴァを飛び出してしまう。

２５年ぶりの再会を果たしたフリットとグルーデック。そこでグルーデックは、ヴェイガンへの内通者が連邦軍の中にいることを語る。一方、拘束室から解放されたアセムは、気晴らしにソロンシティの繁華街へと出かけていた。仲良く遊ぶ若者たちを見て、学生時代の楽しかったころを思い出してしまうアセム。そんな時、アセムの前に、ゼハートが現れる。アセムを戦いから引き離そうとするゼハート。しかし、自分には戦いしかないと言い張るアセム。二人はそれぞれの思いをぶつけ合うが…。

フリット達は、破壊したヴェイガンのＭＳから、資質のない者であってもＸラウンダーと同様の力を引き出せる装置『ミューセル』を発見する。ミューセルを分析し、ヴェイガンの技術力に驚くディーヴァ隊。しかし、ミューセルは、使用者の脳に大きな負担をかけるものだった。一方、ヴェイガンの首領、イゼルカントはゼハートに新たな侵攻作戦を指示した。そんな中、Ｘラウンダー部隊の攻撃に対しアセムはミューセルを装備して出撃してしまう。

ヴェイガンは、ついに地球への本格的な侵攻作戦を開始する。移動要塞ダウネスを用い、地球に最も近いコロニー『ノートラム』に攻撃をしかけてきたのだ。対する連邦軍艦隊は、最新鋭兵器『フォトンリング・レイ』で、それを迎え撃つ。壮絶な戦闘が続く中、アセムとウルフの前に現れた、ゼハートとデシル。アセムは二人のＸラウンダーの力に苦戦する。今、地球軌道を目前にして、大きな悲劇が起きようとしていた。

ノートラムを守る連邦軍とヴェイガンの移動要塞ダウネスの激しい戦闘は続く。アセムとゼハートはおたがいの使命を背負い、最後の一騎打ちを繰り広げる。戦闘は最終局面を迎え、連邦軍の秘策によって、大破した戦艦がダウネスに衝突させられる。その衝撃によって大気圏への落下を始めるダウネス。巻き込まれたディーヴァも危機に。そのとき、アセムとゼハートは、ダウネスに突入する。要塞内部に突入すれば、生きては帰れないというのに…。

『勇気の日』と呼ばれる慰霊祭の日、地球首都ブルーシアでは、地球連邦首相フロイ・オルフェノアが演説を行っていた。地球に侵入したヴェイガンの指揮官メデル・ザントは、ある使命をおびて、演説会場への攻撃を画策する。一方、それを迎え撃つべく出撃準備する地球連邦軍ＭＳ隊の中には、アセムの姿があった。そんな中、演説会場に入った連邦軍司令官フリット・アスノはオルフェノアを糾弾する…。

アセムの息子・キオは１３歳になり心優しい少年に育っていた。キオが暮らすオリバーノーツに、ヴェイガンが襲い来る。敵要塞によって破壊されるビッグリング。そして、ヴェイガンの首領イゼルカントは、地球侵略の全面的な開始を宣言する。ヴェイガンの攻撃は地球全域に及び、連邦は大混乱に陥ってしまう。この危機的状況の中、キオとフリットは、新たなるガンダム、ＡＧＥ３を動かそうとする。キオは、ガンダムの意外な隠し場所に驚く…。

戦場となり混乱する町。既に軍から退役していたフリットは、この緊急事態にオリバーノーツの基地に駐留していた老朽艦ディーヴァの発進を命ずる。ところが、フリットを疎ましく思う基地司令ドレイムスによって、ディーヴァには、寄せ集めのクルー達が乗り込むことになる。モビルスーツ同士の激しい戦闘。ぶつかり合うキオとゼハート。熾烈な戦いが続く中、様々な思惑を乗せて、再びディーヴァが動きだすが、その前にヴェイガンの地上戦艦が立ちはだかる。

ディーヴァは、ロストロウランに向かう途中、砂漠上空にて、司令部が砂漠の亡霊と呼ぶ、正体不明の敵部隊『ファントム３』の攻撃を受ける。砂漠に潜む狡猾な敵の戦法に苦戦するディーヴァのモビルスーツ隊。そんな時、この状況を打ち破るべく、ＡＧＥシステムは、砂漠戦に特化したガンダムの新たな形態を生み出そうとしていた。ガンダムＡＧＥ-３は、厳しい戦況を打破すべく、完成したばかりの新型マシンＧホッパーとドッキングする。

