太陽系の惑星直列によって地球各地で天変地異が起こっていた。故郷から船で脱出した剣だが、嵐によって遭難。海に放り出されたところを巨大な白鯨に助けられ、イースター島に連れて来られる。そこには同じ夢を持ってやってきた、譲、麗、信、学の姿もあった。

剣たちはマドーラに連れられ、聖者ラ･ムーと対面していた。そこでラ･ムーは、アトランティスが地球に眠るオリハルコンを手に入れ、大陸ごと地球に移住してくるつもりであることを告げる。

ラ･ムーと初対面し、地球をアトランティスの手から救えと告げられる5人だが、剣だけは反発。イースター島の海底神殿を飛び出し、両親の仲間のいる場所に戻ろうとした。だが、故郷は、アトランティス軍の地底探知機のせいで富士山が噴火、跡形もなく破壊されていた。

ムーの戦士として戦うことを決意した剣たちは、ミューに誘われ、白鯨の中に入った。ラ･ムーの導きによってそこで見たものは、3万年前の世界。そこで自分たちそっくりのムーの若者を見るとともに、マドーラがラ･ムーの娘だったことを知る。

アトランティス軍は白鯨が出現したことで、宿敵ラ･ムーの存在を確信する。一方、ラ･ムーは、剣たち5人に白鯨を操縦することを委ねる。そんな時、地球派遣軍副指令官プラトスは、アトランティス精鋭部隊を率い、白鯨を倒すべく来襲してくる。

月基地への先制攻撃を思いつく剣たちだが、白鯨は動かない。そんな時、麗とマドラーは、予知能力で剣が死んでしまうと予感する。そして白鯨の能力を分析したアトランティス軍は、巨大なコンドル要塞を出撃させた。アトランティス軍の来襲にムーバルで出撃する剣たちだったが・・・!?

海に沈んだ白鯨を必死に探す5人の戦士たち。白鯨が沈んだことで、アトランティス軍の本格的な地球進撃が開始された。プラトス率いる進攻軍はエジプトに進攻基地を設置、スフィンクスを蘇らせ国連軍を撃破する。それを察知した剣は単独でエジプトに赴く。

しばしの休息を楽しむムーの戦士たち。そんな中、剣は無神経に「マドーラが普通の女の子だったら、恥ずかしくて・・・」と言ってしまう。“普通の女の子”という言葉に動揺するマドーラ。一方、アトランティス軍は、ペルーにある巨大遺跡にオリハルコンを探しに来る。

オリハルコンある所、必ず文明が発達する・・・そこから古代遺跡にオリハルコンがあると考えた剣たちは、アトランティス軍より先に手に入れるため、洪水伝説を手掛かりにトルコへと向かう。

ワールド・サッカーが開催されることを聞き、サッカーの天才少年といわれた譲の血が騒ぎ始めた。そんな時、アンデス山脈、ナスカ遺跡へと向かった剣たち。そこは3万年前のアトランティスの地上基地だった。

アトランティスはオリハルコン・パワーの存在を、魔のバミューダ海域に求め、その危険な任務をプラトスに命じた。しかし、プラトスの身を案じたラ･メールは、代わりに出撃する。一方、危険を察知した白鯨も、ムーの戦士の出動を止めるが、剣は単独で出撃してしまう。

宇宙空間を漂っていたアトランティス大陸だが、軌道がずれ始め、木星に激突する運命にあった。焦る女帝コンドラ。オリハルコンの捜索は急務となっていた。一方、剣たちはオリハルコンの手掛かりを求めチベット・ヒマラヤに向かう。

剣たち5人のムーの戦士たちは、オリハルコンの存在を南極に求めた。一方、アトランティス軍も、一縷の望みをかけて、捜索の手を伸ばしていなかった南極へ捜索に向かう。そして戦闘の最中、オリハルコンを発見する。

