Netflixで配信されたフル3DCGアニメーション「攻殻機動隊 SAC_2045」シーズン2の全12話に新たなシーンを追加して再構成した劇場版は、廃墟・東京を舞台に草薙素子たち公安９課とシマムラタカシをはじめとしたポスト・ヒューマン、そしてアメリカの特殊部隊による三つ巴の戦闘が繰り広げられる。
2045年、全ての国家を震撼させる経済災害「全世界同時デフォルト」の発生と、AIの爆発的な進化により、世界は計画的且つ持続可能な戦争“サスティナブル・ウォー”へと突入する。
だが人々が、AIによる人類滅亡への危機を日常レベルで実感出来るまでには衰退の進んでいない近未来、草薙素子たち公安９課は、難民集団「N」を率いるシマムラタカシと邂逅する。
総理の密命により再び組織された公安9課は、電脳社会に突如出現した新人類“ポスト・ヒューマン”であるシマムラタカシの捜索中に失踪したトグサを追い、先の大戦で廃墟と化した東京へと向かう。
そこで草薙たちを待ち受けていたのは、自らを「N」と名乗る難民集団とアメリカ特殊部隊、更に奪取された原子力潜水艦による核大戦の危機が迫るなか、公安9課、米軍、ポスト・ヒューマンによる三つ巴の戦闘が激化していく。
果たして物語は、どのような結末を迎えるのか？