南米の連邦軍総司令部ロストロウランに到着間際、ディーヴァ艦内にヴェイガンのスパイがいることが判明する。正体を知られ逃亡するスパイ。ロストロウランはヴェイガンの大部隊に襲撃され、キオは仲間と思っていたスパイを放っておけず、ＡＧＥ-３で追いかけるのだが、スパイの事情を聞き、戦争の中に生きる人間の辛い現実を知ることになる。

ヴェイガンの侵攻作戦により、新たなる連邦軍総司令部ロストロウランが戦場となっていた。激しい戦闘が繰り広げられる中、ゼハートは、プラズマ粒子爆弾による基地破壊計画を目論む。刻々と迫るタイムリミット。基地全滅の危機に、ディーヴァＭＳ隊が爆弾の排除にあたる。残り時間がわずかとなったとき、命運はＸラウンダーであるキオに託された…。

月にある連邦軍基地ルナベースへと進路を取るディーヴァ。そんな時、キオは、自分たちを待つ謎の男の気配を感じる。ディーヴァが暗礁宙域サルガッソーに差し掛かると、悪名高き宇宙海賊ビシディアンが攻撃を仕掛けてくる。ヴェイガンにも連邦にも所属せず、無差別に略奪と破壊を繰り返す彼らは、力ずくでもディーヴァを奪い取ると告げる。だがそこにヴェイガンが襲来し、三つ巴の戦いとなる。危機に陥ったキオは、１機のビシディアンのＭＳに助けられるが…。

ビシディアンが残した謎のメッセージカプセル。それによりこの戦争に関わる「呪われた秘宝」の正体が明かされる。ヴェイガンが持つ驚異的な軍事技術や、それに関わるかつて地球連邦が隠蔽した衝撃の事実に、ディーヴァの一同は驚きを隠せない。一方、ヴェイガン陣営では、ゼハートとザナルドによる新たな作戦が決行されようとしていた。キオは、新たなＡＧＥ-３「オービタル」に乗って戦うが、新武装を搭載したゼハートとザナルドのＭＳは、キオを追い詰めていく…。

ガンダムを捕獲するため、ディーヴァに攻撃を仕掛けるゼハートとザナルドの二つの部隊。それを向かえ討つべく、キオはＡＧＥ－３で出撃する。ゼハートとザナルドは、競い合うようにキオを追い詰めていく。その攻撃は苛烈をきわめ、キオは窮地に陥る。そんなキオを救うため、フリットはＡＧＥ－１で出撃する。強力な二つのＭＳを相手に、善戦するフリットだったが、そこには、ザナルドとゼハートの仕掛けた罠が待ち構えていたのだった。

捕らわれの身となり、火星圏にあるヴェイガンの本拠地『セカンドムーン』に連れて来られたキオ。そこでキオは、ヴェイガンの首領イゼルカントと出会う。キオはヴェイガンの大規模な施設や軍備を見て驚きを隠せない。さらに、イゼルカントはキオに、『ヴェイガンの真実』を見せようとする。それは、火星圏の民が背負った、悲しい現実だった。イゼルカントに連れられてやって来たセカンドムーンの居住区で、キオに運命の出会いが待っていた。

ルウとの出会いによって、キオの中で何かが変わっていく。ヴェイガンとは本当に憎むべき敵なのか？思い悩むキオから、イゼルカントは、ガンダムの解析のために必要な情報を聞き出そうとする。しかしキオは情報提供の条件として、火星圏に蔓延する病に効く薬を要求する。ルウに与え、彼女の病気の進行を少しでも遅らせるためである。薬を届けるため、キオはルウに会いに行くようになり、二人はしだいに心を通わせていく。そんな時、一人の男がセカンドムーンに降り立つ。

ある人物の助けにより、セカンドムーンを脱出したキオ。しかし、そこに立ちはだかったのは、ヴェイガンの首領イゼルカントだった。イゼルカントが操る、ヴェイガンのガンダム、『ガンダムレギルス』は、圧倒的な力を見せつける。火星圏の実情を知り、動揺するキオに、イゼルカントはプロジェクト・エデンの真意を語り、ヴェイガンに連れ戻そうとする。しかし、キオもまた、自分の中に生まれた感情をイゼルカントにぶつける。今、火星圏で、ガンダム同士の激しい戦いが繰り広げられる…。

地球圏に戻り、ディーヴァの仲間たちと再会したキオ。キオは、アセムとフリットに火星圏でのことを話すが、フリットのヴェイガン殲滅の考えは変わらない。アセムもまた、迷うキオに、明確な答えを出してやることは出来なかった。キオは、自分自身の考え方で戦争と向き合う決意をする。一方、連邦軍総司令アルグレアスは、ルナベースがヴェイガンの手に落ちていることを突き止め、奪還作戦を決行する。そして今、さらなる進化を遂げたガンダム、ＡＧＥ－ＦＸが月に向かって降下していく…。

