東博士が開発したアンドロイドが自我に目覚め、ブライキング・ボスと名乗り人類に反旗を翻した。ロボットの大軍隊"アンドロ軍団"の猛攻に、苦境に立たされる人類。博士の息子・鉄也は肉体を捨て、強力なパワーを持つ"新造人間"へと生まれ変わる。キャシャーンと名を変えた彼は、ロボット犬のフレンダーと共にアンドロ軍団に戦いを挑む。

自分たちの脅威になる東博士と、妻のみどりを誘拐したアンドロ軍団。両親をさらわれたキャシャーンは後を追おうとするが、避難途中の夫婦がロボットに襲われている場面に遭遇し、彼らを助け空港へと送ることになる。避難民を乗せ、無事に発進する旅客機。だが飛行機の行く手に、再びアンドロ軍団が現れた。

キャシャーンは幼馴染の少女、上月ルナと再会。ルナはキャシャーンのことを鉄也であると確信するが、自分がすでに人間ではないと知られたくなかい彼は、それを強く否定する。ルナの父、上月博士の研究所へと向かうキャシャーン。そこではロボットを一瞬のうちに消滅させることのできる、ＭＦ銃が完成間近であった｡

キャシャーンにMF銃を渡すため、完成を急ぐ上月博士｡だが、ＭＦ銃を破壊しようとするアンドロ軍団に総攻撃を受け、博士は殺害されＭＦ銃は奪われてしまう。悲しみにくれるルナは、形見ともいえるＭＦ銃を取り戻そうとするが､逆に捕われの身となってしまった。

アンドロ軍団が送り込んだロボットネズミのために街は破壊され、人々は工場に連行され強制労働につかされていた。画家志望の青年ロゲロは、街を支配したロボットたちを憎み、同じ気持ちを抱く者同士で攻撃隊を組織する。だが、そんな彼の行動をあざ笑うかのように、アンドロ軍団の支配はますます強くなっていく

ゲータ博士の発明した強化エネルギー"アンドロミン"を使って軍団の強化をはかるブライキング・ボス。それを知ったスワニーは、キャシャーンに知らせようとするが、彼女の行動を不審に思った諜報ロボットによって､その秘密を知られてしまう｡

キャシャーンとルナがたどり着いた村では、かつて村を守った英雄キケロを称える祭が開かれようとしていた｡村にあるキケロの像は、ダイヤモンドの原石で作られている｡それを知ったブライキング・ボスは、ダイヤモンドを爪に仕込んだ新型ロボットを量産するためにこの像を狙う。

フレンダーより強い猛獣ロボット"ワルガーダー"を作るため、ブライキング・ボスは羽賀根博士と、その娘の洋子を誘拐する。彼の発明したマーケン鉄をワルガーダーに使おうというのだ。一方、洋子はブライキング・ボスからルナのＭＦ銃を奪ってこいと命令される。

音楽の都といわれたクイーン市にも伸びるアンドロ軍団の魔手。キャシャーンたちはそこで盲目の少女モレーナと、彼女の兄マリーノに出会う。安全な場所へ逃げろというキャシヤーンの言葉に、モレーナは愛するこの街にいたいという。その頃、街の野外音楽堂に各地から人々が集まりつつあった。

国防室の燃料補給源であるアラサーケ国のＤ油田地帯。アンドロ軍団の次の目標はこの世界有数の油田であった。だが、その周囲にある砂漠に特殊な磁気嵐が吹き荒れ、石油墓地のコンピューターが狂ってしまうが、ブライキング・ボスはあくまで油田攻略をあきらめようとしない｡

サイレントグリーン市の国立美術館を襲ったアンドロ軍団は、そこで若き彫刻家とキャシャーンを捕える。バラシンが持ち帰った彫像の首を見たブライキング・ボスは、ある計画を思いつく。自分の巨像を作らせ、そこに東博士に制作させた人間の頭脳を自由に操るブレインコントロール装置を取り付けようというのだ。

地下秘密ロボットエ場を建設するための場所を発見したブライキング・ボスは、さっそく東博士を送り込んで強力なロボットを作らせようと企む。だが、そこへ行くには科学が進歩し、警備も厳重なアイッツ国を通過しなければならない。ブライキング・ボスは力でアイッツ国を押し切ろうとする。

