ウータンから、X（スラー）が最凶死刑囚たちを脱獄させ、新たな殺し屋殺しを遂行していると聞いた坂本たち。死刑囚との直接対決に備え、まずは敵の情報収集へと乗り出した。一方、ORDERにも、死刑囚たち全員の抹殺命令が下っており、主力メンバーが任務へと動き出していた。そんな中、競うように殺し屋殺しを行う死刑囚たちの魔の手は、買い出し中のシンとルーにも迫っていた！

死刑囚ソウに襲撃された、シンとルー。タフでストレートなソウの攻撃に苦戦するシンたちだが、土壇場でシンのエスパーとしての能力が進化。人の思考に深く潜り、未来の動きが見えるようになる。倒れていたルーも、アルコールの匂いで覚醒して……。一方、ORDERの神々廻と大佛は、死刑囚の暗殺任務を遂行中。ゲン担ぎのカツ丼を食べ、神社でお参りをする大佛に、死刑囚ダンプが襲い掛かる!!

ソウとの戦いの中で、新たな能力に目覚めたシン。負荷がかかったボロボロの体を癒す為、ゴッドハンドの整体師・宮バァの治療を受けることに。一方、ORDERの大佛がダンプを葬り去り、残る死刑囚はあと２人。坂本商店で店番をする葵のもとに、死刑囚ミニマリストが迫る……！坂本に頼まれタワーの上から死刑囚を探していた平助も、死刑囚アパートを発見して……。

死刑囚たちとの死闘が各所で勃発！坂本商店を襲撃したミニマリストは、葵に変装したORDERの南雲に倒され、残る死刑囚はアパート１人。人と繋がりを持てず、殺しの中に繋がりを見出してきた過去を吐露するアパートに、坂本は真っ向から対立。痩せない体に戸惑いつつも、アパートとの一騎打ちに挑む!!そんな中、この騒動を裏で主導する✕（スラー）には、殺し屋界を揺るがす真の狙いがあった……！

死刑囚はORDERを引き付ける為の囮、✕（スラー）の真の目的は殺連を潰すことだと、アパートから聞いた坂本。早速殺連へと向かう坂本たちだが、殺連関東支部は既に、✕たちの襲撃が始まっていた。組織の一員・楽が、殺連の殺し屋たちを次々と襲う中、ORDERの亡霊・篁が現れて……。襲撃の最中、殺連に乗り込んだ坂本は、ずっと追っていた✕の正体に衝撃を受ける!!

✕（スラー）たちの襲撃によって、壊滅状態となった殺連関東支部。✕たちは、規格外な強さの篁を前に一時撤退するも、既に新たな計画に向けて動き出していた。一方、坂本はずっと追っていた✕の正体が、ＪＣＣ時代の同期・有月である事を知り、衝撃を受ける。更なる手がかりを求め、豹の助言でＪＣＣのデータバンクを探ることに。早速、坂本はＪＣＣの編入試験を受ける為、シンと共に飛行機へと乗り込んだ！

✕（スラー）の手がかりを求め、ＪＣＣのデータバンクを探ることにした坂本とシン。編入試験の為に乗り込んだ飛行機内で、早速一次試験がスタート！試験官たちが持つ刻印入りの銃弾を奪い合い、受験生たちが壮絶な死闘を繰り広げる中、坂本は銃の扱いに慣れていない気弱な少女・晶と出会う。一方、シンは潔癖な少年・真冬と対戦する中、突如、ORDER兼試験官の京が現れ、暴走に巻き込まれてしまう……！

ＪＣＣ編入試験中の坂本たち。一次試験では、機内でORDER兼試験官の映画監督・京が暴走し、飛行機を破壊。 空に放り出された坂本たちだが、急遽決まった二次試験も晶の活躍により無事突破。 新たに推薦組の加耳、虎丸、軟柔の３人が加わり、不穏な空気の中、三次試験が始まった。 坂本を神格化し、手作り人形を持ち歩くほど推している虎丸は、序盤から攻めの姿勢でシンたちと対立する！