文久３（1863）年、京都――。お人好しの父・七也が営む小さな茶屋で働く深草丘十郎（奥智哉）は慎ましくも誠実に日々を生きていた。ところがある夜、その穏やかな日常が一変。店に逃げ込んできた佐幕派藩士をかくまった七也が、長州藩士の庄内玄悟（上野凱）に斬り殺されてしまったのだ。怒りに震える丘十郎は庄内ら一味を追うべく店を飛び出すが、そこに現れたひとりの男が丘十郎の思いを引き取るかのごとく藩士のひとりを鮮やかに斬り捨てた。彼は壬生浪士組局長・近藤勇（高野洸）と名乗り、丘十郎に「お父上の勇気に感謝する」と弔いの言葉をかけて去って行った。 逃げた庄内への復讐を誓う丘十郎は、壬生浪士組への入隊を決意。隊士募集の張り紙を頼りに入隊試験の会場に乗り込むが、集まったのは渋皮喜平（簡秀吉）をはじめ、いずれも腕に覚えのある実力者ばかりで、刀を持つことすらおぼつかない丘十郎は試合に臨んでもまったく歯が立たない。それでも入隊をあきらめきれない丘十郎は、沖田総司（藤岡真威人）の指示により、応募者の中でも群を抜く剣の達人・鎌切大作（前田拳太郎）と対戦することとなるが…!?

試験の末、壬生浪士組への入隊を許可された鎌切大作（前田拳太郎）と深草丘十郎（奥智哉）――。翌朝、局長・近藤勇（高野洸）、副長・土方歳三（阪本奨悟）、沖田総司（藤岡真威人）、原田左之助（柊太朗）、斎藤一（庄司浩平）ら主要メンバーに加え、めったに姿を見せない頭取・芹沢鴨（三浦涼介）までもがズラリ揃う中、新人隊士たちの組分けが発表となった。 ２人が振り分けられたのは、山南敬助（永田崇人）が隊長を務める、問題児ばかりを集めた“山南隊”で、２人よりもひと足早く壬生浪士組に加わっていた新人隊士・南無之介（羽谷勝太）も一緒だった。 ところが入隊以来、やることといえば走り込みなどの基礎訓練のほか、夕飯準備や町の見回り、ゴミ拾いといった雑用ばかり。壬生浪士組で剣の腕を磨いて一刻も早く父・七也（戸次重幸）の仇を討ちたいと考えていた丘十郎は、焦りを覚える。 そんなある日、丘十郎は父を斬り殺した長州藩士・庄内玄悟（上野凱）の姿を町で見かけて…!?

町でならず者たちに囲まれていた若者を助けた、鎌切大作（前田拳太郎）、深草丘十郎（奥智哉）、南無之介（羽谷勝太）。その若者こそ、南無之介がかつて仕えていた武家の次男・松永新之丞（杢代和人）だった。新之丞の実家は安政の大獄の余波でお取り潰しの憂き目にあい、新之丞はやむなく懇意の家に養子に出たものの、厄介払いされ奉公先を探して転々としていたという。最後に行きついたのが会津藩御用達の豪商・鵺野義正（渡辺いっけい）の屋敷だったが、新之丞を邪な目で見る鵺野のもとから逃げ出し、手下たちに追われていたようだ。 山南敬助（永田崇人）の温情により、新之丞は壬生浪士組の屯所でしばらく養生することが認められる。再会を喜ぶ南無之介は嬉々として新之丞に尽くすが、新之丞は誰にも言えない葛藤を胸に秘めていた…。

壬生浪士組の入隊試験を前に、屯所から姿を消した松永新之丞（杢代和人）。行くあてもなくさまよっていたところを、かねてから新之丞を狙っていた会津藩御用達の豪商・鵺野義正（渡辺いっけい）の手下に見つかってしまう。 それを知った南無之介（羽谷勝太）は、いてもたってもいられず新之丞のもとへ。助太刀を決意した深草丘十郎（奥智哉）も急いで追いかけるが、鎌切大作（前田拳太郎）だけは同行を拒否して…。 一方、新人隊士たちの窮地を聞いた近藤勇（高野洸）、土方歳三（阪本奨悟）、沖田総司（藤岡真威人）ら幹部も救出に向かおうとする。だが、鵺野に会津藩への仲介を依頼していた頭取・芹沢鴨（三浦涼介）から、動くなと阻止されてしまう…。 やむなく丘十郎と南無之介はたった２人で大勢のならず者が待ち受ける鵺野の屋敷に乗り込むが、はたして新之丞を助けることができるのか!?

