エメリーの事件から半年後。ロンドン警視庁のレイチェル・ケアリーは、殺人課からテロ対策指令部（ＳＯ１５）マッピング部門に異動したものの、周囲の人間を信用できず、孤独な日々を送っていた。そんなある日、殺人課の元同僚フリンとラティフから、姿の見えない暗殺者に殺された男の事件について助言を求められるが…。

銃撃事件の発生に伴い、安全保障担当大臣のアイザック・ターナーら標的とされる人物たちはテロ対策指令部の保護の下、避難する。当初は捜査から外されたレイチェルだったが、標的を避難させるのは敵の思うつぼだとガーランドに進言する。同じころ、ターナーが出演するはずだったＴＶインタビューがハッキングされ、イギリス国内に衝撃が走る。

ＢＢＣで調査を続けるレイチェルは、キャスターのカディージャ・カーンに出会う。一方、ターナーはスタッフらと共に警察から尋問を受けるが、隠し子問題を追及される。釈放後、内務大臣を尋ねた彼は今回のハッキング事件に対する政府の無関心にますます激怒する。フリンの様子を確認するため病院へ行ったレイチェルは、ある人物に遭遇し…。

ハッキングの重要な容疑者であるワンレイが空港に向かっていることを察知したテロ対策指令部の面々は、彼の尾行を開始する。一方、病院でフリンの警護をしている隊員から、もうすぐ彼が目を覚ますとの一報を受けたレイチェルは、ターナーと一緒に病院へ急行する。

ハッキングされたＴＶインタビューがきっかけで、ターナーの偏執さはますます激しくなる。記者たちに始終家を囲まれ、妻のシモーヌは子どもたちを連れて家を出ていかざるを得なくなってしまう。一方、レイチェルらＳＯ１５の面々は、見えない暗殺者の捜索を広げる中で、攻撃の背後にいる人物について考えを改める。

実際にニュース番組に出演することになったターナーは半信半疑のままスタジオに向かう。そこへ、元スタッフのアライザから彼の支持率が上がってきているという驚くべきニュースがもたらされる。同じ頃、レイチェルの携帯電話にデータアナリストのグレゴリー・ノックスから、フリン襲撃事件の犯人の身元が判明したと連絡が入る。

暗殺者の件でノックスのオフィスを訪ねたレイチェルは彼と対峙することに。そこへ、ノックスが呼んだ灰色のバンが迫っていた…。一方、隠し子問題が解決したターナーは、ようやく家族と再会して幸せを噛みしめる。しかしその夜、彼の携帯電話にある人物から電話がかかってくる。

誘拐されたレイチェルは、自分の直感が正しかったことを知るが、意外な人物に内部告発の望みを捨てるよう説得される。一方、夫に対しての不信感がぬぐえないシモーヌは、ターナーを激しくなじる。家族と権力、果たしてターナーが選択したのは…。