「将」としての力を高めるため、修行の旅に出ていた宗朗。だが、旅から戻った彼が見たものは、道場の門に掲げられたメイド喫茶の文字と、メイド服に身を包む十兵衛たちであった。世界的な金融恐慌“礼萬ショック”の影響で幸村が運用していた資金が底をつき、生活するためにはお金を稼がないといけないというのだ。道場のメイド喫茶化に納得のいかない宗朗であったが、すでにメイド喫茶準備のために道場は借金の担保になっており、後戻りはできない状況となってしまっていた。しぶしぶながらもオープンするメイド喫茶“真陰（トゥルーシャドウ）”。オープンしたメイド喫茶に訪れた最初の客は、柳生道場を探す謎の4人組であった。彼女たちは自らを四剣鬼（ダークサムライ）と名乗るが…。

突如現れた“四剣鬼（ダークサムライ）”を名乗る4人組は何者なのか？　そして、十兵衛はなぜマスターサムライになれなくなったのか？　多くの謎が渦巻く中、またしても道場を揺るがす事件が発生する。それは幸村の下着だけが連続で盗まれるという怪事件であった…。宗朗が下着を盗んだのではないかと想像し、嬉しそうな、そして余裕な態度をみせる幸村。対して、それをあり得ないと断言する千姫。宗朗の無実を証明するべく千姫が宗朗の身辺調査を始めた矢先、またしても幸村の下着が盗まれてしまう。これ幸いと犬並みの嗅覚を持つ又兵衛が下着の匂いを辿っていくと…、そこには下着を握り締めた宗朗と猿（？）とおぼしき怪しい生物が…。

道場に新たに佐助が加わったことで、自分が道場を追い出されてしまうのではないかと危惧した兼続は、佐助を道場から追い出すため“ナンバーワンメイド決定戦”を企画。決定戦でビリになった者を道場から追い出すと宣言するのであった。だが、兼続の予想に反し、佐助は売り上げ一位をひた走り、兼続はドジの連続でビリを独走してしまう。より一層の危機を感じた兼続は、道場に残るためあの手、この手の作戦を実行に移し…。そんな中、幸村と千の話を盗み聞きしてしまった兼続は、自分のドジが原因で道場を手放さざるを得ない可能性があることを知ってしまう。責任を感じた兼続は、道場から去ろうとするが…。

順調な営業を続けるメイド喫茶“真陰（トゥルーシャドウ）”であったが、幸村はさらに売り上げを伸ばすため、メイドの増員を決める。しかし、そこに雇ってほしいと現れたのは…、先の戦いで消滅したはずの義仙であった！？突然の義仙の来訪に驚きを隠せない宗朗たちが義仙の真意を問いただすと、義仙は宗朗と十兵衛を四剣鬼（ダークサムライ）たちの手に渡したくないのだと語る。そして、剣鬼に勝つための情報として、剣姫（マスターサムライ）以上の強力な力を手に入れることができる“剣妃（サムライブライド）”の存在を宗朗たちに伝えるのであった。しかし、剣妃になるための条件は、義仙も分からないのだという…。

順調にお客を増やしていたはずのメイド喫茶“トゥルーシャドウ”。しかし、次第に学園塾内にも多くのメイド喫茶ができ、ついには閑古鳥が鳴くほどお客が来なくなってしまっていた。そんな状況を打破するべく、慶彦の名前を使って学園塾内のナンバー１メイド喫茶を決める大会『M-1グランプリ』を企画する千姫と幸村。大会で活躍して、お客を呼び戻そうというのだ。参加チームの実力が伯仲する中、当然のように決勝へと駒を進める“トゥルーシャドウ”。しかし、そんな彼女たちの前に立ちはだかったのは、大会前日にメイド喫茶をオープンしたという武蔵たち四剣鬼の面々であった！！

『M-1グランプリ』に優勝したことで道場の借金を完済することに成功した宗朗たちは、四剣鬼との対決の準備を万全にするためにメイド喫茶を閉店。『M-1グランプリ』の映像から、四剣鬼の強さの理由が“氣”だと気がつくと、自分たちも“氣”を操るべく行動を開始する。だが、“氣”のなんたるかを知らない宗朗たちは、宗朗がかつて修行の旅で噂に聞いた氣の達人・前田慶次に稽古をつけてもらおうと、彼女の元へ又兵衛を送りだすのであった。そして、又兵衛が戻るまでの時間も惜しいと“氣”の修行を開始する。しかし、メイド喫茶の閉店に1人納得のいかない兼続は、修行に励む宗朗たちに“氣”修行だと称して様々な嫌がらせを仕掛け…。

