ただの人間には興味ありません!「この中に宇宙人、未来人、超能力者がいたら、あたしのところに来なさい。以上!」入学早々、時を止めるような挨拶をした涼宮ハルヒ。そんなSF小説じゃあるまいし…と、誰でもそう思う…。しかしハルヒは心の底から真剣だった。それに気づいたキョンをとりまく日常は、もうすでに超常になっていた…。涼宮ハルヒが団長の学校未公式団体「SOS団」が繰り広げるSF風味の学園ストーリー。
第2期は、第1期の放送分に、新エピソード（原作第2巻『涼宮ハルヒの溜息』、第3巻『涼宮ハルヒの退屈』・第5巻『涼宮ハルヒの暴走』の一部エピソードを加えた全28話で構成。
◆涼宮ハルヒの憂鬱【第1巻・長編】
1話
2話
3話
4話
5話
6話
◆涼宮ハルヒの退屈
7話(第3巻「退屈」収録の短編)
◆笹の葉ラプソディ
8話(第3巻「退屈」収録の短編)
◆ミステリックサイン
9話(第3巻「退屈」収録の短編)
◆孤島症候群
10話(第3巻「退屈」収録の短編)
11話(第3巻「退屈」収録の短編)
◆エンドレスエイト【第5巻「暴走」収録の短編】
12話
13話
14話
15話
16話
17話
18話
19話
◆涼宮ハルヒの溜息【第2巻・長編】
20話
21話
22話
23話
24話
◆朝比奈ミクルの冒険 Episode00
25話(第6巻「動揺」収録の短編)
◆ライブアライブ
26話(第6巻「動揺」収録の短編)
◆射手座の日
27話(第5巻「暴走」収録の短編)
◆サムデイ イン ザ レイン
28話(原作者脚本のアニメオリジナル)
◇涼宮ハルヒの消失【第4巻・長編】(劇場作品)
