従姉妹の彩香の頼みで廃部寸前の第二新聞部に入部した赤松勇樹は、新企画「お悩み相談コーナー」を任されることに。理系代表・遠藤梨乃、文系代表・九条ふみ、体育会系代表・鈴木いくみの三人を回答者として迎え、ズバズバとお悩みにこたえていく…はずが、個性的すぎる三人の意見は一向にまとまらず、何をどう間違ったのか水風船で勝負をつけることに…。

占いの悪い結果に落ち込む相談者を励ますため占い師に扮したり、うまく謝罪したいとう相談者のために見本として反省文を推敲したり、ライバルに嫉妬する相談者に勇気を与えようと、第一新聞部を出し抜こうとしてみたり、逆に出し抜かれたりで、相談コーナーの面々は大忙し。そんな中、相談を通じて、梨乃の誕生日が近いということがわかって…。

三人の水着姿を見たいだろ？　という彩香のそそのかしに抗いきれず、夏休み合宿をもちかける勇樹だが、梨乃・ふみ・いくみに、それぞれ別の事情で断られてしまう。行けない理由があるなら、それを解決して行けるようにすればいいじゃない！という彩香の発案で、相談を通じて、それぞれの問題をクリアにしていくことに。しかし、第一新聞部が相談コーナーのパクリを始めたり、さらなる問題発生で…。

ついに合宿！みんなで伊豆の格安ペンションへ。遊ぶ前にまずは相談への回答をこなすことが必須だと彩香に釘を刺されるも、待ちきれなくって、海へ向かってしまう勇樹たち。回答しながら浜辺でスイカ割りなどはじめてしまう。しかし、そこへ第一新聞部の浅野をはじめとするパクリ相談コーナー回答者たちが現れ、第一新聞部と第二新聞部、どちらが相談コーナーをやるのにふさわしいか、勝負をしようと持ちかけてくる…。

浅野から持ちかけられた一対一のお悩み相談バトル三本勝負。その模様は、リアルタイムでネット配信され、どちらの回答に説得力があるか、視聴者に決めてもらうというルール。しかも敗者には浅野の考えた変態的罰ゲームが科せられる。その上、対戦相手の第一新聞部は、毒舌担当の志乃以外は替え玉にすり替わっていた。いきなりの反則技（？）に面食らうも、受けて立つ第二新聞部。人生相談コーナーの存続をかけた戦いが今始まる！

突然、第二新聞部のお悩み相談ボックスが炎上！梨乃・いくみ・ふみの三人はそれぞれの得意分野を生かして放火犯を探すと息巻く。現場検証により、梨乃が『犯人は左利きの男性』と断定する一方、犬並みの嗅覚で真相を究明してやると張り切るいくみが見つけたのはなぜかアダルトなアイテム。ふみは、焦げ跡に残されたアルファベットから、謎の秘密組織「HHH団」が関連しているという結論に至ったのだが…。

秘密組織「HHH団」との戦いに備え、最も頼りになる（…といくみが思っている）ヒーロー・コガネンの協力を仰ぐべく、中央通り商店街へ向かったいくみたち。しかし、その流れでなぜか二代目コガネンを就任することになった勇樹は、いくみの激しいしごきに耐え、合格を勝ち取ったご褒美として、特別なマッサージを施してもらえることになった。「誰にも言わないって約束して」といういくみの言葉に淡い期待を抱いてしまう勇樹だったが…。

文化祭で最も注目を集めるような企画を立てろ！という彩香の指令により、勇樹は「リアル人生ボードゲーム」を文化祭企画として発案。しかし、肝心のデザイン力が壊滅的に無い梨乃たち。美術部をうまくおだてて協力してもらうため、お世辞の練習を重ねた三人は、美術部へ向かい、交渉開始！その一方で彩香は、学校を所有物と考えている生徒会長白河香織への怒りを燃やしていた…。

文化祭の手伝いをする交換条件として、相談に乗ってほしいと言う美術部の絵美。相談とは、隣のオカルト研究会の迷惑行為をやめさせることだった。梨乃はオカルト研究会の真理を非科学的だと否定するが、真理の催眠術にあっさりかかってしまう。心の一番純粋な部分までも引き出された梨乃は、甘えん坊モード炸裂になって勇樹に抱っこをせがんだりして…。

着々と準備を進めてきた第二新聞部の文化祭の出し物が、彩香と敵対する生徒会長・香織によって却下されてしまった。不本意ながらも彩香が土下座をし、勇樹たちも抗議したことよって香織が折れ、九文学園のネガティブ・スリーを立ち直らせることができれば許可を出すという約束をなんとか取り付ける。さっそくネガティブ・スリーの更生に取り掛かる勇樹たちだが…。

パジャマパーティーをすることになった梨乃たちは、お互いの秘密を暴露しあう。その最中、絵美が全裸になろうとして大騒ぎ。男の性(さが)で見ようとする勇樹を絶妙のタイミングで阻止する女子たち。思いがけずチームワークのよさが証明されたところへ、「九文学園美少女コンテスト」の話が持ち上がる。香織の不正の証拠を掴みたい彩香は、いくみをコンテスト参加者として送り込もうとするが…。

生徒会長・白河香織主催の美少女コンテストにいくみを候補者として送り込み不正を暴くという計画のもと、応募用のPV撮影を行う勇樹たち。芸術性を求めてヒートアップした絵美は、ぼろぼろの巫女服を着たいくみに、梨乃特製スライムを絡ませるというマニアックな映像を撮りはじめたりして大混乱。なんとか二次審査に通ったいくみは、不正の証拠を掴むため、ついに生徒会長執務室への潜入を行うことになったのだが…。

最終審査で不正を明らかにしようと目論んだ彩香だったが、香織にそれを逆手に取られ、第二新聞部は第一新聞部と合併されてしまう結果に。その上香織は完膚なきまで叩きのめすべく、失意の勇樹たちに新たなコンテストへの参加を迫ってきた。気乗りしない勇樹たちだったが、ふみの機転によってふたたび第二新聞部を独立させるチャンスを香織から引き出す。かくしておこめ券をめぐる仁義なき美少女コンテストが始まったのだが…。