人間そっくりに作られたアンドロイド五号は、キャシャーンを油断させて捕えることに成功する。だが、本来ロボットは人間に奉仕するものと考えている彼は、アンドロ軍団と戦うキャシヤーンの勇気によって目覚め、軍団を裏切り彼を助け出す。機械の体に人間の心を持つ者同士として、いつしかふたりの間に友情が生まれる。

アンドロ軍団の侵攻から街の平和を守るため、ハテナイ市の市長は無抵抗服従政策をかかげた。キャシャーンは抗議するが市長は聞き入れず、ブライキング・ボスは市長の政策を知って市民を奴隷のように扱う。そんな生活に堪えかねた人々は怒りを市長にぶつけるが、市長はそれでもなお自分の信念を曲げようとはしなかった。

メキシカ市を要塞とすべく狙うブライキング・ボスは、その障害となりそうな火薬研究家のダイナードを葬り去る。しかし、彼が研究していた強力火薬ＴＮＢは、ついに見つからなかった。一方、メキシカ市にやってきたキャシャーンは、ダイナードの飼っていた小犬グッピーを拾う。だが、主人と母犬を殺したロボットを憎むグッピーは、キャシャーンとフレンダーになつこうとしなかった｡

四方を鋭い岩山に囲まれた自然の要寒、ボルドー王国。ブライキング・ボスはここを自分たちの要寒とすべく攻撃を加えるが、その険しい自然とボルドー決死隊の活動によって一向に戦果が上がらなかった。そこでブライキング・ボスは、スワニーを普通の白鳥に見えるように改造し、決死隊の情報を探らせることにする。

工業都市コンビナー市を手中にすれば、ロボットの生産力は一挙に５倍となる。ブライキング・ボスは、スパイロボット００Ａ号を派遣し、市の大工場内にある機械に、人間の命令に服従しなくなる特殊な電子頭脳を取り付けさせることにする。だが００Ａ号はキャシャーンに追われて磁気研究室に入り込み、大量の磁気を浴びて記憶を失ってしまう。

バルチア国のウエーブ市は、国防軍の武器生産を一手に引き受けている重工都市である。ここを叩こうと画策するブライキング・ボスは、ロボット軍団をウエーブ市に送り込む。最初の犠牲となったのは街で興行中のサーカスであった。だが市民は、そのことでサーカスがアンドロ軍団を先導したのではないかと疑う。

若き指導者ルイ大統領の指揮するセントラル国は、アンドロ軍団に対して必死の防戦を挑んでいた。業を煮やしたブライキング・ボスは、ピエロボットを送り込み、セントラル国に重大な被害を与える。これによってルイは、降伏するかあくまでも戦い続けるかの苦しい選択を迫られることになる。

エネルギー源を豊富に持つユデン共和国を攻略する拠点として、タピト市を攻撃するアンドロ軍団。抵抗するタピト市民に、ブライキング・ボスはロボット１体が破壊されるたびに市民３人の命を貰うと脅迫する。街の指導者バンテス将軍は、市民の命を守るため、ロボットを破壊したのはキャシャーンだと言う。

負傷した牧師と、彼を介抱するために同伴したルナの乗った飛行機がアンドロ軍団によってハイジャックされた。機内にルナがいることを知り、乗客の命とキャシャーンとの交換を持ち掛けるアンドロ軍団。キャシャーンに救われたことも忘れ、自分たちの命が大事だと迫る乗客に愕然としながらも、ルナはついにキャシャーンの居場所を教えてしまう。

鉄不足に悩むアンドロ軍団は、壊れたロボットを溶かして再利用しようとする。それを恐れた一体のロボットがとある街に逃げ込んできた。最初は敵視されていた彼も、壊れた箇所を修理され、ロメオという名前をもらい、次第に街の生活にとけこみ始める。だが、アンドロ軍団がその街に膨大な鉄鋼脈が眠っていることを知って、攻撃を仕掛けてきた。

天使の住む街と言われたポポロ。アンドロ軍団によって破壊されたこの街で、キャシャーンはミレーヌという一人の少女と出会う。聞けば彼女の兄ビリーが、エンジニアスクールの仲間とともにアンドロ軍団に連れ去られたという。キャシャーンはそこで息を引き取った彼女のために、ビリーを助けだそうと決心する。