オリハルコンが発見され、ムーの戦士とアトランティス軍との間で争奪戦が始まろうとしていた。しかし、白鯨はオリハルコンのパワーに怯え、海中に潜ってしまう。剣たちはムーバルでコンドル要塞に突入するが、敵の必死の防御に撤退。そこで最後の頼みの綱、白鯨を動かそうと試みる。

オリハルコンを手に入れたアトランティス。帝王ザルゴンの復活が着々と近づき、誰もが喜びに酔いしれていた。しかし、プラトスだけはゴルゴスの仇を撃つために地球に出撃する。一方南極での戦いで海に沈んだ白鯨。マドーラの呼びかけに、ラ･ムーは戦士の解散を命じる。

アトランティス大陸が刻一刻と地球に迫ってくる中で、敵は地球に白鯨の引き渡しを迫る。返答をためらう国連。その頃、プラトスも剣たちに降伏するよう説得していた。そしてゴンドラは脅迫のため、オリハルコン･パワーを使用。ついに国連は無条件降伏をした。

戦争終結のため、ラ・ムーと話し合うべく、プラトスとラ･メールはイースター島に降り立った。そこで出会ったラ･ムーとラ･メール。そこには3万年前にザルゴンがめぐらした策略があった。実はラ・メールはラ・ムーの娘だったのだ。

アトランティスがオリハルコンの力を使い、地球を攻撃し始めた。地球のいたる所に隕石の雨が降る。その脅威はイースター島の地下神殿にも及んだ。そして白鯨健在を知ったゴンドラは、ラ･メールを囮にして白鯨を倒すように命令を出す。

アトランティスは帝王ザルゴンの復活によって士気が高まっていた。地球への移住大改造計画が進められる中、ラ･メールは投獄される。また、プラトスは戦いに疑問を感じ悩んでいた。一方、白鯨は長く苦しい戦いの末に力尽き、鯨の墓場へとその姿を消した。

すでに地球は赤く涸れかけていた。決意も新たにアトランティスを目指すムーの戦士たち。だが、初めての宇宙空間での戦いに苦戦を強いられることに。アトランティスの科学者ハイドが考案したラウンド・クロス包囲網によって、白鯨は隕石に取り囲まれてしまう。

ついにラ・ムーの戦士たちの前にアトランティス大陸が姿を現した。大陸が地球に到達する時間はあと約40日。白鯨は大陸の中央まで突き進むが、なぜか敵は攻撃して来ない。だが、それはアトランティス軍の罠だった。

アトランティスがついに地球の成層圏に入った。その余波を受けて、地球上に大被害が広がる。ムーの戦士たちと白鯨は、大陸の逆噴射装置に必死の攻撃を加え、ついに大陸はバランスを崩した。そんな中、コンドラの秘密が明らかに・・・。

アトランティスによって地球は壊滅状態に追い込まれていた。勝利に酔うザルゴンは、息子プラトスにラ･メールの処刑を命じる。だがプラトスは、おのれの非を認め、父ザルゴンの悪逆非道なやり方に不満を抱いていた。

なんとかプラトスの処刑に間に合ったラ・メールは、プラトスを慕う仲間たちの手を借りプラトスを救出した。その頃、白鯨もアトランティスに向かっていた。だが、その前に立ちはだかるザルゴン。ついにプラトスは実の父親ザルゴンに対決を挑む!!

ラ･メールとプラトスの冥福を祈る剣たちの前に、アトランティス軍が奇襲をかける。そして、その攻撃で譲が負傷。海底神殿までも魚雷攻撃により崩壊してしまう。戻る場所のなくなったムーの戦士たちは白鯨で浮上、アトランティス軍を全滅させる。

ついに白鯨とザルゴン要塞の戦いが開始された。3万年の時を超えたラ･ムーとザルゴンの因縁の戦いだ。ザルゴンは力のみを信じ、ラ･ムーは愛のために戦う。しかし、白鯨はオリハルコン・パワー波に包まれ崩壊寸前に・・・！