国外での作戦が失敗し部下の大半を失ったシールズのジェームズ・リース少佐。帰国し家族のもとに戻るが、作戦についての記憶が曖昧で、失敗の責任を問われる立場になる。

ベンの助けで最初の復讐のターゲットを突き止めたリース。不安定な精神状態の中、お互いの利益のため、記者のケイティと手を組む。

複雑な陰謀にさらに足を踏み入れていくリースは、新たなターゲットの名前を復讐のリストに追加。一方、国防長官のロレイン・ハートリーは特殊部隊員の負荷を軽減するために思い切った方針変更を行うと発表する。リースの検査結果を入手したケイティは彼の頭部で起こっている真実を突き止める。

家族に手を掛けた殺し屋の居場所を突き止めるためリースは友人たちの助けを借りてメキシコへと飛んだ。ケイティは身を隠しつつ調査を進める。スティーブ・ホーンは自身の会社キャップストーンに莫大な利益を生む契約を守ろうと躍起になっていた。今や指名手配犯となったリースを、ＦＢＩサンディエゴ支部のトニー・レイウン捜査官が率いる逃亡者捜査チームが追うことになった。

ある薬が全ての始まりかもしれないと考えたリースは答えを探すべくサンフランシスコに向かう。ケイティはニューベラムの創設者で社長であるマイク・テデスコに接近、キャップストーンの目論見を阻止しようと話をする。トニーのチームは次のターゲットがホーンだと考え、リースが目的を達する前に捕まえようとキャップストーンのビル周辺を警備する。

ＦＢＩの追跡を振り切り山中に逃げ込んだリース。薬を車内に置いてきてしまったため、体にも精神にも病の症状が出てきて苦しむ。捜索隊に囲まれて絶体絶命のリースは、彼らの命を奪うことなくこの場を脱出できるのか。

リースはコロナドに戻り、一番の裏切り者たちを始末しようとする。自宅に戻ったリースに過去の家族との記憶が断片的によみがえる。ケイティはＦＢＩに拘束されつつも記事を完成させようとしていた。

オーカス島にあるハートリー国防長官の屋敷に潜入したリース。リース、ケイティ、ベンそしてトニー、それぞれの思いと目的がぶつかり合う。