壬生浪士組の念願だった、会津藩への謁見が決定。頭取・芹沢鴨（三浦涼介）の発案により、鎌切大作（前田拳太郎）、深草丘十郎（奥智哉）、松永新之丞（杢代和人）、南無之介（羽谷勝太）ら隊士たちは謁見の際、会津藩主の前で“剣舞”を披露することになった。一同は芹沢の指揮のもと稽古に励むが、丘十郎は思うように動けず失敗ばかりで、自分ひとりが足を引っ張っていると感じる。 「どうすればお前のようにできるのか」――。まっすぐな瞳で教えを乞う丘十郎に、大作はふざけた言葉しか返さず…!?

会津藩謁見の場で鎌切大作（前田拳太郎）と組んで披露する剣舞の技が思うように決まらず、苦悩する深草丘十郎（奥智哉）。沖田総司（藤岡真威人）に指南を受けて練習するも、沖田のいう“自然体”の境地には到達できそうにない。 そんな中、頭取・芹沢鴨（三浦涼介）が発した思いがけないひと言をきっかけに、丘十郎はその境地にたどり着くヒントを得る。胸によみがえってきたのは、大作と出会った日のことで…!? その頃、壬生浪士組が会津藩に謁見するという情報を得た庄内玄悟（上野凱）ら長州藩士たちは、会津藩邸の襲撃計画を企てていた…。 そして――いよいよ謁見の日がやって来るが…!?

鎌切大作（前田拳太郎）、深草丘十郎（奥智哉）、松永新之丞（杢代和人）、南無之介（羽谷勝太）は、頭取・芹沢鴨（三浦涼介）に命じられ、遠出の任務に赴くことに。京の郊外にある、水戸藩別邸の修繕の手伝いに駆りだされたのだ。 長州藩をはじめとする討幕派の勢いが増し張り詰めた空気がみなぎる町中とは異なり、穏やかな田舎町で、つかの間の休息のような楽しい時間を過ごす４人。しかしその夜、丘十郎が目撃したのは、大作の“涙”だった…!? そしてその頃、芹沢の侍らしからぬ姑息な戦略に、土方歳三（阪本奨悟）は反発を強めていた…。

京の街中で、長州藩士・庄内玄悟（上野凱）が会津藩の役人に斬りかかる事件が起きた。駆けつけた原田左之助（柊太朗）や斎藤一（庄司浩平）らが阻止するも、会津藩主・松平容保（味方良介）は自分たちの動きが討幕派に把握されていることを疑い、壬生浪士組の中に情報を流している間者がいるのではないかと怪しむ。 容保の疑いを晴らすためにも、隊士たちにはしばらくの間、“許可なき外出は禁止”という命令が下り、鎌切大作（前田拳太郎）や深草丘十郎（奥智哉）らは決められた見回り以外は屯所にこもって剣の稽古に励むことに…。 そんな中、丘十郎は頭取・芹沢鴨（三浦涼介）から豪商・鵺野義正の屋敷に手紙を届けるよう頼まれ、ひとり街へ。その際、裏道を急ぐ壬生浪士組のある男の姿を見かけ、不審に思うが…!?　その矢先、丘十郎に絶体絶命の危機が襲いかかる…！

恋した遊女とひそかに会っていたところを抑えられ、長州との間者ではないかと疑われた渋皮喜平（簡秀吉）はその夜以来、隊士たちの前から姿を消した――。 深草丘十郎（奥智哉）は先輩隊士から「渋皮は実家に帰された」と聞かされるが、彼が粛清されたことを察した鎌切大作（前田拳太郎）は罪悪感に苛まれ、吐き気が止まらずにいた…。渋皮の一件は隊士たちの胸に少なからぬざわめきをもたらし、大作も丘十郎も“何が正しいのか”、そして“自分たちはどう進むべきなのか”迷いはじめる…。 その頃、幹部はさらにザワついていた。かねてから狼藉を繰り返し、最近では尊王攘夷派との宴会に明け暮れる芹沢鴨（三浦涼介）が会津藩主・松平容保（味方良介）との謁見に姿を見せず、容保公からの信頼が揺らぎはじめていたのだ。見かねた近藤勇（高野洸）は謁見に参加してほしいと頼むが、芹沢は何を思ったか、自分と土方歳三（阪本奨悟）のどちらかを選べ、と近藤に告げて…!?　名指しされた土方はその頃、ある決意を固めていたが…!? そしてついに、芹沢失脚の瞬間が訪れる――！

頭取・芹沢鴨（三浦涼介）を粛清した壬生浪士組は局長・近藤勇（高野洸）、副長・土方歳三（阪本奨悟）が束ねることとなり、同時に会津藩主・松平容保（味方良介）から“新選組”という新たな隊名を拝命する。 しかし、芹沢の最期に大きなショックを受けた深草丘十郎（奥智哉）は、剣を握ると手が震えて力が入らなくなってしまう。“自然体”の境地を意識すればするほど、亡き父・七也（戸次重幸）が死の間際、自分を止めるべく言い遺した、「丘十郎…そちらに行ってはいけない…」という言葉が頭によみがえるようになったのだ。苦悩する丘十郎を、鎌切大作（前田拳太郎）は複雑な思いで見つめて…。 そんな中、大作、丘十郎、松永新之丞（杢代和人）、南無之介（羽谷勝太）は、山南敬助（永田崇人）に連れられて寺子屋へ。山南の補佐として子どもたちの手習いの指導を手伝うが、無垢な子どもたちとのふれあいを通し、山南が４人に伝えたかったこととは…!? 一方、長州側は桂小五郎（荒牧慶彦）のもと、恐ろしい策謀をめぐらせていた。それはあの“歴史的事件”へとつながっていくことに――!?