剣姫（マスターサムライ）から元の姿に戻れなくなってしまった十兵衛。慶次が言うには、元の姿に戻るためには氣の操り方を完全にマスターするほかに方法がない。慶次の直々の指導で、着実に氣の修行をこなしていく十兵衛たち。だが、修行の成果を確かめるべく、元の姿へと戻ろうとした十兵衛が突然、倒れてしまう。氣を放出する剣姫の状態で長く居続けてしまったためであった。そんな中、慶次に軽くあしらわれたことで殺気立っていた四剣鬼(ダークサムライ)は、“ホンモノ”の十兵衛が戻ってきたことを知り、柳生道場へと押しかけてくるのだが…。

“剣妃（サムライブライド）”の情報を入手するため、徳川の別荘を訪れていた幸村と又兵衛は、その帰り道、通り魔に襲われてしまう。通り魔に捕らえられ身動きが取れなくなってしまった幸村たちであったが、気づくと通り魔の姿は無くなっていた。幸村は通り魔への復讐を誓うが、又兵衛は通り魔に対して何もできなかった自分の不甲斐なさに悔しさをかみしめていた…。一方、氣を操る修行を行っていた十兵衛と佐助であったが、何かを感じ取った佐助は、急に走り出してしまう。佐助を追いかける十兵衛がたどり着いた先には、四剣鬼(ダークサムライ)の一人、宝蔵院胤舜がたたずんでいた。

通り魔の正体は、四剣鬼(ダークサムライ)の一人、胤舜なのでは？ と疑い始める宗朗たち。だが、胤舜が犯人では無いと信じる十兵衛は、道場から走り去ってしまう。一方で、自分の無力さを知った半蔵と又兵衛は、今度こそ剣姫（マスターサムライ）となるべくキスの特訓に励むが…。道場で十兵衛の帰りを待つ宗朗たち。しかし、十兵衛はなかなか戻らず、皆が本気で心配し始めたその時、胤舜発見の報が届く。急ぎ向かう宗朗たちの前に現れたの件の通り魔であった。執拗に千姫を狙う通り魔。その狙いは“鎮護石”と呼ばれる物の在り処であった。

急遽、慶彦の下へと呼び出される宗朗たち。さっそく、鎮護石について教えるよう詰め寄る千姫に、慶彦は語る。鎮護石とは氣の流れを安定させる為の強い霊力を持った石であること。だが、先の十兵衛と義仙との戦いで鎮護石を守っていた結界が破損してしまい、怨霊たちが復活してしまったのだと。さらに、結界の修復が終わるのが宗朗たちと四剣鬼との対決の翌日であり、大日本を救うためには、宗朗たちが四剣鬼に勝利し、結界修復の時間を稼ぐ必要があるのだと言う。そのための交換条件として剣妃（サムライブライド）の資料を手に入れた宗朗たちであったが、幸村が発見した剣妃の条件とは!?

剣妃（サムライブライド）を生み出すにはリスクが大きすぎると考え、剣妃をあきらめようとする幸村たち。だが、宗朗は試しもせずにあきらめるべきではないと主張する。そして、剣妃を生み出すために皆の気を集める宗朗がそれに耐えられるのかを試すことに。しかし、十兵衛たちが宗朗に氣を注ぎ込むと、宗朗は苦しみだし、ついには倒れてしまう。宗朗の体は、胤舜から受けた封印によって、皆の氣に耐えるどころか、命を落としかねない状態にまでなっていたのだ。一方、小次郎と又右衛門は、とうとう鎮護石の在り処を嗅ぎつけてしまう。2人は、さっそく鎮護石の破壊を試みるのだが…。

突如姿を現した怨霊“大剣鬼”は、他の者など見向きもせず、鎮護石の結界を破壊しようと江戸城へと向かう。大剣鬼を止めない限り大日本に未来はないと、千姫たちは大剣鬼の行く手を阻もうとするも、大剣鬼にはマスターサムライの力をもってしても全く歯が立たず、敗れた千姫たちは大剣鬼の体に取り込まれてしまう。ついに江戸城に到達した大剣鬼は、結界を破壊すべく江戸城に攻撃を開始する。そんな大剣鬼を止めるべく、宗朗と十兵衛は大剣鬼の体内へと飛び込んで行くが…大剣鬼の体内を突き進む宗朗と十兵衛の前に現れたモノとは！？