父についての答えを求め日本を訪れたケイトは衝撃的な秘密を知る。ケイコ、リー、ビリーは怪獣に関する仮説を追求する。

ケイト、ケンタロウ、メイは、モナークに追われる中、ある重要人物に接触しようとする。ケイコ、リー、ビリーは、偶然ある大発見をする。

ショウはヒロシを求め、チームを率いてアラスカでの危険な捜索へと向かう。ケイコ、リー、ビリーはパケット将軍に調査結果を報告する。

ケイトたちは何とか危機を脱したものの、極寒の地に取り残される。ケンタロウは過去の人間関係を振り返る。

ケンタロウとメイと共にサンフランシスコの廃虚を歩くケイトにＧデーの悲痛な記憶がよみがえる。

チームがバラバラになる中、ショウはモナーク内に思いがけない味方を見つける。ケイコとリーは軍のダンスパーティーで距離を縮める。

過去とついに向き合うメイ。デュヴァルとショウはゴジラとヒロシの跡を追跡する。

チームはショウに立ち向かうため、すべてが始まった地に向かう。崩壊寸前のモナークは、思い切った手段に出る。

ケイトの行方を捜すショウとメイは、衝撃の事実に遭遇。ケンタロウは喪失感に苦しむ。

シーズン最終回。チームは必死に世界軸から脱出する方法を探す。ケンタロウとティムは想定外の同盟を組むことになる。