アンドロ軍団が新たに製作したバウンダーロボはゴムの体を持ち、それまでのロボットの弱点を克服した恐ろしい敵であった。ブライキング・ボスはバウンダーロボを大量生産するため、ゴムの宝庫ハズミンダ国を襲う。ハズミンダ国を救いゴム工場を奪還するために軍隊と食糧が送られるが、それを予想したブライキング・ボスによって飛行機や船が次々と撃沈される。

エネルギーを使い果たして倒れたキャシャーンを、医師のヤービィと恋人ローラが助けた。ヤービィは記憶を失っていたキャシャーンを記憶再現装置にかけ、彼がアンドロイドであることを知った。賞金欲しさにキャシャーンをアンドロ軍団に売り渡そうとするヤービィ。しかしローラはキャシャーンを助けようと決心し、彼を探しに来たルナに協力する。

アンドロ軍団は防衛軍艦隊の母港があるレズリー湾を襲撃するが、キャシャーンに撃退される。作戦は失敗したが、アンドロ軍団はある重要な秘密を手に入れた。逃げ帰ったロボットが映したフィルムは、キャシャーンが人間ではないことを物語っていたのである。ついにキャシャーンはその正体を知られてしまったのだ。

ルナが高熱を出して倒れ、キャシャーンはある家に彼女の介抱を頼む。そしてこれ以上危険な目に合わせるわけにはいかないと、彼女を置いて一人旅立つのだった。置いて行かれたこと知ったルナは悲しみに沈むが、その家の少女フローラとともに花を育てる日々を送るうち、その悲しみもいつしか消えていく。だが、そこへやって来たアンドロ軍団に、ルナは捕らえられてしまう。

Ｒ市に侵攻するアンドロ軍団を食い止めようと向かったキャシャーンは、カールマン一族という馬賊と出会った。彼らはかつて、死を恐れぬ戦いぶりで恐れられていたが、今は戦いを捨て平和に暮らしていた。キャシャーンは一族の若者カルルに村に招かれるが、族長のカベルは戦いに身を置くキャシャーンに早く出て行くようにと言う。

神話と伝説の国グリシア。ここには世界に名高い女性ロボット科学者メリナ博士がいた。彼女に強力なロボットを作らせようとするアンドロ軍団。そして完成したロボット"ネオタロス"は、ルナのＭＦ銃すら効かぬ恐怖のロボットだった。その体が発する高熱はキャシャーンを苦しめ、超破壊光線ですら倒すことが出来ない。

たったひとりでアンドロ軍団のロボットを３０体も倒した男レオーヌ。人々から英雄ともてはやされた彼は、次第に尊大な態度を取るようになった。だが、そんな人間をアンドロ軍団が見逃すはずもなく、彼を殺そうと攻めてくる。

アンドロ軍団の元で新造人間の研究にうちこむニセル博士。彼が自分の息子を実験で死なせた時、人々は非難を浴びせ世間から追われたのだ。キャシャーンはそんな博士に父の面影を感じ、博士もまたキャシャーンに息子の姿を見るのだった。

かつて東博士が贈ったロボットがあるという情報をつかみ、アンドロ軍団はそれを探しだそうとする。そのロボット"ポロ"は、その昔キャシャーンと兄弟のように仲良くしていたのだが、その後この街に寄贈されたのだ。遊園地でポロと再会したキャシャーンは、アンドロ軍団がポロを狙っていることを知る。

トレーヌ国は市民が一丸となってアンドロ軍団に対抗していた。そんなトレーヌ国に、大規模な攻撃が加えられるという情報を持ってキャシャーンのもとへ飛んだスワニーは、トレーヌ国の兵士に見つかって捕まってしまう。これを知ったブライキング・ボスは、攻撃中止と交換にスワニーを取り戻そうとするが、市民は聞き入れない。

ロボット島に捕われている東博士は、ついにアンドロ軍団を壊滅させる秘密兵器を考案した。だがその一方で、ブライキング・ボスの命令によってキャシャーンを倒すためのロボット"ロボットエース"を作らされていた。博士を救うため、キャシャーンは最強の敵ロボットエースと対決する。

キャシャーンによって救出された東博士は、アンドロ軍団を壊滅させる兵器をあと少しで完成させようとしていた。だが、東博士が最終兵器を作っていることを知り、総攻撃に出るブライキング・ボス。人類とアンドロ軍団、そしてキャシャーンとブライキング・ボスとの、世界の命運をかけた最後の戦いの火蓋が切られる。