リストの完遂から半年後、最重要指名手配犯となったジェームズ・リースは容赦なき復讐の末に残された余命を数えながら、いまだ海上にいた。一方、世界の反対側ではケイティ・ブラニクがリースの記事を出したことで一躍時の人に。しかしその悪名は役に立つどころか障害となっていた。メディア業界が冷え込み、アルカイダの再台頭によるショッキングな国際的事件が続く中で、ケイティは難しい舵取りを迫られる。

モザンビークのヘイスティングス狩猟保護区で、リースは自然や動物を保護する活動に新たな生きる意味を見いだす。ワシントンDCのレイフ・ヘイスティングスは、誰かが輸送予定の兵器をテロリストに直接横流ししていることに気づく。

リースはCIAに捕らえられるも収監の代わりに勧誘を受け、最重要指名手配犯から一転、元シールズのフレディ・ストレインと共にモロッコの秘密基地へ向かうことに。そこで、アルカイダに寝返ったとされる元イラク特殊作戦部隊員で協力者のモー・ファルークを捜索し説得するという作戦に向け、フレディの訓練を受ける。ワシントンDCでは、レイフが消えた兵器の積み荷について連邦議員の関与を調べるべく、ケイティに助けを求める。

もはやCIA内の誰が信用できるか分からず、リースとフレディはベイルートで独自の行動に出る。リースは自分の知る2015年のモーと現在の彼の変化をいまだのみ込めないでいた。一方、スチュワート・マクガバンが他殺と見られる状況で不審死を遂げ、情報源を失ったケイティは記事の執筆に苦労する。

CIA内の裏切り者を突き止めたリース、フレディとグラウンド・ブランチの面々は、アルナワズの次の会合場所へ向かう。西側への新たな攻撃の前にアルカイダのトップを抹殺するためだ。レイフはケイティが見つけた"ケストレル"という陰謀の手掛かりから、黒幕を暴くべく意外な人物を頼る。

ジュールズ・ランドリーとオリバー・グレイは、ケストレル計画最大の攻撃のため最終準備を進める。リースたちは迫りくるテロ攻撃の詳細情報を引き出すためランドリーを追跡、レイフは海外へ飛び、再会した旧友と共にグレイを捜索する。

バシリー・アンドレノフの仲介するウクライナとロシアの和平が、オデッサでようやく実現することに。リースとフレディは、大統領が公の舞台に上がり、ケストレルの次の標的になるのを防ぐため、和平協定の式典会場に急行する。

アメリカに戻ったリースは自由の身となるが、気を休める間もなくオデッサで人命を奪い、破壊を引き起こした黒幕への復讐を誓う。しかし、それによって世代を越えたより大きな計画が明るみになり、ますます疑問が深まるのだった。