慶応元年 六月。西本願寺に居を移し、京都の巡察を続ける新選組に、「新選組を騙る賊」が頻繁に 現れているとの報告がもたらされる。時を同じくして将軍家茂の上洛と警護の任が新選組に下り、 土方達は事件の解決を急いでいた。 そんな中で「千鶴に似た人影」の手引きにより新選組屯所から羅刹数名が脱走。 さらに会計方の酒井とともに市中へ出向いていた千鶴が騒動に巻き込まれ、行方不明となってしまう。 新選組を取り巻く様々な事件は偶然か、それとも…

依然として行方不明の千鶴と酒井。千鶴を守れなかった自責の念から必死に捜索を続ける沖田だったが、 土佐藩の関わりも疑われる中で新選組としては身動きの取れない状況だった。 苦悩する土方に伊東はある提案を持ちかける。 同じ頃、千鶴と共に囚われている酒井は自らの体の異変に恐怖を感じていた。 新選組を罠にかけようと目論む南雲薫。薩摩藩の命を受け京の都に現れた風間。そして進行する将軍暗殺計画。 混沌とした事態に直面した新選組は、それぞれの決意を胸に行動を開始する。

救出され新選組の元へと戻ってきた千鶴。しかし羅刹隊士の逃走や将軍暗殺計画が新選組を狙った大きな謀であった事を知った新選組は、安堵する間もなく、洛中の捜索を続ける。 将軍上洛の迫る中、焦る土方たち。そんな時に千鶴は捕らえられた浪士の口から羅刹らの潜伏場所を耳にする。 酒井の身を案じ、新選組同士が切り合う事を憂う千鶴であったが、すべてに決着をつけるべく土方は強い決意を胸に討ち入りに向かう。しかしそこでは謀を糸引く南雲薫が最後の仕掛けを用意していた。