鎌切大作（前田拳太郎）が新選組局長・近藤勇（高野洸）に渡した討幕派の密書には、祇園祭の賑わいに乗じ、京の市中に火を放ち、どさくさにまぎれて幕府転覆計画を遂行すること、そのための会合を旅館の“池田屋”で開くことが記されていた。近藤は「このままだと大勢の人が死にます」と震えながら訴える大作を信じる決断を下し、隊士たちは慌ただしく出陣準備を進める。 出撃前、「死ぬなよ」と語りかける深草丘十郎（奥智哉）に、大作は――!? そして夜、池田屋に乗り込んだ近藤隊。潜んでいた討幕派志士たちを発見し、激闘がはじまる。しかしその最中、沖田総司（藤岡真威人）は胸に異変を覚え…!?　そして丘十郎は混乱の中、父の仇である長州藩士・庄内玄悟（上野凱）の姿を見かけて…!?

“池田屋事件”の夜、鎌切大作（前田拳太郎）を守るため、父の仇・庄内玄悟（上野凱）を斬った深草丘十郎（奥智哉）。初めて人間を斬った感触がまとわりつき、屯所に戻っても手の震えが止まらずにいた。ついに“仇同士”になってしまった２人は、後戻りのできない壮絶な運命にもがき苦しむことに…。 討幕派の計略を未然に防いだ功績により、新選組は会津藩主・松平容保（味方良介）から報奨金を賜ることとなった。しかし、その一方で容保は、現在の新選組は世間から見れば単なる“人斬り集団”にすぎないと指摘。上を目指すならば新選組に足らない要素を取り入れるべきと局長・近藤勇（高野洸）に言い渡す。新選組が取りこむべき“変化”とは、いったい…!? そんな中、丘十郎は庄内が死に際につぶやいた「裏切者」という言葉を思い出す。そしてその頃、大作の身に危険が迫っていた…!?

局長・近藤勇（高野洸）が呼び寄せた伊東甲子太郎（駒木根葵汰）とその弟・鈴木三樹三郎（松本仁）が、新選組に加入した。甲子太郎は水戸で学問を修め、交渉術にも長けていることから“参謀”として招へいしたのだが、近藤から一切相談のなかった副長・土方歳三（阪本奨悟）は猛反発。兄弟を信用することができず、２人をひそかに探るよう、斎藤一（庄司浩平）に命じる。 そんな中、深草丘十郎（奥智哉）が隊士としての使命に目覚めたことに責任を感じていた鎌切大作（前田拳太郎）は、甲子太郎に頼まれた買い物のついでに“あるもの”を買い、丘十郎に贈ろうとするが、拒否されてしまう。 その矢先、隊士たちは甲子太郎の発案で一斉に試験を受けさせられることに。甲子太郎は結果によって組の割り振りを再編するというが…。

伊東甲子太郎（駒木根葵汰）、鈴木三樹三郎（松本仁）兄弟に逆らった鎌切大作（前田拳太郎）が、深草丘十郎（奥智哉）ら落ちこぼれたちが集う組に戻って来た。人を斬る前の本来の丘十郎に戻ってほしいと願う大作は何かと丘十郎を話しかけるが、自分は隊士として“正しい道”を歩んでいると信じる丘十郎は拒絶。２人はすれ違ったままだった。 そんな中、甲子太郎たちが京都の郊外に暮らす水戸学の師のもとまで挨拶に赴くことに。２人は同行者として、大作、丘十郎のほか、松永新之丞（杢代和人）、南無之介（羽谷勝太）、原田左之助（柊太朗）、斎藤一（庄司浩平）、山南敬助（永田崇人）を指名する。副長・土方歳三（阪本奨悟）は、新選組と水戸藩を近づけるつもりなのかと疑い、甲子太郎の動きを警戒する。 そして出立当日――。山南は「やることがある」といって同行を辞退。実は、山南は新選組の中に“秘密”を隠している者がいると感づいていて…。

新選組局長・近藤勇（高野洸）が不在の折――山南敬助（永田崇人）が、副長・土方歳三（阪本奨悟）につかみかかる事件が起きた。山南は沖田総司（藤岡真威人）が肺を病んでいることに気づき、今すぐ休ませるべきと進言したのだが、組織の体面を重んじる土方の口から出たのはあまりに非情な決断だったのだ…。沖田を弟のようにかわいがってきた山南には、それを許すことができず…!? 山南は即、謹慎させられるが、鎌切大作（前田拳太郎）や深草丘十郎（奥智哉）らはいつも穏やかな山南の暴挙に驚きを隠せない…。 伊東甲子太郎（駒木根葵汰）、鈴木三樹三郎（松本仁）兄弟のとりなしもあって山南の謹慎はすぐにとけるも、その後、隊士たちを衝撃と悲しみで包む、さらなる大事件が起きることに――!?