連邦軍によるルナベース奪還作戦での戦いはさらに激化する。その戦いで、キオは、コクピットを破壊しないようにヴェイガンのＭＳを撃破し、パイロットを救う戦い方を続けていた。苛烈な攻防戦が続く中、フラムがフォーン・ファルシアで参戦する。ゼハートを信じ、ゼハートのために戦うフラム。そんなフラムに、キオは共にＸラウンダーの力を使い、争いをやめさせようという提案をするが…。

連邦軍とヴェイガンの戦いは、両軍とも譲らない激しいものとなっていた。そこへ元連邦のパイロット、ジラード・スプリガンが参戦する。キオは、ジラードが連邦とヴェイガン、両陣営の実情を知る人間だと知り、戦いを終わらせるための対話を試みる。しかし、ジラードは聞く耳を持たず、優れた操縦技術と異常なまでのＸラウンダー能力を駆使し、キオ達を追い詰めていくのだった。なぜジラードは連邦を裏切ったのか？その理由が明らかになる…。

月面上の戦いはさらに激しさを増す。連邦軍では強力な殺戮兵器であるプラズマダイバーミサイル発射の準備がなされていた。発射されれば、ルナベースは壊滅し、基地内にいる人間は誰も助からない。そこでセリックは、ルナベースのヴェイガンを降伏させるべく、基地内へ決死の突入を図るのであった。突入が決行される中、ジラード・スプリガンは、ガンダム３機を相手に、強力なＸラウンダー能力を発揮する…。

イゼルカントは、ゼハートにプロジェクト・エデンの真の目的を告げ、自らの代わりにヴェイガンを率いるよう命じる。ゼハートは全てを理解した上で、イゼルカントの言葉に従うことを決意する。一方、連邦側では、フリット、アセム、キオ、それぞれの戦争に対する考え方の違いから三人による口論が繰り広げられていた。フリットのヴェイガン殲滅という強い意志に、キオは、ヴェイガンの全てが悪いわけじゃないと立ち向かう。何のために戦うのか、そして、その終わりはどこにあるのか。アスノ家３代の親子は、それぞれの歩む道を見出し、進んでいく。

人類の過去の戦いにおけるテクノロジーが封じられた悪魔の秘宝『ＥＸＡ－ＤＢ』。それを守護していたのは、巨大な怪物モビルスーツだった。ヴェイガンの最高司令官となったゼハートは、自らにその資格があるかを問うため、イゼルカントに託されたガンダムレギルス一機でシドとの戦闘に挑む。だが、シドはレギルスの攻撃を次々とはねつけてしまう。追い詰められるゼハート。絶体絶命と思われたその時、レギルスの前に、黒いＭＳが現れる。

ヴェイガンは、セカンドムーンとラ・グラミスの連携による、大規模な侵攻作戦を実行しようとしていた。連邦もまた、それを迎え討つべく、宇宙要塞ラ・グラミス攻略作戦を発令する。両軍では最終決戦に向かう戦士たちが、それぞれ思いを巡らせる。果たして、この戦いの先にはどのような結末が待っているのか。地球の命運をかけた、両軍の激突は目前であった。

宇宙要塞ラ・グラミスで激しい戦闘が続く中、キオが戦場で出会ったのは、ヴェイガンでありながら、かつて心を通じ合わせたディーンだった。殺さない戦いを続けるキオにとって、Ｘラウンダーの力を使い襲ってくるディーンは、誰よりも手強い相手となる。そして、戦況が緊迫する中、セリックの危機に、艦長ナトーラは決断を迫られる。

ゼハートは、イゼルカントに託された大いなる計画、プロジェクト・エデンを達成するため、仲間の犠牲を覚悟の上で、ディグマゼノン砲を再発射する。その一撃によって、多くの命が失われ、ディーヴァも撃沈される。しかし、フリット達はその攻撃を予測し、ディーヴァクルーとガンダムを脱出させることに成功する。攻撃の失敗によって追い込まれていくゼハート。そのときアセムは…。

宇宙要塞ラ・グラミスでの戦いは最終局面となる。連邦とヴェイガンは、共に大きな被害を受けるものの退かず、戦況はさらに激しさを増していく。イゼルカントのＤＮＡを受け継ぐ、謎のパイロット『ゼラ』。恐るべき機動力を持つ怪物モビルスーツ『シド』の登場。長い戦いの果てに、フリット、アセム、キオ、そして、イゼルカントは、どのような結末を迎えるのか？