山南敬助（永田崇人）の謀反と切腹は、新選組隊士たちにかつてないほど大きな衝撃と悲しみをもたらした。山南が命をかけて遺した言葉に揺れながらも隊士として生きようとあがく深草丘十郎（奥智哉）は涙をこらえ、鎌切大作（前田拳太郎）は感情を抱え込んで苦しむ彼を案じていた。一方、ショックを受けた松永新之丞（杢代和人）は熱を出して寝込み、南無之介（羽谷勝太）は自身も傷つきながら懸命に看病する。山南を追い込んだ副長・土方歳三（阪本奨悟）も、山南が欠けた穴を埋めようと必死にもがく。 山南が散り際に身をもって伝えた“刀を向け合い、殺し合う愚かさ、虚しさ”に気づき、混乱した丘十郎はひとりある場所へ向かうが…!?　そして、大作は丘十郎を守るため、深い闇へと堕ちていくことに…!?

新選組を辞めると言いだした松永新之丞（杢代和人）に、鎌切大作（前田拳太郎）と深草丘十郎（奥智哉）は驚きを隠せない。 新選組には“脱走、脱退は見つけ次第、連れ戻し切腹”という掟があり、それゆえ山南敬助（永田崇人）も切腹に至ったのだ。しかし、新之丞は山南の最期の教えがあったからこそ、斬りあう虚しさに気づきながら見て見ぬふりをしてきた自分の気持ちを確認できたと告白。もう自分に嘘はつけないと打ち明ける。 そんな新之丞の決意を聞いた南無之介（羽谷勝太）は自分もついていくと申し出るが、新之丞は、南無之介は連れていかずひとりで行くと拒絶して…。

新選組屯所を飛び出したきり、なかなか帰ってこない南無之介（羽谷勝太）…。鎌切大作（前田拳太郎）、深草丘十郎（奥智哉）、松永新之丞（杢代和人）らが案じていると、豪商・鵺野の手下の残党たちから、「南無之介は預かった」という脅迫状が届く。 大作は長州側の罠ではないかと怪しむものの、とにかく南無之介を救出しなければと焦る３人は、先輩隊士の原田左之助（柊太朗）、斎藤一（庄司浩平）の助けを得て、敵が待ち受ける廃屋に乗り込む。やがて、南無之介を守るため、新之丞がついに刀を抜く瞬間が…!? ところが、その最中、伊東甲子太郎（駒木根葵汰）の身にも危険が迫っていた――!?

慶應２年１月――鎌切大作（前田拳太郎）は深草丘十郎（奥智哉）を守るため、夜な夜なひそかに長州藩士を斬り続けていた。 その頃、新選組幹部たちはいつになったら第二次長州征伐に出動できるのか気をもんでいた。新選組は長州征伐に向けての会合に加わらせてもらえず、詳細な情報が入って来ないままだったが、どうやら幕府は薩摩藩から出兵の返事を引き延ばされているようだった。 これほどまでに武勲を立てても新選組はなぜ政治から外されるのか…!?　伊東甲子太郎（駒木根葵汰）は、新選組内部に長州側の間者がまぎれこんでいるという疑いが払しょくできていないからではないかと指摘する。 そんな中、丘十郎は坂本龍馬（佐藤流司）の家を訪ねる。しかし、その行動が疑惑を招き、最悪の展開に…!?　そして…龍馬の仲立ちで、ついに時代が動いてーー！

深草丘十郎（奥智哉）と歩む道を模索し、桂小五郎（荒牧慶彦）を斬るつもりでいた鎌切大作（前田拳太郎）。しかしその直前、坂本龍馬（佐藤流司）と交流をもっていた丘十郎が間者疑惑をかけられてしまう。 ところが、伊東甲子太郎（駒木根葵汰）によって、大作こそが真の裏切り者であることが幹部たちに暴露され…。疑惑が晴れた丘十郎は、土方歳三（阪本奨悟）から真実を告げられがく然！　そして裏切り者を斬れと命じられるが…!? 「出会ったときから敵同士」だった大作と丘十郎が、ついに“運命の決闘”！　２人の愛憎が行きつく先は…!?